ARHGEF6 - ARHGEF6

ARHGEF6
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1 UJY, 1 Týden
Identifikátory
Aliasy	ARHGEF6, COOL2, Cool-2, MRX46, PIXA, alpha-PIX, alphaPIX, Rac / Cdc42 guaninový nukleotidový výměnný faktor 6
Externí ID	OMIM: 300267 MGI: 1920591 HomoloGene: 3561 Genové karty: ARHGEF6
Umístění genu (člověk)
Chr.	X chromozom (lidský)
Konec	136,780,932 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	X chromozom (myš)
Konec	57,338,729 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: 0005097, GO: 0005099, GO: 0005100 Aktivátor aktivity GTPázy; • Aktivita výměnného faktoru Rho guanyl-nukleotid; • aktivita faktoru výměny guanyl-nukleotidů;
Buněčná složka	• cytosol; • buněčná projekce; • lamellipodium;
Biologický proces	• pozitivní regulace apoptotického procesu; • JNK kaskáda; • regulace přenosu signálu proteinu Rho; • regulace přenosu signálu zprostředkovaného malou GTPázou; • sestava lamellipodium; • apoptotický proces; • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 pozitivní regulace aktivity GTPázy; • Signální dráha receptoru spřaženého s G-proteinem;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9459
	73341
	ENSG00000129675
	ENSMUSG00000031133
	Q15052
	Q8K4I3
	NM_001306177; NM_004840
	NM_152801; NM_001358573
	NP_001293106; NP_004831
	NP_690014; NP_001345502
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor výměny guaninového nukleotidu Rho 6 je protein který je u lidí kódován ARHGEF6 gen.^[5]^[6]^[7]

ARHGEF6 je obecně známý jako p21-Activated protein kinase eXzměnit faktor alfa (alpha-PIX nebo αPIX), protože byl identifikován vazbou na kináza aktivovaná p21 (PAK) a také obsahuje a guaninový nukleotidový výměnný faktor doména.^[6]

Domény a funkce

αPIX je protein s více doménami, který funguje jako a signalizace protein lešení a jako enzym.^[8] αPIX sdílí tuto doménovou strukturu a signalizační funkci s velmi podobnými ARHGEF7 / βPIX protein. αPIX obsahuje centrální DH / PH doména RhoGEF který funguje jako a guaninový nukleotidový výměnný faktor (GEF) pro malé GTPasy z Rho rodina a konkrétně Rac a Cdc42.^[6] Stejně jako ostatní GEF může iPIX podporovat obě vydání HDP z neaktivního malého proteinu vázajícího GTP a vazby GTP na podporu jeho aktivace. Signální lešení se váží na konkrétní partnery, aby podpořili efektivní transdukci signálu uspořádáním sekvenčních prvků dráhy blízko sebe, aby se usnadnil interakce / přenos informací, a také tím, že drží tyto komplexy partnerských proteinů na konkrétních místech v buňce, aby podporovaly místní nebo regionální signalizaci. V případě αPIX je to SH3 doména váže se na partnerské proteiny s vhodnými motivy polyprolinu, zejména na skupinu I. kinázy aktivované p21 (PAK) (PAK1, PAK2 a PAK3 ).^[6] PAK je v neaktivním stavu vázán na doménu αPIX SH3 a aktivovaná vazba Rac1 nebo Cdc42 na tento PAK stimuluje jeho protein kináza aktivita vedoucí k downstream cílovému proteinu fosforylace; protože αPIX může aktivovat „p21 '' malé GTPasy Rac1 nebo Cdc42 prostřednictvím své aktivity GEF, tento komplex αPIX / PAK / Rac je příkladem funkce lešení. Konstrukčně se αPIX sestavuje jako trimer prostřednictvím své domény karboxylové koncové cívky a dále interaguje s dimery GIT1 nebo GIT2 prostřednictvím blízké domény vázající GIT za vzniku oligomerních komplexů GIT-PIX.^[8] Prostřednictvím tohoto komplexu GIT-PIX je funkce lešení αPIX zesílena také schopností držet partnery GIT v blízkosti partnerů αPIX. αPIX obsahuje amino-konec Doména kalponinové homologie (CH) jejichž funkce zůstávají relativně špatně definované, ale interagují s nimi rodina parvin / affixin bílkoviny. ^[9]^[8]

Protože gen ARHGEF6 je umístěn na X chromozom takže muži mají pouze jednu kopii, mohou u člověka způsobit mutace v tomto genu Nespecifické intelektuální postižení spojené s X chromozomy, ^[10] stejně jako mutace ovlivňující jeho vazebného partnera PAK3, jehož gen je také umístěn na X chromozomu.^[11]U zvířecích modelů je ztráta funkce genu ARHGEF6 spojena s neuronální synapse vady,^[12] imunní T-buňka vady migrace a zrání,^[13] a ztráta sluchu.^[14]

