InterMine - InterMine
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Open source datový skladový systém pro integraci a analýzu biologických dat. |
| Organismy | pestrý |
| Přístup | |
| webová stránka | http://www.intermine.org/ |
| Stáhnout URL | https://github.com/intermine/intermine |
| webová služba URL | http://iodocs.apps.intermine.org/ |
| Smíšený | |
| Licence | LGPL 2.1 |
| Uvolnění dat frekvence | Čtvrtletní |
| Verze | 1.6.6 |
| Bookmarkable subjekty | Ano |
InterMine je otevřený zdroj systém datového skladu s licencí pod LGPL 2.1. InterMine se používá k vytváření databáze biologických dat přístup k sofistikovaným nástrojům pro webové dotazy. InterMine lze použít k vytvoření databází z jedné datové sady nebo k integraci více zdrojů dat. Je poskytována podpora pro několik běžných biologických formátů a existuje rámec pro přidávání dalších údajů. InterMine obsahuje uživatelsky přívětivé webové rozhraní, které funguje „z krabice“ a lze jej snadno přizpůsobit.[1][2]
InterMine usnadňuje integraci více zdrojů dat do jednoho datového skladu. Má základní datový model založený na sekvenční ontologie a podporuje několik formátů biologických dat, což umožňuje administrátorům konfigurovat, které organismy nebo datové soubory jsou požadovány. Je snadné rozšířit datový model a integrovat další data pomocí rozhraní API webových služeb, klientů v sedmi různých jazycích a podobně XML formát, který pomáhá importovat vlastní data.
Jako aktivní open source projekt udržuje InterMine a seznam adresátů pro vývojáře a důkladné vývojář a uživatelská dokumentace.
Podporované datové formáty
- Chado
- GFF3
- FASTA
- JÍT & soubory asociace genů
- UniProt XML
- PSI XML (proteinové interakce, Iniciativa pro strukturu bílkovin )
- InParanoid ortology
- Ensembl
Klienti
Weboví klienti umožňují uživatelům programový přístup k datům s minimálním úsilím a jsou k dispozici pro perl, krajta, rubín, javascript, Jáva, a R. Data lze také dotazovat prostřednictvím a nativní aplikace pro Android.
webová aplikace
Webová aplikace InterMine umožňuje vytváření vlastních bioinformatických dotazů, zahrnuje dotazy na šablony (webové formuláře pro spouštění „konzervovaných“ dotazů). Uživatelé mohou nahrávat a pracovat se seznamy dat. Je možné konfigurovat / vytvářet widgety pro analýzu seznamů pomocí grafů a statistik obohacování.
Uživatel správce může kdykoli bez programování publikovat nové dotazy na šablony, měnit stránky sestav a vytvářet veřejné seznamy. Lze nakonfigurovat a označit mnoho aspektů webové aplikace.
Aktuální projekty (nevyčerpávající seznam)
Aktuální seznam projektů si můžete prohlédnout na Registr InterMine
- Databáze obecných modelových organizmů
- modENCODE
- FlyMine
- HumanMine
- RatMine
- Droždí
- TargetMine
- MitoMiner
- Myší důl
- ZebrafishMine
- WormMine
- INDIGO
- ThaleMine
- TargetMine
- PhytoMine
- MedicMine
- BovineMine
- HymenopteraMine
- SoyMine
- BeanMine
- Cizrna důl
- LegumeMine
- PeanutMine
- Shaare
- Wheat3Bmine
- PlanMine
- GrapeMine
- RepetDB
- XenMine
- CHOMine
Reference
- ^ http://www.intermine.org
- ^ Smith, Richard N .; Aleksic, Jelena; et al. (2012-12-01). „InterMine: flexibilní systém datových skladů pro integraci a analýzu heterogenních biologických dat“. Bioinformatika. 28 (23): 3163–3165. doi:10.1093 / bioinformatika / bts577. ISSN 1367-4803. PMC 3516146. PMID 23023984.