Server LabKey - LabKey Server

Server LabKey
VývojářiLabKey
Stabilní uvolnění
20.11[1] / 19. listopadu 2020; Před 12 dny (2020-11-19)
NapsánoJáva
Operační systémCross-platform
LicenceLicence Apache 2.0
webová stránkahttp://www.labkey.com

Server LabKey je softwarová sada dostupná vědcům integrovat, analyzovat, a podíl data biomedicínského výzkumu. Platforma poskytuje bezpečné datové úložiště který umožňuje webové dotazování, hlášení a spolupráci napříč řadou zdrojů dat. Na začátek základní platformy lze přidat konkrétní vědecké aplikace a pracovní postupy a využít zpracování dat potrubí.

Licence

LabKey licencuje LabKey Server a jeho dokumentaci zdarma pod Licence Apache.[2]

Jazyky a rozšiřitelnost

Základní platforma je napsána Jáva. Lze jej rozšířit přidáním modulů založených na Javě nebo jednoduchých zapsaných modulů založených na souborech HTML, XML a JavaScript.[3] Platformu lze také rozšířit pomocí serverů LabKey Server Jáva, JavaScript, R, Krajta, Perl a SAS klientské knihovny.[4]

Dějiny

Server LabKey, původně známý jako Computational Proteomics Analysis System (CPAS), byl vyvinut na serveru Fred Hutchinson Cancer Research Center spravovat velké objemy dat generovaných v laboratoři Fred Hutch Computational Proteomics Lab. V roce 2005 se z týmu Hutch vytočil malý tým, který začal pracovat samostatně jako LabKey Software poté, co si přispěvatelé uvědomili, že software může být přínosem pro širší vědeckou komunitu.[5][6][7]

Základní komponenty

Server LabKey poskytuje zabezpečené úložiště dat pro všechny typy biomedicínských dat, včetně hmotnostní spektrometrie, průtoková cytometrie, microarray, mikrodestička, ELISpot, ELISA, NAb a observační studie informace. Přizpůsobitelný kanál pro zpracování dat umožňuje nahrávání a zpracování velkých datových souborů běžných v biomedicínském výzkumu.

Platforma také poskytuje podporu specifickou pro doménu pro několik oblastí výzkumu, včetně:

  • Pozorovací studie. Podporuje správu podélný, rozsáhlé studie účastníků, subjektů nebo zvířat v průběhu času. Umožňuje integraci klinických dat s výsledky testu.
  • Proteomika. Umožňuje zpracování vysoce výkonných dat hmotnostní spektrometrie pomocí nástrojů, jako je X! Tandem vyhledávač, Transproteomický plynovod, Maskot a Sekvence. Certifikováno jako „Datová služba vyhovující stříbrné úrovni“ u caBIG Standard.
  • Průtoková cytometrie. Podporuje automatizovanou kontrolu kvality, centralizovanou správu dat a webové sdílení dat. Integrace s FlowJo.

Portál otevřeného výzkumu Zika

V roce 2016 LabKey a profesor Dave O'Connor z University of Wisconsin – Madison zahájila otevřený výzkumný portál Zika [1] pomocí serveru LabKey. Portál poskytuje přímý přístup k datům experimentů vytvářeným členy Zika Experimental Science Team (ZEST). Portálu se dostalo pozornosti vědecké komunity za to, že byla první platformou svého druhu ke sdílení údajů z výzkumu v reálném čase. [8][9]

Software s otevřeným zdrojovým kódem

Labkey je licencován různými způsoby. Zdrojový kód je poskytován pro základní sadu funkcí s Community Edition a jsou k dispozici také Premium Edition.[10]

Uživatelé

Uživatelé sahají od jednotlivých laboratoří po velká výzkumná konsorcia. V roce 2017 uživatelé programu zahrnovali následující:[11]

Publikace

  • Nelson, Elizabeth K; Piehler, Britt; Eckels, Josh; Rauch, Adam; Bellew, Matthew; Hussey, Peter; Ramsay, Sarah; Nathe, Cory; Lum, Karl; Krouse, Kevin; Stearns, David; Connolly, Brian; Skillman, Tom; Igra, Mark (2011). „LabKey Server: Open source platforma pro integraci, analýzu a spolupráci vědeckých dat“. BMC bioinformatika. 12: 71. doi:10.1186/1471-2105-12-71. PMC  3062597. PMID  21385461.
  • Rauch, Adam; Bellew, Matthew; Eng, Jimmy; Fitzgibbon, Matthew; Holzman, Ted; Hussey, Peter; Igra, Mark; MacLean, Brendan; et al. (2006). „Computational Proteomics Analysis System (CPAS): an Extensible, Open-Source Analytic System for evaluating and Publishing Proteomic Data and High Throughput Biological Experiments“. Journal of Proteome Research. 5 (1): 112–21. doi:10.1021 / pr0503533. PMID  16396501.
  • Shulman, Nicholas; Bellew, Matthew; Snelling, George; Carter, Donald; Huang, Yunda; Li, Hongli; Self, Steven G .; McElrath, M. Juliana; De Rosa, Stephen C. (2008). „Vývoj automatizovaného analytického systému pro data z testů barvení intracelulárních cytokinů průtokovou cytometrií z klinických pokusů s vakcínami“. Cytometrie část A. 73A (9): 847–56. doi:10,1002 / cyto.a. 20600. PMC  2591089. PMID  18615598.
  • „To nejlepší z obou světů: Integrace webové aplikace Java se SAS pomocí ovladače SAS / SHARE pro JDBC“ (PDF).

Reference

  1. ^ „Vydání: LabKey Server v20.11“. Citováno 2020-11-20.
  2. ^ "LabKey Často kladené otázky: / home". Labkey.org. Citováno 2010-05-29.
  3. ^ „Building Modules: / home / Documentation“. Labkey.org. Citováno 2010-05-29.
  4. ^ „LabKey API: / Documentation“. Labkey.org. Citováno 2010-05-29.
  5. ^ „Laboratoř výpočetní proteomiky“. Proteomics.fhcrc.org. Archivovány od originál dne 16. 06. 2010. Citováno 2010-05-29.
  6. ^ http://www.fhcrc.org/content/public/en/news/center-news/2005/03/wizards-computational-science.html
  7. ^ „Center News - 1/1/06 - Center, NCI uvádí na trh open-source software pro proteomickou analýzu“. Fhcrc.org. 2006-01-05. Citováno 2010-05-29.
  8. ^ „Výzkumníci společnosti Zika zveřejňují údaje o studii virové infekce u opic v reálném čase“. Zprávy o přírodě. 2016-02-23. Citováno 2016-02-23.
  9. ^ „Data Zika z laboratoře a přímo na web“. New York Times. 2016-07-18. Citováno 2016-07-18.
  10. ^ „Server LabKey - nejflexibilnější softwarová platforma společnosti Insight pro výzkum“.
  11. ^ „Naši klienti | Software LabKey“. Labkey.com. Citováno 2010-05-29.

externí odkazy