FANCF - FANCF

FANCF
Protein FANCF PDB 2iqc.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyFANCF, FAF, komplementární skupina F anémie Fanconi, FA komplementační skupina F
Externí IDOMIM: 613897 MGI: 3689889 HomoloGene: 75185 Genové karty: FANCF
Umístění genu (člověk)
Chromozom 11 (lidský)
Chr.Chromozom 11 (lidský)[1]
Chromozom 11 (lidský)
Genomic location for FANCF
Genomic location for FANCF
Kapela11p14.3Start22,622,533 bp[1]
Konec22,625,823 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE FANCF 218689 at fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

2188

100040608

Ensembl

ENSG00000183161

ENSMUSG00000092118

UniProt

Q9NPI8

E9Q5Z5

RefSeq (mRNA)

NM_022725

NM_001115087

RefSeq (protein)

NP_073562

NP_001108559

Místo (UCSC)Chr 11: 22,62 - 22,63 MbChr 7: 51,86 - 51,86 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Protein skupiny F anémie skupiny Fanconi je protein že u lidí je kódován FANCF gen.[5][6]

Interakce

FANCF bylo prokázáno komunikovat s Fanconiho anémie, komplementační skupina C.,[7][8] FANCG,[7][8][9][10] FANCA[7][8][11] a FANCE.[7][12]

Funkce

FANCF je adaptorový protein, který hraje klíčovou roli ve správném sestavení základního komplexu FA.[7] Komplex FA jádra se skládá z osmi proteinů (FANCA, -B, -C, -E, -F, -G, -L a -M).[13][14] FANCF stabilizuje interakci mezi subkomplexem FANCC / FANCE a subkomplexem FANCA / FANCG a uzamkne celý základní komplex FA v konformaci, která je nezbytná pro výkon jeho funkce při opravě DNA.[7]

Komplex jádra FA je komplex jaderného jádra, který je nezbytný pro monoubikvitaci FANCD2 a tato modifikovaná forma FANCD2 kolokalizuje s BRCA1, RAD51 a PCNA v ohniskách, která také obsahují další proteiny pro opravu DNA.[7] Všechny tyto proteiny fungují společně, aby usnadnily opravu křížové vazby mezi řetězci DNA. Fungují také v dalších procesech opravy poškození DNA, včetně obnovy a stabilizace zastavených replikačních vidlic.[14] Protein FoxF1 také interaguje s jádrem proteinu FA a indukuje jeho vazbu na chromatin za účelem podpory opravy DNA.[14]

Rakovina

Poškození DNA se zdá být primární základní příčinou rakoviny,[15] a nedostatky v expresi genů pro opravu DNA se zdají být základem mnoha forem rakoviny.[16][17] Pokud je oprava DNA nedostatečná, poškození DNA má tendenci se hromadit. Takové nadměrné poškození DNA se může zvýšit mutace kvůli náchylnosti k chybám syntéza překladů. Může se také zvýšit nadměrné poškození DNA epigenetický změny v důsledku chyb během opravy DNA.[18][19] Takové mutace a epigenetické změny mohou vzniknout rakovina.

Snížení exprese genů pro opravu DNA (obvykle způsobené epigenetickými změnami) je u rakoviny velmi časté a je nejčastěji mnohem častější než mutační defekty v genech pro opravu DNA u rakoviny.[Citace je zapotřebí ] (Viz také Frekvence epimutací v DNA opravných genech.)

Methylace promotorové oblasti FANCF gen způsobuje sníženou expresi proteinu FANCF.[20]

Frekvence FANCF methylace promotoru u několika různých druhů rakoviny je uvedena v tabulce.

Četnost FANCF metylace promotoru u sporadických rakovin
RakovinaFrekvenceČj.
Epitelická rakovina vaječníků32%[21]
Karcinom děložního hrdla30%[22]
Rakovina vaječníků21%-28%[20][23]
Spinocelulární karcinomy hlavy a krku15%[24]
Nemalobuněčný karcinom plic14%[24][25]
Nádor mužských zárodečných buněk6%[26]

U invazivních nádorů prsu mikroRNA -210 (miR-210) byla zvýšena spolu se sníženou expresí FANCF, kde FANCF byl jedním z pravděpodobných cílů miR-210.[27]

Ačkoli mutace v FANCF nejsou obvykle pozorovány u lidských nádorů, an FANCFmodel s nedostatečnou myší byl náchylný k rakovině vaječníků.[28]

FANCF se zdá být jedním z přibližně 26 genů pro opravu DNA, které jsou epigeneticky potlačovány u různých druhů rakoviny (viz Epigenetika rakoviny ).