Interakce

Uvádí se, že αPIX interaguje s více než 40 proteiny.^[8]^[15]

Mezi hlavní interagující proteiny patří:

Sám nebo velmi příbuzný ARHGEF7 / βPIX prostřednictvím trimerické interakce cívka-cívka.
GIT1 nebo GIT2 dimery přes GIT-vazebnou doménu.
kinázy aktivované p21 (PAK) 1, 2 a 3 přes doménu SH3.
c-Cbl přes doménu SH3.
Rodina Rho rodina proteinů vázajících GTP členů Rac1 a Cdc42, aktivováno prostřednictvím DHPH RhoGEF doména.

Viz také

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129675 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031133 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Nomura N, Nagase T, Miyajima N, Sazuka T, Tanaka A, Sato S, Seki N, Kawarabayasi Y, Ishikawa K, Tabata S (prosinec 1995). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. II. Kódující sekvence 40 nových genů (KIAA0041-KIAA0080) odvozené analýzou klonů cDNA z lidské buněčné linie KG-1 (doplněk)“. DNA Res. 1 (5): 251–62. doi:10.1093 / dnares / 1.5.251. PMID 7584048.
^ ^A ^b ^C ^d Manser E, Loo TH, Koh CG, Zhao ZS, Chen XQ, Tan L, Tan I, Leung T, Lim L (červenec 1998). „PAK kinázy jsou přímo navázány na rodinu PIX nukleotidových výměnných faktorů“. Mol Cell. 1 (2): 183–92. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80019-2. PMID 9659915.
^ „Entrez Gene: ARHGEF6 Rac / Cdc42 guaninový nukleotidový výměnný faktor (GEF) 6“.
^ ^A ^b ^C ^d Zhou W, Li X, Premont RT (květen 2016). „Rozšiřující funkce proteinů aktivujících GIT Arf GTPázu, PIX Rho guaninové nukleotidové výměnné faktory a komplexy GIT-PIX“. Journal of Cell Science. 129 (10): 1963–1974. doi:10.1242 / jcs.179465. PMC 6518221. PMID 27182061.
^ Rosenberger G, Jantke I, Gal A, Kutsche K (2003). „Interakce alphaPIX (ARHGEF6) s beta-parvinem (PARVB) naznačuje zapojení alphaPIX do integrinem zprostředkované signalizace“. Lidská molekulární genetika. 12 (2): 155–167. doi:10,1093 / hmg / ddg019. PMID 12499396.
^ Kutsche K, Yntema H, Brandt A, Jantke I, Nothwang HG, Orth U, Boavida MG, David D, Chelly J, Fryns JP, Moraine C, Ropers HH, Hamel BC, van Bokhoven H, Gal A (2000). „Mutace v ARHGEF6, kódující faktor výměny guaninového nukleotidu pro Rho GTPasy, u pacientů s mentální retardací vázanou na X“. Genetika přírody. 26 (2): 247–250. doi:10.1038/80002. PMID 11017088.
^ Allen KM, Gleeson JG, Bagrodia S, Partington MW, MacMillan JC, Cerione RA, Mulley JC, Walsh CA (září 1998). "PAK3 mutace v nesyndromické X-vázané mentální retardaci". Genetika přírody. 20 (1): 25–30. doi:10.1038/1675. PMID 9731525.
^ Ramakers GJ, Wolfer D, Rosenberger G, Kuchenbecker K, Kreienkamp HJ, Prange-Kiel J, Rune G, Richter K, Langnaese K, Masneuf S, Bösl MR, Fischer KD, Krugers HJ, Lipp HP, van Galen E, Kutsche K (Leden 2012). „Dysregulace Rho GTPáz v myším modelu αPix / Arhgef6 intelektuálního postižení spojeného s X je paralelní se zhoršenou strukturální a synaptickou plasticitou a kognitivními deficity“ (PDF). Lidská molekulární genetika. 21 (2): 268–286. doi:10,1093 / hmg / ddr457. PMID 21989057.
^ Korthals M, Schilling K, Reichardt P, Mamula D, Schlüter T, Steiner M, Langnäse K, Thomas U, Gundelfinger E, Premont RT, Tedford K, Fischer KD (duben 2014). „αPIX RhoGEF podporuje pozitivní selekci tím, že omezuje migraci a podporuje zadržování thymocytů“. Journal of Immunology. 192 (7): 3228–3238. doi:10,4049 / jimmunol. 1302585. PMID 24591366.
^ Zhu C, Cheng C, Wang Y, Muhammad W, Liu S, Zhu W, Shao B, Zhang Z, Yan X, He Q, Xu Z, Yu C, Qian X, Lu L, Zhang S, Zhang Y, Xiong W , Gao X, Xu Z, Chai R (říjen 2018). „Ztráta ARHGEF6 způsobuje poruchy stereocilií vláskových buněk a ztrátu sluchu u myší“. Hranice v molekulární neurovědě. 11: 362. doi:10.3389 / fnmol.2018.00362. PMC 6176010. PMID 30333726.
^ „ARHGEF6 Result Summary“.

