ADARB1 - ADARB1

ADARB1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1ZY7, 5ED1, 5ED2, 5HP3, 5HP2
Identifikátory
Aliasy	ADARB1, ADAR2, DRABA2, DRADA2, RED1, adenosindeamináza, RNA specifická pro B1, adenosindeamináza RNA specifická pro B1, NEDHYMS
Externí ID	OMIM: 601218 MGI: 891999 HomoloGene: 8280 Genové karty: ADARB1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 21 (lidský)
Konec	45,226,560 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 10 (myš)
Konec	77,418,270 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba kovových iontů; • aktivita adenosindeaminázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA; • dvouvláknová vazba RNA; • mRNA vazba; • aktivita hydrolázy; • aktivita dvouřetězcové RNA adenosindeaminázy; • tRNA specifická aktivita adenosindeaminázy;
Buněčná složka	• nukleoplazma; • jádro; • buněčné jádro; • cytosol; • cytoplazma;
Biologický proces	• Zpracování RNA; • proces imunitního systému; • Zpracování mRNA; • základní konverze nebo úpravy substituce; • regulace buněčného cyklu; • negativní regulace buněčné migrace; • obranná reakce na virus; • negativní regulace aktivity proteinkinázy regulací proteinové fosforylace; • pozitivní regulace replikace virového genomu; • vrozený imunitní systém; • úpravy adenosinu na inosin; • negativní regulace buněčné proliferace; • neuromuskulární synaptický přenos; • morfogeneze lícního nervu; • hypoglosální nervová morfogeneze; • mícha ventrální komisura morfogeneze; • růst mnohobuněčných organismů; • neuromuskulární proces ovládající držení těla; • inervace; • morfogeneze svalové tkáně; • chování motoru; • apoptotický proces motorických neuronů;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	104
	110532
	ENSG00000197381
	ENSMUSG00000020262
	P78563
	Q91ZS8
NM_001033049; NM_001112; NM_001160230; NM_015833; NM_015834;
	NM_001346687; NM_001346688
	NM_001024837; NM_001024838; NM_001024839; NM_001024840; NM_130895
NP_001103; NP_001153702; NP_001333616; NP_001333617; NP_056648;
	NP_056649
	NP_001020008; NP_570965; NP_001020009
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Dvouřetězcová RNA specifická editáza 1 je enzym že u lidí je kódován ADARB1 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Tento gen kóduje enzym odpovědný za pre-mRNA editaci podjednotky B glutamátového receptoru místně specifickou deaminací adenosinů. Studie na potkanech zjistily, že tento enzym působil na své vlastní molekuly pre-mRNA a konvertoval AA dinukleotid na AI dinukleotid, což vedlo k novému sestřihovému místu. Alternativní sestřih tohoto genu vede k několika variantám transkriptu, z nichž některé byly charakterizovány přítomností nebo nepřítomností vložky kazety ALU a krátkou nebo dlouhou C-koncovou oblastí.^[7]

ADARB1 (ADAR2) vyžaduje malou molekulu inositol hexakisfosfát (IP₆) pro správnou funkci.^[8] ADAR2 je A-to-I Editace RNA enzym, který většinou působí na substráty kódující proteiny.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000197381 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020262 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Mittaz L, Scott HS, Rossier C, Seeburg PH, Higuchi M, Antonarakis SE (duben 1997). "Klonování lidské RNA editující deaminázy (ADARB1) glutamátových receptorů, které se mapují na chromozom 21q22.3". Genomika. 41 (2): 210–7. doi:10.1006 / geno.1997.4655. PMID 9143496.
^ Keegan LP, Leroy A, Sproul D, O'Connell MA (únor 2004). „Adenosindeaminázy působící na RNA (ADAR): enzymy upravující RNA“. Genome Biology. 5 (2): 209. doi:10.1186 / gb-2004-5-2-209. PMC 395743. PMID 14759252.
^ ^A ^b „Entrez Gene: ADARB1 adenosindeamináza, RNA-specific, B1 (RED1 homolog rat)“.
^ Macbeth MR, Schubert HL, Vandemark AP, Lingam AT, Hill CP, Bass BL (září 2005). „Inositol hexakisfosfát je vázán v jádru ADAR2 a je vyžadován pro úpravy RNA“. Věda. 309 (5740): 1534–9. Bibcode:2005Sci ... 309.1534M. doi:10.1126 / science.1113150. PMC 1850959. PMID 16141067.
^ Licht K, Jantsch MF (duben 2016). „Rychlá a dynamická regulace transkriptomu úpravou RNA a úpravami RNA“. The Journal of Cell Biology. 213 (1): 15–22. doi:10.1083 / jcb.201511041. PMC 4828693. PMID 27044895.

