SOS box - SOS box
SOS box je region v promotér různých geny ke kterému LexA represor se váže k potlačení transkripce proteinů indukovaných SOS. K tomu dochází při absenci Poškození DNA. V přítomnosti DNA poškození vazby LexA je deaktivován RecA aktivátor. SOS boxy se liší sekvencemi DNA a vazebnou afinitou k LexA z organismu na organismus.[1] Kromě toho mohou být SOS boxy přítomny dvojím způsobem, což naznačuje, že více než jeden SOS box může být ve stejném promotér.[2]
Příklady
| Fylogenetický clade | Sekvence | Odkaz |
|---|---|---|
| Alfa proteobakterie | GAAC (N)7GAAC GTTC (N)7GTTC | [3][4] |
| Betaproteobakterie Gammaproteobakterie | CTGT (N)8ACAG | [5] |
| Deltaproteobakterie | CTRHAMRYBYGTTCAGS | [6] |
| Grampozitivní bakterie | CGAACRNRYGTTYC | [7][8] |
| Sinice | RGTAC (N)3DGTWCB | [9] |
Vidět Nomenklatura nukleových kyselin pro vysvětlení písmen jiných než GATC nukleotidů
Viz také
Reference
- ^ Walker, GC (říjen 1995). "SOS regulované proteiny v syntéze a mutagenezi translesionové DNA". Trendy v biochemických vědách. 20 (10): 416–20. doi:10.1016 / s0968-0004 (00) 89091-x. PMID 8533155.
- ^ Gillor, Osnat; Vriezen, Jan A. C .; Riley, Margaret A. (červen 2008). „Role SOS boxů v regulaci enterických bakteriocinů“. Mikrobiologie. 154 (6): 1783–1792. doi:10.1099 / mic.0.2007 / 016139-0. PMC 2729051. PMID 18524933.
- ^ Fernández de Henestrosa AR, Rivera E, Tapias A, Barbé J (červen 1998). "Identifikace Rhodobacter sphaeroides SOS box ". Mol. Microbiol. 28 (5): 991–1003. doi:10.1046 / j.1365-2958.1998.00860.x. PMID 9663685.
- ^ Tapias A, Barbé J (srpen 1999). "Regulace divergentní transkripce z uvrA-ssb promotorů v Sinorhizobium meliloti". Mol. Gen. Genet. 262 (1): 121–30. doi:10,1007 / s004380051066. PMID 10503543.
- ^ Erill I, Escribano M, Campoy S, Barbé J (listopad 2003). „Analýza in silico odhaluje podstatnou variabilitu v obsahu genů gama proteobakterií LexA-regulon“. Bioinformatika. 19 (17): 2225–36. doi:10.1093 / bioinformatika / btg303. PMID 14630651.
- ^ Campoy S, Fontes M, Padmanabhan S, Cortés P, Llagostera M, Barbé J (srpen 2003). „LexA-nezávislá DNA-zprostředkovaná indukce genové exprese v Myxococcus xanthus". Mol. Microbiol. 49 (3): 769–81. doi:10.1046 / j.1365-2958.2003.03592.x. PMID 12864858.
- ^ Winterling KW, Chafin D, Hayes JJ a kol. (15. dubna 1998). „Vazební místo DinR pro Bacillus subtilis: Předefinování konsensuální sekvence“. J. Bacteriol. 180 (8): 2201–11. PMC 107149. PMID 9555905.
- ^ Davis EO, Dullaghan EM, Rand L (červen 2002). „Definice mykobakteriálního SOS boxu a jeho použití k identifikaci genů regulovaných LexA u Mycobacterium tuberculosis“. J. Bacteriol. 184 (12): 3287–95. doi:10.1128 / JB.184.12.3287-3295.2002. PMC 135081. PMID 12029045.
- ^ Mazón G, Lucena JM, Campoy S, Fernández de Henestrosa AR, Candau P, Barbé J (únor 2004). „Vazebné sekvence LexA u grampozitivních a sinic jsou úzce spjaty“. Mol. Genet. Genomika. 271 (1): 40–9. doi:10.1007 / s00438-003-0952-x. PMID 14652736.
- Erill I a kol. (2004). „Rozdíly ve struktuře regulonu LexA mezi proteobakteriemi prostřednictvím komparativní genomiky podporované in vivo“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (22): 6617–26. doi:10.1093 / nar / gkh996. PMC 545464. PMID 15604457.
- Shinagawa H (1996). Odpověď SOS jako adaptivní reakce na poškození DNA u prokaryot. EXS. 77. str. 221–35. doi:10.1007/978-3-0348-9088-5_14. ISBN 978-3-0348-9901-7. PMID 8856977.
 | Tento genetika článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |