TANGO2 - TANGO2
Transport and golgi organization 2 homolog (TANGO2) také známý jako chromozom 22 otevřený čtecí rámec 25 (C22orf25) je a protein že u lidí je kódován genem TANGO2.
Funkce C22orf25 není v současné době známa. Vyznačuje se doménou nadrodiny NRDE (DUF883), která je striktně známá pro konzervované aminokyselina posloupnost (N) -Asparagin (R) -Arginin (D) -Kyselina asparagová (E)-Kyselina glutamová. Tato doména se nachází mezi vzdáleně příbuznými druh ze šesti království:[4] Eubakterie, Archeobakterie, Protista, Houby, Plantae, a Animalia a je známo, že je součástí Golgi organizace a sekrece bílkovin.[5] Je pravděpodobné, že se lokalizuje v cytoplazma ale je zakotven v buněčná membrána druhou aminokyselinou.[6][7] C22orf25 je také xenologické na T10 jako proteiny v Virus neštovic a Virus neštovic. Gen kódující C22orf25 je umístěn na chromozom 22 a umístění q11.21, takže je často spojováno s Syndrom delece 22q11.2.[8]
Protein
| Velikost genu | Velikost bílkovin | # exonů | Pořadatelská sekvence | Signální peptid | Molekulární váha | Délka domény |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2271 bp | 276 aa | 9[9] | 687 bp | Ne[10] | 30,9 kDa[11] | 270 aa |
Genové sousedství
Gen C22orf25 je umístěn na dlouhém rameni (q) chromozomu 22 v oblasti 1, pásmu 1 a dílčím pásmu 2 (22q11.21) od 20 008 631 základní páry a končí na 20 053 447 párů bází.[8] K dispozici je odstranění 1,5–3,0 Mb, které obsahuje přibližně 30–40 geny, zahrnující tuto oblast, která způsobuje nejpřežitelnější poruchu genetické delece známou jako Syndrom delece 22q11.2, který je nejčastěji známý jako DiGeorgeův syndrom nebo Velocaridofacial syndrom.[12][13] Syndrom delece 22q11.2 má širokou škálu fenotypy a není přičítána ztrátě jediného genu. Obrovské fenotypy pocházejí z delecí nejen genů DiGeorgeova syndromu pro kritickou oblast (DGCR) a genů chorob, ale také jiných neidentifikovaných genů.[14]
C22orf25 je v těsné blízkosti DGCR8 i dalších genů, o nichž je známo, že hrají roli v DiGeorgeově syndromu, jako je gen pro opakování pásovce u delikátního syndromuARVCF ), Katechol-O-methyltransferáza (COMT ) a T-box 1 (TBX1 ).[15][16]
Předpokládané funkce mRNA
Promotér
The promotér pro gen C22orf25 zahrnuje 687 párů bází od 20 008 092 do 20 008 878 s předpokládanou transkripční počáteční web to je 104 párů bází a rozpětí od 20 008 591 do 20 008 694.[17] Oblast promotoru a začátek genu C22orf25 (20 008 263 až 20 009 250) není konzervována minulými primáty. Tato oblast byla použita k určení transkripční faktor interakce.
Transkripční faktory
Některé z hlavních transkripčních faktorů, které se vážou na promotor, jsou uvedeny níže.[18]
| Odkaz | Podrobné informace o rodině | Start (aminokyselina) | Konec (aminokyselina) | Pramen |
|---|---|---|---|---|
| XBBF | Závazné faktory pro X-box | 227 | 245 | - |
| GCMF | Chorion-specifické transkripční faktory (s vazebnou doménou GCM DNA) | 151 | 165 | - |
| YBXF | Y-box vazebné transkripční faktory | 158 | 170 | - |
| SPĚCH | Nukleofosfoproteiny související se SWI / SNF (s motivem prstenu vázajícího prsten) | 222 | 232 | - |
| NEUR | NeuroD, Beta2, HLH doména | 214 | 226 | - |
| PCBE | PREB prvek vázající jádro | 148 | 162 | - |
| NR2F | Faktory podrodiny jaderných receptorů 2 | 169 | 193 | - |
| AP1R | Faktory související s MAF a AP1 | 201 | 221 | - |
| ZF02 | C2H2 transkripční faktory se zinkovým prstem 2 | 108 | 130 | - |
| PŘÍBĚH | Třída homeodomény TALE rozpoznávající motivy TG | 216 | 232 | - |
| WHNF | Transkripční faktory okřídlené šroubovice | 271 | 281 | - |
| FKHD | Forkhead doménové faktory | 119 | 135 | + |
| MYOD | Myoblast určující faktory | 218 | 234 | + |
| AP1F | AP1, aktivující protein 1 | 118 | 130 | + |
| BCL6 | Zinkový prst POZ domény vyjádřený v B buňkách | 190 | 206 | + |
| PÉČE | Vápníkové odezvové prvky | 196 | 206 | + |
| EVI1 | Faktor nukleárního transkripce EVI1 | 90 | 106 | + |
| ETSF | Faktor transkripce ETS | 162 | 182 | + |
| TEAF | Faktory vazebné domény TEA / ATTS DNA | 176 | 188 | + |
Analýza výrazů
Data výrazů z Expresní značka sekvence mapování, microarray a in situ hybridizace ukázat vysoký výraz pro Homo sapiens v krev, kostní dřeň a nervy.[19][20][21] Exprese není omezena na tyto oblasti a nízký výraz je vidět jinde v těle. v Caenorhabditis elegans, gen snt-1 (homolog C22orf25) byl exprimován v nervovém kruhu, ventrálních a dorzálních kordech, v místech neuromuskulárních spojení a v neuronech.[22]
Evoluční historie
Doména NRDE (DUF883) je doménou neznámé funkce pokrývající většinu genu C22orf25 a nachází se mezi vzdáleně příbuznými druhy, včetně virů.
