MyGrid - MyGrid

konsorcium myGrid
Formace2001
Type-věda organizace
ÚčelVývoj softwarových nástrojů pro vědce
Umístění
Carole Goble
webová stránkawww.mygrid.org.Spojené království

The myGrid konsorcium vyrábí a používá sadu návrhů nástrojů, které „pomáhají e-vědcům pokračovat ve vědě a pokračovat ve vědě“. Tyto nástroje podporují vytváření e-laboratoře a byly použity v doménách tak rozmanitých jako biologie systémů, společenské vědy, hudba, astronomie,[1] multimédia a chemie.[2][3]

Konsorcium vede Carole Goble Katedry informatiky na University of Manchester, SPOJENÉ KRÁLOVSTVÍ.

Nástroje vyráběné a používané společností myGrid

Mezi nástroje vyvinuté konsorciem myGrid patří:

Dějiny

Konsorcium má tři odlišné fáze:

Fáze 1

Konsorcium vzniklo v roce 2001 a sdružovalo spolupracovníky na univerzitách v Manchester, Southampton, Newcastle, Nottingham a Sheffield, The Evropská laboratoř molekulární biologie -Evropský bioinformatický institut[22] (EMBL-EBI) v Cambridge a průmysloví partneři GlaxoSmithKline, Merck KGaA, AstraZeneca, Sun Microsystems, IBM, GeneticXchange, Epistemics and Cerebra, (dříve Network Inference). Spojené království Rada pro výzkum ve strojírenství a fyzikálních vědách financovala první fázi projektu částkou 3,5 milionu GBP.[23]

K datu, Mřížka vývoj se zaměřil na základní problémy skladování, výpočtu a správy zdrojů potřebné k tomu, aby byly informace a nástroje globální vědecké komunity přístupné ve vysoce výkonném prostředí. Z hlediska e-Science je však účelem Gridu poskytnout prostředí pro spolupráci a podporu, které umožní geograficky distribuovaným vědcům efektivněji dosáhnout cílů výzkumu. MyGrid navrhne, vyvine a předvede funkce na vyšší úrovni v rámci stávající infrastruktury Grid, která podporuje vědce při využívání komplexních distribuovaných zdrojů.

Projekt vyvinul e-věda zavolal pracovní stůl Taverna[4][5][6] který podporuje:

  • vědecký proces experimentálního zkoumání, shromažďování důkazů a asimilace výsledků;
  • vědecké využití informací komunity; a
  • vědecká spolupráce, která umožňuje dynamickým seskupením řešit vznikající výzkumné problémy.

Vyvinul se také projekt myGrid můj experiment umožnit sdílení vědeckých pracovních toků z Taverny a dalších Vědecké systémy pracovního toku.

Pracovní stůl Taverna podporuje jednotlivé vědce poskytováním personalizačních zařízení týkajících se výběru zdrojů, správy dat a uzákonění procesů. Činnost v oblasti designu a vývoje bude informována a hodnocena pomocí problémů v bioinformatice, která je charakterizována vysoce distribuovanou komunitou s mnoha zdroji sdílených nástrojů. myGrid vyvine dvě aplikační prostředí, jedno, které podporuje jednotlivé vědce při analýze funkčnosti genomický data a další, která podporuje anotaci vzoru databáze. Oba tyto úkoly vyžadují explicitní zastoupení a uzákonění vědeckých procesů a mají náročné výkonnostní požadavky.

Fáze 2

Ve fázi 2, od roku 2006 do roku 2009, je konsorcium financováno částkou 2 miliony GBP[24] jako součást Otevřete Institut infrastruktury middlewaru. Členství v konsorciu bylo soustředěno v EU University of Manchester a EMBL-EBI.

