RAD23A - RAD23A

RAD23A
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1DV0, 1F4I, 1IFY, 1OQY, 1P98, 1P9D, 1QZE, 1TP4, 2 týdny
Identifikátory
Aliasy	RAD23A, HHR23A, HR23A, RAD23 homolog A, nukleotidový excizní opravný protein
Externí ID	OMIM: 600061 MGI: 105126 HomoloGene: 48322 Genové karty: RAD23A
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 19 (lidský)
Konec	12,953,642 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	84,840,665 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• jednořetězcová vazba DNA; • vazba na proteázu specifickou pro ubikvitin; • poškozená vazba DNA; • vázání proteinu závislé na modifikaci polyubikvitinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kinázy; • vazba ubikvitinu; • vazba proteazomu;
Buněčná složka	• komplex proteazomu; • nukleoplazma; • organizační centrum mikrotubulů; • cytosol; • buněčné jádro; • cytoplazma; • intracelulární membránou vázaná organela; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• oprava nukleotidovou excizí; • pozitivní regulace replikace virového genomu; • GO: virový proces 0022415; • Oprava DNA; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • proteazomem zprostředkovaný katabolický proces proteinu závislý na ubikvitinu; • regulace proteazomálního ubikvitin-dependentního proteinu katabolického procesu; • deubikvitinace bílkovin; • destabilizace bílkovin; • pozitivní regulace katabolického procesu proteinu závislého na proteinu závislém na ubikvitinu; • pozitivní regulace buněčného cyklu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5886
	19358
	ENSG00000179262
	ENSMUSG00000003813
	P54725
	P54726
	NM_001270362; NM_001270363; NM_005053
NM_001297606; NM_001297607; NM_009010; NM_001378894; NM_001378895;
	NM_001378896
	NP_001257291; NP_001257292; NP_005044
NP_001284535; NP_001284536; NP_033036; NP_001365823; NP_001365824;
	NP_001365825
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

UV excizní opravný protein RAD23 homolog A je protein že u lidí je kódován RAD23A gen.^[5]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je jedním ze dvou lidských homologů Saccharomyces cerevisiae Rad23, protein zapojený do oprava nukleotidové excize (NER). Ukázalo se, že tento protein interaguje s a zvyšuje aktivitu nukleotidové excize 3-methyladenin-DNA glykosyláza (MPG), který navrhl roli v rozpoznávání poškození DNA v oprava základní excize. Tento protein obsahuje N-terminál ubikvitinovou doménou, o které se uvádí, že s ní interaguje 26S proteazom, stejně jako s ubikvitinovou proteinovou ligázou E6AP, a tedy naznačuje, že tento protein může být zapojen do proteolytické dráhy zprostředkované ubikvitinem v buňkách.^[6]

Interakce

RAD23A bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000179262 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000003813 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ van der Spek PJ, Smit EM, Beverloo HB, Sugasawa K, Masutani C, Hanaoka F, Hoeijmakers JH, Hagemeijer A (březen 1995). „Chromozomální lokalizace tří opravných genů: gen C xeroderma pigmentosum a dva lidské homology kvasinek RAD23“. Genomika. 23 (3): 651–658. doi:10.1006 / geno.1994.1554. PMID 7851894.
^ „Entrez Gene: RAD23A RAD23 homolog A (S. cerevisiae)“.
^ Wang G, Sawai N, Kotliarova S, Kanazawa I, Nukina N (červenec 2000). „Ataxin-3, produkt genu MJD1, interaguje se dvěma lidskými homology kvasinkového opravného proteinu DNA RAD23, HHR23A a HHR23B“. Hučení. Mol. Genet. 9 (12): 1795–803. doi:10,1093 / hmg / 9.12.1795. PMID 10915768.
^ Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T, Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (září 1999). "Interakce hHR23 s S5a. Ubiquitinová doména hHR23 zprostředkovává interakci s podjednotkou S5a proteasomu 26 S". J. Biol. Chem. 274 (39): 28019–25. doi:10.1074 / jbc.274.39.28019. PMID 10488153.
^ Mueller TD, Feigon J (září 2003). „Strukturní determinanty pro vazbu domén podobných ubikvitinu na proteazom“. EMBO J.. 22 (18): 4634–45. doi:10.1093 / emboj / cdg467. PMC 212733. PMID 12970176.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

