Beta-defensin 2 - Beta-defensin 2 - Wikipedia

DEFB4B
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1E4Q, 1FD3, 1FD4, 1QQQ
Identifikátory
Aliasy	DEFB4BDEFB4P, defensin beta 4B
Externí ID	HomoloGene: 122147 Genové karty: DEFB4B
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 8 (lidský)
Konec	7,416,863 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba na chemokinový receptor CCR6; • chemoatraktivní aktivita;
Buněčná složka	• Golgiho lumen; • extracelulární oblast; • extracelulární; • intracelulární;
Biologický proces	• Signální dráha receptoru spřaženého s G-proteinem; • obranná reakce; • imunitní odpověď; • chemotaxe; • obranná reakce na gramnegativní bakterii; • obranná reakce na bakterii; • obranná odpověď na grampozitivní bakterii; • antimikrobiální humorální odpověď; • antimikrobiální humorální imunitní odpověď zprostředkovaná antimikrobiálním peptidem; • pozitivní chemotaxe; • buněčná chemotaxe;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	100289462
	n / a
	ENSG00000177257; ENSG00000275444; ENSG00000285433
	n / a
	O15263
	n / a
	NM_001205266
	n / a
	NP_001192195; NP_004933
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

Beta-defensin 2 (BD-2) také známý jako kožní antimikrobiální peptid 1 (SAP1) je a peptid že u lidí je kódován DEFB4 (defensin, beta 4) gen.^[3]

Lidský beta-defensin-2 (hBD-2) je kationtový nízkomolekulární antimikrobiální peptid bohatý na cysteiny, který byl nedávno objeven v kůži poškození.

Struktura

hBD-2 je protein, jehož primární strukturu tvoří 64 aminokyselin. Při koncentracích <2,4 mM je hBD-2 monomerní.^[4] Struktura je amfifilní s nerovnoměrným povrchovým rozložením kladného náboje a obsahuje několik klíčových konstrukčních prvků, včetně třívláknového, antiparalelního beta list s prameny 2 a 3 v a vlásenka beta konformace. Stanovení dalších konstrukčních prvků závisí na použité technice. Při použití rentgenové krystalografie alfa šroubovice lze pozorovat na N-terminál konec proteinu (kódy PDB: 1fd3,1fd4A 6cs9). Při použití NMR se tato alfa-šroubovice neobjeví (kód PDB: 1e4q), Avšak tato struktura byla stanovena pomocí zkrácené verze hBD-2, v níž chyběly počáteční 4 aminokyseliny, a může být důvodem pro tento nesoulad.

Funkce

Defensiny tvoří rodinu mikrobicidních a cytotoxický peptidy vyrobené neutrofily. Členové rodiny defensinu jsou velmi podobní v proteinové sekvenci. Beta-defensin 2 je antibiotický peptid, který je lokálně regulován zánět.^[5]

Lidský beta-defensin 2 je produkován řadou epiteliální buňky a vykazuje silnou antimikrobiální aktivitu proti Gramnegativní bakterie a Candida, ale ne grampozitivní S. aureus. Spekulovalo se, že beta-defensin 2 může přispívat k výskytu gramnegativních infekcí na kůži a plicní tkáni.^[6]

hBD-2 představuje první lidský defensin, který se produkuje po stimulaci epiteliálních buněk kontaktem s mikroorganismy, jako jsou P. aeruginosa nebo cytokiny, jako je TNF-alfa a IL-1 beta. Gen a protein HBD-2 jsou lokálně exprimovány v keratinocyty spojené se zánětlivými kožními lézemi. Je zajímavé spekulovat, že HBD-2 je dynamická složka místního epiteliálního obranného systému kůže a dýchacích cest, která má úlohu chránit povrchy před infekcí, a poskytuje možný důvod, proč jsou infekce kůže a plic gramnegativními bakteriemi spíše vzácné.^[6]

Ačkoli tento protein nemá žádnou antibakteriální aktivitu proti grampozitivním bakteriím, existuje studie, která ukazuje, že mezi hBD-2 a jinými proteiny existuje synergie.^[7] Jedním příkladem tohoto synergického účinku je epiP, protein oddělený některými kmeny kmene S. epidermidis. hBD2, který se drží za ruce s epiP, je schopen zabíjet S. aureus, grampozitivní bakterie odpovědná za lidské nemoci.

