Betacoronavirus - Betacoronavirus
Betacoronavirus | |
---|---|
Myší koronavirus (MHV) virion elektronový mikrofotografie, schematická struktura a genom | |
Klasifikace virů | |
(bez hodnocení): | Virus |
Oblast: | Riboviria |
Království: | Orthornavirae |
Kmen: | Pisuviricota |
Třída: | Pisoniviricetes |
Objednat: | Nidovirales |
Rodina: | Coronaviridae |
Podčeleď: | Orthocoronavirinae |
Rod: | Betacoronavirus |
Zadejte druh | |
Myší koronavirus (MHV) | |
Podrodů a druhů | |
Betacoronavirus (β-CoVs nebo Beta-CoVs) je jedním ze čtyř rodů (Alfa -, Beta-, Gama, a Delta- ) z koronaviry. Členské viry jsou obaleno, pozitivní viry RNA které infikují savci (z toho lidé jsou součástí). The přírodní nádrž u betakoronavirů jsou netopýři a hlodavci. Hlodavci jsou rezervoárem pro podrod Embekovirus, zatímco netopýři jsou rezervoár u ostatních podrodů.[1]
Rody koronavirů jsou vždy složeny z různých virových linií s rodem betacoronavirus obsahujícím čtyři takové linie: A, B, C, D. Ve starší literatuře je tento rod také známý jako „koronaviry skupiny 2“. Rod je v podčeledi Orthocoronavirinae v rodině Coronaviridae objednávky Nidovirales.
Betakoronaviry, které mají největší klinický význam pro člověka, jsou OC43 a HKU1 (což může způsobit nachlazení ) linie A, SARS-CoV a SARS-CoV-2 (který způsobuje nemoc COVID-19 ) linie B,[2] a MERS-CoV linie C. MERS-CoV je první betacoronavirus patřící do linie C, o kterém je známo, že infikuje člověka.[3][4]
Etymologie
Název „betacoronavirus“ je odvozen od Starořečtina βῆτα (beta, "druhý dopis z Řecká abeceda „) a κορώνη (korṓnē,„ girlanda, věnec “), což znamená koruna, která popisuje vzhled povrchových projekcí pozorovaných elektronovou mikroskopií, které se podobají sluneční korona. Tento morfologie je vytvořen virovým hrotem (S) peplomers, což jsou bílkoviny, které osídlují povrch viru a určují jej hostitelský tropismus. Objednávka Nidovirales je pojmenován pro latinu nidus, což znamená „hnízdo“. Odkazuje na produkci 3'-coterminální vnořené sady této objednávky subgenomové mRNA během infekce.[5]
Struktura
Bylo vyřešeno několik struktur hrotových proteinů. Receptorová vazebná doména v alfa- a betakoronavirovém špičkovém proteinu je katalogizována jako InterPro: IPR018548.[6] Špičkový protein, a fúzní stroj typu 1, se sestaví do zastřihovače (PDB: 3jcl, 6acg); jeho základní struktura se podobá struktuře paramyxovirus F (fúzní) proteiny.[7] Využití receptoru není příliš konzervované; například mezi Sarbecovirus, sdílí pouze podskupina obsahující SARS ACE2 receptor.
Viry podrodů Embekovirus se liší od všech ostatních v rodu tím, že mají další kratší (8 nm) špičatý protein nazvaný hemaglutinin esteráza (HE) (P15776). Předpokládá se, že byly získány z virus chřipky C..[5][8]
Genom
Koronaviry mají velké genom velikost, která se pohybuje od 26 do 32 kilobází. Celková struktura genomu β-CoV je podobná jako u jiných CoV, s polyproteinem replikázy ORF1ab (rep, pp1ab) předcházejících dalším prvkům. Tento polyprotein je štěpen na 16 nestrukturální proteiny (viz anotace UniProt k SARS rep, P0C6X7).
V květnu 2013 GenBank má 46 publikovaných úplných genomů Co- (skupina 1), β- (skupina 2), y- (skupina 3) a δ- (skupina 4).[9]
Rekombinace
Genetická rekombinace může nastat, když dva nebo více virů genomy jsou přítomny ve stejné hostitelské buňce. The dromedár velbloud Beta-CoV HKU23 vykazuje genetickou rozmanitost v populaci afrických velbloudů.[10] K této rozmanitosti přispívá několik rekombinačních událostí, ke kterým v minulosti došlo mezi blízce příbuznými betakoronaviry podrodu Embekovirus.[10] Také betacoronavirus, člověk SARS-CoV Zdá se, že měl složitou historii rekombinace mezi předky koronaviry kteří byli hostováni v několika různých skupinách zvířat.[11][12]
Patogeneze
Alfa- a betakoronaviry infikují hlavně netopýry, ale také jiné druhy lidé, velbloudi, a hlodavci.[13][14][15][16] Betacoronaviry, které způsobily epidemie u lidí, obvykle způsobují horečku a respirační příznaky. Obsahují:
Klasifikace
V rámci rodu Betacoronavirus (Skupina 2 CoV), byly tradičně uznány čtyři podrody nebo linie (A, B, C a D).[5] Čtyři linie byly také pojmenovány pomocí řeckých písmen nebo číselně.[9] Pátý podrod, Hibecovirus, byl přidán nedávno.[17] Členské podrody a druhy zahrnují:[18]
Embekovirus (linie A)
Čína Rattus coronavirus HKU24
Lidský koronavirus HKU1
Myší koronavirus
Sarbecovirus (linie B)
Koronavirus související s těžkým akutním respiračním syndromem (SARSr-CoV nebo SARS-CoV)
- Těžký akutní respirační syndrom koronavirus (SARS-CoV nebo SARS-CoV-1)
- Těžký akutní respirační syndrom koronavirus 2 (SARS-CoV-2)
- Bat SARS-like coronavirus WIV1 (Bat SL-CoV-WIV1)
Koronavirus |
---|
Vakcíny |
Záchvaty, epidemie, a pandemie
|
Merbecovirus (linie C)
Ježek coronavirus 1
Koronavirus související s respiračním syndromem na Středním východě (MERS-CoV)
Pipistrellus bat coronavirus HKU5
Tylonycteris bat coronavirus HKU4
Nobecovirus (linie D)
Eidolon bat coronavirus C704
Rousettus bat coronavirus GCCDC1
Rousettus bat coronavirus HKU9
Hibecovirus
Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
Viz také
Reference
- ^ Wartecki, Adrian; Rzymski, Piotr (červen 2020). „O koronavirech a jejich asociacích s vodním prostředím a odpadními vodami“. Voda. 12 (6): 1598. doi:10,3390 / w12061598.
- ^ "Fylogeneze beta-koronavirů podobných SARS". nextstrain. Citováno 18. ledna 2020.
- ^ PROMED. MERS-CoV – východní Středomoří (06) (http://www.promedmail.org/ )
- ^ Memish, Z. A .; Zumla, A. I .; Al-Hakeem, R. F .; Al-Rabeeah, A. A .; Stephens, G. M. (2013). „Rodinná skupina infekcí koronavirem na respiračním syndromu na Středním východě“. New England Journal of Medicine. 368 (26): 2487–94. doi:10.1056 / NEJMoa1303729. PMID 23718156.
- ^ A b C Woo, Patrick C. Y .; Huang, Yi; Lau, Susanna K. P .; Yuen, Kwok-Yung (2010-08-24). „Koronavirová genomika a bioinformatická analýza“. Viry. 2 (8): 1804–20. doi:10,3390 / v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708.
- ^ Huang, C; Qi, J; Lu, G; Wang, Q; Yuan, Y; Wu, Y; Zhang, Y; Yan, J; Gao, GF (1. listopadu 2016). „Doména vázaná na domnělé receptory netopýrů odvozených od koronaviru HKU9 Spike Protein: Vývoj motivů vázajících receptory betakoronaviru“. Biochemie. 55 (43): 5977–88. doi:10.1021 / acs.biochem.6b00790. PMID 27696819.
- ^ Walls, Alexandra C .; Tortorici, M. Alejandra; Bosch, Berend-Jan; Frenz, Brandon; Rottier, Peter J. M .; DiMaio, Frank; Rey, Félix A .; Veesler, David (8. února 2016). "Kryoelektronová mikroskopická struktura triméru glykoproteinu s hroty koronaviru". Příroda. 531 (7592): 114–117. Bibcode:2016Natur.531..114W. doi:10.1038 / příroda16988. PMC 5018210. PMID 26855426.
- ^ Bakkers, Mark J. G .; Lang, Yifei; Feitsma, Louris J .; Hulswit, Ruben J. G .; Poot, Stefanie A. H. de; Vliet, Arno L. W. van; Margine, Irina; Groot-Mijnes, Jolanda D. F. de; Kuppeveld, Frank J. M. van; Langereis, Martijn A .; Huizinga, Eric G. (03.03.2017). „Adaptace betacoronaviru na člověka zahrnovala progresivní ztrátu aktivity hemaglutinin-esterázy lektinu“. Mobilní hostitel a mikrob. 21 (3): 356–366. doi:10.1016 / j.chom.2017.02.008. ISSN 1931-3128. PMID 28279346.
