Kořenový mikrobiom - Root microbiome - Wikipedia

Na obrázku výše je sluneční světlo a oxid uhličitý z atmosféry absorbovány listy v rostlině a přeměněny na fixovaný uhlík. Tento uhlík putuje dolů do kořenů rostliny, kde některé putují zpět nahoru k listům. Fixovaný uhlík putující do kořene je vyzařován ven do okolní půdy, kde jej mikroby používají jako potravu pro růst. Na oplátku se mikroby připojí ke kořenu rostliny, kde zlepší přístup kořenů k živinám a jejich odolnost vůči stresu a patogenům v životním prostředí. Ve specifických symbiotických vztazích rostlin a kořenů kořen rostliny vylučuje flavonoidy do půdy, která je snímána mikroby, kde tyto mikroby uvolňují do kořene rostliny faktory kývnutí, které podporují infekci kořene rostliny. Tyto jedinečné mikroby provádějí fixaci dusíku v kořenových uzlících, které dodávají rostlině živiny.

The kořenový mikrobiom (nazývaný také mikrobiom rhizosféry) je dynamický společenství z mikroorganismy spojené s rostlinou kořeny.[1] Protože jsou bohaté na různé sloučeniny uhlíku, kořeny rostlin poskytují jedinečné prostředí pro rozmanité seskupení půdních mikroorganismů bakterie, houby a archaea. Mikrobiální společenství uvnitř kořene a v rhizosféra jsou od sebe odlišné,[2] a z mikrobiálních komunit ve velkém půda,[3] ačkoli tam je nějaké překrývání v druh složení.

Různé mikroorganismy, prospěšné i škodlivé, ovlivňují vývoj a fyziologii rostlin. Mezi prospěšné mikroorganismy patří bakterie, které fixují dusík, podporují růst rostlin, mykorhizní houby, mykoparazitické houby, prvoky a některé mikroorganismy biologické kontroly.[1] Patogenní mikroorganismy zahrnují také určité bakterie, patogenní houby a určité hlístice, které mohou kolonizovat rhizosféru. Patogeny jsou schopné konkurovat ochranným mikrobům a prorazit vrozené obranné mechanismy rostlin.[1] Kromě mikrobů, které způsobují nemoci rostlin, jsou některé bakterie patogenní a mohou být přeneseny na člověka, jako např Salmonella, enterohemoragická Escherichia coli, Burkholedria (ceno) cepacia, Pseudomonas aeruginosa, a Stenotrophomonas maltophilia lze také detekovat v kořenovém mikrobiomu a v rostlinných tkáních.[1]

Kořenová mikroflóra ovlivňuje rostlinu hostitel zdatnost a produktivita různými způsoby. Členové kořenového mikrobiomu těží z rostlinných cukrů nebo jiných molekul bohatých na uhlík. Jednotliví členové kořenového mikrobiomu se mohou chovat odlišně ve spojení s různými hostiteli rostlin,[4] nebo mohou změnit povahu jejich interakce (podél kontinuum vzájemného parazita ) v rámci jednoho hostitele jako podmínky prostředí nebo změna zdraví hostitele.[5]

Přes potenciální význam kořenového mikrobiomu pro rostliny a ekosystémy, naše chápání toho, jak se shromažďují kořenové mikrobiální komunity, je v plenkách.[6][7] To je z části proto, že až do nedávných pokroků v sekvenování technologie, kořenové mikroby bylo obtížné studovat kvůli vysoké druhová rozmanitost, velký počet kryptické druhy a skutečnost, že většina druhů musí být ještě získána kultura.[8] Důkazy naznačují obojí biotický (jako je identita hostitele a soused závodu) a abiotický (jako struktura půdy a dostupnost živin) ovlivňují složení komunity.[9][10][11][12][13]

Funkce

Druhy symbióz

Mezi kořenové mikroby patří houby, bakterie, a archaea. Kromě toho, jiné organismy, jako je viry, řasy, prvoky, hlístice a členovci jsou součástí kořenové mikrobioty.[1] Symbionti spojené s kořeny rostlin existují z fotosyntetický produkty (molekuly bohaté na uhlík) z hostitele rostliny a mohou existovat kdekoli na internetu vzájemný / parazit kontinuum.