externí odkazy

Člověk ARHGEF6 umístění genomu a ARHGEF6 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q15052 (Lidský Rho guaninový nukleotidový výměnný faktor 6) na PDBe-KB.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q8K4I3 (Faktor výměny guaninového nukleotidu myši Rho 6) na PDBe-KB.

Další čtení

Yntema HG, Hamel BC, Smits AP a kol. (1999). „Lokalizace genu pro nespecifickou X vázanou mentální retardaci (MRX46) na Xq25-q26“. J. Med. Genet. 35 (10): 801–5. doi:10,1136 / jmg.35.10.801. PMC 1051453. PMID 9783701.
Yoshii S, Tanaka M, Otsuki Y a kol. (1999). „Nukleotidový výměnný faktor alfaPIX je aktivován interakcí s fosfatidylinositol 3-kinázou“. Onkogen. 18 (41): 5680–90. doi:10.1038 / sj.onc.1202936. PMID 10523848.
Brown A, Wang X, Sawai E, Cheng-Mayer C (1999). „Aktivace kinázy související s PAK pomocí viru lidské imunodeficience typu 1 Nef v primárních lymfocytech a makrofágech lidské periferní krve vede k fosforylaci komplexu PIX-p95“. J. Virol. 73 (12): 9899–907. doi:10.1128 / JVI.73.12.9899-9907.1999. PMC 113039. PMID 10559302.
Premont RT, Claing A, Vitale N a kol. (2000). "Rodina GIT proteinů aktivujících ADP-ribosylační faktor GTPázu. Funkční rozmanitost GIT2 prostřednictvím alternativního sestřihu". J. Biol. Chem. 275 (29): 22373–80. doi:10.1074 / jbc.275.29.22373. PMID 10896954.
Lower KM, Gecz J (2001). „Charakterizace ARHGEF6, guaninového nukleotidového výměnného faktoru pro Rho GTPasy a kandidátského genu pro mentální retardaci vázanou na X: screening mutací u Börjeson-Forssman-Lehmann syndromu a MRX27“. Dopoledne. J. Med. Genet. 100 (1): 43–8. doi:10,1002 / ajmg.1189. PMID 11337747.
Yoshii S, Tanaka M, Otsuki Y a kol. (2001). „Zapojení výměnného faktoru interagujícího s alfa-PAK do aktivace PAK1-c-Jun NH (2) -terminální kinázy 1 a apoptózy indukované benzo [a] pyrenem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6796–807. doi:10.1128 / MCB.21.20.6796-6807.2001. PMC 99857. PMID 11564864.
Vikis HG, Li W, Guan KL (2002). „Interakce plexin-B1 / Rac inhibuje aktivaci PAK a zvyšuje vazbu ligandu Sema4D“. Genes Dev. 16 (7): 836–45. doi:10,1101 / gad.966402. PMC 186329. PMID 11937491.
Flanders JA, Feng Q, Bagrodia S a kol. (2003). „Cbl proteiny jsou vazebnými partnery pro rodinu Cool / Pix proteinů vázajících kinázu aktivovanou p21“. FEBS Lett. 550 (1–3): 119–23. doi:10.1016 / S0014-5793 (03) 00853-6. PMID 12935897.
Brill LM, Salomon AR, Ficarro SB a kol. (2004). „Robustní fosfoproteomické profilování míst fosforylace tyrosinu z lidských T buněk pomocí imobilizované kovové afinitní chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Anální. Chem. 76 (10): 2763–72. doi:10.1021 / ac035352d. PMID 15144186.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D a kol. (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Jin J, Smith FD, Stark C a kol. (2004). "Proteomická, funkční a doménová analýza in vivo 14-3-3 vazebných proteinů zapojených do cytoskeletální regulace a buněčné organizace". Curr. Biol. 14 (16): 1436–50. doi:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID 15324660.

