Antimikrobiální peptidy - Antimicrobial peptides

Různé struktury antimikrobiálních peptidů

Antimikrobiální peptidy (AMP), také zvaný hostitelské obranné peptidy (HDP) jsou součástí vrozená imunitní odpověď mezi všemi třídami života. Mezi nimi existují zásadní rozdíly prokaryotický a eukaryotický buňky, které mohou představovat cíle pro antimikrobiální látky peptidy. Tyto peptidy jsou silné a široké spektrum antibiotika které prokazují potenciál jako nová terapeutická činidla. Bylo prokázáno, že antimikrobiální peptidy zabíjejí Gram negativní a Gram pozitivní bakterie,[1] obalené viry, houby a dokonce i transformované nebo rakovinné buňky.[2] Na rozdíl od většiny konvenčních antibiotik se zdá, že antimikrobiální peptidy se často destabilizují biologické membrány, mohou tvořit transmembránové kanály, a může také mít schopnost zvýšit imunitu fungováním jako imunomodulátory.

Struktura

Antimikrobiální peptidy ze zvířat, rostlin a hub organizované podle jejich obsahu sekundární struktury. Velikost kruhu označuje celkovou molekulovou hmotnost každého peptidu.

Antimikrobiální peptidy jsou jedinečnou a rozmanitou skupinou molekul, které jsou rozděleny do podskupin na základě jejich složení a struktury aminokyselin.[3] Antimikrobiální peptidy jsou obecně mezi 12 a 50 aminokyselinami. Tyto peptidy zahrnují dva nebo více pozitivně nabitých zbytků poskytovaných arginin, lysin nebo v kyselém prostředí histidin a velká část (obecně> 50%) hydrofobních zbytků.[4][5][6] Sekundární struktury těchto molekul sledují 4 témata, včetně i) α-šroubovice ii) β-vlákno kvůli přítomnosti 2 nebo více disulfidové vazby iii) p-vlásenka nebo smyčka v důsledku přítomnosti jediné disulfidové vazby a / nebo cyklizace peptidového řetězce a iv) prodloužena.[7] Mnoho z těchto peptidů je nestrukturováno ve volném roztoku a po rozdělení do biologických membrán se skládají do své konečné konfigurace. Obsahuje hydrofilní aminokyselinové zbytky zarovnané podél jedné strany a hydrofobní aminokyselinové zbytky zarovnané podél opačné strany spirálovité molekuly.[3] Tato amfipatičnost antimikrobiálních peptidů jim umožňuje rozdělit se na membránovou lipidovou dvojvrstvu. Schopnost asociace s membránami je definitivní vlastností antimikrobiálních peptidů[8][9] ačkoli permeabilizace membrány není nutná. Tyto peptidy mají celou řadu antimikrobiálních aktivit, od permeabilizace membrány po působení na řadu cytoplazmatických cílů.

TypcharakteristickýAMP
Aniontové peptidybohatý na glutamovou a asparagovou kyselinuMaximin H5 z obojživelníků, Dermicidin od lidí
Lineární kationtové α-helikální peptidynedostatek cysteinuCecropiny andropin, moricin, ceratotoxin a melittin od hmyzu, Magainin, dermaseptin, bombinin, brevinin-1, esculentiny a buforin II z obojživelníků, CAP18 z králíků, LL37 od lidí
Kationtový peptid obohacený o specifickou aminokyselinubohaté na prolin, arginin, fenylalanin, glycin, tryptofanabaecin a drosocin apidaecin, diptericin, a Attacin z hmyzu, prophenin z prasat, indolicidin ze skotu.
Aniontové a kationtové peptidy, které obsahují cystein a tvoří disulfidové vazbyobsahují 1 ~ 3 disulfidovou vazbu1 vazba: brevininy, 2 vazby:protegrin z prasete, tachyplesiny z krabů podkovy, 3 vazby:defensiny od lidí, více než 3:drosomycin v ovocných muškách

Činnosti

Způsoby působení antimikrobiálních peptidů

Způsoby působení, kterými antimikrobiální peptidy ničí mikroby, jsou různé,[10] a mohou se u různých bakteriálních druhů lišit.[11] Některé antimikrobiální peptidy zabíjejí bakterie i houby, např. Zabíjí psoriasin E-coli a několik vláknitých hub.[12] The cytoplazmatická membrána je častým cílem, ale mohou také interferovat s peptidy DNA a proteosyntéza, skládání proteinů a syntéza buněčné stěny.[10] Počáteční kontakt mezi peptidem a cílovým organismem je elektrostatický, protože většina bakteriálních povrchů je aniontová nebo hydrofobní, jako například v antimikrobiálním peptidu piscidinu. Jejich složení aminokyselin, amfipatičnost, kationtový náboj a velikost jim umožňují připojit se a vložit do membránových dvojvrstev za vzniku pórů mechanismy „barel-stave“, „koberec“ nebo „toroidní póry“. Alternativně mohou pronikat do buňky a vázat intracelulární molekuly, které jsou rozhodující pro život buněk.[13] Modely intracelulární vazby zahrnují inhibici syntézy buněčné stěny, alteraci cytoplazmatické membrány, aktivaci autolysinu, inhibici syntézy DNA, RNA a proteinů a inhibici určitých enzymů. V mnoha případech však není přesný mechanismus zabíjení znám. Jednou z objevujících se technik pro studium těchto mechanismů je duální polarizační interferometrie.[14][15] Na rozdíl od mnoha konvenčních antibiotik se tyto peptidy zdají být baktericidní[2] namísto bakteriostatický. Obecně se antimikrobiální aktivita těchto peptidů stanoví měřením minimální inhibiční koncentrace (MIC), což je nejnižší koncentrace léčiva, která inhibuje růst bakterií.[16]

AMP mohou mít více aktivit, včetně anti-gram-pozitivních bakteriálních, anti-gram-negativních bakteriálních, antifungálních, antivirových, antiparazitických a protirakovinných aktivit. Velká funkční analýza AMP naznačuje, že mezi všemi aktivitami AMP, amfipatičnost a náboj, dvě hlavní vlastnosti AMP, nejlépe rozlišují mezi AMP s a bez anti-gramnegativních bakteriálních aktivit.[17] To znamená, že být AMP s anti-gramnegativními bakteriálními aktivitami může preferovat nebo dokonce vyžadovat silnou amfipatičnost a čistý pozitivní náboj.