Kořenové symbionty mohou zlepšit přístup jejich hostitele k živiny,[14][15][16] vyrobit regulátory růstu rostlin,[17] zlepšit stres prostředí tolerance jejich hostitele,[18][19][20] vyvolat hostitele obrany a systémová rezistence proti škůdcům nebo patogenům,[21][22][23] nebo být patogenní.[24] Paraziti spotřebovávají uhlík z rostliny, aniž by poskytovali jakoukoli výhodu nebo poskytovali příliš malou výhodu ve srovnání s tím, co stojí za uhlík, což ohrožuje kondici hostitele. Symbionty mohou být biotrofické (živí se živou tkání) nebo nekrotrofní (živí se živou tkání).

Mutualistické parazitní kontinuum

Zatímco některé mikroby mohou být čistě mutualistic nebo parazitický Mnoho lidí se může chovat tak či onak v závislosti na druhu hostitele, s nímž je spojen, podmínkách prostředí a zdraví hostitele.[4] Imunitní odpověď hostitele řídí symbiontovou infekci a rychlost růstu.[4] Pokud imunitní odpověď hostitele není schopna kontrolovat konkrétní mikrobiální druh, nebo pokud je imunita hostitele narušena, bude vztah mikrobů a rostlin pravděpodobně spočívat někde blíže parazitické straně kontinua vzájemného parazita. Stejně tak mohou vysoké živiny tlačit některé mikroby na parazitické chování, což podporuje nekontrolovaný růst v době, kdy již nejsou zapotřebí symbionty, které by napomáhaly při získávání živin.[4]

Složení

Kořeny jsou kolonizovány houby, bakterie a archaea. Protože oni jsou mnohobuňečný, houby se mohou rozšířit hyfy z orgánů pro výměnu živin v hostitelských buňkách do okolní rhizosféry a sypké půdy. Houby, které přesahují povrch kořenů a zapojují se do výměny živin-uhlík s hostitelem rostliny, se běžně považují za mykorhizní, ale vnější hyfy mohou zahrnovat i jiné endofytický houby. Mykorhizní houby se mohou rozšířit na velkou vzdálenost do objemné půdy,[5] čímž se zvyšuje dosah kořenového systému a jeho povrchová plocha, což umožňuje mykorhizním houbám získat velké procento živin hostitelské rostliny. V některých ekosystémech je až 80% rostlinného dusíku a 90% rostlinného fosforu získáno mykorhizními houbami.[14] Na oplátku mohou rostliny přidělit ~ 20–40% svého uhlíku mykorhizám.[25]

Houby

Mycorrhizae

Hlavní článek: Mycorrhiza

Mykorhizní (z řečtiny) doslovně znamená „kořeny hub“ a definuje symbiotickou interakci mezi rostlinami a houbami. Houby jsou důležité k rozkladu a recyklaci organického materiálu, hranice mezi patogenním a symbiotickým životním stylem hub však nejsou vždy jasné. Většinu času je asociace symbiotická s plísněmi, které zlepšují získávání živin a vody z půdy nebo zvyšují toleranci vůči stresu a plísním prospívají sacharidy produkované rostlinou.[26] Mykorhizy zahrnují širokou škálu interakcí kořenových hub charakterizovaných způsobem kolonizace. V podstatě všechny rostliny tvoří mykorhizní asociace a existují důkazy, že některé mykorhizy transportují uhlík a další živiny nejen z půdy do rostlin, ale také mezi různými rostlinami v krajině.[5] Mezi hlavní skupiny patří ectomycorrhizae, arbuskulární mykorízy, erikoidní mykorhizy, orchidej mycorrhizae, a monotropoidní mykorhizy. Monotropoidní mykorhizy jsou spojeny s rostlinami v monotropaceae, které chybí chlorofyl. Mnoho Orchideje jsou také achlorofylové alespoň po část svého životního cyklu. Tyto vztahy mezi mykorhizy a rostlinami jsou tedy jedinečné, protože houba poskytuje hostiteli uhlík i další živiny, často parazitováním na jiných rostlinách.[5] Achlorofylní rostliny tvořící tyto typy mykorhizních asociací se nazývají mykoheterotrofy.