Tento článek o gen na člověka X chromozom a / nebo související protein je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000129675 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031133 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7584048-5] Nomura N, Nagase T, Miyajima N, Sazuka T, Tanaka A, Sato S, Seki N, Kawarabayasi Y, Ishikawa K, Tabata S (prosinec 1995). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. II. Kódující sekvence 40 nových genů (KIAA0041-KIAA0080) odvozené analýzou klonů cDNA z lidské buněčné linie KG-1 (doplněk)“. DNA Res. 1 (5): 251–62. doi:10.1093 / dnares / 1.5.251. PMID 7584048.

[pmid9659915-6] A ^b ^C ^d Manser E, Loo TH, Koh CG, Zhao ZS, Chen XQ, Tan L, Tan I, Leung T, Lim L (červenec 1998). „PAK kinázy jsou přímo navázány na rodinu PIX nukleotidových výměnných faktorů“. Mol Cell. 1 (2): 183–92. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80019-2. PMID 9659915.

[entrez-7] „Entrez Gene: ARHGEF6 Rac / Cdc42 guaninový nukleotidový výměnný faktor (GEF) 6“.

[”pmid27182061”-8] A ^b ^C ^d Zhou W, Li X, Premont RT (květen 2016). „Rozšiřující funkce proteinů aktivujících GIT Arf GTPázu, PIX Rho guaninové nukleotidové výměnné faktory a komplexy GIT-PIX“. Journal of Cell Science. 129 (10): 1963–1974. doi:10.1242 / jcs.179465. PMC 6518221. PMID 27182061.

[“pmid12499396”-9] Rosenberger G, Jantke I, Gal A, Kutsche K (2003). „Interakce alphaPIX (ARHGEF6) s beta-parvinem (PARVB) naznačuje zapojení alphaPIX do integrinem zprostředkované signalizace“. Lidská molekulární genetika. 12 (2): 155–167. doi:10,1093 / hmg / ddg019. PMID 12499396.

[“pmid11017088”-10] Kutsche K, Yntema H, Brandt A, Jantke I, Nothwang HG, Orth U, Boavida MG, David D, Chelly J, Fryns JP, Moraine C, Ropers HH, Hamel BC, van Bokhoven H, Gal A (2000). „Mutace v ARHGEF6, kódující faktor výměny guaninového nukleotidu pro Rho GTPasy, u pacientů s mentální retardací vázanou na X“. Genetika přírody. 26 (2): 247–250. doi:10.1038/80002. PMID 11017088.

[”pmid9731525”-11] Allen KM, Gleeson JG, Bagrodia S, Partington MW, MacMillan JC, Cerione RA, Mulley JC, Walsh CA (září 1998). "PAK3 mutace v nesyndromické X-vázané mentální retardaci". Genetika přírody. 20 (1): 25–30. doi:10.1038/1675. PMID 9731525.

[”pmid21989057”-12] Ramakers GJ, Wolfer D, Rosenberger G, Kuchenbecker K, Kreienkamp HJ, Prange-Kiel J, Rune G, Richter K, Langnaese K, Masneuf S, Bösl MR, Fischer KD, Krugers HJ, Lipp HP, van Galen E, Kutsche K (Leden 2012). „Dysregulace Rho GTPáz v myším modelu αPix / Arhgef6 intelektuálního postižení spojeného s X je paralelní se zhoršenou strukturální a synaptickou plasticitou a kognitivními deficity“ (PDF). Lidská molekulární genetika. 21 (2): 268–286. doi:10,1093 / hmg / ddr457. PMID 21989057.

[”pmid24591366”-13] Korthals M, Schilling K, Reichardt P, Mamula D, Schlüter T, Steiner M, Langnäse K, Thomas U, Gundelfinger E, Premont RT, Tedford K, Fischer KD (duben 2014). „αPIX RhoGEF podporuje pozitivní selekci tím, že omezuje migraci a podporuje zadržování thymocytů“. Journal of Immunology. 192 (7): 3228–3238. doi:10,4049 / jimmunol. 1302585. PMID 24591366.

[”pmid30333726”-14] Zhu C, Cheng C, Wang Y, Muhammad W, Liu S, Zhu W, Shao B, Zhang Z, Yan X, He Q, Xu Z, Yu C, Qian X, Lu L, Zhang S, Zhang Y, Xiong W , Gao X, Xu Z, Chai R (říjen 2018). „Ztráta ARHGEF6 způsobuje poruchy stereocilií vláskových buněk a ztrátu sluchu u myší“. Hranice v molekulární neurovědě. 11: 362. doi:10.3389 / fnmol.2018.00362. PMC 6176010. PMID 30333726.

[BioGRID-15] „ARHGEF6 Result Summary“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]