Další čtení

Valenzuela A, Blanco J, Callebaut C, Jacotot E, Lluis C, Hovanessian AG, Franco R (1997). „Obal HIV-1 gp120 a virové částice blokují vazbu adenosindeaminázy na lidský CD26“. Buněčné peptidázy v imunitních funkcích a nemocech. Pokroky v experimentální medicíně a biologii. 421. 185–92. doi:10.1007/978-1-4757-9613-1_24. ISBN 978-1-4757-9615-5. PMID 9330696.
Melcher T, Maas S, Herb A, Sprengel R, Seeburg PH, Higuchi M (únor 1996). "Savčí enzym pro editaci RNA". Příroda. 379 (6564): 460–4. Bibcode:1996 Natur.379..460M. doi:10.1038 / 379460a0. PMID 8559253. S2CID 4326456.
O'Connell MA, Gerber A, Keller W (leden 1997). „Čištění lidské dvouvláknové RNA-specifické editasy 1 (hRED1) zapojené do úpravy pre-mRNA receptoru B pro glutamátový receptor B“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (1): 473–8. doi:10.1074 / jbc.272.1.473. PMID 8995285.
Valenzuela A, Blanco J, Callebaut C, Jacotot E, Lluis C, Hovanessian AG, Franco R (duben 1997). „Vazba adenosindeaminázy na lidský CD26 je inhibována HIV-1 obalovým glykoproteinem gp120 a virovými částicemi“. Journal of Immunology. 158 (8): 3721–9. PMID 9103436.
Lai F, Chen CX, Carter KC, Nishikura K (květen 1997). „Úpravy RNA iontových kanálů podjednotky glutamátového receptoru B čtyřmi alternativně sestřiženými dvouřetězcovými RNA adenosindeaminázami DRADA2“. Molekulární a buněčná biologie. 17 (5): 2413–24. doi:10.1128 / MCB.17.5.2413. PMC 232090. PMID 9111310.
Yang JH, Sklar P, Axel R, Maniatis T (duben 1997). "Čištění a charakterizace lidské RNA adenosindeaminázy pro editaci pre-mRNA glutamátového receptoru B". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (9): 4354–9. Bibcode:1997PNAS ... 94.4354Y. doi:10.1073 / pnas.94.9.4354. PMC 20726. PMID 9113993.
Gerber A, O'Connell MA, Keller W (květen 1997). „Dvě formy lidské dvouvláknové RNA-specifické editázy 1 (hRED1) generované vložením Alu kazety“. RNA. 3 (5): 453–63. PMC 1369496. PMID 9149227.
Villard L, Tassone F, Haymowicz M, Welborn R, Gardiner K (březen 1997). "Mapa umístění, genomové organizace a vzorce exprese lidské RED1 RNA editázy". Somatická buněčná a molekulární genetika. 23 (2): 135–45. doi:10.1007 / BF02679972. PMID 9330641. S2CID 45104326.
Blanco J, Valenzuela A, Herrera C, Lluís C, Hovanessian AG, Franco R (červenec 2000). „HIV-1 gp120 inhibuje vazbu adenosindeaminázy na CD26 mechanismem modulovaným expresí CD4 a CXCR4“. FEBS Dopisy. 477 (1–2): 123–8. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01751-8. PMID 10899322. S2CID 22229481.
Herrera C, Morimoto C, Blanco J, Mallol J, Arenzana F, Lluis C, Franco R (červen 2001). "Kompozice CXCR4 a CD26 v lidských lymfocytech". The Journal of Biological Chemistry. 276 (22): 19532–9. doi:10,1074 / jbc.M004586200. PMID 11278278.
Maas S, Patt S, Schrey M, Rich A (prosinec 2001). "Podeditování glutamátového receptoru GluR-B mRNA u maligních gliomů". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (25): 14687–92. Bibcode:2001PNAS ... 9814687M. doi:10.1073 / pnas.251531398. PMC 64742. PMID 11717408.
Jayan GC, Casey JL (duben 2002). „Zvýšená úprava RNA a inhibice replikace viru hepatitidy delta vysokou expresí ADAR1 a ADAR2“. Journal of Virology. 76 (8): 3819–27. doi:10.1128 / JVI.76.8.3819-3827.2002. PMC 136091. PMID 11907222.
Jaikaran DC, Collins CH, MacMillan AM (říjen 2002). „Úprava adenosinu na inosin pomocí ADAR2 vyžaduje vytvoření ternárního komplexu na místě GluR-B R / G“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (40): 37624–9. doi:10,1074 / jbc.M204126200. PMID 12163487.
Jayan GC, Casey JL (prosinec 2002). „Inhibice editace RNA viru hepatitidy delta krátkou inhibiční RNA zprostředkovanou srážkou ADAR1, ale ne ADAR2 exprese“. Journal of Virology. 76 (23): 12399–404. doi:10.1128 / JVI.76.23.12399-12404.2002. PMC 136899. PMID 12414985.
Slavov D, Gardiner K (říjen 2002). „Fylogenetické srovnání genů a transkriptů pre-mRNA adenosindeaminázy ADAR2: zachování a rozmanitost při úpravách sekvence stránek a alternativní vzory sestřihu“. Gen. 299 (1–2): 83–94. doi:10.1016 / S0378-1119 (02) 01016-8. PMID 12459255.