Imunomodulace

Kromě přímého zabíjení bakterií bylo prokázáno, že mají řadu imunomodulační funkce, které se mohou podílet na odstraňování infekce, včetně schopnosti měnit expresi hostitelského genu, působit jako chemokiny a / nebo indukovat chemokin produkce, inhibice lipopolysacharid vyvolané prozánětlivé cytokin produkce, podpora hojení ran a modulace odpovědí dendritické buňky a buňky adaptivní imunitní odpovědi. Zvířecí modely naznačují, že obranné peptidy hostitele jsou klíčové jak pro prevenci, tak pro odstranění infekce. Zdá se, že mnoho peptidů původně izolovaných a označovaných jako „antimikrobiální peptidy“ prokázalo, že mají významnější alternativní funkce in vivo (např. Hepcidin[18]). Dusquetide je například imunomodulátor, který působí prostřednictvím p62, proteinu zapojeného do signalizace infekce založené na mýtném receptoru. Peptid je zkoumán v klinické studii fáze III společností Soligenix (SGNX), aby se zjistilo, zda může pomoci při opravě poškození ústní sliznice vyvolané zářením během radioterapie hlavy a krku.[19]

Mechanismy působení

Skenovací elektronový mikroskop obrázky (50 000násobné zvětšení) zobrazující působení experimentálního antimikrobiálního peptidu (NN2_0050) na buněčnou membránu E-coli (K12 MG1655) [1] NAHORU: Intaktní buněčné membrány v kontrolní skupině. NÍŽE: Porušené buněčné membrány a únik bakteriálního chromozomu (zelený) v ošetřené skupině.

Antimikrobiální peptidy mající čistý kladný náboj jsou přitahovány a inkorporovány do záporně nabitých bakteriálních membrán. Jakmile jsou uvnitř membrány, předpokládá se, že způsobují narušení třemi možnými mechanismy:

  • toroidní tvorba pórů
  • tvorba koberců
  • tvorba barelů

Ačkoli se specifika každého mechanismu liší, všechny navrhují prasknutí membrány vyvolané peptidy, což umožňuje únik cytoplazmy, který nakonec vede k smrti.

Nedávná práce vykreslila složitější obraz aktivity antimikrobiálních peptidů. Antimikrobiální peptidy mohou také fungovat jako metabolické inhibitory, inhibitory syntézy DNA, RNA a proteinů a inhibitory syntézy buněčné stěny nebo tvorby přepážky. Je také známo, že způsobují agregaci ribozomů a delokalizují membránové proteiny.

Přidání další vrstvy složitosti má mnoho přírodních antimikrobiálních peptidů slabou baktericidní aktivitu. Spíše než o přímé inhibici růstu bakterií je nyní známo, že působí ve shodě s imunitním systémem hostitele prostřednictvím mechanismů včetně indukce chemokinů, uvolňování histaminu a modulace angiogeneze. Těmto imunomodulačním účinkům se začala věnovat pozornost teprve nedávno.

Ke stanovení mechanismů aktivity antimikrobiálních peptidů bylo použito několik metod.[11][13] Zejména, NMR v pevné fázi studie poskytly vysvětlení rozlišení na atomové úrovni narušení membrány antimikrobiálními peptidy.[20][21] V posledních letech Rentgenová krystalografie byl použit k podrobnému popisu atomů rodiny rostlinné defensiny prasknutí membrán identifikací klíčových fosfolipidů v buněčných membránách patogenu.[22][23] Předpokládá se, že lidské defensiny působí podobným mechanismem a jako součást jejich funkce se zaměřují na lipidy buněčné membrány. Ve skutečnosti člověk beta-defensin 2 nyní bylo prokázáno, že zabíjejí patogenní houby Candida albicans prostřednictvím interakcí se specifickými fosfolipidy.[24] Z výpočetního hlediska mohou simulace molekulární dynamiky osvětlit molekulární mechanismus a specifické interakce peptidů s lipidy, ionty a rozpouštědlem.[25]

MetodyAplikace
Mikroskopievizualizovat účinky antimikrobiálních peptidů na mikrobiální buňky
Atomová emisní spektroskopiedetekovat ztrátu intracelulárního draslíku (známka narušení integrity bakteriální membrány)
Fluorescenční barvivaměřit schopnost antimikrobiálních peptidů permeabilizovat membránové vezikuly
Tvorba iontového kanáluk posouzení tvorby a stability pórů vyvolaných antimikrobiálními peptidy
Kruhový dichroismus a orientovaný kruhový dichroismusměřit orientaci a sekundární strukturu antimikrobiálního peptidu navázaného na lipidovou dvojvrstvu
Duální polarizační interferometrieměřit různé mechanismy antimikrobiálních peptidů
NMR spektroskopie v pevné fáziměřit sekundární strukturu, orientaci a penetraci antimikrobiálních peptidů do lipidových dvojvrstev v biologicky relevantním kapalně-krystalickém stavu
Neutronová a rentgenová difrakcek měření difrakčních obrazců pórů vyvolaných peptidy v membránách v orientovaných vícevrstvých nebo kapalných látkách
Simulace molekulární dynamikystudovat molekulární chování a hledat specifické interakce peptid-lipid
Hmotnostní spektrometriek měření proteomické odpovědi mikroorganismů na antimikrobiální peptidy

Terapeutický výzkum a použití

Jako terapeutická činidla se používají antimikrobiální peptidy; jejich použití je obecně omezeno na intravenózní podání nebo topické aplikace kvůli jejich krátkému poločasu rozpadu. Od ledna 2018 se klinicky používaly následující antimikrobiální peptidy:[26]

Aktivita nad rámec antibakteriálních funkcí

Byly pozorovány AMP, které mají jiné funkce než zabíjení bakterií a hub. Mezi tyto aktivity patří antivirové účinky, ale také role v obraně hostitele, jako jsou protirakovinné funkce a role v neurologii.[27] To vedlo k přechodu na změnu značky AMP jako „peptidy obrany hostitele“, aby zahrnoval širokou škálu činností, které mohou AMP mít.[28]

Protirakovinné vlastnosti

Některé cecropiny (např. Cecropin A a cecropin B) mají protirakovinné vlastnosti a nazývají se protirakovinné peptidy (ACP).[29]:3 Hybridní ACP založené na Cecropinu A byly studovány na protirakovinné vlastnosti.[29]:7.1 Ovocná muška Defensin zabraňuje růstu nádoru, u kterého existuje podezření, že se váže na nádorové buňky díky modifikacím buněčné membrány, které jsou společné pro většinu rakovinných buněk, fosfatidylserin vystavení.[30]

Antibiofilmové vlastnosti

Cecropin A může zničit plankton a přisedlý biofilm -formování uropatogenní E-coli (UPEC) buňky, buď samostatně, nebo v kombinaci s antibiotikem kyselina nalidixová, synergicky vylučující infekci in vivo (v hostiteli hmyzu Galleria mellonella ) bez off-target cytotoxicity. Víceúčelový mechanismus účinku zahrnuje permeabilizaci vnější membrány, po níž následuje narušení biofilmu vyvolané inhibicí aktivity efluxní pumpy a interakcí s extracelulárními a intracelulárními nukleovými kyselinami.[31]

Jiný výzkum

Nedávno proběhl výzkum k identifikaci potenciálních antimikrobiálních peptidů z prokaryot,[32] vodní organismy, jako jsou ryby[33][34] a měkkýši,[35] a monotremes jako jsou echidny.[36][37]

Selektivita

V soutěži bakteriálních buněk a hostitelských buněk s antimikrobiálními peptidy budou antimikrobiální peptidy přednostně interagovat s bakteriální buňkou s buňkami savců, což jim umožňuje zabíjet mikroorganismy, aniž by byly pro buňky savců významně toxické.[38] Selektivita je velmi důležitým rysem antimikrobiálních peptidů a může zaručit jejich funkci jako antibiotika v obranných systémech hostitele.

Pokud jde o rakovina buňky samy také vylučují lidské antimikrobiální peptidy včetně defensin, a v některých případech se uvádí, že jsou odolnější než okolní normální buňky. Proto nemůžeme dojít k závěru, že selektivita je vždy vysoká proti rakovinovým buňkám.[39][40]

Faktory

Existuje několik faktorů, které úzce souvisejí se selektivní vlastností antimikrobiálních peptidů, z nichž nejvíce přispívá kationtová vlastnost. Vzhledem k tomu, že povrch bakteriálních membrán je nabitější negativně než buňky savců, budou antimikrobiální peptidy vykazovat různé afinity vůči bakteriálním membránám a membránám savčích buněk.[41]

Kromě toho existují i ​​další faktory, které ovlivní selektivitu. Je o tom dobře známo cholesterol je obvykle široce distribuován v buněčných membránách savců jako činidla stabilizující membránu, ale chybí v bakteriálních buněčných membránách; a přítomnost těchto cholesterolů také obecně sníží aktivity antimikrobiálních peptidů v důsledku stabilizace lipidové dvojvrstvy nebo interakcí mezi cholesterolem a peptidem. Takže cholesterol v savčích buňkách bude chránit buňky před útokem antimikrobiálních peptidů.[42]

Kromě transmembránový potenciál je dobře známo, že ovlivňuje interakce peptid-lipid.[43] Existuje vnější negativní transmembránový potenciál existující od vnějšího letáku k vnitřnímu letáku buněčných membrán a tento vnitřní negativní transmembránový potenciál usnadní permeabilizaci membrány pravděpodobně usnadněním inzerce pozitivně nabitých peptidů do membrán. Pro srovnání je transmembránový potenciál bakteriálních buněk negativnější než u normálních savčích buněk, takže bakteriální membrána bude náchylná k napadení pozitivně nabitými antimikrobiálními peptidy.

Podobně se také věří, že roste iontová síla,[42] který obecně snižuje aktivitu většiny antimikrobiálních peptidů, částečně přispívá k selektivitě antimikrobiálních peptidů oslabením elektrostatické interakce potřebné pro počáteční interakci.

Molekulární základ buněčné selektivity antimikrobiálních peptidů

Mechanismus

Buněčné membrány bakterií jsou bohaté na kyselé fosfolipidy, jako fosfatidylglycerol a kardiolipin.[38][44] Tyto fosfolipidové čelní skupiny jsou silně záporně nabité. Proto jsou krajní letáky dvojvrstvy, která je vystavena vně bakteriálních membrán, atraktivnější pro napadení pozitivně nabitých antimikrobiálních peptidů. Interakce mezi kladnými náboji antimikrobiálních peptidů a záporně nabitými bakteriálními membránami jsou tedy hlavně elektrostatické interakce, které jsou hlavní hybnou silou buněčné asociace. Kromě toho, protože antimikrobiální peptidy tvoří struktury s pozitivně nabitým obličejem i hydrofobním obličejem, existují také některé hydrofobní interakce mezi hydrofobními oblastmi antimikrobiálních peptidů a zwitterionický fosfolipidy (elektricky neutrální) povrch bakteriálních membrán, které v tomto případě působí pouze jako vedlejší účinek.

Naproti tomu vnější část membrán rostlin a savců je složena hlavně z lipidů bez jakýchkoli čistých nábojů, protože většina lipidů se záporně nabitými hlavními skupinami je v zásadě izolována do vnitřního letáku plazmatických membrán.[41] V případě savčích buněk jsou tedy vnější povrchy membrán obvykle vyrobeny zwitteriontové fosfatidylcholin a sfingomyelin, i když malá část vnějších povrchů membrány obsahuje některé záporně nabité gangliosidy. Proto hydrofobní interakce mezi hydrofobní tváří amfipatických antimikrobiálních peptidů a zwitteriontovými fosfolipidy na buněčném povrchu savčích buněčných membrán hraje hlavní roli při tvorbě vazby peptid-buňka.[45] Hydrofobní interakce je však ve srovnání s elektrostatickou interakcí relativně slabá, takže antimikrobiální peptidy budou přednostně interagovat s bakteriálními membránami.[Citace je zapotřebí ]

Duální polarizační interferometrie byl užíván in vitro studovat a kvantifikovat asociaci k hlavní skupině, inzerci do dvojvrstvy, tvorbu pórů a eventuální narušení membrány.[46][47]

Řízení

Velké úsilí bylo věnováno kontrole selektivity buněk. Byly například provedeny pokusy o modifikaci a optimalizaci fyzikálně-chemických parametrů peptidů za účelem kontroly selektivity, včetně čistého náboje, helicita, hydrofobicita na zbytek (H), hydrofobní moment (μ) a úhel vymezený kladně nabitou polární spirálou (Φ).[43] Další mechanismy, jako je zavedení D-aminokyseliny Předpokládá se, že a fluorované aminokyseliny v hydrofobní fázi narušují sekundární strukturu a tím snižují hydrofobní interakci s buňkami savců. Bylo také zjištěno, že substituce Pro → Nlys v β-turn antimikrobiálních peptidech obsahujících Pro byla slibnou strategií pro návrh nových antimikrobiálních peptidů selektivních pro malé bakteriální buňky s intracelulárními mechanismy účinku.[48] Bylo navrženo, aby přímé připojení magainin na povrch substrátu snížila nespecifickou buněčnou vazbu a vedla ke zlepšení detekčního limitu pro bakteriální buňky, jako je Salmonella a E-coli.[49]

Bakteriální rezistence

Bakterie používají různé strategie rezistence, aby zabránily zabíjení antimikrobiálních peptidů.[13] Některé mikroorganismy mění čisté povrchové náboje. Zlatý stafylokok transportuje D-alanin z cytoplazmy na povrchovou kyselinu teichoovou, která snižuje čistý negativní náboj zavedením bazických aminoskupin.[50] S. aureus také modifikuje své aniontové membrány prostřednictvím MprF s L-lysinem, čímž zvyšuje pozitivní čistý náboj.[50] Interakce antimikrobiálních peptidů s membránovými cíli může být omezena polysacharidem kapsle z Klebsiella pneumoniae.[51] K změnám dochází u lipidu A. Salmonella Druhy snižují tekutost své vnější membrány zvýšením hydrofobních interakcí mezi zvýšeným počtem acylových konců lipidu A přidáním myristátu k lipidu A s 2-hydroxymyristátem a tvorbou heptaylovaného lipidu A přidáním palmitátu. Předpokládá se, že zvýšený hydrofobní moment zpomaluje nebo ruší inzerci a tvorbu pórů antimikrobiálního peptidu. Zbytky podléhají změně v membránových proteinech. U některých gramnegativních bakterií koreluje změna produkce proteinů vnější membrány s odolností proti zabíjení antimikrobiálními peptidy.[52] Nelze psát Hemophilus influenzae transportuje AMP do vnitřku buňky, kde jsou degradovány. Dále H. influenzae předělá své membrány, aby vypadalo, jako by bakterie již byla úspěšně napadena AMP, čímž ji chrání před útokem více AMP.[53] Transportéry kazet vázajících ATP importují antimikrobiální peptidy a efluxní pumpa rezistence-nodulační buněčné dělení exportuje antimikrobiální peptidy.[54] Oba transportéry byly spojeny s antimikrobiální peptidovou rezistencí. Bakterie produkují proteolytické enzymy, které mohou degradovat antimikrobiální peptidy, což vede k jejich rezistenci.[55] Vezikuly na vnější membráně produkované gramnegativními bakteriemi vážou antimikrobiální peptidy a oddělují je od buněk, čímž chrání buňky.[56] Je také známo, že vezikuly vnější membrány obsahují různé proteázy, peptidázy a další lytické enzymy, které mohou hrát roli v degradaci extracelulárních molekul peptidu a nukleových kyselin, které, pokud se jim umožní dosáhnout bakteriálních buněk, mohou být pro buňky nebezpečné. Cyklický-di-GMP signalizace se také podílela na regulaci antimikrobiální peptid odpor v Pseudomonas aeruginosa[57]

I když tyto příklady ukazují, že rezistence se může vyvíjet přirozeně, zvyšuje se obava, že používání farmaceutických kopií antimikrobiálních peptidů může vést k rezistenci častěji a rychleji. V některých případech může rezistence vůči těmto peptidům používaným jako farmaceutika k léčbě zdravotních problémů vést k rezistenci nejen k lékařské aplikaci peptidů, ale také k fyziologické funkci těchto peptidů.[58][59]

Přístup „trojského koně“ k řešení tohoto problému vydělává na vrozené potřebě železa patogeny. „Pašování“ antimikrobiálních látek do patogenu se provádí jejich spojením s siderofory pro transport. I když je tento koncept jednoduchý, trvalo mnoho desetiletí práce, než se podařilo dosáhnout obtížné překážky transportu antimikrobiálních látek přes buněčné membrány patogenů. Byly přezkoumány poznatky získané z úspěchů a neúspěchů siderofore-konjugovaných léčiv hodnocených během vývoje nových látek využívajících přístup „trojského koně“.[60]

Příklady

Ovocné mušky infikován bakteriemi produkujícími GFP. Mouchy s červenými očima postrádající antimikrobiální peptidové geny jsou náchylné k infekci, zatímco mouchy s bílými očima mají imunitní odpověď divokého typu.

Antimikrobiální peptidy produkují druhy napříč stromem života, včetně:

Výzkum v posledních letech vzrostl, aby se vyvinuly umělé inženýrské napodobeniny antimikrobiálních peptidů, jako jsou SNAPP, částečně kvůli neúměrným nákladům na výrobu přirozeně odvozených AMP.[65] Příkladem toho je obličeje kationtový peptid C18G, který byl navržen z C-terminál doména lidského destičkového faktoru IV.[66] V současné době je nejpoužívanějším antimikrobiálním peptidem nisin; být jediný FDA schválený antimikrobiální peptid, běžně se používá jako umělá konzervační látka.[67][Citace je zapotřebí ]

Bioinformatika

Existuje několik bioinformatických databází ke katalogizaci antimikrobiálních peptidů, jako je ADAM (databáze antimikrobiálních peptidů),[68] APD (databáze antimikrobiálních peptidů), BioPD (databáze biologicky aktivních peptidů), CAMP (sbírka sekvencí a struktur antimikrobiálních peptidů),[69] DBAASP (databáze antimikrobiální aktivity a struktury peptidů) a LAMP (spojující AMP).

Antimikrobiální peptidové databáze lze rozdělit do dvou kategorií na základě zdroje peptidů, které obsahuje, jako specifické databáze a obecné databáze. Tyto databáze mají různé nástroje pro analýzu a predikci antimikrobiálních peptidů. Například CAMP obsahuje predikci AMP, kalkulačku funkcí, vyhledávání BLAST, ClustalW, VAST, PRATT, Helical wheel atd. Kromě toho služba ADAM umožňuje uživatelům prohledávat nebo procházet vztahy sekvenční struktury AMP. Antimikrobiální peptidy často zahrnují širokou škálu kategorií, jako jsou fungicidní, antibakteriální a antituberkulózní peptidy.

dbAMP:[70] Poskytuje online platformu pro zkoumání antimikrobiálních peptidů s funkčními aktivitami a fyzikálně-chemickými vlastnostmi na datech transkriptomu a proteomu. dbAMP je online zdroj, který se věnuje různým tématům, jako jsou anotace antimikrobiálních peptidů (AMP) včetně informací o sekvenci, antimikrobiálních aktivit, posttranslačních modifikací (PTM), strukturní vizualizace, antimikrobiální účinnost, cílové druhy s minimální inhibiční koncentrací (MIC), fyzikálně-chemické vlastnosti nebo interakce AMP – protein.