Endofyty

Hlavní článek: Endofyt

Endofy rostou uvnitř rostlinných tkání - kořeny, stonky, listy - většinou bez příznaků, ale když rostlina stárne, mohou být mírně patogenní.[26] Mohou kolonizovat mezibuněčné prostory, samotné kořenové buňky nebo obojí. Rhizobia a tmavé septální endofyty (které produkují melanin, an antioxidant které mohou poskytnout odolnost vůči různým environmentálním stresům[27]) jsou slavné příklady.[Citace je zapotřebí ]

Bakterie

Zóna půdy obklopující kořeny je přírůstek živin uvolňovaných rostlinami, a je proto atraktivním růstovým médiem pro užitečné i patogenní bakterie. Kořenové prospěšné bakterie podporují růst rostlin a poskytují ochranu před patogeny. Většinou jsou rhizobakterie které patří Proteobakterie a Firmicutes, s mnoha příklady z Pseudomonas a Bacil rody.[1] Rhizobium druhy kolonizují kořeny luštěnin a vytvářejí uzlové struktury. V reakci na kořenové exsudáty se vytváří rizobie Signalizační faktory kývnutí které jsou rozpoznávány luštěninami a vyvolávají tvorbu uzlíků na kořenech rostlin.[28] V těchto strukturách Rhizobium provádí fixaci dusíku, která prokazuje rostlinu se zdrojem dusíku. Na druhé straně rostliny poskytují bakteriím zdroj uhlíku, aby dodaly energii fixaci dusíku.[29][30] Kromě fixace dusíkem Azospirillum druhy podporují růst rostlin produkcí růstu fytohormony (auxiny, cytokininy, gibereliny ). Díky těmto fytohormonům se kořenové chloupky rozšiřují, aby zabíraly větší plochu a lépe získávaly vodu a živiny.[29][31] Patogenní bakterie, které infikují rostliny, infikují kořeny rostlin nejčastěji Pectobacterium, Ralstonia, Dickeya a Agrobacterium rody. Mezi nejznámější patří Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Ralstonia solanacearum, Dickeya dadanthi, Dickeya solani a Agrobacterium tumefaciens.

Bakterie se připojují ke kořenům v určitém dvoufázovém mechanismu se dvěma kroky - nejprve slabou, nespecifickou vazbou a poté přepnutím na druhou - silnou nevratnou fází pobytu. Tímto způsobem se připojují jak prospěšné, tak patogenní bakterie. Bakterie mohou zůstat připojené k vnějšímu povrchu nebo některé endofyty nebo patogeny mohou kolonizovat vnitřní kořen.[29] Primární připojení je řízeno chemickými silami nebo určitými extracelulárními strukturami, jako jsou pili nebo bičíky. Sekundární připojení je charakterizováno hlavně syntézou celulóza, extracelulární fibrily a specifické připojovací faktory, jako jsou povrchové proteiny, které pomáhají bakteriím agregovat a vytvářet kolonie.[29]

Archaea

Hlavní článek: Archaea

Ačkoli archaea jsou tradičně myšlenka jako extremophiles, mikroby patřící do extrémních prostředí, pokroky v metagenomika a genové sekvenování odhalit, že archaea jsou všudypřítomné a nacházejí se téměř v jakémkoli prostředí včetně kořenového mikrobiomu.[8][32][33][34][35][36] Například archaea kolonizující kořeny byla objevena v roce kukuřice,[33] rýže,[37] pšenice,[34] a mangrovy.[38] Methanogen a archaea oxidující amonium jsou převládajícími členy kořenového mikrobiomu, zejména v anaerobní půdy a mokřady.[32][39][40][41] Archaeal phyla nalezené v kořenovém mikrobiomu zahrnují Euryarchaeota,[32][40][42] Thaumarchaeota,[32][42] a Crenarchaeota.[40]

Přítomnost a relativní hojnost archea v různých prostředích naznačuje, že pravděpodobně hrají důležitou roli v kořenovém mikrobiomu.[32] Bylo zjištěno, že Archaea podporuje růst a vývoj rostlin, poskytuje odolnost proti stresu, zlepšuje příjem živin a chrání před patogeny.[32][36][43] Například, Arabidopsis thaliana kolonizovaný půdní archaea oxidující amoniak, Nitrosocosmicus oleophilius, vykazovaly zvýšenou hmotnost natáčení, fotosyntetickou aktivitu a imunitní odpověď.[43]

Zkoumání mikrobiálních společenstev v půdě a kořenech identifikuje archaeální organismy a geny, které zaujímají podobné funkce jako bakterie a houby, jako auxin syntéza, ochrana proti abiotický stres a fixace dusíkem.[36][44] V některých případech klíčové geny pro růst a vývoj rostlin, jako např metabolismus a buněčná stěna syntéza, jsou v archaei častější než bakterie.[36]

Přítomnost archaeal v kořenovém mikrobiomu může být také ovlivněna hostiteli rostlin, což může změnit rozmanitost, přítomnost a zdraví komunit archaeal.[8][38][45]

