Steroidní delta-izomeráza - Steroid Delta-isomerase

steroid delta-izomeráza
KSI PyMOL homodimer.png
Krystalografická struktura steroidu Pseudomonas putida Δ5-izomerázový homodimer.[1]
Identifikátory
EC číslo5.3.3.1
Číslo CAS9031-36-1
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum
Genová ontologieAmiGO / QuickGO

v enzymologie, a steroid Δ5-izomeráza (ES 5.3.3.1 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce

3-oxo-A5-steroid 3-oxo-A4-steroid

Tento enzym tedy jeden má Podklad, a 3-oxo-Δ5-steroida jeden produkt, a 3-oxo-Δ4-steroid.

Úvod

Tento enzym patří do rodiny izomerázy, konkrétně intramolekulární oxidoreduktázy transponování vazeb C = C. The systematické jméno této třídy enzymů je 3-oxosteroid Δ5-Δ4-izomeráza. Mezi další běžně používaná jména patří ketosteroid izomeráza (KSI), hydroxysteroid izomeráza, steroidní izomeráza, Δ5-ketosteroid izomeráza, Δ5(nebo Δ4) -3-keto steroidní izomeráza, Δ5-steroid izomeráza, 3-oxosteroid izomeráza, Δ5-3-keto steroidní izomeráza, a Δ5-3-oxosteroid izomeráza.

KSI byl značně studován z bakterií Comamonas testosteroni (TI), dříve označované jako Pseudomonas testosteroni, a Pseudomonas putida (PI).[2] Enzymy z těchto dvou zdrojů jsou 34% homologní a strukturní studie ukázaly, že umístění katalytických skupin v aktivní stránky je prakticky totožný.[3] Savčí KSI byl studován u skotu kůra nadledvin[4] a krysí játra.[5] Tento enzym se účastní metabolismus c21-steroidních hormonů a metabolismus androgenů a estrogenů. Příkladem substrátu je Δ5-androsten-3,17-dion, který KSI převádí na Δ4-androsten-3,17-dion.[6] Výše uvedená reakce v nepřítomnosti enzymu trvá 7 týdnů vodný roztok.[7] KSI provádí tuto reakci řádově 1011 rychlejší, což jej řadí mezi nejznámější známé enzymy.[7] Bakteriální KSI slouží také jako modelový protein pro studium enzymová katalýza[8] a skládání bílkovin.[9]

Strukturální studie

KSI existuje jako homodimer se dvěma stejnými polovinami.[9] Rozhraní mezi dvěma monomery je úzké a dobře definované, skládající se z neutrálního nebo nepolárního aminokyseliny, což naznačuje, že hydrofobní interakce je důležitá pro dimerizace.[9] Výsledky ukazují, že dimerizace je pro fungování nezbytná.[9] Aktivní místo je vysoce nepolární a skládá se kolem substrátu podobným způsobem jako jiné enzymy s hydrofobní substráty, což naznačuje, že tento záhyb je charakteristický pro vázání hydrofobních substrátů.[10]

Žádná úplná atomová struktura KSI se neobjevila až do roku 1997, kdy an NMR byla hlášena struktura TI KSI.[11] Tato struktura ukázala, že aktivním místem je hluboká hydrofobní jáma s Asp-38 a Tyr-14 umístěnými na dně této jámy.[11] Struktura je tedy zcela v souladu s navrhovanými mechanistickými rolemi Asp-38 a Tyr-14.

Role zbytkuComamonas testosteroni (PDB: 8CHO)Pseudomonas putida (PDB: 1OH0)
Dárci z Oxyanion H-BondAsp-99Asp-103
Tyr-14Tyr-16
Obecná kyselina / bázeAsp-38Asp-40

Ke konci roku 2007, 25 struktur byly pro tuto třídu enzymů vyřešeny pomocí PDB přístupové kódy 1BUQ, 1C7H, 1CQS, 1 DMM, 1 DMN, 1 DMQ, 1E97, 1GS3, 1ISK, 1K41, 1OCV, 1OGX, 1OGZ, 1OH0, 1OHO, 1 OHP, 1OHS, 1OPY, 1VZZ, 1W00, 1W01, 1W02, 1W6Y, 2PZV, a 8CHO.

Mechanismus

Schematický popis izomerace katalyzované C. testosteroni steroid delta-izomeráza.