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000275444, ENSG00000285433 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000177257, ENSG00000275444, ENSG00000285433 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Harder J, Bartels J, Christophers E, Schröder JM (červen 1997). "Peptidové antibiotikum z lidské kůže". Příroda. 387 (6636): 861. doi:10.1038/43088. PMID 9202117. S2CID 4354862.
^ Sawai MV, Jia HP, Liu L, Aseyev V, Wiencek JM, McCray PB, Ganz T, Kearney WR, Tack BF (duben 2001). „Struktura NMR lidského beta-defensinu-2 odhaluje nový alfa-šroubovicový segment“. Biochemie. 40 (13): 3810–3816. doi:10.1021 / bi002519d. PMID 11300761.
^ „Entrez Gene: DEFB4 defensin, beta 4“.
^ ^A ^b Schröder JM, Harder J (červen 1999). „Lidský beta-defensin-2“. International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 31 (6): 645–651. doi:10.1016 / S1357-2725 (99) 00013-8. PMID 10404637.
^ Iwase T, Uehara Y, Shinji H, Tajima A, Seo H, Takada K, Agata T, Mizunoe Y (květen 2010). „Staphylococcus epidermidis Esp inhibuje tvorbu biofilmu Staphylococcus aureus a kolonizaci nosu“. Příroda. 465 (7296): 346–349. doi:10.1038 / nature09074. PMID 20485435. S2CID 4392908.

externí odkazy

Člověk DEFB4A umístění genomu a DEFB4A stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Weinberg A, Krisanaprakornkit S, Dale BA (1999). "Epiteliální antimikrobiální peptidy: přehled a význam pro orální aplikace". Kritické recenze v orální biologii a medicíně. 9 (4): 399–414. doi:10.1177/10454411980090040201. PMID 9825219.
Schröder JM, Harder J (červen 1999). „Lidský beta-defensin-2“. International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 31 (6): 645–651. doi:10.1016 / S1357-2725 (99) 00013-8. PMID 10404637.
Bals R, Wang X, Wu Z, Freeman T, Bafna V, Zasloff M, Wilson JM (září 1998). „Lidský beta-defensin 2 je peptidové antibiotikum citlivé na sůl exprimované v lidských plicích“. The Journal of Clinical Investigation. 102 (5): 874–880. doi:10.1172 / JCI2410. PMC 508952. PMID 9727055.
Liu L, Wang L, Jia HP, Zhao C, Heng HH, Schutte BC, McCray PB, Ganz T (listopad 1998). "Struktura a mapování lidského genu beta-defensinu HBD-2 a jeho exprese v místech zánětu". Gen. 222 (2): 237–244. doi:10.1016 / S0378-1119 (98) 00480-6. PMID 9831658.
Mathews M, Jia HP, Guthmiller JM, Losh G, Graham S, Johnson GK, Tack BF, McCray PB (červen 1999). „Produkce antimikrobiálních peptidů beta-defensinu ústní sliznicí a slinnými žlázami“. Infekce a imunita. 67 (6): 2740–2745. doi:10.1128 / IAI.67.6.2740-2745.1999. PMC 96577. PMID 10338476.
Jia HP, Mills JN, Barahmand-Pour F, Nishimura D, Mallampali RK, Wang G, Wiles K, Tack BF, Bevins CL, McCray PB (září 1999). „Molekulární klonování a charakterizace krysích genů kódujících homology lidských beta-defensinů“. Infekce a imunita. 67 (9): 4827–4833. doi:10.1128 / IAI.67.9.4827-4833.1999. PMC 96815. PMID 10456937.
Yang D, Chertov O, Bykovskaia SN, Chen Q, Buffo MJ, Shogan J, Anderson M, Schröder JM, Wang JM, Howard OM, Oppenheim JJ (říjen 1999). „Beta-defensiny: propojení vrozené a adaptivní imunity prostřednictvím dendritických a T buněk CCR6“. Věda. 286 (5439): 525–528. doi:10.1126 / science.286.5439.525. PMID 10521347.
Diamond G, Kaiser V, Rhodes J, Russell JP, Bevins CL (leden 2000). "Transkripční regulace exprese genu beta-defensinu v tracheálních epiteliálních buňkách". Infekce a imunita. 68 (1): 113–119. doi:10.1128 / iai.68.1.113-119.2000. PMC 97109. PMID 10603376.
Harder J, Meyer-Hoffert U, Teran LM, Schwichtenberg L, Bartels J, Maune S, Schröder JM (červen 2000). „Mucoid Pseudomonas aeruginosa, TNF-alfa a IL-lbeta, ale ne IL-6, indukují lidský beta-defensin-2 v respiračním epitelu.“ American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology. 22 (6): 714–721. doi:10.1165 / ajrcmb.22.6.4023. PMID 10837369.
Hoover DM, Rajashankar KR, Blumenthal R, Puri A, Oppenheim JJ, Chertov O, Lubkowski J (říjen 2000). „Struktura lidského beta-defensinu-2 vykazuje důkazy o oligomerizaci vyššího řádu“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32911–32918. doi:10,1074 / jbc.M006098200. PMID 10906336.
Meyer JE, Harder J, Görögh T, Schröder JM, Maune S (červenec 2000). "[exprese genu hBD-2 v nosní sliznici]". Laryngo- Rhino- Otologie. 79 (7): 400–403. doi:10,1055 / s-2000-4626. PMID 11005092.
Ali RS, Falconer A, Ikram M, Bissett CE, Cerio R, Quinn AG (červenec 2001). "Exprese peptidových antibiotik lidský beta defensin-1 a lidský beta defensin-2 v normální lidské kůži". The Journal of Investigative Dermatology. 117 (1): 106–111. doi:10.1046 / j.0022-202x.2001.01401.x. PMID 11442756.
Carothers DG, Graham SM, Jia HP, Ackermann MR, Tack BF, McCray PB (2001). "Produkce beta-defensinových antimikrobiálních peptidů sliznicí maxilárního sinu". American Journal of Rhinology. 15 (3): 175–179. doi:10.2500/105065801779954238. PMID 11453504. S2CID 31583849.
Biragyn A, Surenhu M, Yang D, Ruffini PA, Haines BA, Klyushnenkova E, Oppenheim JJ, Kwak LW (prosinec 2001). „Mediátory vrozené imunity, které se zaměřují na nezralé, ale nikoli zralé, dendritické buňky, indukují protinádorovou imunitu, pokud jsou geneticky fúzovány s neimunogenními nádorovými antigeny“. Journal of Immunology. 167 (11): 6644–6653. doi:10,4049 / jimmunol.167.11.6644. PMID 11714836.
Bauer F, Schweimer K, Klüver E, Conejo-Garcia JR, Forssmann WG, Rösch P, Adermann K, Sticht H (prosinec 2001). „Strukturální stanovení lidských a myších beta-defensinů odhaluje strukturní konzervaci při absenci významné podobnosti sekvence“. Věda o bílkovinách. 10 (12): 2470–2479. doi:10.1110 / ps.24401. PMC 2374044. PMID 11714914.
Takahashi A, Wada A, Ogushi K, Maeda K, Kawahara T, Mawatari K, Kurazono H, Moss J, Hirayama T, Nakaya Y (listopad 2001). „Produkce beta-defensinu-2 lidskými epitelovými buňkami tlustého střeva indukovaná strukturním proteinem filamentu Salmonella enteritidis flagella“. FEBS Dopisy. 508 (3): 484–488. doi:10.1016 / S0014-5793 (01) 03088-5. PMID 11728477. S2CID 24925463.
Schibli DJ, Hunter HN, Aseyev V, Starner TD, Wiencek JM, McCray PB, Tack BF, Vogel HJ (březen 2002). „Roztokové struktury lidských beta-defensinů vedou k lepšímu pochopení silné baktericidní aktivity HBD3 proti Staphylococcus aureus.“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (10): 8279–8289. doi:10,1074 / jbc.M108830200. PMID 11741980.

