PathVisio - PathVisio
 | |
| První vydání | 2008 |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 3.3.0 / 28. ledna 2018 |
| Úložiště |  |
| Napsáno | Jáva |
| Operační systém | Jakékoli (Jáva -na základě) |
| Typ | Úpravy cest, analýza, vizualizace |
| Licence | Apache 2.0 |
| webová stránka | www |
PathVisio je bezplatný software pro analýzu a kreslení cest s otevřeným zdrojovým kódem. Umožňuje kreslení, úpravy a analýzy biologické cesty Je možná vizualizace experimentálních dat o drahách pro vyhledání relevantních cest, které jsou ve vaší datové sadě nadměrně zastoupeny.[1][2][3]
PathVisio poskytuje základní sadu funkcí pro kreslení cest, analýzu a vizualizaci.[4][5] Další funkce jsou k dispozici jako pluginy.
Dějiny
PathVisio byl vytvořen primárně na Maastrichtská univerzita a Gladstone Institutes.[6] Tento software je vyvíjen v Jáva a používá se také jako součást WikiPathways framework jako applet.[7]Od verze 3.0 (vydané v roce 2012) jsou zásuvné moduly OSGi vyhovující a adresář pluginu V roce 2015 byla vydána verze 3.2. Jednalo se o první podepsanou verzi s certifikátem vydaným certifikační autoritou. Mnoho běžných problémů zavedených v java 1.7 a 1.8 s novými pravidly zabezpečení bylo vyřešeno. Od roku 2013 se vyvíjí verze javascript (PVJS), která nahradí applet. Od roku 2015 umožňuje také malé úpravy a v budoucnu bude plnohodnotným editorem.
Funkce
- Kresba dráhy a anotace[8]
- Analýza dráhy[9]
- Integrace s WikiPathways pro snadnou editaci / publikování
- Integrace s Cytoscape[10]
- Integrace s jinými programovacími jazyky prostřednictvím PathVisioRPC[11]
Reference
- ^ „Co je PathVisio?“. Citováno 19. září 2013.
- ^ van Iersel, Martijn P; Kelder, Thomas; Pico, Alexander R; Hanspers, Kristina; Coort, Susan; Conklin, Bruce R; Evelo, Chris (2008). „Prezentace a zkoumání biologických cest pomocí PathVisio“. BMC bioinformatika. 9 (1): 399. doi:10.1186/1471-2105-9-399. ISSN 1471-2105. PMC 2569944. PMID 18817533.
- ^ Kutmon, Martina; van Iersel, Martijn P .; Bohler, Anwesha; Kelder, Thomas; Nunes, Nuno; Pico, Alexander R .; Evelo, Chris T .; Murphy, Robert F. (23. února 2015). „PathVisio 3: Rozšiřitelná sada nástrojů pro analýzu cest“. PLOS výpočetní biologie. 11 (2): e1004085. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004085. PMC 4338111.
- ^ Jaiswal, Pankaj; Usadel, Björn (2016). „Kapitola 4: Databáze cest rostlin“. Rostlinná bioinformatika. Springer. 71–87. ISBN 978-1-4939-3166-8.
- ^ Habermann, Bianca; Villaveces, Jose; Koti, Prasanna (červen 2015). „Nástroje pro vizualizaci a analýzu molekulárních sítí, cest a -omických dat“. Pokroky a aplikace v bioinformatice a chemii: 11. doi:10.2147 / AABC.S63534. PMC 4461095.
- ^ „About / Core development team“. Citováno 10. února 2014.
- ^ Pico, AR; Kelder T; van Iersel MP; Hanspers K; Conklin BR; et al. (22. července 2008). „WikiPathways: Pathway Editing for the People“. Biologie PLoS. 6 (7): e184. doi:10.1371 / journal.pbio.0060184. PMC 2475545. PMID 18651794. Citováno 19. září 2013.
- ^ "Výukový program 1: Kreslení a anotace drah v PathVisio".
- ^ "Výukový program 2: Analýza experimentálních dat v PathVisio (import dat, vizualizace a statistika)".
- ^ Kutmon, Martina; Lotia, Samad; Evelo, Chris T; Pico, Alexander R (2014). „Aplikace WikiPathways pro Cytoscape: Zpřístupnění biologických cest pro síťovou analýzu a vizualizaci“. F1000Výzkum. doi:10.12688 / F1000Research.4254.1. ISSN 2046-1402. PMC 4168754.
- ^ Bohler, Anwesha; Eijssen, Lars MT; van Iersel, Martijn P; Leemans, Kristus; Willighagen, Egon L; Kutmon, Martina; Jaillard, Magali; Evelo, Chris T (2015). „Automaticky vizualizovat a analyzovat data na cestách pomocí PathVisioRPC z libovolného programovacího prostředí“. BMC bioinformatika. 16. doi:10.1186 / s12859-015-0708-8. PMC 4546821. PMID 26298294.