KSI katalyzuje přeskupení dvojné vazby uhlík-uhlík v ketosteroidech prostřednictvím izolovat intermediate ve společnosti a rychlost omezená difúzí.[2] Na serveru došlo ke konfliktním výsledkům ionizace stav meziproduktu, ať už existuje jako enolát[12] nebo enol.[13] Pollack používá a termodynamické argument naznačující, že meziprodukt existuje jako enolát.[2] Obecná báze Asp-38 abstrahuje proton z pozice 4 (alfa na karbonylovou skupinu, vedle dvojné vazby) steroidního kruhu za vzniku enolátu (krok omezující rychlost)[14] která je stabilizována vodíková vazba darování Tyr-14 a Asp-99.[2] Tyr-14 a Asp-99 jsou umístěny hluboko v hydrofobním aktivním místě a tvoří tzv oxanionový otvor.[15] Protonovaná Asp-38 poté přenese svůj proton do polohy 6 steroidního kruhu k dokončení reakce.[2]

Ačkoli mechanistické kroky reakce nejsou zpochybňovány, příspěvky níže jsou diskutovány a stále diskutovány různé faktory pro katalýzu, jako jsou elektrostatika, vodíková vazba oxyaniontové díry a účinky distální vazby.

The Warshel skupina aplikovala statistické mechanické výpočetní metody a empirickou teorii valenčních vazeb na předchozí experimentální data. Bylo zjištěno, že elektrostatická preorganizace - včetně iontových zbytků a pevných dipólů v aktivním místě - nejvíce přispívá ke katalýze KSI.[16] Přesněji řečeno, dipóly Tyr-14 a Asp-99 pracují na stabilizaci rostoucího náboje, který se hromadí na enolátovém kyslíku (O-3) během katalýzy. Podobným způsobem je náboj na Asp38 stabilizován okolními zbytky a molekulou vody v průběhu reakce.[16] Skupina Boxer použila experimentální Intenzivní spektroskopie metody k identifikaci přítomnosti elektrických polí zprostředkovaných H-vazbou v aktivním místě KSI. Tato měření kvantifikovala elektrostatický příspěvek ke KSI katalýze (70%).[17]

Zblízka struktura aktivního místa KSI (Pseudomonas putida) navázaného na ekvilenin (analog aromatického substrátu) z výhodného bodu oxyaniontové díry s délkami vodíkových vazeb (Angstroms) a názvy zbytků (PDB: 1OH0).
Zblízka struktura aktivního místa KSI (Pseudomonas putida) navázaného na ekvilenin (analog aromatického substrátu) zvýrazňující blízkost obecné kyseliny / báze k substrátu (PDB: 1OH0).

Aktivní místo je lemováno hydrofobními zbytky pro uložení substrátu, ale Asp-99 a Tyr-14 jsou ve vzdálenosti vodíkové vazby od O-3.[18] Je známo, že vodíkové vazby z Tyr-14 a Asp-99 významně ovlivňují rychlost katalýzy v KSI.[2] Mutageneze tohoto zbytku na alanin (D99A) nebo asparagin (D99N) vede ke ztrátě aktivity při pH 7 3000krát, respektive 27krát[11][19] implikující Asp-99 jako důležitý pro enzymatickou aktivitu. Wu a kol.[11] navrhl a mechanismus který zahrnuje jak Tyr-14, tak Asp-99 tvořící vodíkové vazby přímo na O-3 steroidu. Tento mechanismus byl zpochybněn Zhao et al.,[20] který postuloval síť vodíkových vazeb s vodíkovou vazbou Asp-99 na Tyr-14, což zase vytváří vodíkovou vazbu na O-3. Více nedávno, Herschlag skupina využila nepřirozené zabudování aminokyselin k testování důležitosti Tyr-14 na KSI katalýzu.[21] Přirozený tyrosinový zbytek byl nahrazen nepřirozenými halogenovanými aminokyselinami, které sledovaly rozsah pKa. V KSI katalytickém obratu s klesajícím pKa byl velmi malý rozdíl, což naznačuje, na rozdíl od výše uvedených elektrostatických studií, že stabilizace oxyaniontových otvorů není pro katalýzu primárně důležitá.[21]

Kinetika reakce divokého typu KSI na 5-Androstendion[22]
kkočka (s−1)3,0 x 104
K.m (μM)123
kkočka/ K.m (M.−1s−1)2,4 x 108