Viry

Viry také infikují rostliny prostřednictvím kořenů, avšak k proniknutí do kořenových tkání obvykle používají vektory, jako jsou hlístice nebo houby.[1]

Montážní mechanismy

Probíhá debata o tom, jaké mechanismy jsou zodpovědné za sestavování jednotlivých mikrobů komunity. Existují dvě hlavní protichůdné hypotézy. Jedním z nich je, že „všechno je všude, ale prostředí vybírá“, což znamená biotický a abiotický faktory představují pouze omezení přírodní výběr, které mikroby kolonizují co prostředí. Tomu se říká výklenek hypotéza a její protějšek je hypotéza, že neutrální procesy, jako je vzdálenost a geografické bariéry rozptýlení, ovládat shromáždění mikrobiální komunity, když taxony jsou stejně vejít se v prostředí. V této hypotéze rozdíly mezi jednotlivými taxony v režimech a dosahem rozptýlení vysvětlují rozdíly v mikrobiálních společenstvích různých prostředí.[7] S největší pravděpodobností jak přirozený výběr, tak neutrální procesy ovlivňují shromáždění mikrobiálního společenství, ačkoli některé mikrobiální taxony mohou být více omezeny jedním nebo druhým procesem v závislosti na jejich fyziologických omezeních a způsobu disperze.[7]

Mikrobiální disperzní mechanismy zahrnují vítr, vodu a stopování na mobilnějších makrobech. Mikrobiální disperze je obtížné studovat a je málo známo o jejím účinku na shromáždění mikrobiálních komunit ve srovnání s účinkem abiotických a biotických mechanismů shromažďování,[7] zejména v kořenech. Z tohoto důvodu jsou níže diskutovány pouze montážní mechanismy, které zapadají do hypotézy výklenku.

Taxony v kořenových mikrobiálních komunitách se zdají být čerpány z okolní půdy, ačkoli relativní množství různých taxonů se může výrazně lišit od těch, které se nacházejí v hromadné půdě kvůli jedinečným výklenky v kořenu a rhizosféře.[8]

Mechanismy biotické montáže

Různé části kořene jsou spojeny s různými mikrobiálními společenstvími. Například jemné kořeny, špičky kořenů a hlavní kořen jsou spojeny s různými komunitami,[8][46] a rhizosféra, povrch kořenů a kořenová tkáň jsou spojeny s různými komunitami,[2][3] pravděpodobně kvůli jedinečné chemii a stavu živin v každé z těchto oblastí. Navíc různé druhy rostlin a dokonce i různé kultivary obsahují různá mikrobiální společenství,[9][10][46] pravděpodobně kvůli hostitelské specifické imunitní odpovědi[4] a rozdíly v exsudátech uhlíkových kořenů.[47] Věk hostitele ovlivňuje složení kořenové mikrobiální komunity, pravděpodobně z podobných důvodů jako identita hostitele.[8] Bylo také prokázáno, že identita sousední vegetace má vliv na složení kořenové mikrobiální komunity hostitelské rostliny.[9][10][48][49]

Abiotické montážní mechanismy

Abiotické mechanismy také ovlivňují shromáždění kořenové mikrobiální komunity[9][10][11][12][13] protože jednotlivé taxony mají různá optima podél různých gradienty prostředí, jako jsou koncentrace živin, pH, vlhkost, teplota atd. Kromě chemických a klimatických faktorů ovlivňuje kořenovou biotickou strukturu také struktura půdy a narušení.[8]

Posloupnost

Kořenový mikrobiom je dynamický, tekutý v rámci omezení daných biotickým a abiotickým prostředím. Jako v makroekologické systémech může historická trajektorie mikrobiotické komunity částečně určovat současnou a budoucí komunitu. Díky antagonistickým a vzájemným interakcím mezi mikrobiálními taxony lze očekávat, že taxony kolonizující kořen v daném okamžiku ovlivní, které nové taxony jsou získány, a tedy jak komunita reaguje na změny v hostiteli nebo prostředí.[7] Zatímco účinek počáteční komunity na mikrobiální posloupnost byl studován v různých vzorcích prostředí, lidský mikrobiom a laboratorní nastavení, to musí být ještě studováno v kořenech.