- ^ A b Cotten, Matthew; Lam, Tommy T .; Watson, Simon J .; Palser, Anne L .; Petrova, Velislava; Grant, Paul; Pybus, Oliver G .; Rambaut, Andrew; Guan, Yi; Pillay, Deenan; Kellam, Paul; Nastouli, Eleni (2013-05-19). „Hluboké sekvenování celého genomu a fylogenetická analýza nového lidského betacoronaviru“. Vznikající infekční nemoci. 19 (5): 736–42B. doi:10.3201 / eid1905.130057. PMC 3647518. PMID 23693015.
- ^ A b Rozmanitost dromedárního velbloudího koronaviru HKU23 u afrických velbloudů odhalila mnohonásobné události rekombinace mezi úzce souvisejícími betakoraviry subgenového embecoviru. Takže RTY a kol. J Virol. 2019. PMID 31534035
- ^ Stanhope MJ, Brown JR, Amrine-Madsen H. Důkazy z evoluční analýzy nukleotidových sekvencí pro rekombinantní historii SARS-CoV. Infect Genet Evol. 2004 březen; 4 (1): 15-9. PMID 15019585
- ^ Zhang XW, Yap YL, Danchin A. Testování hypotézy o rekombinantním původu koronaviru spojeného se SARS. Arch Virol. 2005 leden; 150 (1): 1-20. EPUB 2004 10. října. PMID 15480857
- ^ Woo, P. C .; Wang, M .; Lau, S.K .; Xu, H .; Poon, R. W .; Guo, R .; Wong, B. H .; Gao, K .; Tsoi, H. W .; Huang, Y .; Li, K. S .; Lam, C. S .; Chan, K. H .; Zheng, B. J .; Yuen, K.Y. (2007). „Srovnávací analýza dvanácti genomů tří nových koronavirů skupiny 2c a skupiny 2d odhaluje jedinečné vlastnosti skupiny a podskupiny“. Journal of Virology. 81 (4): 1574–85. doi:10.1128 / JVI.02182-06. PMC 1797546. PMID 17121802.
- ^ Lau, S.K .; Woo, P. C .; Yip, C. C .; Fan, R. Y .; Huang, Y .; Wang, M .; Guo, R .; Lam, C. S .; Tsang, A. K .; Lai, K. K .; Chan, K. H .; Che, X. Y .; Zheng, B. J .; Yuen, K.Y. (2012). „Izolace a charakterizace nové podskupiny betakoronaviru A koronaviru, králičího koronaviru HKU14, od domácích králíků“. Journal of Virology. 86 (10): 5481–96. doi:10.1128 / JVI.06927-11. PMC 3347282. PMID 22398294.
- ^ Lau, S.K .; Poon, R. W .; Wong, B. H .; Wang, M .; Huang, Y .; Xu, H .; Guo, R .; Li, K. S .; Gao, K .; Chan, K. H .; Zheng, B. J .; Woo, P. C .; Yuen, K.Y. (2010). „Koexistence různých genotypů ve stejném netopýru a sérologická charakterizace netopýra Rousettus coronavirus HKU9 patřícího do nové podskupiny Betacoronavirus“. Journal of Virology. 84 (21): 11385–94. doi:10.1128 / JVI.01121-10. PMC 2953156. PMID 20702646.
- ^ Zhang, Wei; Zheng, Xiao-Shuang; Agwanda, Bernard; Ommeh, Sheila; Zhao, Kai; Lichoti, Jacqueline; Wang, Ning; Chen, Jing; Li, Bei; Yang, Xing-Lou; Mani, Shailendra; Ngeiywa, Kisa-Juma; Zhu, Yan; Hu, Ben; Onyuok, Samson Omondi; Yan, Bing; Anderson, Danielle E .; Wang, Lin-Fa; Zhou, Peng; Shi, Zheng-Li (24. října 2019). „Sérologický důkaz koinfekce CoV u keňských velbloudů související s MKU-CoV a HKU8“. Rozvíjející se mikroby a infekce. 8 (1): 1528–1534. doi:10.1080/22221751.2019.1679610. PMC 6818114. PMID 31645223.
- ^ Wong, Antonio C.P .; Li, Xin; Lau, Susanna K.P .; Woo, Patrick C.Y. (2019). „Globální epidemiologie netopýrových koronavirů“. Viry. 11 (2): 174. doi:10,3390 / v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586.
- ^ „Virus Taxonomy: 2019 Release“. talk.ictvonline.org. Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. Citováno 20. června 2020.