Anduril (pracovní tok motoru) - Anduril (workflow engine)

Anduril
Logo Anduril Workflow Engine v.2.0.png
Pracovní postup Anduril v Eclipse
Pracovní postup Anduril v Eclipse
VývojářiLaboratoř systémové biologie University of Helsinki
První vydání1. července 2010; před 10ti lety (2010-07-01)
Stabilní uvolnění
1.2.23 / 24. června 2014 (2014-06-24)
Náhled verze
2.0.0 / 14. prosince 2015 (2015-12-14)
Úložiště
Upravte to na Wikidata
NapsánoJáva
Operační systémLinux, Microsoft Windows, Mac OS X
TypWorkflow engine
LicenceGPL (v.1.x), BSD (v.2.x)
webová stránkawww.anduril.org

Anduril je otevřený rámec pracovního toku založený na komponentách pro analýzu vědeckých dat[1] vyvinutý v laboratoři Systems Biology Laboratory, University of Helsinki.

Anduril je navržen tak, aby umožňoval systematickou, flexibilní a efektivní analýzu dat, zejména v oblasti vysoce výkonných experimentů v biomedicínském výzkumu. Systém pracovního toku v současné době poskytuje komponenty pro několik typů analýz, jako například sekvenování, genová exprese, SNP, ChIP na čipu, komparativní genomová hybridizace a exonová microarray analýza stejně jako cytometrie a zobrazování buněk analýza.

Architektura a funkce

Pracovní postup je řada kroků zpracování spojených dohromady, takže výstup jednoho kroku je použit jako vstup jiného. Kroky zpracování implementují úkoly analýzy dat, jako je import dat, statistické testy a generování zpráv. V Andurilu jsou kroky zpracování implementovány pomocí komponent, které jsou opakovaně použitelným spustitelným kódem, který lze zapsat v libovolném programovacím jazyce. Komponenty jsou zapojeny společně do pracovního toku nebo do sítě komponent, která je prováděna strojem pracovního toku Anduril. Konfigurace pracovního postupu se provádí pomocí jednoduchého, ale výkonného skriptovacího jazyka AndurilScript. Konfiguraci a spuštění pracovního postupu lze provést z Zatmění, populární víceúčelové grafické uživatelské rozhraní nebo z příkazového řádku.

Základní Anduril engine je napsán v Javě a komponenty jsou napsány v různých programovacích jazycích, včetně Javy, R, MATLAB, Lua, Perl a Krajta. Komponenty mohou mít také závislosti na knihovnách třetích stran, například Biovodič. Jsou poskytovány komponenty pro zobrazování buněk a analýzu microarray, ale uživatelé mohou implementovat další komponenty. Andurilské jádro bylo testováno na Linuxu a Windows.

Anduril 1.0: jazyk AndurilScript

Hello world v AndurilScript je prostě

  std.echo("Ahoj světe!")

Komentování se řídí syntaxí Javy:

  // Jednoduchý komentář  / * Další jednoduchý komentář * /  / ** Popis, který bude součástí popisu komponenty * /

Komponenty jsou volány přiřazením jejich volání pojmenovaným instancím komponent. Názvy nelze znovu použít v rámci jednoho pracovního postupu. Pro vstupní soubory existují speciální komponenty, které do skriptu zahrnují externí soubory. Podporované atomové typy jsou integer, float, boolean a string a psaní se provádí implicitně.

  v 1 = VSTUP(cesta="myFile.csv")  konstanta1 = 1  komponenta Instance1 = MyComponent(inputPort1 = v 1, inputParam1 = konstanta1)

Pracovní postupy jsou konstruovány přiřazením výstupů instancí komponent vstupům následujících komponent.

  komponenta Instance2 = AnotherComponent(inputPort1 = komponenta Instance1.outputPort1)

Instance komponent lze také zabalit jako funkce.

  funkce MyFunction(InType1 v 1, ..., volitelný InTypeM inM,                      ParType1 param1, ..., ParTypeP Param=defaultP)                      -> (OutType1 out1, ..., OutTypeN outN)  {      ... prohlášení ...      vrátit se záznam(out1=x1, ..., outN=xN)  }

Kromě standardních příkazů if-else a switch-case obsahuje AndurilScript také smyčky for-loops.

  // Iteruje přes 1, 2, ..., 10  pole = záznam()  pro i: std.rozsah(1, 10) {      pole[i] = SomeComponent(k=i)  }

Rozšiřitelnost

Anduril lze rozšířit na více úrovních. Uživatelé mohou přidávat nové komponenty ke stávajícím balíčkům komponent. Pokud však nová součást nebo součásti provádějí úkoly, které nesouvisejí se stávajícími svazky, mohou uživatelé také vytvářet nové svazky.

Moksiskaan

Rozrušená tvář loga Moksiskaan

Moksiskaan je integrace dat rámec pro výzkum rakoviny a molekulární biologie.[2] Rámec poskytuje relační databázi, která představuje graf biologických entit, jako jsou geny, bílkoviny, léky, cesty, nemoci, biologické procesy, buněčné komponenty a molekulární funkce. Kromě těchto dat je navíc k dispozici široká sada analytických a přístupových nástrojů. Velká většina těchto nástrojů je implementována jako komponenty a funkce Andurilu.

Moksiskaan se používá hlavně k interpretaci seznamů kandidátské geny získané z genomických studií. Jeho nástroje lze použít ke generování grafů biologických entit souvisejících se vstupními geny. Přesnost těchto grafů se může lišit od předpovědi cílového léku po časové řady signalizačních kaskád. S některými cíli těchto nástrojů úzce souvisí IPA.

Viz také

Reference

  1. ^ Ovaska, K .; Laakso, M .; Haapa-Paananen, S .; Louhimo, R .; Chen, P .; Aittomäki, V .; Valo, E .; Núñez-Fontarnau, J .; Rantanen, V .; Karinen, S .; Nousiainen, K .; Lahesmaa-Korpinen, A. M .; Miettinen, M .; Saarinen, L .; Kohonen, P .; Wu, J .; Westermarck, J .; Hautaniemi, S. (2010). „Rozsáhlý rámec integrace dat poskytuje komplexní pohled na multiformní glioblastom“. Genomová medicína. 2 (9): 65. doi:10,1186 / gm186. PMC  3092116. PMID  20822536.
  2. ^ Laakso, M .; Hautaniemi, S. (2010). „Integrativní platforma pro překlad genových sad do sítí“. Bioinformatika. 26 (14): 1802–1803. doi:10.1093 / bioinformatika / btq277. PMID  20507894.

Další čtení

externí odkazy