Neplodnost

The pohlavní žlázy FANCF mutantních myší funguje abnormálně, když došlo ke kompromisu folikul vývoj a spermatogeneze jak bylo pozorováno u jiných Fanconiho anémie modely myší a v Fanconiho anémie pacientů.[28] Histologické zkouška testy z myší s deficitem FANCF ukázalo, že semenonosné tubuly byly zbaveny zárodečné buňky. Ve věku 14 týdnů byly samice myší s nedostatkem FANCF téměř nebo úplně zbaveny prvotní folikuly. Byl vyvozen závěr, že myši s deficitem FANCF vykazují v mladém věku rychlé vyčerpání primordiálních folikulů, což vede k pokročilému stárnutí vaječníků.[28]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000183161 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000092118 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Joenje H, Oostra AB, Wijker M, di Summa FM, van Berkel CG, Rooimans MA, Ebell W, van Weel M, Pronk JC, Buchwald M, Arwert F (říjen 1997). „Důkazy pro nejméně osm genů anémie Fanconi“. American Journal of Human Genetics. 61 (4): 940–4. doi:10.1086/514881. PMC  1715980. PMID  9382107.
  6. ^ „Entrez Gene: FANCF Fanconiho anémie, komplementační skupina F“.
  7. ^ A b C d E F G Léveillé F, Blom E, Medhurst AL, Bier P, Laghmani el H, Johnson M, Rooimans MA, Sobeck A, Waisfisz Q, Arwert F, Patel KJ, Hoatlin ME, Joenje H, de Winter JP (září 2004). „Produkt Fanconiho anemického genu FANCF je flexibilní adaptační protein“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (38): 39421–30. doi:10,1074 / jbc.M407034200. PMID  15262960.
  8. ^ A b C de Winter JP, van der Weel L, de Groot J, Stone S, Waisfisz Q, Arwert F, Scheper RJ, Kruyt FA, Hoatlin ME, Joenje H (listopad 2000). „Fanconiho anemický protein FANCF tvoří jaderný komplex s FANCA, FANCC a FANCG“. Lidská molekulární genetika. 9 (18): 2665–74. doi:10,1093 / hmg / 9,18,2665. PMID  11063725.
  9. ^ Gordon SM, Buchwald M (červenec 2003). „Fanconiho anemický proteinový komplex: mapování proteinových interakcí v kvasinkových 2- a 3-hybridních systémech“. Krev. 102 (1): 136–41. doi:10.1182 / krev-2002-11-3517. PMID  12649160.
  10. ^ Medhurst AL, Huber PA, Waisfisz Q, de Winter JP, Mathew CG (únor 2001). „Přímé interakce pěti známých proteinů anémie Fanconi naznačují společnou funkční cestu“. Lidská molekulární genetika. 10 (4): 423–9. doi:10,1093 / hmg / 10,4,423. PMID  11157805.
  11. ^ Meetei AR, de Winter JP, Medhurst AL, Wallisch M, Waisfisz Q, van de Vrugt HJ, Oostra AB, Yan Z, Ling C, Bishop CE, Hoatlin ME, Joenje H, Wang W (říjen 2003). „Nová ubikvitinová ligáza má nedostatek Fanconiho anémie.“ Genetika přírody. 35 (2): 165–70. doi:10.1038 / ng1241. PMID  12973351. S2CID  10149290.
  12. ^ Pace P, Johnson M, Tan WM, Mosedale G, Sng C, Hoatlin M, de Winter J, Joenje H, Gergely F, Patel KJ (červenec 2002). „FANCE: souvislost mezi shromážděním a aktivitou komplexu Fanconi anémie“. Časopis EMBO. 21 (13): 3414–23. doi:10.1093 / emboj / cdf355. PMC  125396. PMID  12093742.
  13. ^ Kottemann MC, Smogorzewska A (leden 2013). „Fanconiho anémie a oprava síťovacích vazeb DNA Watsona a Cricka“. Příroda. 493 (7432): 356–63. doi:10.1038 / příroda11863. PMC  3700363. PMID  23325218.
  14. ^ A b C Pradhan A, Ustiyan V, Zhang Y, Kalin TV, Kalinichenko VV (leden 2016). „Forkhead transkripční faktor FoxF1 interaguje s proteinovými komplexy anémie Fanconi a podporuje reakci na poškození DNA“. Cílový cíl. 7 (2): 1912–26. doi:10,18632 / oncotarget.6422. PMC  4811506. PMID  26625197.
  15. ^ Kastan MB (duben 2008). „Odpovědi na poškození DNA: mechanismy a role v lidských onemocněních: přednáška G.H.A. Clowes Memorial Award 2007“. Výzkum molekulární rakoviny. 6 (4): 517–24. doi:10.1158 / 1541-7786.MCR-08-0020. PMID  18403632.
  16. ^ Harper JW, Elledge SJ (prosinec 2007). „Odpověď na poškození DNA: deset let poté“. Molekulární buňka. 28 (5): 739–45. doi:10.1016 / j.molcel.2007.11.015. PMID  18082599.