Reference

  1. ^ A b C d E F G Mendes R, Garbeva P, Raaijmakers JM (září 2013). „Mikrobiom rhizosféry: význam rostlin prospěšných, rostlinných patogenních a lidských patogenních mikroorganismů“. Recenze mikrobiologie FEMS. 37 (5): 634–63. doi:10.1111/1574-6976.12028. PMID  23790204.
  2. ^ A b Gottel NR, Castro HF, Kerley M a kol. (Září 2011). „Odlišná mikrobiální společenství v endosféře a rhizosféře kořenů Populus deltoides napříč kontrastními typy půdy“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 77 (17): 5934–44. doi:10.1128 / AEM.05255-11. PMC  3165402. PMID  21764952.
  3. ^ A b Nguyen C (2009), „Rizodepozice organického C rostlinami: mechanismy a kontroly“, Udržitelné zemědělství, str. 97–123, doi:10.1007/978-90-481-2666-8_9, ISBN  978-90-481-2665-1
  4. ^ A b C d E Kogel KH, Franken P, Hückelhoven R (srpen 2006). „Endofyt nebo parazit - co rozhoduje?“. Aktuální názor na biologii rostlin. 9 (4): 358–63. doi:10.1016 / j.pbi.2006.05.001. PMID  16713330.
  5. ^ A b C d Smith SE, Read DJ (2010). Mykorhizní symbióza (3. vyd.). New York, NY: Academic Press. ISBN  978-0-08-055934-6.[stránka potřebná ]
  6. ^ Kristin A, Miranda H (2013). „Kořenová mikrobiota - otisk prstu v půdě?“. Rostlina a půda. 370 (1–2): 671–86. doi:10.1007 / s11104-013-1647-7. S2CID  14961515.
  7. ^ A b C d E Nemergut DR, Schmidt SK, Fukami T, O'Neill SP, Bilinski TM, Stanish LF, Knelman JE, Darcy JL, Lynch RC, Wickey P, Ferrenberg S (září 2013). „Vzory a procesy shromažďování mikrobiální komunity“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 77 (3): 342–56. doi:10.1128 / MMBR.00051-12. PMC  3811611. PMID  24006468.
  8. ^ A b C d E F G Buée M, De Boer W, Martin F, van Overbeek L, Jurkevitch E (2009). „Zoologická zahrada rhizosféry: Přehled společenstev mikroorganismů souvisejících s rostlinami, včetně fágů, bakterií, archea a hub, a některých jejich strukturních faktorů“. Rostlina a půda. 321 (1–2): 189–212. doi:10.1007 / s11104-009-9991-3. S2CID  45768977.
  9. ^ A b C d Dean SL, Farrer EC, Taylor DL, Porras-Alfaro A, Suding KN, Sinsabaugh RL (březen 2014). „Depozice dusíku mění vztahy mezi rostlinami a houbami: propojení dynamiky podzemí s nadzemní vegetační změnou“. Molekulární ekologie. 23 (6): 1364–78. doi:10.1111 / mec.12541. PMID  24112704. S2CID  15540300.
  10. ^ A b C d Dean SL, Farrer EC, Porras-Alfaro A, Suding KN, Sinsabaugh RL (2014). „Shromažďování komunit bakterií souvisejících s kořeny: interakce mezi abiotickými a biotickými faktory“. Zprávy o mikrobiologii životního prostředí. 7 (1): 102–110. doi:10.1111/1758-2229.12194. PMID  25870878.
  11. ^ A b Hardoim PR, Andreote FD, Reinhold-Hurek B, Sessitsch A, van Overbeek LS, van Elsas JD (červenec 2011). „Bakterie spojené s kořenem rýže: pohledy do struktur komunit na 10 kultivarech“. Ekologie mikrobiologie FEMS. 77 (1): 154–64. doi:10.1111 / j.1574-6941.2011.01092.x. PMC  4339037. PMID  21426364.
  12. ^ A b Egerton-Warburton, Louise M .; Johnson, Nancy Collins; Allen, Edith B. (listopad 2007). „Mykorhizní dynamika komunity po oplodnění dusíkem: mezisíťový test na pěti pastvinách“. Ekologické monografie. 77 (4): 527–44. doi:10.1890/06-1772.1. JSTOR  27646105.
