Lidský koronavirus HKU1 - Human coronavirus HKU1

Lidský koronavirus HKU1
Coronavirus-HKU1.png
Tvorba HcoV-HKU1.
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Orthornavirae
Kmen:Pisuviricota
Třída:Pisoniviricetes
Objednat:Nidovirales
Rodina:Coronaviridae
Rod:Betacoronavirus
Podrod:Embecovirus
Druh:
Lidský koronavirus HKU1

Lidský koronavirus HKU1 (HCoV-HKU1) je druh koronavirus u lidí. Způsobuje onemocnění horních cest dýchacích s příznaky nachlazení, ale může postoupit do zápal plic a bronchiolitida.[1] Poprvé byl objeven v lednu 2004 od jednoho muže v Hongkong.[2] Následný výzkum ukázal, že má globální distribuci a dřívější genezi.

Virus je obaleno, pozitivní smysl, jednovláknové RNA virus který vstupuje do své hostitelské buňky vazbou na Receptor kyseliny N-acetyl-9-0-acetylneuraminové.[3] Má to Hemaglutininesteráza (HE) gen, který jej odlišuje jako člena rodu Betacoronavirus a podrod Embecovirus.[4]

Dějiny

HCoV-HKU1 byl poprvé zjištěn v lednu 2004 u 71letého muže, který byl kvůli tomu hospitalizován syndrom akutní dechové tísně a rentgenově potvrzená bilaterální pneumonie. Muž se nedávno vrátil do Hongkongu z Shenzhen, Čína.[2][5]

Virologie

Woo a spolupracovníci byli neúspěšní ve svých pokusech o růst buněčné linie z HCoV-HKU1, ale byli schopni získat úplnou genomovou sekvenci. Fylogenetická analýza ukázala, že HKU1 nejvíce souvisí s virus myší hepatitidy (MHV), a je v tomto ohledu odlišný od jiného známého člověka betakoronaviry, jako HCoV-OC43.[2]

Když byly analyzovány geny RNA-dependentní RNA polymerázy (RdRp), spike (S) a nukleokapsidy (N), byly objeveny nekompatibilní fylogenetické vztahy. Kompletní genomové sekvenování 22 kmenů HCoV-HKU1 potvrdilo, že to bylo způsobeno přirozenou rekombinací.[2] HCoV-HKU1 pravděpodobně vznikl v hlodavci.[6]

HCoV-HKU1 je jedním ze sedmi známých koronavirů infikujících člověka. Dalších šest je:[7]

Struktury HCoV-HKU1 spike (S) a HE proteinů byly vyřešeny Cyro-EM v roce 2016, respektive 2020. S protein (PDB: 5I08) Byl známý pro jeho velkou velikost.[8] HE protein (PDB: 6Y3Y) Se liší od konvenčních (například v OC43) tím, že má mnohem menší zakrnělou lektinovou doménu. Tato doména je chráněna před rozpoznáním imunitním systémem prostřednictvím změn velikosti a glykosylace.[9]

Epidemiologie

Zpětná analýza SARS negativních nasofaryngeálních aspirátů od pacientů s respiračním onemocněním během období SARS v roce 2003 identifikovala přítomnost CoV-HKU1 RNA ve vzorku od 35leté ženy s pneumonií.[5]

Po počátečních zprávách o objevu HCoV-HKU1 byl virus ve stejném roce identifikován u 10 pacientů v severní Austrálie. Dýchací vzorky byly odebírány v období od května do srpna (zima v Austrálii). Vyšetřovatelé zjistili, že většina vzorků pozitivních na HCoV-HKU1 pocházela od dětí v pozdějších zimních měsících.[10]

První známé případy na západní polokouli byly objeveny v roce 2005 po analýze starších vzorků klinickými virology na Nemocnice Yale-New Haven v New Haven, Connecticut kteří byli zvědaví, jestli se v jejich oblasti nenachází HCoV-HKU1. Provedli studii vzorků odebraných v období 7 týdnů (prosinec 2001 - únor 2002) u 851 kojenců a dětí. Vzorky devíti dětí měly lidský koronavirus HKU1. Tyto děti měly v době odběru vzorků infekce dýchacích cest (u jedné dívky tak závažné, že byla nutná mechanická ventilace), přičemž byly negativní testy na jiné příčiny, jako je Lidský respirační syncyciální virus (RSV), viry parainfluenzy (typy 1–3), viry chřipky A a B., a adenovirus podle přímý imunofluorescenční test stejně jako lidský metapneumovirus a HCoV-NH podle polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí (RT-PCR). Vědci uvedli, že kmeny identifikované v New Haven byly podobné kmenu nalezenému v Hongkongu a navrhli celosvětovou distribuci.[11] Tyto kmeny nalezené v New Haven nelze zaměňovat HCoV-NH (New Haven coronavirus), což je kmen Lidský koronavirus NL63.

V červenci 2005 bylo ve Francii hlášeno šest případů. V těchto případech francouzští vyšetřovatelé využili vylepšené techniky pro získání viru z nasofaryngeálních aspirátů a ze vzorků stolice.[12]

Viz také

Reference

  1. ^ Lim, Yvonne Xinyi; Ng, Yan Ling; Tam, James P .; Liu, Ding Xiang (2016-07-25). „Lidské koronaviry: přehled interakcí mezi viry a hostiteli“. Nemoci. 4 (3): 26. doi:10,3390 / nemoci4030026. ISSN  2079-9721. PMC  5456285. PMID  28933406. Viz tabulka 1.
  2. ^ A b C d Woo, P. C. Y .; Lau, S. K. P .; Chu, C.-m .; Chan, K.-h .; Tsoi, H.-w .; Huang, Y .; Wong, B. H. L .; Poon, R. W. S .; Cai, J. J .; Luk, W.-k .; Poon, L. L. M .; Wong, S. S. Y .; Guan, Y .; Peiris, J. S. M .; Yuen, K.-y. (2004). „Charakterizace a úplná sekvence genomu nového koronaviru, koronaviru HKU1, od pacientů s pneumonií“. Journal of Virology. 79 (2): 884–95. doi:10.1128 / JVI.79.2.884-895.2005. PMC  538593. PMID  15613317.
  3. ^ Lim, Yvonne Xinyi; Ng, Yan Ling; Tam, James P .; Liu, Ding Xiang (2016-07-25). „Lidské koronaviry: přehled interakcí mezi viry a hostiteli“. Nemoci. 4 (3): 26. doi:10,3390 / nemoci4030026. ISSN  2079-9721. PMC  5456285. PMID  28933406. Viz tabulka 1.
  4. ^ Woo, Patrick C. Y .; Huang, Yi; Lau, Susanna K. P .; Yuen, Kwok-Yung (2010-08-24). „Analýza genomu koronaviru a bioinformatiky“. Viry. 2 (8): 1804–1820. doi:10,3390 / v2081803. ISSN  1999-4915. PMC  3185738. PMID  21994708. Ve všech členech podskupiny A Betacoronavirus je gen pro hemaglutininesterázu (HE), který kóduje glykoprotein s aktivitou neuraminátové O-acetylesterázy a aktivním místem FGDS, přítomen za ORF1ab a proti směru k S genu (obrázek 1).
  5. ^ A b Lau, S. K. P .; Woo, P. C. Y .; Yip, C. C. Y .; Tse, H .; Tsoi, H.-w .; Cheng, V. C. C .; Lee, P .; Tang, B. S. F .; Cheung, C. H. Y .; Lee, R. A .; Takže, L.-y .; Lau, Y.-l .; Chan, K.-h .; Yuen, K.-y. (2006). „Koronavirus HKU1 a další infekce koronaviry v Hongkongu“. Journal of Clinical Microbiology. 44 (6): 2063–71. doi:10.1128 / JCM.02614-05. PMC  1489438. PMID  16757599.
  6. ^ Fung, zpívat; Liu, Ding Xiang (2019). „Human Coronavirus: Host-Pathogen Interaction“. Výroční přehled mikrobiologie. 73: 529–557. doi:10.1146 / annurev-micro-020518-115759. PMID  31226023.
  7. ^ Leung, Daniel. „Koronaviry (včetně SARS)“. Poradce pro infekční nemoci. Podpora rozhodování v medicíně, LLC. Citováno 1. srpna 2020.
  8. ^ Kirchdoerfer, Robert N .; Cottrell, Christopher A .; Wang, Nianshuang; Pallesen, Jesper; Yassine, Hadi M .; Turner, Hannah L .; Corbett, Kizzmekia S .; Graham, Barney S .; McLellan, Jason S .; Ward, Andrew B. (březen 2016). „Pre-fusion structure of human coronavirus spike protein“. Příroda. 531 (7592): 118–121. doi:10.1038 / příroda17200.
  9. ^ Hurdiss DL, Drulyte I, Lang Y, Shamorkina TM, Pronker MF, van Kuppeveld FJ, Snijder J, de Groot RJ (16. listopadu 2020). „Kryo-EM struktura hemaglutininesterázy coronavirus-HKU1 odhaluje architektonické změny vyplývající z prodloužené cirkulace u lidí“. Příroda komunikace. doi:10.1038 / s41467-020-18440-6.
  10. ^ Sloots, T; McErlean, P; Speicher, D; Arden, K; Nissen, M; MacKay, I (2006). „Důkazy o lidském koronaviru HKU1 a lidském bocaviru u australských dětí“. Journal of Clinical Virology. 35 (1): 99–102. doi:10.1016 / j.jcv.2005.09.008. PMID  16257260.
  11. ^ Esper, Frank; Weibel, Carla; Ferguson, David; Landry, Marie L .; Kahn, Jeffrey S. (2006). „Infekce koronavirem HKU1 ve Spojených státech“. Vznikající infekční nemoci. 12 (5): 775–9. doi:10.3201 / eid1205.051316. PMC  3374449. PMID  16704837.
  12. ^ Vabret, A .; Dina, J .; Gouarin, S .; Petitjean, J .; Corbet, S .; Freymuth, F. (2006). „Detekce nového lidského koronaviru HKU1: zpráva o 6 případech“. Klinické infekční nemoci. 42 (5): 634–9. doi:10.1086/500136. PMID  16447108.

externí odkazy