Nástroje jako PeptideRanker,[71] Peptidový lokátor,[72] a AntiMPmod[73][74] umožňují predikci antimikrobiálních peptidů, zatímco jiné byly vyvinuty k předpovědi antifungálních a antituberkulózních aktivit.[75][76]

Viz také

Reference

  1. ^ Ageitos JM, Sánchez-Pérez A, Calo-Mata P, Villa TG (červen 2017). „Antimikrobiální peptidy (AMP): Starověké sloučeniny, které představují nové zbraně v boji proti bakteriím“. Biochemická farmakologie. 133 (6): 117–138. doi:10.1016 / j.bcp.2016.09.018. PMID  27663838.
  2. ^ A b Reddy KV, Yedery RD, Aranha C (prosinec 2004). "Antimikrobiální peptidy: předpoklady a sliby". International Journal of Antimicrobial Agents. 24 (6): 536–47. doi:10.1016 / j.ijantimicag.2004.09.005. PMID  15555874.
  3. ^ A b Yeaman MR, Yount NY (březen 2003). "Mechanismy působení a rezistence antimikrobiálních peptidů". Farmakologické recenze. 55 (1): 27–55. doi:10.1124 / pr.55.1.2. PMID  12615953. S2CID  6731487.
  4. ^ Papagianni M (září 2003). „Ribosomálně syntetizované peptidy s antimikrobiálními vlastnostmi: biosyntéza, struktura, funkce a aplikace“. Biotechnologické pokroky. 21 (6): 465–99. doi:10.1016 / S0734-9750 (03) 00077-6. PMID  14499150.
  5. ^ Sitaram N, Nagaraj R (2002). „Antimikrobiální peptidy na obranu hostitele: význam struktury pro aktivitu“. Současný farmaceutický design. 8 (9): 727–42. doi:10.2174/1381612023395358. PMID  11945168.
  6. ^ Dürr UH, Sudheendra USA, Ramamoorthy A (září 2006). „LL-37, jediný lidský člen rodiny katelicidinových antimikrobiálních peptidů“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1758 (9): 1408–25. doi:10.1016 / j.bbamem.2006.03.030. PMID  16716248.
  7. ^ Dhople V, Krukemeyer A, Ramamoorthy A (září 2006). "Lidský beta-defensin-3, antibakteriální peptid s mnoha biologickými funkcemi". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1758 (9): 1499–512. doi:10.1016 / j.bbamem.2006.07.007. PMID  16978580.
  8. ^ Hancock RE, Rozek A (leden 2002). „Úloha membrán v činnosti antimikrobiálních kationtových peptidů“. Mikrobiologické dopisy FEMS. 206 (2): 143–9. doi:10.1111 / j.1574-6968.2002.tb11000.x. PMID  11814654.
  9. ^ Varkey J, Singh S, Nagaraj R (listopad 2006). "Antibakteriální aktivita lineárních peptidů zahrnujících karboxyterminální doménu beta-listu defektinů členovců". Peptidy. 27 (11): 2614–23. doi:10.1016 / j.peptides.2006.06.010. PMID  16914230. S2CID  21104756.
  10. ^ A b Nguyen LT, Haney EF, Vogel HJ (září 2011). "Rozšiřující se struktura antimikrobiálních peptidových struktur a způsoby jejich působení". Trendy v biotechnologii. 29 (9): 464–72. doi:10.1016 / j.tibtech.2011.05.001. PMID  21680034.
  11. ^ A b O'Driscoll NH, Labovitiadi O, Cushnie TP, Matthews KH, Mercer DK, Lamb AJ (březen 2013). "Výroba a hodnocení formulace oplatky obsahující antimikrobiální peptid pro topickou aplikaci". Současná mikrobiologie. 66 (3): 271–8. doi:10.1007 / s00284-012-0268-3. PMID  23183933. S2CID  18671683.
  12. ^ Hein KZ, Takahashi H, Tsumori T, Yasui Y, Nanjoh Y, Toga T, Wu Z, Grötzinger J, Jung S, Wehkamp J, Schroeder BO, Schroeder JM, Morita E (říjen 2015). „Psoriasin se sníženým obsahem disulfidů je širokospektrální fungicid vyvolávající lidskou apoptózu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (42): 13039–44. Bibcode:2015PNAS..11213039H. doi:10.1073 / pnas.1511197112. PMC  4620902. PMID  26438863.
  13. ^ A b C Brogden KA (březen 2005). „Antimikrobiální peptidy: látky vytvářející póry nebo metabolické inhibitory v bakteriích?“. Recenze přírody. Mikrobiologie. 3 (3): 238–50. doi:10.1038 / nrmicro1098. PMID  15703760. S2CID  23625167.
  14. ^ Hirst DJ, Lee TH, Swann MJ, Unabia S, Park Y, Hahm KS, Aguilar MI (duben 2011). "Vliv struktury acylového řetězce a stavu dvouvrstvé fáze na vazbu a penetraci podporované lipidové dvojvrstvy pomocí HPA3". Evropský biofyzikální časopis: EBJ. 40 (4): 503–14. doi:10.1007 / s00249-010-0664-1. PMID  21222117. S2CID  22514308.
  15. ^ Lee TH, Heng C, Swann MJ, Gehman JD, Separovic F, Aguilar MI (říjen 2010). „Kvantitativní analýza disorderingu lipidů v reálném čase pomocí aureinu 1.2 během adsorpce, destabilizace a lýzy membrány“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1798 (10): 1977–86. doi:10.1016 / j.bbamem.2010.06.023. PMID  20599687.
  16. ^ Turnidge JD, Bell JM (1996). "Testování citlivosti antimikrobiálních látek v kapalných médiích". V Lorian V (ed.). Antibiotika v laboratorní medicíně (4. vydání). Baltimore, MD: Williams a Wilkins. str. 52–111. ISBN  978-0-683-05169-8. Národní výbor pro laboratorní bezpečnost a normy (NCLSS)
  17. ^ Wang CK, Shih LY, Chang KY (listopad 2017). „Rozsáhlá analýza antimikrobiálních aktivit ve vztahu k amfipatičnosti a náboji odhaluje novou charakteristiku antimikrobiálních peptidů“. Molekuly (Basilej, Švýcarsko). 22 (11): 2037. doi:10,3390 / molekuly22112037. PMC  6150348. PMID  29165350.
  18. ^ Hunter HN, Fulton DB, Ganz T, Vogel HJ (říjen 2002). „Struktura roztoku lidského hepcidinu, peptidového hormonu s antimikrobiální aktivitou, který se podílí na příjmu železa a dědičné hemochromatóze.“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (40): 37597–603. doi:10,1074 / jbc.M205305200. PMID  12138110.
