Doména homologie kalponinu - Calponin homology domain - Wikipedia
| Doména kalponinové homologie (CH) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura řešení domény homologie kalponinu IQGAP1[1] | |||||||||||
| Identifikátory | |||||||||||
| Symbol | CH | ||||||||||
| Pfam | PF00307 | ||||||||||
| InterPro | IPR001715 | ||||||||||
| CHYTRÝ | CH | ||||||||||
| STRÁNKA | PDOC00019 | ||||||||||
| SCOP2 | 1aoa / Rozsah / SUPFAM | ||||||||||
| CDD | cd00014 | ||||||||||
| |||||||||||
Doména homologie kalponinu (nebo doména CH) je rodina aktin vazebné domény nacházející se jak v cytoskeletálních proteinech, tak v proteinech signální transdukce.[2] Doména má délku asi 100 aminokyselin a skládá se ze čtyř alfa šroubovic.[3] Zahrnuje následující skupiny domén vázajících aktin:
Komplexní přehled proteinů obsahujících tento typ domén vázajících aktin je uveden v.[4]
CH doména se podílí na vazbě aktinu u některých členů rodiny. U kalponinů však existují důkazy, že doména CH není zapojena do aktivity vázání aktinů.[5] Většina proteinů má dvě kopie domény CH, nicméně některé proteiny, jako je kalponin a lidský vav protoonkogen (P15498) mít pouze jednu kopii. Struktura příkladu CH domény byla stanovena pomocí Rentgenová krystalografie.[6]
Příklady
Lidské geny kódující proteiny obsahující doménu homologie kalponinu zahrnují:
- ACTN1, ACTN2, ACTN3, ACTN4, ARHGEF6, ARHGEF7, ASPM,
- CLMN, CNN1, CNN2, CNN3,
- DIXDC1, DMD, DST,
- EHBP1, EHBP1L1,
- FLNA, FLNB, FLNC,
- GAS2, GAS2L1, GAS2L2, GAS2L3,
- IQGAP1, IQGAP2, IQGAP3,
- LCP1, LIMCH1, LMO7, LRCH1, LRCH2, LRCH3, LRCH4,
- MACF1, MAPRE1, MAPRE2, MAPRE3, MICAL1, MICAL2, MICAL2PV1, MICAL2PV2, MICAL3, MICALL1, MICALL2,
- NAV2, NAV3,
- PARVA, PARVB, PARVG, PLEC1, PLS1, PLS3, PP14183,
- SMTN, SMTNL2, SPECC1, SPECC1L, SPNB4, SPTB, SPTBN1, SPTBN2, SPTBN4, SPTBN5, SYNE1, SYNE2,
- TAGLN, TAGLN2, TAGLN3,
- UTRN, a
- VAV1, VAV2, VAV3
Reference
- ^ PDB: 2RR8; Umemoto R, Nishida N, Ogino S, Shimada I (září 2010). "NMR struktura kalponinové homologické domény lidské IQGAP1 a její důsledky pro režim rozpoznávání aktinu". J. Biomol. NMR. 48 (1): 59–64. doi:10.1007 / s10858-010-9434-8. PMID 20644981. S2CID 25649748.
- ^ Saraste M, Castresana J (1995). "Váže se Vav na F-aktin prostřednictvím domény CH?". FEBS Lett. 374 (2): 149–151. doi:10.1016 / 0014-5793 (95) 01098-Y. PMID 7589522. S2CID 29667309.
- ^ Korenbaum, E .; Rivero, F. (září 2002). "Domény homologie kalponinu na první pohled". J Cell Sci. 115 (Pt 18): 3543–5. CiteSeerX 10.1.1.608.8653. doi:10.1242 / jcs.00003. PMID 12186940. S2CID 38137068.
- ^ Hartwig JH (1995). "Aktin-vázající proteiny. 1: Spectrin super rodina". Protein Prof. 2 (7): 703–800. PMID 7584474.
- ^ Gimona M, Mital R (1998). "Jednotlivá CH doména kalponinu není ani dostatečná, ani nezbytná pro vazbu F-aktinu." J. Cell Sci. 111: 1813–1821. PMID 9625744.
- ^ Saraste M, Carugo KD, Banuelos S (1997). "Krystalová struktura domény homologie kalponinu". Nat. Struct. Biol. 4 (3): 175–179. doi:10.1038 / nsb0397-175. PMID 9164454. S2CID 1428195.