  17. ^ Dietlein F, Reinhardt HC (prosinec 2014). „Molekulární dráhy: využití nádorově specifických molekulárních defektů v opravných drahách DNA pro přesnou léčbu rakoviny“. Klinický výzkum rakoviny. 20 (23): 5882–7. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-14-1165. PMID  25451105.
  18. ^ O'Hagan HM, Mohammad HP, Baylin SB (2008). „Dvouřetězcové zlomy mohou iniciovat umlčení genů a na SIRT1 závislý nástup methylace DNA v exogenním promotorovém CpG ostrově“. Genetika PLOS. 4 (8): e1000155. doi:10.1371 / journal.pgen.1000155. PMC  2491723. PMID  18704159.
  19. ^ Cuozzo C, Porcellini A, Angrisano T, Morano A, Lee B, Di Pardo A, Messina S, Iuliano R, Fusco A, Santillo MR, Muller MT, Chiariotti L, Gottesman ME, Avvedimento EV (červenec 2007). „Poškození DNA, oprava zaměřená na homologii a methylace DNA“. Genetika PLOS. 3 (7): e110. doi:10.1371 / journal.pgen.0030110. PMC  1913100. PMID  17616978.
  20. ^ A b Taniguchi T, Tischkowitz M, Ameziane N, Hodgson SV, Mathew CG, Joenje H, Mok SC, D'Andrea AD (květen 2003). „Narušení dráhy Fanconiho anémie-BRCA v nádorech vaječníků citlivých na cisplatinu“. Přírodní medicína. 9 (5): 568–74. doi:10,1038 / nm852. PMID  12692539. S2CID  22912496.
  21. ^ Ding JJ, Wang G, Shi WX, Zhou HH, Zhao EF (leden 2016). „Promotérová hypermethylace FANCF a citlivost a prognóza epiteliálního karcinomu vaječníků“. Reprodukční vědy. 23 (1): 24–30. doi:10.1177/1933719115612136. PMID  26507869. S2CID  21461736.
  22. ^ Narayan G, Arias-Pulido H, Nandula SV, Basso K, Sugirtharaj DD, Vargas H, Mansukhani M, Villella J, Meyer L, Schneider A, Gissmann L, Dürst M, Pothuri B, Murty VV (květen 2004). „Hypermethylace promotoru FANCF: narušení dráhy Fanconiho anémie-BRCA u rakoviny děložního čípku“. Výzkum rakoviny. 64 (9): 2994–7. doi:10.1158 / 0008-5472.can-04-0245. PMID  15126331.
  23. ^ Wang Z, Li M, Lu S, Zhang Y, Wang H (březen 2006). „Hypermethylace promotoru FANCF hraje důležitou roli ve výskytu rakoviny vaječníků narušením dráhy Fanconiho anémie - BRCA“. Biologie a terapie rakoviny. 5 (3): 256–60. doi:10,4161 / cbt. 5.3.2380. PMID  16418574.
  24. ^ A b Marsit CJ, Liu M, Nelson HH, Posner M, Suzuki M, Kelsey KT (leden 2004). „Inaktivace dráhy Fanconiho anémie / BRCA u rakoviny plic a úst: důsledky pro léčbu a přežití“. Onkogen. 23 (4): 1000–4. doi:10.1038 / sj.onc.1207256. PMID  14647419.
  25. ^ Guo M, Alumkal J, Drachova T, Gao D, Marina SS, Jen J, Herman JG (březen 2015). „Methylace CHFR silně koreluje s methylací genů pro opravu poškození DNA a genů apoptotické dráhy u nemalobuněčného karcinomu plic“. Discovery Medicine. 19 (104): 151–8. PMID  25828518.
  26. ^ Koul S, McKiernan JM, Narayan G, Houldsworth J, Bacik J, Dobrzynski DL, Assaad AM, Mansukhani M, Reuter VE, Bosl GJ, Chaganti RS, Murty VV (květen 2004). „Role hypermethylace promotoru v odpovědi na léčbu cisplatinou u mužských nádorů zárodečných buněk“. Molekulární rakovina. 3: 16. doi:10.1186/1476-4598-3-16. PMC  420487. PMID  15149548.
  27. ^ Volinia S, Galasso M, Sana ME, Wise TF, Palatini J, Huebner K, Croce CM (únor 2012). "Podpisy rakoviny prsu pro invazivitu a prognózu definované hlubokým sekvenováním mikroRNA". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (8): 3024–9. doi:10.1073 / pnas.1200010109. PMC  3286983. PMID  22315424.
  28. ^ A b C Bakker ST, van de Vrugt HJ, Visser JA, Delzenne-Goette E, van der Wal A, Berns MA, van de Ven M, Oostra AB, de Vries S, Kramer P, Arwert F, van der Valk M, de Winter JP , te Riele H (leden 2012). „Myši s deficitem Fancf jsou náchylné k vývoji nádorů vaječníků“. The Journal of Pathology. 226 (1): 28–39. doi:10,1002 / cesta. 2992. PMID  21915857. S2CID  26239010.

Další čtení