Tento protein související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000275444, ENSG00000285433 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000177257, ENSG00000275444, ENSG00000285433 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9202117-3] Harder J, Bartels J, Christophers E, Schröder JM (červen 1997). "Peptidové antibiotikum z lidské kůže". Příroda. 387 (6636): 861. doi:10.1038/43088. PMID 9202117. S2CID 4354862.

[4] Sawai MV, Jia HP, Liu L, Aseyev V, Wiencek JM, McCray PB, Ganz T, Kearney WR, Tack BF (duben 2001). „Struktura NMR lidského beta-defensinu-2 odhaluje nový alfa-šroubovicový segment“. Biochemie. 40 (13): 3810–3816. doi:10.1021 / bi002519d. PMID 11300761.

[5] „Entrez Gene: DEFB4 defensin, beta 4“.

[pmid10404637-6] A ^b Schröder JM, Harder J (červen 1999). „Lidský beta-defensin-2“. International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 31 (6): 645–651. doi:10.1016 / S1357-2725 (99) 00013-8. PMID 10404637.

[pmid20485435-7] Iwase T, Uehara Y, Shinji H, Tajima A, Seo H, Takada K, Agata T, Mizunoe Y (květen 2010). „Staphylococcus epidermidis Esp inhibuje tvorbu biofilmu Staphylococcus aureus a kolonizaci nosu“. Příroda. 465 (7296): 346–349. doi:10.1038 / nature09074. PMID 20485435. S2CID 4392908.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]