GeneVzorek - GenePattern

GeneVzorek
GPlogo 08.gif
VývojářiŠiroký institut, University of California, San Diego
Stabilní uvolnění
3.9.11 rc4 b216 / květen 2019
Operační systém
Typgenomický analýza
LicenceBSD
webová stránkawww.genepattern.org

GeneVzorek je volně dostupný výpočetní biologie open-source software balíček původně vytvořený a vyvinutý na Široký institut pro analýzu genomický data. GenePattern, který má umožnit výzkumným pracovníkům vyvíjet, zachytávat a reprodukovat metodiky genomické analýzy, byl poprvé vydán v roce 2004. GenePattern je v současné době vyvíjen na University of California, San Diego.

Funkčnost

GenePattern je mocný systém vědeckých pracovních postupů který poskytuje přístup ke stovkám nástrojů pro genomickou analýzu. Tyto analytické nástroje použijte jako stavební bloky k navrhování sofistikovaných analytických kanálů, které zachycují metody, parametry a data použitá k produkci výsledků analýzy. Pomocí potrubí lze vytvářet, upravovat a sdílet reprodukovatelné výsledky silico.

Cíle projektu

  1. Přístupnost: Spusťte více než 200 pravidelně aktualizovaných analytických a vizualizačních nástrojů (které podporují předzpracování dat, genová exprese analýza, proteomika, Polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP) analýza, průtoková cytometrie, a sekvenování nové generace ) a vytvářejte analytické pracovní toky bez programování prostřednictvím uživatelského rozhraní typu point and click.
  2. Reprodukovatelnost: Automatické sledování historie a provenience s verzováním, takže každý uživatel může sdílet, opakovat a porozumět kompletní výpočetní analýze
  3. Rozšiřitelnost: Uživatelé výpočetní techniky mohou importovat své metody a kód pro sdílení pomocí nástrojů, které podporují snadné vytváření a integraci
  4. Více rozhraní: Webový prohlížeč, aplikace a programová rozhraní zpřístupňují analytické moduly a kanály široké škále uživatelů; veřejný hostovaný server

Funkce

  • Pravidelně aktualizované úložiště stovek modulů výpočetní analýzy, které podporují předzpracování dat, genová exprese analýza, proteomika, polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP) analýza, průtoková cytometrie a sekvenování krátkého čtení.
  • Programové rozhraní, které zpřístupňuje analytické moduly výpočetním biologům a vývojářům z Pythonu, Javy, MATLABu a R.
  • Prostředí notebooku GenePattern: Postaveno na Notebook Jupyter prostředí, notebook GenePattern umožňuje výzkumníkům spouštět analýzy GenePattern v noteboocích, které prokládají text, grafiku a spustitelný kód a vytvářejí jediný „výzkumný příběh“.
  • GParc: Repozitář a komunita pro uživatele GenePattern ke sdílení a diskusi o vlastních modulech GenePattern

Dostupnost

GenePattern je k dispozici:

  1. Jako bezplatná veřejná webová aplikace[1] hostováno na webových službách Amazon. Uživatelé mohou na serveru vytvářet účty, provádět analýzy a vytvářet kanály.
  2. Tak jako open-source software které lze stáhnout a nainstalovat lokálně.[2]
  3. Veřejné webové servery hostované jinými organizacemi.[3]

Poznámky

  1. ^ „GenePattern“. cloud.genepattern.org. Citováno 2012-05-07.
  2. ^ „GenePattern: Stáhnout GenePattern“. Broadinstitute.org. Archivovány od originál dne 09.05.2012. Citováno 2012-05-07.
  3. ^ „Use GenePattern“. genepattern.org. 7. 10. 2006. Archivovány od originál dne 06.06.2012. Citováno 2012-05-07.

Reference

externí odkazy

Související software: