GenGIS - GenGIS
 | The hlavní část tohoto článku možná bude třeba přepsat. (Února 2015) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
 Biodiverzita 19 mořských metagenomů z Global Ocean Sampling Expedition. | |
| Vývojáři | Donovan Parks, Mike Porter, Timothy Mankowski, Suwen Wang, Sylvia Churcher, Alex Keddy, Christian Blouin, Jacqueline Whalley, Stephen Brooks, Rob Beiko |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 2.5.3 / 22 dubna 2017 |
| Úložiště |  |
| Operační systém | Windows, Mac OS X |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | GPL v3 |
| webová stránka | kiwi |
GenGIS[1] slučuje geografické, ekologické a fylogenetické údaje o biologické rozmanitosti do jediného interaktivního vizualizačního a analytického prostředí. Klíčovou vlastností GenGIS je testování geografických os, které mohou odpovídat migračním trasám nebo přechodům, které ovlivňují podobnost komunity.[2] Data lze také prozkoumat pomocí grafických souhrnů dat podle jednotlivých stránek, jako jsou 3D geofylogeneze nebo vlastní vizualizace vyvinuté pomocí rámce pluginu. K dispozici jsou standardní statistické testy, jako je lineární regrese a Mantel, a R statistický jazyk lze přistupovat přímo v rámci GenGIS. Od svého vydání se GenGIS používá k vyšetřování fylogeografie virů a bakteriofágů, bakterií a eukaryot.
Viz také
Reference
- ^ Parky, DH; Porter M; Churcher S; Wang S; Blouin C; Whalley J; Brooks S; Beiko RG (2009). „GenGIS: Geoprostorový informační systém pro genomová data“. Výzkum genomu. 19 (10): 1896–1904. doi:10.1101 / gr.095612.109. PMC 2765287. PMID 19635847.
- ^ Parky, DH; Beiko RG (2009). "Kvantitativní vizualizace hierarchicky organizovaných dat v geografickém kontextu". Geoinformatika, Fairfax, VA: 1–6. doi:10.1109 / GEOINFORMATICS.2009.5293552. ISBN 978-1-4244-4562-2.