  19. ^ Kudrimoti, Mahesh; Curtis, Amarintha; Azawi, Samar; Worden, Francis; Katz, Sanford; Adkins, Douglas; Bonomi, Marcelo; Starší, Jenna; Sonis, Stephen T .; Straube, Richard; Donini, Oreola (10.12.2016). „Dusquetide: Nový vrozený regulátor obrany prokazující významné a důsledné zkrácení doby trvání orální mukozitidy v preklinických datech a randomizované, placebem kontrolované klinické studii fáze 2a“. Journal of Biotechnology. 239: 115–125. doi:10.1016 / j.jbiotec.2016.10.010. PMID  27746305.
  20. ^ Hallock KJ, Lee DK, Ramamoorthy A (květen 2003). „MSI-78, analog magaininových antimikrobiálních peptidů, narušuje lipidovou dvojvrstvou strukturu prostřednictvím pozitivního zakřiveného kmene“. Biofyzikální deník. 84 (5): 3052–60. Bibcode:2003BpJ .... 84.3052H. doi:10.1016 / S0006-3495 (03) 70031-9. PMC  1302867. PMID  12719236.
  21. ^ Henzler Wildman KA, Lee DK, Ramamoorthy A (červen 2003). "Mechanismus narušení lipidové dvojvrstvy lidským antimikrobiálním peptidem, LL-37". Biochemie. 42 (21): 6545–58. doi:10.1021 / bi0273563. PMID  12767238.
  22. ^ Järvå M, Lay FT, Phan TK, Humble C, Poon IK, Bleackley MR, Anderson MA, Hulett MD, Kvansakul M (květen 2018). „Rentgenová struktura komplexu narušujícího antimikrobiální defensin-fosfolipidovou membránu podobného koberci“. Příroda komunikace. 9 (1): 1962. Bibcode:2018NatCo ... 9.1962J. doi:10.1038 / s41467-018-04434-r. PMC  5958116. PMID  29773800.
  23. ^ Poon IK, Baxter AA, Lay FT, Mills GD, Adda CG, Payne JA, Phan TK, Ryan GF, White JA, Veneer PK, van der Weerden NL, Anderson MA, Kvansakul M, Hulett MD (duben 2014). „Oligomerizace defensinu zprostředkovaná fosfoinositidem indukuje lýzu buněk“. eLife. 3: e01808. doi:10,7554 / elife.01808. PMC  3968744. PMID  24692446.
  24. ^ Järvå, Michael; Phan, Thanh Kha; Lay, Fung T .; Caria, Sofie; Kvansakul, Marc; Hulett, Mark D. (01.07.2018). „Lidský β-defensin 2 zabíjí Candida albicans prostřednictvím permeabilizace membrány zprostředkovanou 4,5-bisfosfátem zprostředkovanou fosfatidylinositolem“. Vědecké zálohy. 4 (7): eaat0979. Bibcode:2018SciA .... 4..979J. doi:10.1126 / sciadv.aat0979. ISSN  2375-2548. PMC  6059731. PMID  30050988.
  25. ^ Balatti, Galo E .; Ambroggio, Ernesto E .; Fidelio, Gerardo D .; Martini, M. Florencia; Pickholz, Mónica (2017-10-20). „Diferenciální interakce antimikrobiálních peptidů s lipidovými strukturami studovaná simulacemi hrubozrnné molekulární dynamiky“. Molekuly (Basilej, Švýcarsko). 22 (10): 1775. doi:10,3390 / molekuly22101775. ISSN  1420-3049. PMC  6151434. PMID  29053635.
  26. ^ Gomes B, Augusto MT, Felício MR, Hollmann A, Franco OL, Gonçalves S, Santos NC (9. ledna 2018). "Navrhování vylepšených aktivních peptidů pro terapeutické přístupy proti infekčním chorobám". Biotechnologické pokroky. 36 (2): 415–429. doi:10.1016 / j.biotechadv.2018.01.004. PMID  29330093.
  27. ^ Hanson, MA; Lemaitre, B (2020). „Nové poznatky o funkci antimikrobiálního peptidu Drosophila v obraně hostitele i mimo ni“. Curr Opp Imm. 62: 22–30. doi:10.1016 / j.coi.2019.11.008. PMID  31835066.
  28. ^ Mookherjee N, Anderson MA, Haagsman HP, Davidson DJ (2020). „Antimikrobiální obranné peptidy hostitele: funkce a klinický potenciál“ (PDF). Nat Rev Drug Discov. 19 (5): 311–332. doi:10.1038 / s41573-019-0058-8. PMID  32107480. S2CID  211526624.
  29. ^ A b Hoskin DW, Ramamoorthy A (únor 2008). „Studie protinádorových aktivit antimikrobiálních peptidů“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1778 (2): 357–75. doi:10.1016 / j.bbamem.2007.11.008. PMC  2238813. PMID  18078805.
  30. ^ Parvy JP, Yu Y, Dostalova A, Kondo S, Kurjan A, Bulet P, Lemaître B, Vidal M, Cordero JB (2019). „Antimikrobiální peptid defensin spolupracuje s tumor nekrotizujícím faktorem při řízení smrti nádorových buněk v Drosophile“. eLife. 8. doi:10,7554 / eLife.45061. PMC  6667213. PMID  31358113.
  31. ^ Kalsy M, Tonk M, Hardt M, Dobrindt U, Zdybicka-Barabas A, Cytrynska M, Vilcinskas A, Mukherjee K (2020). „Hmyzí antimikrobiální peptid cekropin A narušuje uropatogenní biofilmy Escherichia coli“. NPJ biofilmy a mikrobiomy. 6 (1): 6. doi:10.1038 / s41522-020-0116-3. PMC  7016129. PMID  32051417.>
  32. ^ Hassan M, Kjos M, Nes IF, Diep DB, Lotfipour F (2012). „Přírodní antimikrobiální peptidy bakterií: charakteristiky a potenciální aplikace v boji proti rezistenci na antibiotika“. J Appl Microbiol. 113 (4): 723–36. doi:10.1111 / j.1365-2672.2012.05338.x. PMID  22583565.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  33. ^ Kumaresan V, Bhatt P, Ganesh MR, Harikrishnan R, Arasu M, Al-Dhabi NA, Pasupuleti M, Marimuthu K, Arockiaraj J (2015). „Nový antimikrobiální peptid získaný z lysozymu typu rybí husy narušuje membránu Salmonella enterica“. Mol Immunol. 68 (2): 421–33. doi:10.1016 / j.molimm.2015.10.101. PMID  26477736.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  34. ^ Arasu A, Kumaresan V, Ganesh MR, Pasupuleti M, Arasu MV, Al-Dhabi NA, Arockiaraj J (2017). "Baktericidní aktivita rybího galectinu 4 odvozeného membránově vázajícího peptidu značeného oligotryptofanem". Dev Comp Immunol. 71: 37–48. doi:10.1016 / j.dci.2017.01.019. PMID  28126555. S2CID  22374102.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  35. ^ Arockiaraj J, Chaurasia MK, Kumaresan V, Palanisamy R, Harikrishnan R, Pasupuleti M, Kasi M (2015). „Macrobrachium rosenbergii manóza vázající lektin: syntéza peptidů MrMBL-N20 ​​a MrMBL-C16 a jejich antimikrobiální charakterizace, bioinformatika a analýza relativní genové exprese“. Rybí korýši Imunol. 43 (2): 364–74. doi:10.1016 / j.fsi.2014.12.036. PMID  25575476.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  36. ^ M., Somasekhar. „Mléko mravenčí může být alternativou k antibiotikům“. BusinessLine. Citováno 2019-05-04.
