Balíček Staden - Staden Package - Wikipedia

Balíček Staden
Původní autořiRodger Staden
VývojářiJames Bonfield, et al.
První vydání1977; Před 43 lety (1977)
Stabilní uvolnění
2.0.0b9 / 24. ledna 2012; před 8 lety (2012-01-24)
Náhled verze
2.0.0b11 / 25 dubna 2016; Před 4 lety (2016-04-25)
Úložištěsourceforge.síť/ projekty/ staden
NapsánoC, C ++, Fortran, Tcl
Operační systémUnix, Linux, Operační Systém Mac, Okna
PlošinaIA-32, x86-64
K dispozici vAngličtina
TypBioinformatika
LicenceBSD 3-věta
webová stránkastaden.sourceforge.síť

The Balíček Staden je počítač software, sada nástrojů pro DNA sestava sekvence, editace a sekvenční analýza. to je open-source software, vydané pod a BSD 3-doložková licence.

Součásti balení

Balíček Staden se skládá z několika různých programů. Hlavní součásti jsou:

  • pregap4 - základní volání s Phred, ukončení ořezávání a ořezávání vektorů
  • trev - sledování a úpravy trasování
  • gap4 - sestavení sekvence, úpravy konfigurace a dokončení
  • gap5 - vizualizace sestavy, úpravy a dokončení dat NGS[1]
  • Spin - analýza sekvence DNA a proteinů

Dějiny

Balíček Staden byl vyvinut skupinou Rodgera Stadena v Rada pro lékařský výzkum (MRC) Laboratoř molekulární biologie, Cambridge, Anglie, od roku 1977.[2][3][4] Balíček byl k dispozici zdarma akademickým uživatelům, s 2 500 licencemi vydanými v roce 2003 a odhadem 10 000 uživatelů, když skončilo financování dalšího vývoje.[5] Balíček byl převeden na open-source v roce 2004 a od té doby bylo vydáno několik nových verzí.

Během let aktivního vývoje skupina Staden zveřejnila řadu široce používaných formátů a nápadů, včetně formátu souborů SCF,[6] použití skóre kvality sekvence ke generování přesných konsenzuálních sekvencí,[7] a formát souboru ZTR.[8]

Viz také

Reference

  1. ^ Bonfield JK, Whitwham A (2010). „Gap5 - úprava sestavy sekvence miliard fragmentů“. Bioinformatika. 26 (14): 1699–1703. doi:10.1093 / bioinformatika / btq268. PMC  2894512. PMID  20513662.
  2. ^ Staden R (1979). „Strategie sekvenování DNA využívající počítačové programy“. Nucleic Acids Res. 6 (7): 2601–2610. doi:10.1093 / nar / 6.7.2601. PMC  327874. PMID  461197.
  3. ^ Staden R (1984). "Počítačové metody pro stanovení a analýzu sekvencí DNA". Biochem Soc Trans. 12 (6): 1005–1008. doi:10.1042 / bst0121005. PMID  6397374.
  4. ^ Staden R, Beal KF, Bonfield JK (2000). „Balíček Staden, 1998“. Methods Mol Biol. 132: 115–130. doi:10.1385/1-59259-192-2:115. PMID  10547834.
  5. ^ „UK MRC ukončuje podporu balíčku Staden: první známka posunu priority financování po HGP?“. Genomeweb. Genomeweb LLC. 5. května 2003. Citováno 15. listopadu 2016.
  6. ^ Dear S, Staden R (1992). Msgstr "Standardní formát souboru pro data z DNA sekvenčních nástrojů". DNA sekv. 3 (2): 107–110. doi:10.3109/10425179209034003. PMID  1457811.
  7. ^ Bonfield JK, Staden R (1995). „Aplikace numerických odhadů přesnosti základního volání na projekty sekvenování DNA“. Nucleic Acids Res. 23: 1406–1410. doi:10.1093 / nar / 23.8.1406. PMC  306869. PMID  7753633.
  8. ^ Bonfield JK, Staden R (2002). „ZTR: nový formát pro stopová data sekvence DNA“. Bioinformatika. 18: 3–10. doi:10.1093 / bioinformatika / 18.1.3. PMID  11836205.

externí odkazy