Protein retrovirové matrice - Retroviral matrix protein
Proteiny retrovirové matrice jsou součástí obálka - přidružené kapsidy z retroviry. Tyto proteiny lemují vnitřní povrch virových obalů a jsou spojeny s virovými membránami.[1]
Matice bílkoviny jsou vyráběny jako N-terminál domén Gag předchůdce polyproteiny. The Gag polyprotein řídí shromažďování a uvolňování virových částic z infikovaných buněk. Polyprotein Gag má tři domény potřebné pro aktivitu: doménu N-koncové membránové vazby (M) (která odpovídá maticovému proteinu), která směruje Gag na plazmatická membrána, interakční (I) doména zapojená do agregace Gag a doména pozdní montáže (L), která zprostředkovává pučící proces.[2] Během virové maturace je Gag polyprotein štěpen retrovirová proteáza do několika odpovídajících strukturních proteinů, čímž se získá matice (MA), kapsid (CA) a nukleokapsid (NC) proteiny a některé menší peptidy. Proteiny odvozené od gagů řídí celé sestavení a uvolňování virových částic, přičemž maticové proteiny hrají klíčovou roli ve stabilitě Gag, sestavení kapsidy, transportu a růstu.
Rodiny proteinů retrovirové matrice
| Gag_MA | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura bílkoviny matrice viru myší leukémie | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Gag_MA | ||||||||
| Pfam | PF01140 | ||||||||
| Pfam klan | CL0074 | ||||||||
| InterPro | IPR000840 | ||||||||
| SCOP2 | 1 mil / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| OPM nadčeleď | 42 | ||||||||
| OPM protein | 1 mil | ||||||||
| |||||||||
Ačkoli se zdá, že proteiny matrice z různých virů plní podobné funkce a mohou mít podobné strukturní záhyby, jejich primární sekvence může být velmi odlišný. Typické matricové proteiny retrovirů tvoří alfa šroubovice svazek struktura .[3]
Jedna rodina těchto proteinů představuje matrixové proteiny gammaretroviry, jako Moloney virus myší leukémie (MoMLV), virus kočičí leukémie (FLV) a virus kočičího sarkomu (FESV).[4][5] Tato rodina také zahrnuje maticové proteiny z několika eukaryotický endogenní retroviry, které vznikají, když jedna nebo více kopií retroviru genom stane se integrovaným do genomu hostitele.[6]
| Retro_M | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 m-doména z gag polyproteinu viru rousového sarkomu, nmr, 20 struktur | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Retro_M | ||||||||
| Pfam | PF02813 | ||||||||
| Pfam klan | CL0074 | ||||||||
| InterPro | IPR004028 | ||||||||
| SCOP2 | 1a6s / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| OPM nadčeleď | 42 | ||||||||
| OPM protein | 1a6s | ||||||||
| |||||||||
Další rodina představuje M doménu Gag polyproteinu nacházejícího se u ptačích retrovirů. Zahrnuje Gag polyproteiny z několika ptačích endogenních retrovirů.[7]
| Gag_p10 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura řešení proteinu matrice divokého typu m-pmv (p10) | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Gag_p10 | ||||||||
| Pfam | PF02337 | ||||||||
| Pfam klan | CL0074 | ||||||||
| InterPro | IPR003322 | ||||||||
| OPM nadčeleď | 44 | ||||||||
| OPM protein | 2 lpy | ||||||||
| |||||||||
Maticové proteiny jsou také složkami beta-retroviry jako Virus opice Mason-Pfizer (MPMV) a virus myšího prsního nádoru (MMTV).[8][9] Tato položka také identifikuje matricové proteiny z několika eukaryotických endogenních retrovirů.[6]
| Gag_p15 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 krystalová struktura antigenu matrixu viru infekční anémie viru (eiav ma) | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Gag_p15 | ||||||||
| Pfam | PF08723 | ||||||||
| InterPro | IPR014834 | ||||||||
| SCOP2 | 1hek / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| OPM nadčeleď | 44 | ||||||||
| OPM protein | 1hek | ||||||||
| |||||||||
Reference
- ^ Conte MR, Matthews S (červenec 1998). "Proteiny retrovirové matice: strukturální perspektiva". Virologie. 246 (2): 191–8. doi:10.1006 / viro.1998.9206. PMID 9657938.
- ^ Rodič LJ, Cairns TM, Albert JA, Wilson CB, Wills JW, Craven RC (leden 2000). „Porucha dimerizace RNA u mutanta matrice viru Rousova sarkomu“. J. Virol. 74 (1): 164–72. doi:10.1128 / jvi.74.1.164-172.2000. PMC 111525. PMID 10590103.
- ^ McDonnell JM, Fushman D, Cahill SM, Zhou W, Wolven A, Wilson CB, Nelle TD, Resh MD, Wills J, Cowburn D (červen 1998). "Struktura řešení a dynamika bioaktivní retrovirové M domény z viru Rousova sarkomu". J. Mol. Biol. 279 (4): 921–8. doi:10.1006 / jmbi.1998.1788. PMID 9642071.
- ^ Riffel N, Harlos K, Iourin O, Rao Z, Kingsman A, Stuart D, Fry E (prosinec 2002). "Struktura atomového rozlišení matolinového proteinu viru myší leukémie Moloney a jeho vztah k jiným proteinům retrovirové matrice". Struktura. 10 (12): 1627–36. doi:10.1016 / S0969-2126 (02) 00896-1. PMID 12467570.
- ^ Baker SJ, Cosenza SC, Reddy EP (září 1998). "Role v-Fgr myristoylace a Gag domény ve vazbě na membránu a buněčné transformaci". Virologie. 249 (1): 1–11. doi:10.1006 / viro.1998.9323. PMID 9740771.
- ^ A b Gifford R, Tristem M (květen 2003). "Vývoj, distribuce a rozmanitost endogenních retrovirů". Virové geny. 26 (3): 291–315. doi:10.1023 / A: 1024455415443. PMID 12876457. S2CID 34639116.
- ^ Borisenko L (2003). "Ptačí endogenní retroviry". Folia Biol. (Praha). 49 (5): 177–82. PMID 14680291.
- ^ Stansell E, Tytler E, Walter MR, Hunter E (květen 2004). „Počáteční fáze pučení viru Mason-Pfizer je regulována hydrofobicitou jádra domény Gag matice“. J. Virol. 78 (10): 5023–31. doi:10.1128 / jvi.78.10.5023-5031.2004. PMC 400380. PMID 15113883.
- ^ Poon DT, Li G, Aldovini A (březen 1998). „Příspěvky nukleokapsidů a maticových proteinů k selektivnímu balení genomové RNA viru lidské imunodeficience typu 1“. J. Virol. 72 (3): 1983–93. doi:10.1128 / JVI.72.3.1983-1993.1998. PMC 109491. PMID 9499052.