DDB1 - DDB1
Protein vázající poškození DNA 1 je protein že u lidí je kódován DDB1 gen.[5][6][7]
Gen
Pozice genu je na chromozomu 11q12-q13.[8]
Protein
Gen DDB1 kóduje velkou podjednotku Protein vázající poškození DNA, a heterodimer složený z velkého a malého (DDB2 ) podjednotka. DDB1 obsahuje 1140 aminokyselin v celkové hmotnosti 127 kDa.[8]
Funkce
Jak naznačuje jeho název, DDB1 byl původně zapojen do procesu specifického typu opravy DNA známého jako oprava nukleotidové excize. Od té doby vědci zjistili, že DDB1 funguje primárně jako základní součást CUL4A - a CUL4B - na základě E3 ubikvitin ligáza komplexy. DDB1 slouží jako můstek nebo adaptační protein, který interaguje s desítkami proteinů známých jako faktory spojené s DDB1 a CUL4 (DCAF).[9] Tyto DCAF jsou často ubikvitinová ligáza substráty a regulují řadu základních procesů v buňce, včetně opravy DNA (DDB2), replikace DNA, remodelace chromatinu (Cdt2 ) a více.
Interakce
DDB1 bylo prokázáno komunikovat s Homolog transkripčního iniciačního proteinu SPT3,[10] GCN5L2,[11] DDB2,[12][13] CUL4A,[13] CUL4B[13] a P21.[14]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000167986 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024740 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Dualan R, Brody T, Keeney S, Nichols AF, Admon A, Linn S (únor 1996). „Chromozomální lokalizace a klonování cDNA genů (DDB1 a DDB2) pro podjednotky p127 a p48 lidského DNA vázajícího protein specifického poškození“. Genomika. 29 (1): 62–9. doi:10.1006 / geno.1995.1215. PMID 8530102.
- ^ Seki N, Hayashi A, Hattori A, Kozuma S, Sasaki M, Suzuki Y, Sugano S, Muramatsu M, Saito T (leden 2000). „cDNA klonování, tkáňová exprese a chromozomální přiřazení myšího genu, kódující 127 kDa UV-poškozený protein vázající DNA, který je defektní v XPE buňkách“. DNA Res. 6 (5): 319–22. doi:10.1093 / dnares / 6.5.319. PMID 10574459.
- ^ „Entrez Gene: DDB1 damage-specific DNA binding protein 1, 127kDa“.
- ^ A b Iovine, Barbara; Iannella, Maria Luigia; Bevilacqua, Maria Assunta (2011). „Poškození specifického proteinu vázajícího DNA 1 (DDB1): protein se širokou škálou funkcí“. International Journal of Biochemistry & Cell Biology. Elsevier. 43 (12): 1664–1667. doi:10.1016 / j.biocel.2011.09.001. PMID 21959250.
- ^ Lee J (2007). „DCAF, chybějící článek ubikvitin ligázy CUL4-DDB1“. Molekulární buňka. 26 (6): 775–780. doi:10.1016 / j.molcel.2007.06.001. PMID 17588513.
- ^ Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (říjen 2001). „Lidský komplex STAGA je transkripční koaktivátor acetylující chromatin, který interaguje s sestřihem pre-mRNA a faktory vázajícími poškození DNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6782–95. doi:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863.
- ^ Huang J, Chen J (červenec 2008). „VprBP cílí Merlin na ligasový komplex Roc1-Cul4A-DDB1 E3 kvůli degradaci“. Onkogen. 27 (29): 4056–64. doi:10.1038 / dne 2008.44. PMID 18332868.
- ^ Bergametti F, Sitterlin D, Transy C (červenec 2002). „Obrat proteinu X viru hepatitidy B je regulován poškozeným komplexem vázajícím DNA“. J. Virol. 76 (13): 6495–501. doi:10.1128 / JVI.76.13.6495-6501.2002. PMC 136256. PMID 12050362.
- ^ A b C Guerrero-Santoro J, Kapetanaki MG, Hsieh CL, Gorbachinsky I, Levine AS, Rapić-Otrin V (červenec 2008). „Cullin 4B na bázi UV poškození DNA vazebné proteinové ligázy se váže na UV poškozený chromatin a ubikvitinuje histon H2A“. Cancer Res. 68 (13): 5014–22. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-07-6162. PMID 18593899.
- ^ Abbas T, Sivaprasad U, Terai K, Amador V, Pagano M, Dutta A (září 2008). „PCNA-závislá regulace ubikvitilace a degradace p21 prostřednictvím ubikvitinového komplexu CRL4Cdt2“. Genes Dev. 22 (18): 2496–506. doi:10.1101 / gad.1676108. PMC 2546691. PMID 18794347.
Další čtení
- Chu G, Chang E (1988). „Xeroderma pigmentosum skupina E buňkám chybí jaderný faktor, který se váže na poškozenou DNA“. Věda. 242 (4878): 564–7. doi:10.1126 / science.3175673. PMID 3175673.
