Geworkbench - Geworkbench

geWorkbench
VývojářiColumbia University,
První genetická důvěra
Národní onkologický institut
První vydání2004; Před 16 lety (2004)
Stabilní uvolnění
2.6.0.3 / 21. prosince 2016; před 3 lety (2016-12-21)
Operační systémOkna, Linux, Mac OS X
Plošinax86
K dispozici vAngličtina
TypGenom analýza dat
LicenceBSD[1]
webová stránkawww.geworkbench.org

geWorkbench[2] (genomics Workbench) je open-source software platforma pro integrované genomický analýza dat. Je to desktopová aplikace napsaná v programovacím jazyce Jáva. geWorkbench používá architekturu komponent. Od roku 2016, existuje více než 70 zásuvných modulů[3] dostupné, zajišťující vizualizaci a analýzu genová exprese, sekvence a strukturní data.

geWorkbench je platforma bioinformatiky MAGNet,[4] národní centrum pro víceúrovňovou analýzu genomických a celulárních sítí, jedno z osmi Národní centra pro biomedicínské výpočty[5] financováno prostřednictvím plánu NIH (Společný fond NIH[6]). Mnoho systémů a strukturních biologických nástrojů vyvinutých vyšetřovateli MAGNet je k dispozici jako pluginy geWorkbench.

Funkce

  • Nástroje pro výpočetní analýzu, jako je t-test, hierarchické shlukování, samoorganizující se mapy, rekonstrukce regulačních sítí, vyhledávání BLAST, objev vzorových motivů, predikce struktury proteinů, anotace proteinů na základě struktury atd.
  • Vizualizace genové exprese (teplotní mapy, vulkánový graf), sítě molekulárních interakcí (přes Cytoscape ), údaje o proteinové sekvenci a proteinové struktuře (např. MarkUs).
  • Integrace informací o anotacích genů a drah z kurátorských zdrojů i prostřednictvím analýzy obohacení genové ontologie.
  • Integrace komponent prostřednictvím správy platforem vstupů a výstupů. Mezi daty, která lze sdílet mezi komponentami, jsou datové sady expresí, interakční sítě, sady a sekvence vzorků a genů (genů).
  • Sledování historie datové sady - kompletní záznam použitých datových sad a nastavení vstupu.
  • Integrace s nástroji třetích stran, jako je Genepattern, Cytoscape, a Genomespace.

Demonstrace každé popsané funkce lze nalézt na http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Tutorials.

Verze

  • geWorkbench je open-source software které lze stáhnout a nainstalovat lokálně. K dispozici je také zip soubor uvolněné verze zdroje Java.
  • Existují také předem zabalené verze instalačního programu[7] pro Windows, Macintosh a Linux.

Viz také

Reference

  1. ^ licence geWorkbench
  2. ^ Floratos, A .; Smith, K .; Ji, Z .; Watkinson, J .; Califano, A. (2010). „GeWorkbench: Open source platforma pro integrační genomiku“. Bioinformatika. 26 (14): 1779–1780. doi:10.1093 / bioinformatika / btq282. PMC  2894520. PMID  20511363.
  3. ^ http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Plugins
  4. ^ Magnet
  5. ^ http://www.ncbcs.org
  6. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 21.06.2013. Citováno 2013-07-16.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  7. ^ http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Download_and_Installation

externí odkazy