BioPHP - BioPHP
| Původní autoři | Dr. Joseba Bikandi |
|---|---|
| Napsáno | PHP |
| Plošina | Cross-platform |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | GNU GPL verze 2 |
| webová stránka | biophp |
BioPHP je sbírka open-source PHP kód s třídami pro analýzu sekvencí DNA a proteinů, zarovnání, analýzu databáze a další bioinformatika nástroje. BioRuby se uvolňují pod GNU GPL licence verze 2[1] a je jedním z řady projektů Bio *, jejichž cílem je omezit duplikace kódu.[2] Jako otevřený zdrojový bioinformatický projekt je BioPHP přidružen k Otevřená nadace pro bioinformatiku.[3]
Dějiny
Projekt BioPHP vyrostl z GenePHP, který zahájil Serge Gregorio v roce 2003. GenePHP byl koncipován jako implementace podobných bioinformatických balíčků jako např. BioPerl a BioPython a BioRuby. BioPHP byl vyvinut v prosinci 2005 Josebou Bikandim na Univerzita Baskicka, Španělsko jako rozšíření GenePHP. GenePHP je jedním ze čtyř projektů, které v současnosti tvoří BioPHP.[1]
Projekty
BioPHP je rozdělen do čtyř „projektů“. The GenePHP projekt má podobnou strukturu jako jiné projekty Bio *, s řadou tříd představujících (mimo jiné) sekvence DNA a proteinů a seřazení sekvencí. Každá třída je navržena tak, aby byla dostatečně obecná, aby byla užitečná v řadě projektů BioPHP. Podobně Funkce projekt si klade za cíl vytvořit řadu funkcí pro provádění úkolů na objektech třídy a snížení duplikace kódu mezi projekty. The Minitools a Nástroje projekty se zaměřují na generování sady skriptů PHP pro malé opakující se úkoly; skripty v projektu Tools mají obecně speciální požadavky, jako je například propojení se skripty jinými než PHP a / nebo kódem (napsaným například v Perl nebo C ).[1]
Viz také
Reference
- ^ A b C "BioPHP Wiki - informace". Citováno 13. srpna 2015.
- ^ Mangalam H (2002). „Soupravy nástrojů Bio * - stručný přehled“. Stručná bioinformace. 3 (3): 296–302. doi:10.1093 / bib / 3.3.296. PMID 12230038.
- ^ „Projekty - Otevřená nadace pro bioinformatiku“. Citováno 13. srpna 2015.