  13. ^ A b Tedersoo L, Bahram M, Toots M, Diédhiou AG, Henkel TW, Kjøller R, Morris MH, Nara K, Nouhra E, Peay KG, Põlme S, Ryberg M, Smith ME, Kõljalg U (září 2012). „Směrem ke globálním vzorcům v rozmanitosti a struktuře komunity ektomykorhizních hub“. Molekulární ekologie. 21 (17): 4160–70. doi:10.1111 / j.1365-294X.2012.05602.x. PMID  22568722.
  14. ^ A b van der Heijden MG, Bardgett RD, van Straalen NM (březen 2008). „Neviditelná většina: půdní mikroby jako hnací síly rozmanitosti a produktivity rostlin v suchozemských ekosystémech“. Ekologie Dopisy. 11 (3): 296–310. doi:10.1111 / j.1461-0248.2007.01139.x. PMID  18047587.
  15. ^ Marschner P, Crowley D, Rengel Z (2011). „Interakce rhizosféry mezi mikroorganismy a rostlinami ovlivňují získávání železa a fosforu podél kořenové osy - model a metody výzkumu“. Půdní biologie a biochemie. 43 (5): 883–94. doi:10.1016 / j.soilbio.2011.01.005.
  16. ^ Green LE, Porras-Alfaro A, Sinsabaugh RL (září 2008). „Translokace dusíku a uhlíku integruje produkci biotické kůry a trávy na pouštních pastvinách“. Journal of Ecology. 96 (5): 1076–85. doi:10.1111 / j.1365-2745.2008.01388.x. JSTOR  20143553.
  17. ^ Lugtenberg B, Kamilova F (2009). "Rhizobakterie podporující růst rostlin". Výroční přehled mikrobiologie. 63: 541–56. doi:10.1146 / annurev.micro.62.081307.162918. PMID  19575558.
  18. ^ Západka, Garrick C.M. (1993). "Fyziologické interakce endofytických hub a jejich hostitelů. Tolerance biotického stresu dodávaná travám endofyty". Zemědělství, ekosystémy a životní prostředí. 44 (1–4): 143–56. doi:10.1016 / 0167-8809 (93) 90043-O.
  19. ^ Rodriguez R, Redman R (2008). „Více než 400 milionů let evoluce a některé rostliny to samy nezvládnou: tolerance rostlinného stresu prostřednictvím houbové symbiózy“. Journal of Experimental Botany. 59 (5): 1109–14. doi:10.1093 / jxb / erm342. PMID  18267941.
  20. ^ Lau JA, Lennon JT (říjen 2011). „Evoluční ekologie interakcí rostlin a mikrobů: půdní mikrobiální struktura mění výběr na vlastnostech rostlin“. Nový fytolog. 192 (1): 215–24. doi:10.1111 / j.1469-8137.2011.03790.x. PMID  21658184.
  21. ^ Porras-Alfaro A, Bayman P (2011). "Skryté houby, vznikající vlastnosti: endofyty a mikrobiomy". Roční přehled fytopatologie. 49: 291–315. doi:10.1146 / annurev-phyto-080508-081831. PMID  19400639. S2CID  12770904.
  22. ^ Doornbos RF, van Loon LC, Bakker PA (2011). „Dopad kořenových exsudátů a signalizace obrany rostlin na bakteriální komunity v rhizosféře. Recenze“ (PDF). Agronomie pro udržitelný rozvoj. 32 (1): 227–43. doi:10.1007 / s13593-011-0028-r. S2CID  26283073.
  23. ^ Bakker AH, Doornbos RF, Zamioudis C, Berendsen RL, Pieterse CM (2013). „Indukovaná systémová rezistence a mikrobiom rhizosféry“. The Plant Pathology Journal. 29 (2): 136–43. doi:10.5423 / PPJ.SI.07.2012.0111. PMC  4174772. PMID  25288940.
  24. ^ Packer A, Clay K (březen 2000). „Půdní patogeny a prostorové vzorce úmrtnosti sazenic u mírného stromu“. Příroda. 404 (6775): 278–81. Bibcode:2000Natur.404..278P. doi:10.1038/35005072. PMID  10749209. S2CID  23292138.
  25. ^ Smith SE, Read DJ (1996). Mykorhizní symbióza (2. vyd.). New York, NY: Academic Press. ISBN  978-0-08-053719-1.[stránka potřebná ]
  26. ^ A b Zeilinger S, Gupta VK, Dahms TE, Silva RN, Singh HB, Upadhyay RS, Gomes EV, Tsui CK, Nayak SC (březen 2016). „Přátelé nebo nepřátelé? Nové poznatky o interakcích hub s rostlinami“. Recenze mikrobiologie FEMS. 40 (2): 182–207. doi:10.1093 / femsre / fuv045. PMC  4778271. PMID  26591004.