Obecná kyselá / zásaditá aktivita Asp-38 a účinná molarita byla zkoumána skupinou Herschlag místně zaměřená mutageneze a exogenní záchrana základny.[23] Asp-38 byl mutován na Gly, čímž byla zrušena katalytická aktivita, a byl proveden pokus o exogenní záchranu s karboxyláty různé velikosti a molarity. Výpočtem koncentrace báze potřebné pro úplnou záchranu stanovila skupina Herschlag efektivní molaritu Asp-38 v KSI (6400 M). Asp-38 je tedy kritický pro katalýzu KSI.[23]

Sigala a kol. zjistil, že solventní vyloučení a nahrazení vzdálenými hydrofobními steroidními kruhy zanedbatelně mění elektrostatický prostředí v díře KSI oxyaniontu.[24] Kromě toho vazba ligandu podstatně nemění konformace z páteř a boční řetěz skupiny pozorované v Rentgenové struktury PI KSI. Nicméně, NMR a UV studie naznačují, že vazba steroidů omezuje pohyby několika skupin aktivního místa, včetně Tyr-16.[25][26] Nedávno skupina Herschlag navrhla, aby dálková vazba hydrofobních oblastí substrátu na distální části aktivního místa přispěla ke katalýze KSI (> 5 kcal / mol).[27] Substrát se 4 kruhy reagoval 27 000krát rychleji než substrát s jedním kruhem, což naznačuje význam distálních aktivních vazebných motivů. Tento poměr aktivity přetrvává po celou dobu mutageneze zbytků důležitých pro stabilizaci oxyaniontových otvorů, z čehož vyplývá, že za velkou zmínku o velkém rozdílu reaktivity odpovídá distální vazba.[27]

U steroidů dochází k mnoha fyzickým změnám vazba v rámci aktivního webu KSI. Ve volném enzymu je uspořádaná molekula vody umístěna ve vzdálenosti vodíkové vazby Tyr-16 (ekvivalent PI TI KSI Tyr-14) a Asp-103 (ekvivalent PI TI KSI Asp-99).[28] Tato a další neuspořádané molekuly vody přítomné v neligandovaném aktivním místě jsou po vazbě steroidů vytěsněny a jsou v podstatě vyloučeny hustou konstelací hydrofobních zbytků, které se skládají kolem vázaného hydrofobního steroidního skeletu.[28][25]

Jak je uvedeno výše, o míře, v níž různé faktory přispívají ke katalýze KSI, se stále diskutuje.

Funkce

KSI se vyskytuje ve zvířecích tkáních steroidní hormon biosyntéza, tak jako nadledvin, varle, a vaječník.[29] KSI v Comamomas testosteroni se používá v degradační cestě steroidů, což umožňuje této bakterii využívat steroidy obsahující dvojnou vazbu na Δ5, jako testosteron, jako jediný zdroj uhlík.[30] v savci, přenos dvojné vazby na Δ5 do Δ4 je katalyzován 3-p-hydroxy-A5-steroid dehydrogenáza současně s dehydroxylací 3-β-hydroxylové skupiny na ketonovou skupinu,[31] zatímco v C. testosteroni a P. putida, Δ53-ketosteroidová izomeráza pouze přenáší dvojnou vazbu na Δ5 3-ketosteroidu na Δ4.[32]

A Δ5Mutant kmene TA441 narušený -3-ketosteroidní izomerázou může růst dále dehydroepiandrosteron, který má dvojnou vazbu na Δ5, ale nemůže dále růst epiandrosteron, kterému chybí dvojná vazba na Δ5, což naznačuje C. testosteroni KSI je odpovědná za převod dvojné vazby z Δ5 do Δ4 a převod dvojné vazby pomocí hydrogenace při Δ5 a následující dehydrogenace při Δ4 není možné.[33]

Modelový enzym

KSI byl použit jako modelový systém k testování různých teorií, které vysvětlují, jak enzymy dosahují své katalytické účinnosti. Vodíkové vazby s nízkou bariérou a neobvyklé pKa hodnoty pro katalyzátor zbytky byly navrženy jako základ pro rychlou akci KSI.[10][15] Gerlt a Gassman navrhli vytvoření neobvykle krátkých, silných vodíkových vazeb mezi KSI oxanionovou dírou a reakčním meziproduktem jako prostředek ke zvýšení katalytické rychlosti.[34][35] V jejich modelu jsou vysokoenergetické stavy podél reakční souřadnice specificky stabilizovány vytvořením těchto vazeb. Od té doby se diskutuje o katalytické roli krátkých silných vodíkových vazeb.[36][37] Další návrh vysvětlující enzymovou katalýzu testovanou prostřednictvím KSI je geometrická komplementarita Aktivní stránky do přechodového stavu, který navrhuje aktivní web elektrostatika je komplementární k podkladu přechodový stav.[8]

