Seznam softwaru pro predikci struktury proteinů - List of protein structure prediction software
 | Tento článek je Použití externí odkazy nemusí dodržovat zásady nebo pokyny Wikipedie. (Listopadu 2014) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Jednotlivé aminokyseliny lze analyzovat za účelem předpovědi sekundární, terciární a kvartérní proteinové struktury.
Tento seznam softwaru pro predikci struktury proteinů shrnuje významné použité softwarové nástroje v systému Windows predikce proteinové struktury, počítaje v to homologické modelování, navlékání bílkovin, ab initio metody, predikce sekundární struktury a predikce transmembránové šroubovice a signálního peptidu.
Seznam softwaru
Níže je uveden seznam, který odděluje programy podle metody použité pro predikci struktury.
Homologické modelování
| název | Metoda | Popis | Odkaz |
|---|---|---|---|
| RaptorX | vzdálená detekce homologie, 3D modelování proteinů, predikce vazebných míst | Automatizovaný webový server a program ke stažení | server a stáhnout |
| Biskit | zabalí externí programy do automatizovaného pracovního toku | VÝBUCH Vyhledávání, T-káva zarovnání a MODELÁŘ konstrukce | web projektu |
| ESyPred3D | Detekce šablon, zarovnání, 3D modelování | Automatizovaný webový server | serveru |
| FoldX | Energetické výpočty a design bílkovin | Program ke stažení | stažení |
| Phyre a Phyre2 | Vzdálená detekce šablon, zarovnání, 3D modelování, více šablon, ab initio | Webový server s manažerem úloh, automaticky aktualizovanou knihovnou skladů, vyhledávání genomu a dalšími zařízeními | serveru |
| HHpred | Detekce šablon, zarovnání, 3D modelování | Interaktivní webový server s funkcí nápovědy | serveru stažení článek |
| MODELÁŘ | Spokojenost prostorových omezení | Samostatný program hlavně v Fortran a Krajta | stažení Server |
| CONFOLD | Spokojenost kontaktů a omezení vzdálenosti | Samostatný program hlavně v Fortran a Perl | stažení |
| MOE (Molecular Operating Environment) | Identifikace šablon, použití více šablon a účtování pro jiná prostředí (např. Vyloučené objemy ligandů), modelování smyček, rotamerové knihovny pro konformace postranního řetězce, relaxace pomocí silových polí MM. | Proprietární platforma podporovaná v systémech Windows, Linux a Mac | stránky |
| ROBETTA | Modelování homologie Rosetta a sestavování fragmentů ab initio s predikcí domény Ginzu | Webový server | serveru |
| BHAGEERATH-H | Kombinace metod skládání ab initio a homologie | Předpovědi terciární struktury bílkovin | serveru |
| ŠVÝCARSKÝ MODEL | Místní podobnost / sestava fragmentu | Automatizovaný webový server (založený na ProModII) | serveru |
| Yasara | Detekce šablon, zarovnání, modelování vč. ligandy a oligomery, hybridizace modelových fragmentů | Grafické rozhraní nebo textový režim (klastry) | Domovská stránka Výsledky CASP8 |
| AWSEM-Suite | Molekulární dynamika simulace založená na šablonami naváděných a koevolučně vylepšených optimalizovaných skládacích krajinách[1] | Automatizovaný webový server | serveru |
Rozpoznávání závitů / skládání
| název | Metoda | Popis | Odkaz |
|---|---|---|---|
| RaptorX | Vzdálená detekce šablon, vlákno s jednou šablonami a více šablonami, zcela odlišné od a mnohem lepší než starý program RAPTOR navržený stejnou skupinou | Webový server s manažerem úloh, automaticky aktualizovaná knihovna skládání | stažení serveru |
| HHpred | Detekce šablon, zarovnání, 3D modelování | Interaktivní webový server s funkcí nápovědy | serveru stažení článek |
| Phyre a Phyre2 | Vzdálená detekce šablon, zarovnání, 3D modelování, více šablon, ab initio | Webový server s manažerem úloh, automaticky aktualizovanou knihovnou skladů, vyhledávání genomu a dalšími zařízeními | serveru |
Ab initio predikce struktury
| název | Metoda | Popis | Odkaz |
|---|---|---|---|
| trRosetta | trRosetta je algoritmus pro rychlou a přesnou predikci struktury proteinů de novo. Vytváří proteinovou strukturu na základě přímé minimalizace energie pomocí umírněné Rosetty. Omezení zahrnují vzdálenost mezi zbytky a rozdělení orientace, predikované hlubokou zbytkovou neuronovou sítí. | Webový server a zdrojové kódy. Složení proteinů ~ 300 AA trvá přibližně jednu hodinu | Server |
| I-TASSER | Opětovné sestavení struktury fragmentů | On-line server pro modelování proteinů | Server |
| ROBETTA | Modelování homologie Rosetta a sestavování fragmentů ab initio s predikcí domény Ginzu | Webový server | serveru |
| Rosetta @ home | Distribuovaná výpočetní implementace Rosettova algoritmu | Program ke stažení | hlavní strana |
| Ušeň | Skládání molekulární dynamiky | Program | Příklad |
Predikce sekundární struktury
Podrobný seznam programů najdete na Seznam programů predikce sekundární struktury proteinů
Viz také
- Seznam programů predikce sekundární struktury proteinů
- Porovnání simulačního softwaru nukleových kyselin
- Seznam softwaru pro modelování molekulární mechaniky
- Software pro molekulární design
- Proteinový design
Externí odkaz
- bio. nástroje, hledání dalších nástrojů
Reference
- ^ Jin, Shikai; Contessoto, Vinicius G; Chen, Mingchen; Schafer, Nicholas P; Lu, Wei; Chen, Xun; Bueno, Carlos; Hajitaheri, Arya; Sirovetz, Brian J; Davtyan, Aram; Papoian, Garegin A; Tsai, Min-Yeh; Wolynes, Peter G (2. července 2020). „AWSEM-Suite: server predikce proteinové struktury založený na šablonami naváděných, koevolučně vylepšených optimalizovaných skládacích krajinách“. Výzkum nukleových kyselin. 48 (W1): W25 – W30. doi:10.1093 / nar / gkaa356. PMC 7319565. PMID 32383764.