externí odkazy

Člověk ADARB1 umístění genomu a ADARB1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Tento článek o gen na lidský chromozom 21 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000197381 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020262 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9143496-5] Mittaz L, Scott HS, Rossier C, Seeburg PH, Higuchi M, Antonarakis SE (duben 1997). "Klonování lidské RNA editující deaminázy (ADARB1) glutamátových receptorů, které se mapují na chromozom 21q22.3". Genomika. 41 (2): 210–7. doi:10.1006 / geno.1997.4655. PMID 9143496.

[pmid14759252-6] Keegan LP, Leroy A, Sproul D, O'Connell MA (únor 2004). „Adenosindeaminázy působící na RNA (ADAR): enzymy upravující RNA“. Genome Biology. 5 (2): 209. doi:10.1186 / gb-2004-5-2-209. PMC 395743. PMID 14759252.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: ADARB1 adenosindeamináza, RNA-specific, B1 (RED1 homolog rat)“.

[pmid16141067-8] Macbeth MR, Schubert HL, Vandemark AP, Lingam AT, Hill CP, Bass BL (září 2005). „Inositol hexakisfosfát je vázán v jádru ADAR2 a je vyžadován pro úpravy RNA“. Věda. 309 (5740): 1534–9. Bibcode:2005Sci ... 309.1534M. doi:10.1126 / science.1113150. PMC 1850959. PMID 16141067.

[9] Licht K, Jantsch MF (duben 2016). „Rychlá a dynamická regulace transkriptomu úpravou RNA a úpravami RNA“. The Journal of Cell Biology. 213 (1): 15–22. doi:10.1083 / jcb.201511041. PMC 4828693. PMID 27044895.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

Hydrolázy: nepeptidový uhlík-dusík (ES 3.5)
3.5.1: Lineární amidy / Amidohydrolázy	Asparagináza Glutamináza Ureáza Biotinidáza Aspartoacyláza Ceramidáza Aspartylglukosaminidáza Amid mastné kyseliny hydroláza Histon deacetyláza Sirtuin
3.5.2: Cyklické amidy / Amidohydrolázy	Barbituráza Beta-laktamáza Dihydroorotáza
3.5.3: Lineární amidiny / Ureohydrolázy	Argináza Agmatináza Protein-arginin deimináza
3.5.4: Cyklické amidiny / Aminohydrolázy	Guanin deamináza Adenosindeamináza AMP deamináza Inosinmonofosfát syntáza DCMP deamináza GTP cyklohydroláza I Cytidindeamináza AICDA Aktivací vyvolaná cytidindeamináza
3.5.5: Nitrily / Aminohydrolázy	Nitriláza
3.5.99: Jiný	Riboflavináza Thiaminase II

Enzymy
Aktivita	Aktivní stránky Závazný web Katalytická triáda Oxyanionový otvor Enzymová promiskuita Katalyticky dokonalý enzym Koenzym Kofaktor Enzymatická katalýza
Nařízení	Alosterická regulace Spolupráce Inhibitor enzymu Aktivátor enzymu
Klasifikace	EC číslo Nadčeleď enzymů Rodina enzymů Seznam enzymů
Kinetika	Kinetika enzymů Eadie – Hofsteeův diagram Hanes – Woolfův děj Lineweaver – Burkův graf Kinetika Michaelis – Menten
Typy	EC1 Oxidoreduktázy (seznam ) EC2 Transferázy (seznam ) EC3 Hydrolázy (seznam ) EC4 Lyázy (seznam ) EC5 Izomerázy (seznam ) EC6 Ligázy (seznam ) EC7 Translocases (seznam )