KSI byl také modelovým systémem pro studium skládání proteinů. Kim a kol. studoval účinek skládání a terciární struktura o funkci KSI.[9]

Reference

  1. ^ PDB: 3VSY​; Kobe A, Caaveiro JM, Tashiro S, Kajihara D, Kikkawa M, Mitani T, Tsumoto K (březen 2013). „Začlenění rychlých termodynamických údajů do fragmentového objevu léčiv“. Journal of Medicinal Chemistry. 56 (5): 2155–9. doi:10.1021 / jm301603n. PMID  23419007.
  2. ^ A b C d E F Pollack RM (říjen 2004). "Enzymatické mechanismy pro katalýzu enolizace: ketosteroid izomeráza". Bioorganická chemie. 32 (5): 341–53. doi:10.1016 / j.bioorg.2004.06.005. PMID  15381400.
  3. ^ Cho HS, Choi G, Choi KY, Oh BH (červen 1998). "Krystalová struktura a enzymový mechanismus Delta 5-3-ketosteroid izomerázy z Pseudomonas testosteroni". Biochemie. 37 (23): 8325–30. doi:10.1021 / bi9801614. PMID  9622484.
  4. ^ Bertolino A, Benson AM, Talalay P (červen 1979). „Aktivace delta5-3-ketosteroid izomerázy hovězích nadledvinových mikrozomů sérovými albuminy“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 88 (3): 1158–66. doi:10.1016 / 0006-291X (79) 91530-4. PMID  465075.
  5. ^ Benson AM, Talalay P (duben 1976). "Role redukovaného glutathionu v delta (5) -3-kitosteroidové izomerázové reakci jater". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 69 (4): 1073–9. doi:10.1016 / 0006-291X (76) 90482-4. PMID  6023.
  6. ^ Talalay P, Benson AM (1972). „Δ5-3-ketosteroidní izomeráza ". In Boyer PD (ed.). Enzymy. 6 (3. vyd.). Akademický tisk. str. 591–618. ISBN  978-0-12-122706-7.
  7. ^ A b Radzicka A, Wolfenden R (leden 1995). "Zdatný enzym". Věda. 267 (5194): 90–3. Bibcode:1995Sci ... 267 ... 90R. doi:10.1126 / science.7809611. PMID  7809611.
  8. ^ A b Kraut DA, Sigala PA, Pybus B, Liu CW, Ringe D, Petsko GA, Herschlag D (duben 2006). „Testování elektrostatické komplementarity při enzymové katalýze: vodíková vazba v díře oxyaniontu v ketosteroidové izomeráze“. PLOS Biology. 4 (4): e99. doi:10.1371 / journal.pbio.0040099. PMC  1413570. PMID  16602823. otevřený přístup
  9. ^ A b C d E Kim DH, Nam GH, Jang DS, Yun S, Choi G, Lee HC, Choi KY (duben 2001). "Role dimerizace při skládání a stabilita ketosteroidové izomerázy z Ptytomonas putida biotypu B". Věda o bílkovinách. 10 (4): 741–52. doi:10.1110 / ps.18501. PMC  2373975. PMID  11274465.
  10. ^ A b Ha NC, Kim MS, Lee W, Choi KY, Oh BH (prosinec 2000). „Detekce velkých poruch pKa inhibitoru a katalytické skupiny na aktivním místě enzymu, mechanický základ pro katalytickou sílu mnoha enzymů“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (52): 41100–6. doi:10,1074 / jbc.M007561200. PMID  11007792.
  11. ^ A b C d Wu ZR, Ebrahimian S, Zawrotny ME, Thornburg LD, Perez-Alvarado GC, Brothers P, Pollack RM, Summers MF (duben 1997). "Struktura roztoku 3-oxo-delta5-steroidní izomerázy". Věda. 276 (5311): 415–8. doi:10.1126 / science.276.5311.415. PMID  9103200.
  12. ^ Xue LA, Kuliopulos A, Mildvan AS, Talalay P (květen 1991). "Katalytický mechanismus aktivního mutantu (D38N) delta 5-3-ketosteroid izomerázy. Přímý spektroskopický důkaz pro dienol meziprodukty". Biochemie. 30 (20): 4991–7. doi:10.1021 / bi00234a022. PMID  2036366.
  13. ^ Petrounia IP, Pollack RM (leden 1998). "Substituční účinky na vazbu fenolů k D38N mutantu 3-oxo-delta5-steroid izomerázy. Sonda pro povahu vodíkové vazby na meziprodukt." Biochemie. 37 (2): 700–5. doi:10.1021 / bi972262s. PMID  9425094.