Fáze 3

V prosinci 2008 ve Velké Británii Rada pro výzkum ve strojírenství a fyzikálních vědách schválila návrh grantu na obnovení týmu. Grant je na 1,15 mil. GBP[25] a začalo v lednu 2009. Členy týmu myGrid pro Fázi 3 jsou University of Manchester a University of Southampton. Projekt je organizován kolem 4 témat: Řízení znalostí pro e-vědu, Správa metadat v e-laboratořích, Návrh vědeckého pracovního toku, Řízení a uznání a Sociální výpočet pro e-vědce. Téma Social Computing je zaměřeno na můj experiment[7] Virtuální výzkumné prostředí (VRE) pro sociální péči a sdílení vědeckých Výzkumné objekty.

Reference

  1. ^ Hook, R. N .; Romaniello, M .; Ullgrén, M .; Järveläinen, P .; Maisala, S .; Oittinen, T .; Savolainen, V .; Solin, O .; Tyynelä, J .; Peron, M .; Izzo, C .; Licha, T. (2008). "ESO Reflex: Grafický modul pracovního toku pro spouštění receptů". Workshop kalibrace přístrojů ESO 2007. Evropská jižní observatoř ESO Astrophysics Symposia. str. 169. doi:10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN  978-3-540-76962-0.
  2. ^ Stevens, R. D.; Robinson, A. J .; Goble, C. A. (2003). „MyGrid: Personalizovaná bioinformatika v informační síti“. Bioinformatika. 19: i302 – i304. doi:10.1093 / bioinformatika / btg1041. PMID  12855473.
  3. ^ Stevens, R. D.; Tipney, H. J .; Wroe, C. J .; Oinn, T. M .; Senger, M .; Lord, P. W .; Goble, C. A.; Brass, A.; Tassabehji, M. (2004). „Zkoumání Williams-Beurenova syndromu pomocí myGrid“. Bioinformatika. 20: i303 – i310. doi:10.1093 / bioinformatika / bth944. PMID  15262813.
  4. ^ A b Hull, D .; Wolstencroft, K .; Stevens, R.; Goble, C. A.; Pocock, M. R.; Li, P .; Oinn, T. (2006). „Taverna: Nástroj pro vytváření a provoz pracovních toků služeb“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s webovým serverem): W729 – W732. doi:10.1093 / nar / gkl320. PMC  1538887. PMID  16845108. otevřený přístup
  5. ^ A b Oinn, T .; Greenwood, M .; Addis, M .; Alpdemir, M. N .; Ferris, J .; Glover, K .; Goble, C.; Goderis, A .; Hull, D .; Marvin, D .; Li, P .; Lord, P .; Pocock, M. R.; Senger, M .; Stevens, R .; Wipat, A .; Wroe, C. (2006). „Taverna: Lessons in creating a workflow environment for the life sciences“ (PDF). Souběžnost a výpočet: Praxe a zkušenosti. 18 (10): 1067–1100. doi:10,1002 / cpe.993. S2CID  10219281.
  6. ^ A b Oinn, T .; Li, P .; Kell, D. B.; Goble, C. A.; Goderis, A .; Greenwood, M .; Hull, D .; Stevens, R.; Turi, D .; Zhao, J. (2007). „Taverna / myGrid: Aligning a Workflow System with the Life Sciences Community“. Pracovní postupy pro elektronickou vědu. 300–319. doi:10.1007/978-1-84628-757-2_19. ISBN  978-1-84628-519-6.
  7. ^ A b Goble, C. A.; Bhagat, J .; Aleksejevs, S .; Cruickshank, D .; Michaelides, D .; Newman, D .; Borkum, M .; Bechhofer, S .; Roos, M .; Li, P .; De Roure, D. (2010). „MyExperiment: Repository and social network for the sharing of bioinformatics workflows“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W677 – W682. doi:10.1093 / nar / gkq429. PMC  2896080. PMID  20501605.
