HIV gag kmenová smyčka 3 (GSL3) - HIV gag stem loop 3 (GSL3) - Wikipedia

HIV gag kmenová smyčka 3 (GSL3)
RF00376.jpg
Identifikátory
SymbolHIV_GSL3
RfamRF00376
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményViry
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

HIV gag kmenová smyčka 3 (GSL3) je sekundární konstrukční složka z Obalový prvek Retroviral Psi, známý také jako prvek rozpoznávání psi. Tato doména hraje hlavní roli v RNA balení a je lokalizována 5 'nepřekládanou oblastí genomu HIV-1 bez genitálií.[1][2][3] Je známo, že GSL3 řídí specifické balení genomové RNA HIV-1. Zatímco delece GSL3 vede ke snížení jak balení virové RNA, tak dimerizace, mutagenní studie ukázaly, že zcela nevylučuje zapouzdření retrovirové RNA.[4][5]

Farmaceutický pokrok

Interakce s NCp7

Zapouzdření RNA zahrnuje detekci prvku rozpoznávání psi proteinem NCp7. NCp7 obsahuje dva po sobě jdoucí zinkové prsty které jsou spojeny úsekem bazických zbytků. Jejich funkcí je aktivovat žíhání primeru tRNA na iniciační místo (kde dochází k reverzní transkripci).[6] Během tohoto procesu GSL3 konkrétně interaguje s NCp7. Současná léčiva používaná k léčbě HIV / AIDS inhibují základní procesy v replikačním cyklu retroviru. Tato interakce je potenciálním bodem inhibice.

Inhibiční ligandy

Příklad sloučeniny olova. Vidět [7] pro další informace

Vývoj inhibitorů zůstává v počáteční fázi. Výzva syntetizovat sloučeninu s jednoduchou molekulární strukturou a nízkou molekulovou hmotností za účelem omezení vedlejších interakcí a existence potenciálně škodlivých stereoizomerů vyžaduje výpočetní i vysokovýkonný přístup.[7] 2 - ((5-nitrochinolin-8-yl) thio) ethanol, potenciál sloučenina olova, je zobrazen vpravo. Je selektivní pro smyčkovou strukturu GSL3 přes dvouvláknovou a jednovláknovou RNA. To znamená, že pokud by se uvolnilo v buňce cílené HIV, blokovalo by to kmenovou smyčku a omezilo by to produktivní interakci s NCp7.[7]

Reference

  1. ^ Amarasinghe GK, De Guzman RN, Turner RB, kancléř KJ, Wu ZR, Summers MF (2000). „NMR struktura nukleokapsidového proteinu HIV-1 navázaného na SL2 kmenové smyčky balicího signálu psi-RNA. Důsledky pro rozpoznání genomu.“. J. Mol. Biol. 301 (2): 491–511. doi:10.1006 / jmbi.2000.3979. PMID  10926523.
  2. ^ Darlix, JL; Lapadat-Tapolsky, M; de Rocquigny, H; Roques, BP (8. prosince 1995). "První pohledy na vztahy mezi strukturou a funkcí nukleokapsidového proteinu retrovirů". Journal of Molecular Biology. 254 (4): 523–537. doi:10.1006 / jmbi.1995.0635. PMID  7500330.
  3. ^ Dietz J, Koch J, Kaur A, Raja C, Stein S, Grez M, Pustowka A, Mensch S, Ferner J, Möller L, Bannert N, Tampé R, Divita G, Mély Y, Schwalbe H, Dietrich U (2008) . "Inhibice HIV-1 peptidovým ligandem genomové RNA sbalovací signál Psi". ChemMedChem. 3 (5): 749–755. doi:10,1002 / cmdc.200700194. PMID  18205165.
  4. ^ Damgaard, CK; Andersen, ES; Knudsen, B; Gorodkin, J; Kjems, J (13. února 2004). "Interakce RNA v 5 'oblasti genomu HIV-1". Journal of Molecular Biology. 336 (2): 369–379. doi:10.1016 / j.jmb.2003.12.010. PMID  14757051.
  5. ^ Pokroky v montáži a uvolnění Hiv-1. Springer Verlag. ISBN  978-1-4614-7728-0.
  6. ^ Morellet N, Jullian N, De Rocquigny H, Maigret B, Darlix JL, Roques BP (1992). "Stanovení struktury nukleokapsidového proteinu NCp7 z viru lidské imunodeficience typu 1 pomocí 1H NMR". EMBO J.. 11 (8): 3059–3065. PMC  556789. PMID  1639074.
  7. ^ A b C Warui, DM; Baranger, AM (10. května 2012). "Identifikace inhibitorů malé molekuly komplexu HIV-1 nukleokapsid-kmen-smyčka 3 RNA". Journal of Medicinal Chemistry. 55 (9): 4132–4141. doi:10.1021 / jm2007694. PMID  22480197.