- Lee TH, Elledge SJ, Butel JS (1995). „Protein X viru hepatitidy B interaguje s pravděpodobným proteinem pro opravu buněčné DNA“. J. Virol. 69 (2): 1107–14. doi:10.1128 / JVI.69.2.1107-1114.1995. PMC 188683. PMID 7815490.
- Keeney S, Eker AP, Brody T a kol. (1994). „Oprava defektu opravy DNA u skupiny E xeroderma pigmentosum injekcí proteinu vázajícího poškození DNA“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (9): 4053–6. doi:10.1073 / pnas.91.9.4053. PMC 43721. PMID 8171034.
- Keeney S, Chang GJ, Linn S (1993). „Charakterizace lidského proteinu vázajícího poškození DNA podílejícího se na xeroderma pigmentosum E.“. J. Biol. Chem. 268 (28): 21293–300. PMID 8407967.
- Hwang BJ, Liao JC, Chu G (1996). „Izolace cDNA kódující vazebný faktor DNA poškozený UV zářením je vadný v buňkách skupiny X xeroderma pigmentosum“. Mutat. Res. 362 (1): 105–17. doi:10.1016/0921-8777(95)00040-2. PMID 8538642.
- Nichols AF, Ong P, Linn S (1996). „Mutace specifické pro skupinu X xododerma pigmentosum E Ddb- fenotyp“. J. Biol. Chem. 271 (40): 24317–20. doi:10.1074 / jbc.271.40.24317. PMID 8798680.
- Liu W, Nichols AF, Graham JA a kol. (2000). „Jaderný transport lidského proteinu DDB indukovaný ultrafialovým světlem“. J. Biol. Chem. 275 (28): 21429–34. doi:10,1074 / jbc.M000961200. PMID 10777491.
- Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, et al. (2001). „Lidský komplex STAGA je transkripční koaktivátor acetylující chromatin, který interaguje s sestřihem pre-mRNA a faktory vázajícími poškození DNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6782–95. doi:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863.
- Chen X, Zhang Y, Douglas L, Zhou P (2002). „Proteiny vázající DNA poškozené UV zářením jsou terčem ubikvitinace a degradace zprostředkované CUL-4A.“. J. Biol. Chem. 276 (51): 48175–82. doi:10,1074 / jbc.M106808200. PMID 11673459.
- Rapić-Otrin V, McLenigan MP, Bisi DC a kol. (2002). „Sekvenční vazba vazebného faktoru poškození DNA UV a degradace podjednotky p48 v počátečních fázích po ozáření UV zářením“. Nucleic Acids Res. 30 (11): 2588–98. doi:10.1093 / nar / 30.11.2588. PMC 117178. PMID 12034848.
- Bergametti F, Sitterlin D, Transy C (2002). „Obrat proteinu X viru hepatitidy B je regulován poškozeným komplexem vázajícím DNA“. J. Virol. 76 (13): 6495–501. doi:10.1128 / JVI.76.13.6495-6501.2002. PMC 136256. PMID 12050362.
- Bontron S, Lin-Marq N, Strubin M (2002). „Protein X viru hepatitidy B spojený s UV-DDB1 indukuje buněčnou smrt v jádře a je funkčně antagonizován UV-DDB2“. J. Biol. Chem. 277 (41): 38847–54. doi:10,1074 / jbc.M205722200. PMID 12151405.
- Andrejeva J, Poole E, Young DF a kol. (2002). „Podjednotka p127 (DDB1) vazebného proteinu pro opravu poškození UV-DNA je nezbytná pro cílenou degradaci STAT1 V proteinem opičího viru paramyxoviru 5“. J. Virol. 76 (22): 11379–86. doi:10.1128 / JVI.76.22.11379-11386.2002. PMC 136798. PMID 12388698.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Groisman R, Polanowska J, Kuraoka I a kol. (2003). „Aktivita ubikvitinové ligázy v komplexech DDB2 a CSA je odlišně regulována signalosomem COP9 v reakci na poškození DNA“. Buňka. 113 (3): 357–67. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00316-7. PMID 12732143. S2CID 11639677.
- Leupin O, Bontron S, Strubin M (2003). „Protein X viru hepatitidy B a opičí virus 5 V vykazují podobné vazebné vlastnosti UV-DDB1 pro zprostředkování odlišných aktivit.“. J. Virol. 77 (11): 6274–83. doi:10.1128 / JVI.77.11.6274-6283.2003. PMC 154990. PMID 12743284.
- Wertz IE, O'Rourke KM, Zhang Z a kol. (2004). „Human De-etiolated-1 reguluje c-Jun sestavením ubikvitinové ligázy CUL4A“ (PDF). Věda. 303 (5662): 1371–4. doi:10.1126 / science.1093549. PMID 14739464. S2CID 40501515.
- Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H a kol. (2004). "Fyzická a funkční mapa lidské signální transdukční dráhy TNF-alfa / NF-kappa B". Nat. Cell Biol. 6 (2): 97–105. doi:10.1038 / ncb1086. PMID 14743216. S2CID 11683986.
Galerie PDB | |
|---|---|
|