Další čtení

Eichbaum QG, Beatty DW, Parker MI (1994). "Identifikace srdečních autoantigenů v knihovnách cDNA lidského srdce pomocí sér akutní revmatické horečky". J. Autoimmun. 7 (2): 243–261. doi:10.1006 / jaut.1994.1019. PMID 8037842.
Masutani C, Sugasawa K, Yanagisawa J, Sonoyama T, Ui M, Enomoto T, Takio K, Tanaka K, van der Spek PJ, Bootsma D (1994). „Čištění a klonování opravného komplexu nukleotidové excize zahrnující protein skupiny C xeroderma pigmentosum a lidský homolog kvasinek RAD23“. EMBO J.. 13 (8): 1831–43. doi:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06452.x. PMC 395023. PMID 8168482.
van der Spek PJ, Eker A, Rademakers S, Visser C, Sugasawa K, Masutani C, Hanaoka F, Bootsma D, Hoeijmakers JH (1996). „XPC a lidské homology RAD23: intracelulární lokalizace a vztah k jiným komplexům pro opravu excize nukleotidů“. Nucleic Acids Res. 24 (13): 2551–2559. doi:10.1093 / nar / 24.13.2551. PMC 145966. PMID 8692695.
van der Spek PJ, Visser CE, Hanaoka F, Smit B, Hagemeijer A, Bootsma D, Hoeijmakers JH (1996). „Klonování, srovnávací mapování a RNA exprese myších homologů Saccharomyces cerevisiae nukleotidového exkrečního opravného genu RAD23“. Genomika. 31 (1): 20–27. doi:10.1006 / geno.1996.0004. hdl:1765/3097. PMID 8808275.
Li L, Lu X, Peterson C, Legerski R (1997). „XPC interaguje s HHR23B i HHR23A in vivo“. Mutat. Res. 383 (3): 197–203. doi:10.1016 / s0921-8777 (97) 00002-5. PMID 9164480.
Withers-Ward ES, Jowett JB, Stewart SA, Xie YM, Garfinkel A, Shibagaki Y, Chow SA, Shah N, Hanaoka F, Sawitz DG, Armstrong RW, Souza LM, Chen IS (1997). „Virus lidské imunodeficience typu 1 Vpr interaguje s HHR23A, buněčným proteinem zapojeným do opravy DNA excizí nukleotidů“. J. Virol. 71 (12): 9732–42. doi:10.1128 / JVI.71.12.9732-9742.1997. PMC 230283. PMID 9371639.
Schauber C, Chen L, Tongaonkar P, Vega I, Lambertson D, Potts W, Madura K (1998). "Rad23 spojuje opravu DNA s cestou ubikvitinu / proteazomu". Příroda. 391 (6668): 715–718. doi:10.1038/35661. PMID 9490418. S2CID 4417020.
Gragerov A, Kino T, Ilyina-Gragerova G, Chrousos GP, Pavlakis GN (1998). „HHR23A, lidský homolog proteinu pro opravu kvasinek RAD23, interaguje specificky s proteinem Vpr a zabraňuje zastavení buněčného cyklu, ale ne transkripčním účinkům Vpr.“ Virologie. 245 (2): 323–330. doi:10.1006 / viro.1998.9138. PMID 9636371.
Dieckmann T, Withers-Ward ES, Jarosinski MA, Liu CF, Chen IS, Feigon J (1998). "Struktura lidské DNA opravného proteinu UBA domény, která interaguje s HIV-1 Vpr". Nat. Struct. Biol. 5 (12): 1042–1047. doi:10.1038/4220. PMID 9846873. S2CID 30478711.
Kumar S, Talis AL, Howley PM (1999). „Identifikace HHR23A jako substrátu pro ubikvitinaci zprostředkovanou proteinem spojenou s E6“. J. Biol. Chem. 274 (26): 18785–18792. doi:10.1074 / jbc.274.26.18785. PMID 10373495.
Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T, Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (1999). "Interakce hHR23 s S5a. Ubiquitinová doména hHR23 zprostředkovává interakci s podjednotkou S5a proteasomu 26 S". J. Biol. Chem. 274 (39): 28019–28025. doi:10.1074 / jbc.274.39.28019. PMID 10488153.
Miao F, Bouziane M, Dammann R, Masutani C, Hanaoka F, Pfeifer G, O'Connor TR (2000). „3-Methyladenin-DNA glykosyláza (MPG protein) interaguje s lidskými proteiny RAD23“. J. Biol. Chem. 275 (37): 28433–28438. doi:10,1074 / jbc.M001064200. PMID 10854423.
Wang G, Sawai N, Kotliarova S, Kanazawa I, Nukina N (2000). „Ataxin-3, produkt genu MJD1, interaguje se dvěma lidskými homology kvasinkového opravného proteinu DNA RAD23, HHR23A a HHR23B“. Hučení. Mol. Genet. 9 (12): 1795–1803. doi:10,1093 / hmg / 9.12.1795. PMID 10915768.
Withers-Ward ES, Mueller TD, Chen IS, Feigon J (2001). „Biochemická a strukturní analýza interakce mezi doménou UBA (2) proteinu pro opravu DNA HHR23A a HIV-1 Vpr“. Biochemie. 39 (46): 14103–14112. doi:10.1021 / bi0017071. PMID 11087358.
Zhu Q, Wani G, Wani MA, Wani AA (2001). „Lidský homolog kvasinkového proteinu Rad23 proteinu A interaguje s proteinem vázajícím se na p300 / cyklickou vazbu AMP (CREB) za účelem regulace transkripční aktivity p53.“ Cancer Res. 61 (1): 64–70. PMID 11196199.
Mansky LM, Preveral S, Le Rouzic E, Bernard LC, Selig L, Depienne C, Benarous R, Benichou S (2001). „Interakce Vpr viru lidské imunodeficience typu 1 Vpr s HHR23A DNA opravným proteinem nekoreluje s více biologickými funkcemi Vpr“. Virologie. 282 (1): 176–185. doi:10.1006 / viro.2000.0791. PMID 11259200.
Gaynor EM, Chen IS (2001). „Analýza apoptózy vyvolané HIV-1 Vpr a vyšetření možné role proteinu hHR23A“. Exp. Cell Res. 267 (2): 243–257. doi:10.1006 / excr.2001.5247. PMID 11426943.
Chen L, Shinde U, Ortolan TG, Madura K (2002). „Domény spojené s ubikvitinem (UBA) v Rad23 váží ubikvitin a podporují inhibici sestavy řetězce více ubikvitinů“. EMBO Rep. 2 (10): 933–938. doi:10.1093 / embo-reports / kve203. PMC 1084081. PMID 11571271.
Elder RT, Song XQ, Chen M, Hopkins KM, Lieberman HB, Zhao Y (2002). „Zapojení rhp23, homologu Schizosaccharomyces pombe lidského HHR23A a Saccharomyces cerevisiae RAD23 genů pro exkreční opravu excize, do kontroly buněčného cyklu a ubikvitinace proteinu“. Nucleic Acids Res. 30 (2): 581–591. doi:10.1093 / nar / 30.2.581. PMC 99819. PMID 11788722.