  37. ^ „Mléko savců snášejících vejce může pomoci novým antibiotikům“. Deccan Herald. 2019-04-25. Citováno 2019-05-04.
  38. ^ A b Matsuzaki K (srpen 2009). "Kontrola buněčné selektivity antimikrobiálních peptidů". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1788 (8): 1687–92. doi:10.1016 / j.bbamem.2008.09.013. PMID  18952049.
  39. ^ Sawaki K, Mizukawa N, Yamaai T, Yoshimoto T, Nakano M, Sugahara T (2002). "Vysoká koncentrace beta-defensinu-2 v orálním spinocelulárním karcinomu". Anticancer Res. 22 (4): 2103–7. PMID  12174890.
  40. ^ KIDA-TAKAOKA, SAORI (2014). „Okolní buňky ovlivňují genovou expresi lidských beta-defensinů ve spinocelulárním karcinomu in vitro“. Anticancer Res. 34 (11): 6443–9. PMID  25368244. Citováno 7. února 2019.
  41. ^ A b Hancock RE, Sahl HG (prosinec 2006). „Antimikrobiální a obranné peptidy jako nové antiinfekční terapeutické strategie“. Přírodní biotechnologie. 24 (12): 1551–7. doi:10.1038 / nbt1267. PMID  17160061. S2CID  22384207.
  42. ^ A b Zasloff M (leden 2002). "Antimikrobiální peptidy mnohobuněčných organismů". Příroda. 415 (6870): 389–95. Bibcode:2002 Natur.415..389Z. doi:10.1038 / 415389a. PMID  11807545. S2CID  205028607.
  43. ^ A b Matsuzaki K, Sugishita K, Fujii N, Miyajima K (March 1995). "Molecular basis for membrane selectivity of an antimicrobial peptide, magainin 2". Biochemie. 34 (10): 3423–9. doi:10.1021/bi00010a034. PMID  7533538.
  44. ^ Chou HT, Kuo TY, Chiang JC, Pei MJ, Yang WT, Yu HC, Lin SB, Chen WJ (August 2008). "Design and synthesis of cationic antimicrobial peptides with improved activity and selectivity against Vibrio spp". International Journal of Antimicrobial Agents. 32 (2): 130–8. doi:10.1016/j.ijantimicag.2008.04.003. PMID  18586467.
  45. ^ Tennessen JA (November 2005). "Molecular evolution of animal antimicrobial peptides: widespread moderate positive selection". Journal of Evolutionary Biology. 18 (6): 1387–94. doi:10.1111/j.1420-9101.2005.00925.x. PMID  16313451.
  46. ^ Yu L, Guo L, Ding JL, Ho B, Feng SS, Popplewell J, Swann M, Wohland T (February 2009). "Interaction of an artificial antimicrobial peptide with lipid membranes". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1788 (2): 333–44. doi:10.1016/j.bbamem.2008.10.005. PMID  19013127.
  47. ^ Lee TH, Hall K, Mechler A, Martin L, Popplewell J, Ronan G, Aguilar MI (2009). "Molecular imaging and orientational changes of antimicrobial peptides in membranes". Peptides for Youth. Pokroky v experimentální medicíně a biologii. 611. pp. 313–5. Bibcode:2009peyo.book..313L. doi:10.1007/978-0-387-73657-0_140. ISBN  978-0-387-73656-3. PMID  19400207.
  48. ^ Zhu WL, Lan H, Park Y, Yang ST, Kim JI, Park IS, You HJ, Lee JS, Park YS, Kim Y, Hahm KS, Shin SY (October 2006). "Effects of Pro --> peptoid residue substitution on cell selectivity and mechanism of antibacterial action of tritrpticin-amide antimicrobial peptide". Biochemie. 45 (43): 13007–17. doi:10.1021/bi060487+. PMID  17059217.
  49. ^ Kulagina NV, Lassman ME, Ligler FS, Taitt CR (October 2005). "Antimicrobial peptides for detection of bacteria in biosensor assays". Analytická chemie. 77 (19): 6504–8. doi:10.1021/ac050639r. PMID  16194120.
  50. ^ A b Peschel A, Otto M, Jack RW, Kalbacher H, Jung G, Götz F (March 1999). "Inactivation of the dlt operon in Staphylococcus aureus confers sensitivity to defensins, protegrins, and other antimicrobial peptides". The Journal of Biological Chemistry. 274 (13): 8405–10. doi:10.1074/jbc.274.13.8405. PMID  10085071.
  51. ^ Campos MA, Vargas MA, Regueiro V, Llompart CM, Albertí S, Bengoechea JA (December 2004). Weiser JN (ed.). "Capsule polysaccharide mediates bacterial resistance to antimicrobial peptides". Infekce a imunita. 72 (12): 7107–14. doi:10.1128/IAI.72.12.7107-7114.2004. PMC  529140. PMID  15557634.
  52. ^ China B, N'Guyen BT, de Bruyere M, Cornelis GR (April 1994). "Role of YadA in resistance of Yersinia enterocolitica to phagocytosis by human polymorphonuclear leukocytes". Infekce a imunita. 62 (4): 1275–81. doi:10.1128/IAI.62.4.1275-1281.1994. PMC  186269. PMID  8132334.
  53. ^ Shelton CL, Raffel FK, Beatty WL, Johnson SM, Mason KM (November 2011). "Sap transporter mediated import and subsequent degradation of antimicrobial peptides in Haemophilus". PLOS patogeny. 7 (11): e1002360. doi:10.1371/journal.ppat.1002360. PMC  3207918. PMID  22072973.
  54. ^ Nikaido H (October 1996). "Multidrug efflux pumps of gram-negative bacteria". Journal of Bacteriology. 178 (20): 5853–9. doi:10.1128/jb.178.20.5853-5859.1996. PMC  178438. PMID  8830678.
  55. ^ Whitelock JM, Murdoch AD, Iozzo RV, Underwood PA (April 1996). "The degradation of human endothelial cell-derived perlecan and release of bound basic fibroblast growth factor by stromelysin, collagenase, plasmin, and heparanases". The Journal of Biological Chemistry. 271 (17): 10079–86. doi:10.1074/jbc.271.17.10079. PMID  8626565.