| Rod a druh | Běžné jméno | Přístupové číslo | Sekv. Délka | Sekv. Identita | Sekv. Podobnost | Království | Čas divergence |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | lidé | NP_690870.3 | 276aa | - | - | Animalia | - |
| Pan troglodyty | obyčejný šimpanz | BAK62258.1 | 276aa | 99% | 100% | Animalia | 6,4 mya |
| Ailuropoda melanoleuca | obrovská Panda | XP_002920626 | 276aa | 91% | 94% | Animalia | 94,4 mya |
| Mus musculus | domácí myš | NP_613049.2 | 276aa | 88% | 95% | Animalia | 92,4 mya |
| Meleagris gallopavo | krocan | XP_003210928 | 276aa | 74% | 88% | Animalia | 301,7 mya |
| Gallus gallus | Red Junglefowl | NP_001007837 | 276aa | 73% | 88% | Animalia | 301,7 mya |
| Xenopus laevis | Africké drápy žába | NP_001083694 | 275aa | 69% | 86% | Animalia | 371,2 mya |
| Xenopus (Silurana) tropicalis | Západní drápá žába | NP_001004885.1 | 276aa | 68% | 85% | Animalia | 371,2 mya |
| Salmo salar | Atlantský losos | NP_001167100 | 274aa | 66% | 79% | Animalia | 400,1 mya |
| Danio rerio | zebrafish | NP_001003781 | 273aa | 64% | 78% | Animalia | 400,1 mya |
| Canarypox | virus | NP_955117 | 275aa | 50% | 69% | - | - |
| Neštovice | virus | NP_039033 | 273aa | 44% | 63% | - | - |
| Cupriavidus | proteobakterie | YP_002005507.1 | 275aa | 38% | 52% | Eubakterie | 2313,2 mya |
| Burkholderia | proteobakterie | YP_004977059 | 273aa | 37% | 53% | Eubakterie | 2313,2 mya |
| Physcomitrella patens | mech | XP_001781807 | 275aa | 37% | 54% | Plantae | 1369 mya |
| Zea mays | kukuřice / kukuřice | ACG35095 | 266aa | 33% | 53% | Plantae | 1369 mya |
| Trichophyton rubrum | houba | XP_003236126 | 306aa | 32% | 47% | Houby | 1215,8 mya |
| Sporisorium reilianum | Rostlinný patogen | CBQ69093 | 321aa | 32% | 43% | Houby | 1215,8 mya |
| Perkinsus marinus | patogen ústřic | XP_002787624 | 219aa | 31% | 48% | Protista | 1381,2 mya |
| Tetrahymena termophilia | Ciliate prvoky | XP_001010229 | 277aa | 26% | 44% | Protista | 1381,2 mya |
| Natrialba magadii | extremophile | YP_003481665 | 300aa | 25% | 39% | Archeobakterie | 3556,3 mya |
| Halopiger xanaduensis | halofilský archeon | YP_004597780.1 | 264aa | 24% | 39% | Archeobakterie | 3556,3 mya |
Předpokládané funkce bílkovin
Posttranslační úpravy
Posttranslační modifikace genu C22orf25, které jsou evolučně konzervovány v královstvích Animalia a Plantae, stejně jako u viru Canarypox glykosylace (C-mannosylace),[23] glykace,[24] fosforylace (specifické pro kinázu),[25] a palmitoylace.[26]
Předpovězená topologie
C22orf25 se lokalizuje do cytoplazmy a je ukotven k buněčné membráně druhou aminokyselinou. Jak již bylo zmíněno dříve, druhá aminokyselina je modifikována palmitoylací. Je známo, že palmitoylace přispívá k asociaci membrán[27] protože přispívá ke zvýšení hydrofobicity.[6] Je známo, že palmitoylace hraje roli v modulaci obchodování s bílkovinami,[28] stabilita[29] a třídění.[30] Palmitoylace se také podílí na buněčné signalizaci[31] a neuronový přenos.[32]
Interakce s proteiny
Ukázalo se, že C22orf25 interaguje s NFKB1,[33] RELA,[33] RELB,[33] BTRC,[33] RPS27A,[33] BCL3,[34] MAP3K8,[33] NFKBIA,[33] SIN3A,[33] SUMO1,[33] Tat.[35]
Klinický význam
Mutace v genu TANGO2 mohou způsobit defekty v mitochondriích β-oxidace[36] a zvýšil endoplazmatické retikulum stres a snížení Golgi objemová hustota.[37] Výsledkem těchto mutací je časný nástup hypoglykémie, hyperamonémie, rhabdomyolýza, srdeční arytmie, a encefalopatie které se později vyvinou v kognitivní poruchy.[36][37]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000183597 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „BLAST (NCBI)“.
