.NET Bio - .NET Bio - Wikipedia

.NET Bio
Původní autořiMicrosoft Research
VývojářiNadace vnější křivky
Úložištěgithub.com/ dotnetbio/bio
NapsánoC#
Operační systémLinux, Operační Systém Mac, Okna
TypBioinformatika a genomika knihovna
LicenceLicence Apache 2.0
webová stránkaweb.archiv.org/ web/20130522040708/ http://výzkum. Microsoft.com/ cs-USA/ projekty/bio/ MBF.aspx

.NET Bio je otevřený zdroj bioinformatika a genomika knihovna vytvořená pro jednoduché načítání, ukládání a analýzu biologických dat. Byl navržen pro .NET Standard 2.0 a byl součástí Microsoft Biologická iniciativa v divizi eScience.

Dějiny

.NET Bio byl původně vytvořen a vydán společností Microsoft Research pod jménem Microsoft Biology Foundation (MBF) a byl později přebalen a propuštěn Nadace vnější křivky jako plně veřejný a otevřený projekt v rámci EU Licence Apache 2.0.[1]

Schopnosti

Knihovna se skládá ze sady objektově orientovaných tříd napsaných v C# provádět běžné bioinformatické úkoly, jako jsou:

  1. Čtení a zápis standardních datových souborů se zarovnáním a sekvencí, jako je FASTA a GenBank.
  2. Získejte přístup k online webovým službám, jako je NCBI VÝBUCH hledat známé databáze pro fragmenty sekvencí.
  3. Algoritmy pro místní a globální zarovnání.
  4. Algoritmy pro sestava sekvence, včetně paralelní implementace DeNovo assembleru.[2]

I když je napsána samotná knihovna C#, lze jej použít z libovolného .SÍŤ kompatibilní jazyk a má ukázky různých použití, včetně od IronPython skriptování.

Viz také

Reference

  1. ^ „MBF se stává .NET Bio“. 2011-10-18.
  2. ^ Thareja Gaurav; Vivek Kumar; Mike Zyskowski; Simon Mercer; Bob Davidson (2011). PadeNA: Paralelní de novo assembler. Sborník mezinárodní konference o bioinformatických modelech, metodách a algoritmech. str. 196–203. doi:10.5220/0003164301960203. ISBN  978-989-8425-36-2.

externí odkazy