  14. ^ Wu Y, Boxer SG (září 2016). „Kritický test elektrostatického příspěvku ke katalýze nekanonickými aminokyselinami v ketosteroidní izomeráze“. Journal of the American Chemical Society. 138 (36): 11890–5. doi:10.1021 / jacs.6b06843. PMC  5063566. PMID  27545569.
  15. ^ A b Childs W, Boxer SG (březen 2010). "Protonová afinita k oxyaniontové díře v aktivním místě ketosteroidové izomerázy". Biochemie. 49 (12): 2725–31. doi:10.1021 / bi100074s. PMC  2852583. PMID  20143849.
  16. ^ A b Kamerlin SC, Sharma PK, Chu ZT, Warshel A (březen 2010). „Ketosteroid izomeráza poskytuje další podporu myšlence, že enzymy pracují elektrostatickou preorganizací“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 107 (9): 4075–80. Bibcode:2010PNAS..107,4075 tis. doi:10.1073 / pnas.0914579107. PMC  2840163. PMID  20150513.
  17. ^ Smažené SD, Bagchi S, Boxer SG (prosinec 2014). „Extrémní elektrická pole silové katalýzy v aktivním místě ketosteroidní izomerázy“. Věda. 346 (6216): 1510–4. Bibcode:2014Sci ... 346.1510F. doi:10.1126 / science.1259802. PMC  4668018. PMID  25525245.
  18. ^ Kim SW, Cha SS, Cho HS, Kim JS, Ha NC, Cho MJ, Joo S, Kim KK, Choi KY, Oh BH (listopad 1997). "Krystalové struktury s vysokým rozlišením delta5-3-ketosteroid izomerázy s nebo bez reakčního meziproduktového analogu". Biochemie. 36 (46): 14030–6. doi:10.1021 / bi971546 +. PMID  9369474.
  19. ^ Thornburg LD, Hénot F, Bash DP, Hawkinson DC, Bartel SD, Pollack RM (červenec 1998). „Elektrofilní pomoc Asp-99 3-oxo-Delta 5-steroid izomerázy“. Biochemie. 37 (29): 10499–506. doi:10.1021 / bi980099a. PMID  9671521.
  20. ^ Zhao Q, Abeygunawardana C, Gittis AG, Mildvan AS (prosinec 1997). „Vodíková vazba v aktivním místě delta 5-3-ketosteroid izomerázy“. Biochemie. 36 (48): 14616–26. doi:10,1021 / bi971549m. PMID  9398180.
  21. ^ A b Natarajan A, Schwans JP, Herschlag D (květen 2014). „Využívání nepřirozených aminokyselin ke zkoumání energetiky vodíkových vazeb oxyaniontových děr v aktivním místě ketosteroidové izomerázy“. Journal of the American Chemical Society. 136 (21): 7643–54. doi:10.1021 / ja413174b. PMC  4046884. PMID  24787954.
  22. ^ Holman CM, Benisek WF (říjen 1995). „Pohledy na katalytický mechanismus a prostředí aktivního místa Comamonas testosteroni delta 5-3-ketosteroid izomerázy, jak vyplývá z místně cílené mutageneze katalytické báze aspartátu-38“. Biochemie. 34 (43): 14245–53. doi:10.1021 / bi00043a032. PMID  7578024.
  23. ^ A b Lamba V, Yabukarski F, Pinney M, Herschlag D (srpen 2016). „Hodnocení katalytického příspěvku z umístěné obecné základny v ketosteroidní izomeráze“. Journal of the American Chemical Society. 138 (31): 9902–9. doi:10.1021 / jacs.6b04796. PMID  27410422.
  24. ^ Sigala PA, Fafarman AT, Bogard PE, Boxer SG, Herschlag D (říjen 2007). „Mění vazba ligandu a vylučování rozpouštědla elektrostatický charakter uvnitř oxyaniontového otvoru enzymatického aktivního místa?“. Journal of the American Chemical Society. 129 (40): 12104–5. doi:10.1021 / ja075605a. PMC  3171184. PMID  17854190.
  25. ^ A b Zhao Q, Li YK, Mildvan AS, Talalay P (květen 1995). „Ultrafialový spektroskopický důkaz sníženého pohybu aktivního místa tyrosinového zbytku delta 5-3-ketosteroidové izomerázy vazbou steroidů“. Biochemie. 34 (19): 6562–72. doi:10.1021 / bi00019a038. PMID  7756287.