Tento článek o gen na lidský chromozom 19 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000179262 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000003813 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7851894-5] van der Spek PJ, Smit EM, Beverloo HB, Sugasawa K, Masutani C, Hanaoka F, Hoeijmakers JH, Hagemeijer A (březen 1995). „Chromozomální lokalizace tří opravných genů: gen C xeroderma pigmentosum a dva lidské homology kvasinek RAD23“. Genomika. 23 (3): 651–658. doi:10.1006 / geno.1994.1554. PMID 7851894.

[entrez-6] „Entrez Gene: RAD23A RAD23 homolog A (S. cerevisiae)“.

[pmid10915768-7] Wang G, Sawai N, Kotliarova S, Kanazawa I, Nukina N (červenec 2000). „Ataxin-3, produkt genu MJD1, interaguje se dvěma lidskými homology kvasinkového opravného proteinu DNA RAD23, HHR23A a HHR23B“. Hučení. Mol. Genet. 9 (12): 1795–803. doi:10,1093 / hmg / 9.12.1795. PMID 10915768.

[pmid10488153-8] Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T, Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (září 1999). "Interakce hHR23 s S5a. Ubiquitinová doména hHR23 zprostředkovává interakci s podjednotkou S5a proteasomu 26 S". J. Biol. Chem. 274 (39): 28019–25. doi:10.1074 / jbc.274.39.28019. PMID 10488153.

[pmid12970176-9] Mueller TD, Feigon J (září 2003). „Strukturní determinanty pro vazbu domén podobných ubikvitinu na proteazom“. EMBO J.. 22 (18): 4634–45. doi:10.1093 / emboj / cdg467. PMC 212733. PMID 12970176.

[pmid16189514-10] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

Oprava DNA
Oprava excize	Oprava základní excize /Stránka AP DNA glykosyláza Uracil-DNA glykosyláza Poly ADP ribóza polymeráza Oprava nukleotidové excize /ERCC XPA XPB XPC XPD / ERCC2 XPE / DDB1 XPF / DDB1 XPG / ERCC5 ERCC1 RPA RAD23A RAD23B Excinuclease Oprava nesouladu DNA MLH1 MSH2
Jiné formy opravy	Oprava spojená s transkripcí ERCC6 ERCC8 Homologie řízená oprava Nehomologní spojování konců Ku Mikrohomologie zprostředkované spojování konců Postreplikační oprava Fotolyase CRY1 CRY2
Jiné / neseskupené bílkoviny	Ogt PcrA Jaderný antigen proliferujících buněk Homologní rekombinace RecA /RAD51 Sgs1 Slx4
Nařízení	SOS box SOS odpověď
Ostatní / seskupení	8-oxoguanin Adaptivní reakce Kontrolní bod meiotické rekombinace Cesta RecF DNA helikáza: BLM WRN FANC proteiny: komplex proteinů jádra FANCA FANCB FANCC FANCE FANCF FANCG FANCL FANCM FANCD1 FANCD2 FANCI FANCJ FANCN