  27. ^ Jumpponen A, Trappe JM (říjen 1998). „Dark Septate Endophytes: A Review of Facultative Biotrophic Root-Colonizing Fungi“. Nový fytolog. 140 (2): 295–310. doi:10.1046 / j.1469-8137.1998.00265.x. JSTOR  2588371.
  28. ^ Downie JA (březen 2010). „Role extracelulárních proteinů, polysacharidů a signálů v interakcích rhizobie s kořeny luštěnin“. Recenze mikrobiologie FEMS. 34 (2): 150–70. doi:10.1111 / j.1574-6976.2009.00205.x. PMID  20070373.
  29. ^ A b C d Wheatley RM, Poole PS (červenec 2018). "Mechanismy bakteriálního připojení ke kořenům". Recenze mikrobiologie FEMS. 42 (4): 448–461. doi:10.1093 / femsre / fuy014. PMID  29672765.
  30. ^ Udvardi M, Poole PS (2013-04-29). "Transport a metabolismus v luštěninových a rizobiových symbiózách". Roční přehled biologie rostlin. 64 (1): 781–805. doi:10.1146 / annurev-arplant-050312-120235. PMID  23451778.
  31. ^ Steenhoudt O, Vanderleyden J (říjen 2000). „Azospirillum, volně žijící bakterie vázající dusík úzce spojená s trávami: genetické, biochemické a ekologické aspekty“. Recenze mikrobiologie FEMS. 24 (4): 487–506. doi:10.1111 / j.1574-6976.2000.tb00552.x. PMID  10978548.
  32. ^ A b C d E F Moissl-Eichinger, Christine; Pausan, Manuela; Taffner, Julian; Berg, Gabriele; Bang, Corinna; Schmitz, Ruth A. (2017-08-18). "Archaea jsou interaktivní součásti komplexních mikrobiomů". Trendy v mikrobiologii. 26 (1): 70–85. doi:10.1016 / j.tim.2017.07.004. ISSN  0966-842X. PMID  28826642.
  33. ^ A b Chelius, M. K.; Triplett, E.W. (2001-02-23). „Rozmanitost archaeí a bakterií ve spojení s kořeny Zea mays L.“ Mikrobiální ekologie. 41 (3): 252–263. doi:10,1007 / s002480000087. ISSN  0095-3628. PMID  11391463. S2CID  20069511.
  34. ^ A b Prudence, Samuel M.M .; Worsley, Sarah; Balis, Lucas; Murrell, J. Colin; Lehtovirta-Morley, Laura; Hutchings, Matthew L. (01.03.2019). "Roa-associated archaea: vyšetřování výklenku obsazeného amoniakem oxidujícím archaea v mikrobiomu kořene pšenice". Přístup k mikrobiologii. 1 (1A). doi:10.1099 / acmi.ac2019.po0112. ISSN  2516-8290.
  35. ^ Leininger, S .; Urich, T .; Schloter, M .; Schwark, L .; Qi, J .; Nicol, G. W .; Prosser, J. I .; Schuster, S. C .; Schleper, C. (2006-08-17). „Archaea převládají mezi prokaryoty oxidujícími amoniak v půdě“. Příroda. 442 (7104): 806–809. Bibcode:2006 Natur.442..806L. doi:10.1038 / nature04983. ISSN  0028-0836. PMID  16915287. S2CID  4380804.
  36. ^ A b C d Taffner, Julian; Erlacher, Armin; Bragina, Anastasia; Berg, Christian; Moissl-Eichinger, Christine; Berg, Gabriele (09.05.2018). „Jaká je role Archea v rostlinách? Nové poznatky z vegetace alpských bažin“. mSphere. 3 (3). doi:10.1128 / msphere.00122-18. ISSN  2379-5042. PMC  5956146. PMID  29743201.
  37. ^ Pump, Judith; Pratscher, Jennifer; Conrad, Ralf (2015-01-27). „Kolonizace kořenů rýže methanogenní archouou řídí emisi metanu z fotosyntézy“. Mikrobiologie prostředí. 17 (7): 2254–2260. doi:10.1111/1462-2920.12675. ISSN  1462-2912. PMID  25367104.
  38. ^ A b Wang, Haitao; Su, Jianqiang; Zheng, Tianling; Yang, Xiaoru (04.02.2015). „Pohledy na roli rostliny v bakteriích a oxidech amoniaku v mangrovových ekosystémech“. Journal of Půdy a sedimenty. 15 (5): 1212–1223. doi:10.1007 / s11368-015-1074-x. ISSN  1439-0108. S2CID  84753901.
