Nidovirales - Nidovirales
Nidovirales | |
---|---|
Životní cyklus nidovirů | |
Klasifikace virů | |
(bez hodnocení): | Virus |
Oblast: | Riboviria |
Království: | Orthornavirae |
Kmen: | Pisuviricota |
Třída: | Pisoniviricetes |
Objednat: | Nidovirales |
Nidovirales je řád obaleno, pozitivní viry RNA které infikují obratlovců a bezobratlých. Mezi hostitelské organismy patří savci, ptactvo, plazi, obojživelníci, Ryba, členovci, měkkýši, a hlísty.[1] Objednávka zahrnuje rodiny Coronaviridae, Arteriviridae, Roniviridae, a Mesoniviridae.[2]
Člen viry mít virovou obálku a pozitivní smysl, jednovláknové Genom RNA který je limitován a polyadenylovaný.[3] Nidoviry jsou pojmenovány pro latinu nidus, což znamená hnízdo, protože všechny viry v tomto pořadí produkují 3'koncovou vnořenou sadu subgenomové mRNA během infekce.[4]
Virologie
Objednávka Nidovirales sestává z virů, které mají pozitivní smysl, jednořetězcové RNA genomy. Viry patří do skupiny IV skupiny Baltimorský klasifikační systém. Jako genomy s pozitivním smyslem mohou viry používat některé proteiny hostitelské buňky během replikace a genové exprese, ke které dochází v cytoplazmě hostitelské buňky.
Tato skupina virů exprimuje strukturní proteiny odděleně od těch nestrukturálních. Strukturní proteiny jsou kódovány v 3 'oblasti genom a jsou vyjádřeny ze souboru subgenomové mRNA. Tyto viry kódují jednu hlavní proteináza a mezi jednou a třemi přídavnými proteinázami, které se hlavně podílejí na expresi replika gen. Tyto proteinázy jsou také zodpovědné za aktivaci nebo inaktivaci specifických proteinů ve správný čas v životním cyklu viru, což zajišťuje replikaci ve správný čas.
Mnoho proteinů bylo identifikováno na genomech Nidovirales, ale jejich funkce dosud nebyla stanovena. Mezi další enzymy, které mohou být přítomny v genomu, patří papain - jako proteázy, vázající se na ADP-ribózu / poly (ADP-ribózu) nebo ADP-ribóza 1 '' - fosfátfosfatáza činnosti a cyklický nukleotid fosfodiesteráza.
Většina, ale ne všechny, subgenomové RNA nidoviru obsahují 5 'vedoucí sekvenci odvozenou od 5' konce genomové RNA.
Generování posunu snímků ORF Posun 1b snímků nastává v a „Kluzká“ sekvence heptanukleotidu heptanukleotidu UUUAAAC nacházející se proti směru od stop kodonu ORF1a a domnělé RNA pseudoknot struktura.
Genom
Toto pořadí virů lze odlišit od ostatních RNA virů konstelací sedmi konzervovaných domén - 5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3 '- přičemž první tři jsou kódovány v ORF1a a zbývající čtyři v ORF1b. TM2 a TM3 a transmembránové domény; RdRp je RNA polymeráza; Zm je doména vázající Zn klastr fúzovaná s helikázou (HEL1); 3CLpro je a Proteáza podobná 3C; a NendoU je uridylát - specifická endonukleáza. 3CLpro má katalyzátor Jeho -Cys dyad a je také známý jako Hlavní proteinasa SARS koronaviru (Mpro).
Taxonomie
Objednávka Nidovirales lze rozdělit na dvě klady v závislosti na velikosti genomu: ty s velkými genomy (26,3–31,7 kilobází), které zahrnovaly Coronaviridae a Roniviridae (velké nidoviry) a ti s malými genomy (malé nidoviry) - clade, který zahrnuje vzdáleně příbuzné Arteriviridae (12,7–15,7 kb). Velké nidoviry kódují jak 2'-O-methyltransferáza a 3'– 5 ' exoribonukleáza (ExoN) - to je velmi neobvyklé pro RNA virus. Také kódují nadrodinu 1 helikáza, uridylát-specifická endonukleáza (enzym jedinečný pro nidoviry) a několik proteáz.
Rozpoznávají se následující podřády a rodiny (-virineae označuje podřády a -viridae označuje rodiny):[5]
Dodatky
Virus, který má největší známý nesegmentovaný RNA genom 41,1 kB, planetární sekreční buňky nidovirus (PSCNV), je řádu Nidovirales.[6] Jeho hostitelem je planární plochý červ.[7]
Viz také
Reference
- ^ Ogando, Natacha S .; Ferron, Francois; Decroly, Etienne; Canard, Bruno; Posthuma, Clara C .; Snijder, Eric J. (2019). „Zvědavý případ nidovirové exoribonukleázy: její role v syntéze RNA a věrnost replikace“. Hranice v mikrobiologii. 10: 1813. doi:10.3389 / fmicb.2019.01813. ISSN 1664-302X. PMC 6693484. PMID 31440227.
- ^ „Mezinárodní výbor pro taxonomii virů (ICTV)“. talk.ictvonline.org. Citováno 2020-06-08.
- ^ King, Andrew M. Q .; Adams, Michael J .; Carstens, Eric B .; Lefkowitz, Elliot J., eds. (01.01.2012), "Objednávka - Nidovirales", Taxonomie virů, Elsevier, str. 784–794, ISBN 978-0-12-384684-6, vyvoláno 2020-06-08
- ^ Antoine A.F. de Vries, Marian C. Horzinek, Peter J. M. Rottier, Raoul J. de Groot (1997). „Organizace genomu Nidovirales: podobnosti a rozdíly mezi arteri, toro- a koronaviry“. Semináře z virologie. 8 (1): 33–47. CiteSeerX 10.1.1.462.1825. doi:10.1006 / smvy.1997.0104. S2CID 85383257.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ „Virus Taxonomy: 2019 Release“. talk.ictvonline.org. Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. Citováno 30. dubna 2020.
- ^ „Prohlížeč taxonomie (Planidovirus 1)“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-06-08.
- ^ Saberi, Amir; Gulyaeva, Anastasia A .; Brubacher, John L .; Newmark, Phillip A .; Gorbalenya, Alexander E. (01.11.2018). „Planární nidovirus rozšiřuje limity velikosti genomu RNA“. PLOS patogeny. 14 (11): e1007314. doi:10.1371 / journal.ppat.1007314. ISSN 1553-7374. PMC 6211748. PMID 30383829.
- Ziebuhr, J; Snijder, EJ; Gorbalenya, AE (duben 2000). "Virusem kódované proteinázy a proteolytické zpracování v Nidovirales" (PDF). The Journal of General Virology. 81 (Pt 4): 853–79. doi:10.1099/0022-1317-81-4-853. PMID 10725411. Archivovány od originál (PDF) dne 16. 12. 2008. Citováno 2007-02-23.
externí odkazy
- Nidovirales —ICTVdB - univerzální virová databáze, verze 4.
- Nidovirales v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- NIH / MeSH
- "Nidoviry" ISBN 0306466341