  26. ^ Zhao Q, Abeygunawardana C, Mildvan AS (únor 1996). „13C NMR relaxační studie pohybu páteře a postranního řetězce katalytického tyrosinového zbytku ve volné a steroidně vázané delta 5-3-ketosteroidové izomeráze“. Biochemie. 35 (5): 1525–32. doi:10.1021 / bi9525381. PMID  8634283.
  27. ^ A b Schwans JP, Kraut DA, Herschlag D (srpen 2009). „Stanovení katalytické role interakcí vzdálených substrátových vazeb v ketosteroidové izomeráze“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 106 (34): 14271–5. Bibcode:2009PNAS..10614271S. doi:10.1073 / pnas.0901032106. PMC  2732871. PMID  19706511.
  28. ^ A b Kim SW, Cha SS, Cho HS, Kim JS, Ha NC, Cho MJ, Joo S, Kim KK, Choi KY, Oh BH (listopad 1997). "Krystalové struktury s vysokým rozlišením delta5-3-ketosteroid izomerázy s nebo bez reakčního meziproduktového analogu". Biochemie. 36 (46): 14030–6. doi:10.1021 / bi971546 +. PMID  9369474.
  29. ^ Kawahara FS, Wang SF, Talalay P (květen 1962). "Příprava a vlastnosti krystalické delta5-3-ketosteroid izomerázy". The Journal of Biological Chemistry. 237: 1500–6. PMID  14454546.
  30. ^ Talalay P, Dobson MM, Tapley DF (říjen 1952). "Oxidační degradace testosteronu adaptivními enzymy". Příroda. 170 (4328): 620–1. Bibcode:1952Natur.170..620T. doi:10.1038 / 170620a0. PMID  13002385. S2CID  4181660.
  31. ^ Lachance Y, Luu-The V, Labrie C, Simard J, Dumont M, de Launoit Y, Guérin S, Leblanc G, Labrie F (únor 1992). „Charakterizace genu lidské 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenázy / delta 5-delta 4-izomerázy a jeho exprese v savčích buňkách“. The Journal of Biological Chemistry. 267 (5): 3551. PMID  1737804.
  32. ^ Horinouchi M, Hayashi T, Kudo T (březen 2012). "Degradace steroidů v Comamonas testosteroni". The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. 129 (1–2): 4–14. doi:10.1016 / j.jsbmb.2010.10.008. hdl:10069/24613. PMID  21056662. S2CID  140206626.
  33. ^ Horinouchi M, Kurita T, Hayashi T, Kudo T (říjen 2010). „Geny pro degradaci steroidů v Comamonas testosteroni TA441: Izolace genů kódujících 44 (5) -izomerázu a 3α- a 3β-dehydrogenázy a důkazy o horkém místě genu pro degradaci steroidů o velikosti 100 kb“. The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. 122 (4): 253–63. doi:10.1016 / j.jsbmb.2010.06.002. PMID  20554032. S2CID  206497547.
  34. ^ Gerlt JA, Gassman PG (listopad 1993). „Pochopení rychlosti určitých enzymem katalyzovaných reakcí: abstrakce protonů z uhlíkových kyselin, acylové přenosové reakce a vytěsňovací reakce fosfodiesterů“. Biochemie. 32 (45): 11943–52. doi:10.1021 / bi00096a001. PMID  8218268.
  35. ^ Gerlt JA, Gassman PG (prosinec 1993). „Vysvětlení pro rychlou enzymem katalyzovanou abstrakci protonů z uhlíkových kyselin: význam pozdních přechodových stavů ve vzájemně sladěných mechanismech“. Biochemie. 115 (24): 11552–11568. doi:10.1021 / ja00077a062.
  36. ^ Warshel A, Papazyan A, Kollman PA (červenec 1995). „O vodíkových vazbách s nízkou bariérou a enzymové katalýze“. Věda. 269 (5220): 102–6. Bibcode:1995Sci ... 269..102W. doi:10.1126 / science.7661987. PMID  7661987.
  37. ^ Guthrie JP (březen 1996). „Krátké silné vodíkové vazby: mohou vysvětlit enzymatickou katalýzu?“. Chemie a biologie. 3 (3): 163–70. doi:10.1016 / s1074-5521 (96) 90258-6. PMID  8807842.

Další čtení