  8. ^ Bhagat, J .; Tanoh, F .; Nzuobontane, E .; Laurent, T .; Orlowski, J .; Roos, M .; Wolstencroft, K .; Aleksejevs, S .; Stevens, R .; Pettifer, S .; Lopez, R .; Goble, C. A. (2010). „BioKatalog: Univerzální katalog webových služeb pro vědy o živé přírodě“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W689 – W694. doi:10.1093 / nar / gkq394. PMC  2896129. PMID  20484378.
  9. ^ Wolstencroft, K .; Owen, S .; Du Preez, F .; Krebs, O .; Mueller, W .; Goble, C.; Snoep, J. L. (2011). „VYHLEDÁVÁNÍ“. Metody v biologii systémů. Metody v enzymologii. 500. 629–655. doi:10.1016 / B978-0-12-385118-5.00029-3. ISBN  9780123851185. PMID  21943917.
  10. ^ "Hledejte vědu | Pro hledání, sdílení a výměnu dat, modelů a procesů v systémové biologii". Citováno 2012-06-21.
  11. ^ Booth, I. R. (2007). „SysMO: Zpět do budoucnosti“. Příroda Recenze Mikrobiologie. 5 (8): 566. doi:10.1038 / nrmicro1719. PMID  17632975.
  12. ^ "About | SysMO-DB". Citováno 2012-06-21.
  13. ^ Thew, S .; Jarvis, P .; Ainsworth, J .; Buchan, I. (2010). „Atlas obezity a metodická sada: Směrem k otevřenému rámci pro sdílení pracovních postupů zpravodajských informací v oblasti veřejného zdraví“. Studie ve zdravotnických technologiích a informatice. 160 (Pt 1): 496–500. PMID  20841736.
  14. ^ "MethodBox Home". Archivovány od originál dne 18. 9. 2011. Citováno 2012-06-21.
  15. ^ Wolstencroft, K .; Owen, S .; Horridge, M .; Krebs, O .; Mueller, W .; Snoep, J. L .; Du Preez, F .; Goble, C. (2011). „RightField: Vkládání anotace ontologie do tabulek“. Bioinformatika. 27 (14): 2021–2022. doi:10.1093 / bioinformatika / btr312. PMID  21622664.
  16. ^ "RightField.org.uk | SysMO-DB". Citováno 2012-06-21.
  17. ^ Klein, J .; Jupp, S .; Moulos, P .; Fernandez, M .; Buffin-Meyer, B .; Casemayou, A .; Chaaya, R .; Charonis, A .; Bascands, J. -L .; Stevens, R .; Schanstra, J. P. (2012). „KUPKB: nová webová aplikace pro přístup k multiomickým datům o onemocnění ledvin“. FASEB Journal. 26 (5): 2145–2153. doi:10.1096 / fj.11-194381. PMID  22345404.
  18. ^ Jupp, S .; Klein, J .; Schanstra, J .; Stevens, R. (2011). „Rozvoj znalostní báze ledvin a močových cest“. Časopis biomedicínské sémantiky. 2: S7. doi:10.1186 / 2041-1480-2-S2-S7. PMC  3102896. PMID  21624162.
  19. ^ „Znalostní databáze ledvin a močových cest“. Citováno 2012-06-21.
  20. ^ „Home - wf4ever“. Citováno 2012-06-21.
  21. ^ Bechhofer, S .; Buchan, I .; De Roure, D.; Missier, P .; Ainsworth, J .; Bhagat, J .; Couch, P .; Cruickshank, D .; Delderfield, M .; Dunlop, I .; Gamble, M .; Michaelides, D .; Owen, S .; Newman, D .; Sufi, S .; Goble, C. (2011). „Proč propojené údaje vědcům nestačí“ (PDF). Počítačové systémy budoucí generace. 29 (2): 599. doi:10.1016 / j.future.2011.08.004. S2CID  16783450.
  22. ^ „Projekt myGrid v EBI“. Archivovány od originál dne 2012-06-20.
  23. ^ „myGrid: Přímá podpora E-Scientist GR / R67743 / 01“. Citováno 2012-06-20.
  24. ^ „myGrid: Uzel OMII-UK (mymes: myGrid middleware pro e-vědce) EP / D044324 / 1“. Citováno 2012-06-20.
  25. ^ „myGrid: Platforma pro obnovení e-biologie EP / G026238 / 1“. Citováno 2012-06-20.