  39. ^ Herrmann, M .; Saunders, A. M .; Schramm, A. (2008-03-14). „Archaea dominuje komunitě oxidující amoniak v rhizosféře sladkovodního makrofytu Littorella uniflora“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 74 (10): 3279–3283. doi:10.1128 / aem.02802-07. ISSN  0099-2240. PMC  2394948. PMID  18344332.
  40. ^ A b C Liu, Yin; Li, Hong; Liu, Qun Fang; Li, Yan Hong (05.03.2015). „Archeální společenství spojená s kořeny rákosu obecného (Phragmites australis) v pekingské mokřadě Cuihu“. World Journal of Microbiology and Biotechnology. 31 (5): 823–832. doi:10.1007 / s11274-015-1836-z. ISSN  0959-3993. PMID  25739566. S2CID  19039050.
  41. ^ Chen, Xue-Ping; Zhu, Yong-Guan; Xia, Yue; Shen, Ju-Pei; On, Ji-Zheng (2008-07-08). „Archaea oxidující amoniak: důležití hráči v půdě neloupané rhizosféry?“. Mikrobiologie prostředí. 10 (8): 1978–1987. doi:10.1111 / j.1462-2920.2008.01613.x. ISSN  1462-2912. PMID  18430011.
  42. ^ A b Ke, Xiubin; Lu, Yahai; Conrad, Ralf (2013-08-28). „Odlišné chování mikrokosmů rýžového pole methanogenních archaeí a thaumarchaeotainů“. Ekologie mikrobiologie FEMS. 87 (1): 18–29. doi:10.1111/1574-6941.12188. ISSN  0168-6496. PMID  23909555.
  43. ^ A b Song, Geun Cheol; Im, Hyunjoo; Jung, Jihye; Lee, Soohyun; Jung, Man-Young; Rhee, Sung-Keun; Ryu, Choong ‐ Min (2019-01-21). „Spouštění archyou podporující růst rostlin vyvolalo systémovou rezistenci Arabidopsis thaliana proti Pectobacterium carotovorum a Pseudomonas syringae“. Mikrobiologie prostředí. 21 (3): 940–948. doi:10.1111/1462-2920.14486. ISSN  1462-2912. PMID  30461142. S2CID  53944018.
  44. ^ Cheung, Man Kit; Wong, Chong Kim; Chu, Ka Hou; Kwan, Hoi Shan (2018-09-26). „Struktura komunity, dynamika a interakce bakterií, archaeí a hub v subtropických pobřežních mokřadních sedimentech“. Vědecké zprávy. 8 (1): 14397. Bibcode:2018NatSR ... 814397C. doi:10.1038 / s41598-018-32529-5. ISSN  2045-2322. PMC  6158284. PMID  30258074.
  45. ^ Cadillo-Quiroz, Hinsby; Yavitt, Joseph B .; Zinder, Stephen H .; Thies, Janice E. (2009-12-22). „Diversity and Community Structure of Archaea inhhiting the Rhizoplane of two Contrasting Plants from an Acidic Bog“. Mikrobiální ekologie. 59 (4): 757–767. doi:10.1007 / s00248-009-9628-3. ISSN  0095-3628. PMID  20024684. S2CID  22134029.
  46. ^ A b Marschner P, Yang CH, Lieberei R, Crowley DE (2001). "Půdy a rostliny specifické účinky na složení bakteriálních komunit v rhizosféře". Půdní biologie a biochemie. 33 (11): 1437–45. doi:10.1016 / S0038-0717 (01) 00052-9.
  47. ^ Broeckling CD, Broz AK, Bergelson J, Manter DK, Vivanco JM (únor 2008). „Kořenové exsudáty regulují složení a rozmanitost společenstev houbových půd“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 74 (3): 738–44. doi:10.1128 / AEM.02188-07. PMC  2227741. PMID  18083870.
  48. ^ Bogar LM, Kennedy PG (březen 2013). „Nové vrásky ve starém paradigmatu: sousedské efekty mohou změnit strukturu a specifičnost ektomykorhizních houbových komunit spojených s Alnusem“. Ekologie mikrobiologie FEMS. 83 (3): 767–77. doi:10.1111/1574-6941.12032. PMID  23078526.
  49. ^ Meinhardt KA, Gehring CA (březen 2012). „Narušení mykorhizních vzájemných vztahů: potenciální mechanismus, kterým exotický tamarišek překonává nativní topol“. Ekologické aplikace. 22 (2): 532–49. doi:10.1890/11-1247.1. PMID  22611852.