- ^ „Conserved Domains (NCBI)“.
- ^ A b „CSS-Palm“.
- ^ „PSORTII“.
- ^ A b „Gene (NCBI)“.
- ^ „ElDorado (Genomatix)“.
- ^ „SignalP (ExPASy)“.
- ^ "Statistická analýza proteinové sekvence (Biology Workbench)".[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ Meechan DW, Maynard TM, Tucker ES, LaMantia AS (2011). „Tři fáze patogeneze syndromu delece DiGeorge / 22q11 během vývoje mozku: vzorce, proliferace a mitochondriální funkce genů 22q11“. International Journal of Developmental Neuroscience. 29 (3): 283–294. doi:10.1016 / j.ijdevneu.2010.08.005. PMC 3770287. PMID 20833244.
- ^ Kniffin C. „DiGeorge Syndrome; DGS. Citováno v dubnu 2012 z Online Mendelian Inheritance in Man“.
- ^ Scambler PJ (2000). „Deléční syndromy 22q11“. Hučení. Mol. Genet. 9 (16): 2421–6. doi:10,1093 / hmg / 9,16,2421. PMID 11005797.
- ^ „Syndrom mazání 22q11.2“. University of Washington, Seattle. 1993.
- ^ „Prohlížeč genomu BLAT UCSC“.
- ^ „El Durado (Genomatix)“.
- ^ „El Durado-Genomatix“.
- ^ „Unigene NCBI“. Archivovány od originál dne 12.7.2013. Citováno 2012-04-26.
- ^ „Profily GEO NCBI“.
- ^ „Bio GPS“.
- ^ "WormBase".
- ^ „NetCGly (ExPASy)“.
- ^ „NetGlycate (ExPASy)“.
- ^ „Phos (ExPASy)“.
- ^ „CSS Palm (ExPASy)“.
- ^ Resh MD (2006). "Palmitoylace ligandů, receptorů a intracelulárních signálních molekul". Věda STKE. 2006 (359): 14. doi:10.1126 / stke.3592006re14. PMID 17077383.
- ^ Draper JM, Xia Z, Smith CD (srpen 2007). "Buněčná palmitoylace a obchodování s lipidovanými peptidy". Journal of Lipid Research. 48 (8): 1873–1884. doi:10.1194 / jlr.m700179-jlr200. PMC 2895159. PMID 17525474.
- ^ Linder ME, Deschenes RJ (leden 2007). "Palmitoylace: policejní stabilita a přenos bílkovin". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 8 (1): 74–84. doi:10.1038 / nrm2084. PMID 17183362.
- ^ Greaves J, Chamberlain LH (leden 2007). „Třídění proteinů závislé na palmitoylaci“. The Journal of Cell Biology. 176 (3): 249–254. doi:10.1083 / jcb.200610151. PMC 2063950. PMID 17242068.
- ^ Casey PJ (1995). "Lipidace bílkovin v buněčné signalizaci". Věda. 268 (5208): 221–5. Bibcode:1995Sci ... 268..221C. doi:10.1126 / science.7716512. PMID 7716512.
- ^ Roth AF, Wan J, Bailey AO, Sun B, Kuchar JA, Green WN, Phinney BS, Yates JR, Davis NG (červen 2006). „Globální analýza palmitoylace bílkovin v kvasnicích“. Buňka. 125 (5): 1003–1013. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.042. PMC 2246083. PMID 16751107.
- ^ A b C d E F G h i "Databáze molekulárních interakcí". Archivovány od originál dne 2006-05-06.
- ^ "Databáze molekulárních interakcí". Archivovány od originál dne 2006-05-06.
- ^ „Databáze virových molekulárních interakcí“. Archivovány od originál dne 2015-02-15.
- ^ A b Kremer LS, Distelmaier F, Alhaddad B, Hempel M, Iuso A, Küpper C a kol. (2016). „Bialelické zkrácené mutace v TANGO2 způsobují opakované metabolické krize v počátečním věku s encefalokardiomyopatií“. American Journal of Human Genetics. 98 (2): 358–62. doi:10.1016 / j.ajhg.2015.12.009. PMC 4746337. PMID 26805782.
- ^ A b Lalani SR, Liu P, Rosenfeld JA, Watkin LB, Chiang T, Leduc MS a kol. (2016). „Recidivující svalová slabost s rhabdomyolýzou, metabolickými krizi a srdeční arytmií způsobenou bialelickými mutacemi TANGO2“. American Journal of Human Genetics. 98 (2): 347–57. doi:10.1016 / j.ajhg.2015.12.008. PMC 4746334. PMID 26805781.