VYTEPAT - EMBOSS
VYTEPAT je zdarma otevřený zdroj softwarový analytický balíček vyvinutý pro potřeby molekulární biologie a bioinformatika komunita uživatelů.[1] Tento software si automaticky poradí s daty v různých formátech a dokonce umožňuje transparentní načítání sekvenčních dat z webu. Jelikož je balíček dodáván s rozsáhlými knihovnami, jedná se o platformu, která umožňuje dalším vědcům vyvíjet a vydávat software ve skutečném duchu open source. EMBOSS také integruje řadu aktuálně dostupných balíčků a nástrojů pro sekvenční analýzu do souvislého celku.
VYTEPAT je zkratka pro Europský Molekulární Biologie Ópero Ssoftwaru Suite. The evropský část názvu naznačuje širší rozsah. Základní skupiny EMBOSS spolupracují s mnoha dalšími skupinami na vývoji nových aplikací, které uživatelé potřebují. To bylo provedeno od začátku s EMBnet, Evropská síť molekulární biologie. EMBnet má mnoho uzlů po celém světě, z nichž většinu tvoří národní bioinformatické služby. EMBnet má zkušenosti s programováním. V září 1998 se konal první workshop, kdy se zúčastnilo 30 lidí z EMBnet Hinxton dozvědět se o EMBOSS a diskutovat o dalším postupu.[2]
Balíček EMBOSS obsahuje řadu aplikací pro zarovnání sekvence, rychlé prohledávání databáze se sekvenčními vzory, identifikace proteinových motivů (včetně analýzy domén) a mnoho dalšího.
Knihovny AJAX a NUCLEUS jsou vydávány pod GNU Library General Public License. Aplikace EMBOSS jsou vydávány pod GNU General Public License.[3]
Skupiny aplikací EMBOSS
| Skupina | Popis |
|---|---|
| Akd | Obslužné programy souborů ACD |
| Konsenzus sladění | Sloučení sekvencí za účelem dosažení shody |
| Rozdíly v zarovnání | Hledání rozdílů mezi sekvencemi |
| Zarovnání tečkovaných grafů | Porovnání posloupnosti bodových grafů |
| Globální zarovnání | Globální zarovnání sekvence |
| Zarovnání místní | Zarovnání místní sekvence |
| Zarovnání více | Zarovnání více sekvencí |
| Zobrazit | Zobrazení v kvalitě publikace |
| Upravit | Sekvenční úpravy |
| Kinetika enzymů | Výpočty kinetiky enzymů |
| Tabulky funkcí | Manipulace a zobrazení anotace sekvence |
| HMM | Skrytá analýza Markovova modelu |
| Informace | Informace a obecná pomoc uživatelům |
| Nabídky | Rozhraní nabídky |
| Nukleová 2D struktura | Sekundární struktura nukleové kyseliny |
| Využití nukleových kodonů | Analýza využití kodónu |
| Nukleové složení | Složení nukleotidových sekvencí |
| Nukleové ostrovy CpG | Detekce a analýza ostrovů CpG |
| Nález nukleových genů | Předpovědi genů a dalších genomických funkcí |
| Nukleové motivy | Hledání motivu nukleové kyseliny |
| Nukleová mutace | Mutace sekvence nukleové kyseliny |
| Nukleové primery | Predikce primeru |
| Nukleové profily | Generování a vyhledávání profilu nukleových kyselin |
| Nukleová opakování | Detekce opakování nukleové kyseliny |
| Nukleové omezení | Místa restrikčních enzymů v nukleotidových sekvencích |
| Skládání nukleové RNA | Metody skládání RNA a analýza |
| Nukleová transkripce | Transkripční faktory, promotory a predikce terminátoru |
| Nukleový překlad | Překlad nukleotidové sekvence do proteinové sekvence |
| Konsenzus fylogeneze | Fylogenetické konsensuální metody |
| Fylogenické spojité znaky | Fylogenetické metody spojitých znaků |
| Fylogenetické diskrétní znaky | Fylogenetické diskrétní charakterové metody |
| Fylogenetická matice vzdálenosti | Metody fylogenetické matice vzdálenosti |
| Frekvence genů fylogeneze | Metody fylogenetické genové frekvence |
| Fylogenetická molekulární sekvence | Metody fylogenetické molekulární sekvence |
| Kresba stromu fylogeneze | Metody kreslení fylogenetického stromu |
| 2D struktura proteinu | Sekundární struktura bílkovin |
| Protein 3d struktura | Terciární struktura bílkovin |
| Složení bílkovin | Složení proteinových sekvencí |
| Proteinové motivy | Hledání proteinových motivů |
| Mutace proteinů | Mutace proteinové sekvence |
| Profily proteinů | Generování a vyhledávání proteinového profilu |
| Test | Zkušební nástroje, nikoli pro všeobecné použití |
| Vytváří databázi | Instalace databáze |
| Využije indexování databáze | Indexování databáze |
| Používá různé | Obslužné nástroje |
Viz také
- Otevřená nadace pro bioinformatiku
- Soaplab - A MÝDLO rozhraní webové služby včetně EMBOSS
- Genostar - Integrace některých nástrojů EMBOSS do grafické aplikace
Reference
- ^ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). „EMBOSS: Evropská otevřená softwarová sada pro molekulární biologii“. Trendy v genetice. 16 (6): 276–277. doi:10.1016 / S0168-9525 (00) 02024-2. PMID 10827456.
- ^ Rice P, Bleasby A (1999). „EMBOSS: Evropská otevřená softwarová sada pro molekulární biologii“. Biochemik E-napětí. 16 (6): 276–7. doi:10.1016 / s0168-9525 (00) 02024-2. PMID 10827456.
- ^ http://emboss.open-bio.org/html/dev/ch01s01.html
Kategorie