  56. ^ Kulkarni HM, Swamy C, Jagannadham MV (March 2014). "Molecular characterization and functional analysis of outer membrane vesicles from the antarctic bacterium Pseudomonas syringae suggest a possible response to environmental conditions". Journal of Proteome Research. 13 (3): 1345–58. doi:10.1021/pr4009223. PMID  24437924.
  57. ^ Chua SL, Tan SY, Rybtke MT, Chen Y, Rice SA, Kjelleberg S, Tolker-Nielsen T, Yang L, Givskov M (May 2013). "Bis-(3'-5')-cyclic dimeric GMP regulates antimicrobial peptide resistance in Pseudomonas aeruginosa". Antimikrobiální látky a chemoterapie. 57 (5): 2066–75. doi:10.1128/AAC.02499-12. PMC  3632963. PMID  23403434.
  58. ^ Habets MG, Brockhurst MA (June 2012). "Therapeutic antimicrobial peptides may compromise natural immunity". Biologické dopisy. 8 (3): 416–8. doi:10.1098/rsbl.2011.1203. PMC  3367763. PMID  22279153.
  59. ^ Bahar AA, Ren D (November 2013). "Antimicrobial peptides". Léčiva. 6 (12): 1543–75. doi:10.3390/ph6121543. PMC  3873676. PMID  24287494.
  60. ^ Gumienna-Kontecka, Elzbieta; Carver, Peggy L. (2019). "Chapter 7. Building a Trojan Horse: Siderophore-Drug Conjugates for the Treatment of Infectious Diseases". In Sigel, Astrid; Freisinger, Eva; Sigel, Roland K. O .; Carver, Peggy L. (hostující editor) (eds.). Základní kovy v medicíně: terapeutické využití a toxicita kovových iontů na klinice. Kovové ionty v biologických vědách. 19. Berlín: de Gruyter GmbH. pp. 181–202. doi:10.1515/9783110527872-013. ISBN  978-3-11-052691-2. PMID  30855108.
  61. ^ "Insect antimicrobial peptides OPM". Orientations of Proteins in Membranes database (OPM).
  62. ^ Szymanowski, F.; Balatti, G. E.; Ambroggio, E.; Hugo, A. A.; Martini, M. F.; Fidelio, G. D.; Gómez-Zavaglia, A.; Pickholz, M.; Pérez, P. F. (2019-06-01). "Differential activity of lytic α-helical peptides on lactobacilli and lactobacilli-derived liposomes". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembrány. 1861 (6): 1069–1077. doi:10.1016/j.bbamem.2019.03.004. ISSN  1879-2642. PMID  30878358.
  63. ^ "Amphibian antimicrobial peptides". Orientations of Proteins in Membranes database (OPM).
  64. ^ Yang M; Zhang C; et al. (Září 2016). "Structure-function analysis of Avian β-defensin-6 and β-defensin-12: role of charge and disulfide bridges". Mikrobiologie BMC. 16: 210. doi:10.1186/s12866-016-0828-y. PMC  5016922. PMID  27613063.
  65. ^ Niedermaier H (9 February 2012). "Synthetic Mimics of Antimicrobial Peptides: A New Wave of Antibiotics". Ústav chemie. University of Georgia. Archivovány od originál dne 28. října 2016. Citováno 27. října 2016.
  66. ^ Kohn EM, Shirley DJ, Arotsky L, Picciano AM, Ridgway Z, Urban MW, Carone BR, Caputo GA (February 2018). "Role of Cationic Side Chains in the Antimicrobial Activity of C18G". Molekuly. 23 (2): 329. doi:10.3390/molecules23020329. PMC  6017431. PMID  29401708.
  67. ^ Shin JM, Gwak JW, Kamarajan P, Fenno JC, Rickard AH, Kapila YL (June 2016). "Biomedical applications of nisin". Journal of Applied Microbiology. 120 (6): 1449–65. doi:10.1111/jam.13033. PMC  4866897. PMID  26678028.
  68. ^ Lee HT, Lee CC, Yang JR, Lai JZ, Chang KY (February 2015). "A large-scale structural classification of antimicrobial peptides". BioMed Research International. 2015: 475062. doi:10.1155/2015/475062. PMC  4426897. PMID  26000295.
  69. ^ Waghu FH, Gopi L, Barai RS, Ramteke P, Nizami B, Idicula-Thomas S (January 2014). "CAMP: Collection of sequences and structures of antimicrobial peptides". Výzkum nukleových kyselin. 42 (Database issue): D1154–8. doi:10.1093/nar/gkt1157. PMC  3964954. PMID  24265220.
  70. ^ Jhong JH, Chi YH, Li WC, Lin TH, Huang KY, Lee TY (Jan 8, 2019). "dbAMP: an integrated resource for exploring antimicrobial peptides with functional activities and physicochemical properties on transcriptome and proteome data". Nucleic Acids Res. 2019 (D1): D285–D297. doi:10.1093/nar/gky1030. PMC  6323920. PMID  30380085.
  71. ^ Mooney C, Haslam NJ, Pollastri G, Shields DC (8 October 2012). "Towards the improved discovery and design of functional peptides: common features of diverse classes permit generalized prediction of bioactivity". PLOS ONE. 7 (10): e45012. Bibcode:2012PLoSO...745012M. doi:10.1371/journal.pone.0045012. PMC  3466233. PMID  23056189.
  72. ^ Mooney C, Haslam NJ, Holton TA, Pollastri G, Shields DC (May 2013). "PeptideLocator: prediction of bioactive peptides in protein sequences". Bioinformatika. 29 (9): 1120–6. doi:10.1093/bioinformatics/btt103. PMID  23505299.
  73. ^ Mueller AT, Gabernet G, Hiss JA, Schneider G (4 May 2017). "modlAMP: Python for antimicrobial peptides". Bioinformatika. 33 (17): 2753–2755. doi:10.1093/bioinformatics/btx285. PMID  28472272.
  74. ^ Agrawal P, Raghava GP (26 October 2018). "Prediction of antimicrobial potential of a chemically modified peptide from its tertiary structure". Hranice v mikrobiologii. 9: 2551. doi:10.3389/fmicb.2018.02551. PMC  6212470. PMID  30416494.
  75. ^ Agrawal P, Bhalla S, Chaudhary K, Kumar R, Sharma M, Raghava GP (26 February 2018). "In Silico Approach for Prediction of Antifungal and Peptides". Hranice v mikrobiologii. 9: 323. doi:10.3389/fmicb.2018.00323. PMC  5834480. PMID  29535692.
  76. ^ Usmani SS, Bhalla S, Raghava GP (26 August 2018). "Prediction of Antitubercular Peptides From Sequence Information Using Ensemble Classifier and Hybrid Features". Hranice ve farmakologii. 9: 954. doi:10.3389/fphar.2018.00954. PMC  6121089. PMID  30210341.

externí odkazy