Genomespace - Genomespace - Wikipedia
![]() | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto otázkách na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
![]() | |
Vývojáři | Široký institut |
---|---|
Stabilní uvolnění | beta 5.0 / duben 2012 |
Operační systém | Cross-platform |
Plošina | webový prohlížeč |
K dispozici v | Angličtina |
Licence | LGPL 2.1 |
webová stránka | www |
GenomeSpace je prostředí pro softwarové nástroje a aplikace pro genomiku. Pomáhá uživatelům spravovat jejich analytické pracovní postupy zahrnující více různých nástrojů, včetně webových aplikací a nástrojů pro stolní počítače, a usnadňuje přenos dat mezi nástroji pomocí automatického převodu formátu. Analýzy mohou využívat data z místních nebo cloudových obchodů.
GenomeSpace se skládá z webu uživatelské rozhraní (UI) pro uživatele a oba a přenos reprezentativního stavu (Klidný) aplikační programovací rozhraní (API) a Jáva - klientská vývojová sada (CDK) pro vývojáře integrující své aplikace s GenomeSpace.
Nástroje GenomeSpace
GenomeSpace je propojen s několika nástroji a zdroji dat pro analýzu genomiky: Cytoscape,[1] Galaxie,[2][3] GeneVzorek,[4] Genomica,[5] geWorkbench,[6] InSilico DB ,[7] Prohlížeč integrované genomiky (IGV),[8] a [9] UCSC Genome Browser. Tyto programy poskytují širokou škálu genomických analýz, včetně síťové analýzy a vizualizace, sekvenční analýzy, analýzy celého genomu, obecných statistických metod, analýzy genové exprese, proteomika, průtoková cytometrie, sekvenční analýza nové generace a genomové datové soubory. Vývojáři jiného genomického softwaru mohou k přidání svých nástrojů použít API GenomeSpace.
Spolupracovníci
Projekt GenomeSpace je spoluprací laboratoří Mesirov a Regev v Široký institut; laboratoř Chang v Stanfordská Univerzita; laboratoř Ideker v University of California, San Diego; laboratoř Nekrutenko v Pennsylvania State University; laboratoř Segal v Weizmann Institute of Science; a laboratoře Haussler a Kent v University of California, Santa Cruz. GenomeSpace je financován z Národní institut pro výzkum lidského genomu z Národní institut zdraví.
Reference
- ^ [1]
- ^ Goecks, J .; Nekrutenko, A .; Taylor, J .; Galaxy Team, T. (2010). „Galaxy: Komplexní přístup k podpoře dostupného, reprodukovatelného a transparentního výpočetního výzkumu v biologických vědách“. Genome Biology. 11 (8): R86. doi:10.1186 / gb-2010-11-8-r86. PMC 2945788. PMID 20738864.
- ^ Blankenberg, D .; Kuster, G. V .; Coraor, N .; Ananda, G .; Lazarus, R .; Mangan, M .; Nekrutenko, A .; Taylor, J. (2010). „Galaxy: Webový nástroj pro analýzu genomu pro experimentátory“. V Frederick M. Ausubel (ed.). Současné protokoly v molekulární biologii. str. Jednotka Un19.10. Un19–21. doi:10.1002 / 0471142727.mb1910s89. ISBN 0471142727. PMID 20069535.
- ^ [2]
- ^ [3]
- ^ http://www.geworkbench.org
- ^ Coletta, A .; Molter, C .; Duqué, R .; Steenhoff, D .; Taminau, J .; De Schaetzen, V .; Meganck, S .; Lazar, C .; Venet, D .; Detours, V .; Nowé, A .; Bersini, H .; Weiss Solís, D. Y. (2012). „Centrum genomových datových sad InSilico DB: Efektivní výchozí bod pro analýzu studií celého genomu v GenePattern, Integrative Genomics Viewer a R / Bioconductor“. Genome Biology. 13 (11): R104. doi:10.1186 / gb-2012-13-11-r104. PMC 3580496. PMID 23158523.
- ^ [4]
- ^ [5]