Peptid deformyláza - Peptide deformylase - Wikipedia

peptidová deformyláza
Identifikátory
EC číslo3.5.1.88
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum
Genová ontologieAmiGO / QuickGO

v enzymologie, a peptidová deformyláza (ES 3.5.1.88 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce

formyl-L-methionyl peptid + H2Ó mravenčan + methionyl peptid

Tedy dva substráty tohoto enzymu jsou formyl-L-methionyl peptid a H2Ó, zatímco jeho dva produkty jsou mravenčan a methionyl peptid.

Tento enzym patří do rodiny hydrolázy, ty, které působí na vazby uhlík-dusík jiné než peptidové vazby, konkrétně v lineárních amidech. The systematické jméno této třídy enzymů je formyl-L-methionyl peptid amidohydroláza.

Strukturální studie

Ke konci roku 2007, 34 struktur byly pro tuto třídu enzymů vyřešeny pomocí PDB přístupové kódy 1IX1, 1LM4, 1LM6, 1LME, 1LQW, 1 LQY, 1 LRU, 1LRY, 1N5N, 1Q1Y, 1S17, 1SV2, 1SZZ, 1V3Y, 1VEV, 1VEY, 1 VEZ, 1WS0, 1WS1, 1XEM, 1XEN, 1XEO, 1Y6H, 1ZXZ, 1ZY0, 1ZY1, 2AI7, 2AI8, 2AI9, 2AIA, 2AIE, 2EW5, 2EW6, a 2EW7.

Reference

  • Adams JM (1968). "O uvolnění formylové skupiny z rodícího se proteinu". J. Mol. Biol. 33 (3): 571–89. doi:10.1016/0022-2836(68)90307-0. PMID  4973445.
  • Mazel D, Pochet S, Marliere P (1994). „Genetická charakterizace polypeptidové deformylázy, charakteristického enzymu eubakteriální translace“. EMBO J.. 13 (4): 914–23. doi:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06335.x. PMC  394892. PMID  8112305.
  • Chan MK, Gong W, Rajagopalan PT, Hao B, Tsai CM, Pei D (1997). "Krystalová struktura peptidu deformylázy Escherichia coli". Biochemie. 36 (45): 13904–9. doi:10.1021 / bi9711543. PMID  9374869.
  • Becker A, Schlichting I, Kabsch W, Schultz S, Wagner AF (1998). "Struktura peptidové deformylázy a identifikace vazebného místa substrátu". J. Biol. Chem. 273 (19): 11413–6. doi:10.1074 / jbc.273.19.11413. PMID  9565550.
  • Becker A, Schlichting I, Kabsch W, Groche D, Schultz S, Wagner AF (1998). "Železné centrum, rozpoznávání substrátu a mechanismus peptidové deformylázy". Nat. Struct. Biol. 5 (12): 1053–8. doi:10.1038/4162. PMID  9846875. S2CID  40528211.
  • Rajagopalan PT, Yu XC, Pei D (1997). "Peptid deformyláza: nový typ mononukleárního proteinu železa". J. Am. Chem. Soc. 119 (50): 12418–12419. doi:10.1021 / ja9734096.
  • Groche D, Becker A, Schlichting I, Kabsch W, Schultz S, Wagner AF (1998). "Izolace a krystalizace funkčně kompetentních forem peptidové deformylázy Escherichia coli obsahující buď železo nebo nikl v aktivním místě". Biochem. Biophys. Res. Commun. 246 (2): 342–6. doi:10.1006 / bbrc.1998.8616. PMID  9610360.
  • Rajagopalan PT, Grimme S, Pei D (2000). „Charakterizace kobalt (II) -substituované peptidové deformylázy: funkce kovového iontu a katalytického zbytku Glu-133“. Biochemie. 39 (4): 779–90. doi:10.1021 / bi9919899. PMID  10651644.
  • Hu YJ, Wei Y, Zhou Y, Rajagopalan PT, Pei D (1999). "Stanovení substrátové specificity pro peptidovou deformylázu skríninkem kombinatorické peptidové knihovny". Biochemie. 38 (2): 643–50. doi:10.1021 / bi9820412. PMID  9888804.
  • Ragusa S, Mouchet P, Lazennec C, Dive V, Meinnel T (1999). "Rozpoznávání substrátu a selektivita peptidové deformylázy Podobnosti a rozdíly s metzinciny a termolysinem". J. Mol. Biol. 289 (5): 1445–57. doi:10.1006 / jmbi.1999.2832. PMID  10373378.
  • Giglione C, Pierre M, Meinnel T (2000). „Peptid deformyláza jako cíl pro novou generaci širokospektrých antimikrobiálních látek“. Mol. Microbiol. 36 (6): 1197–205. doi:10.1046 / j.1365-2958.2000.01908.x. PMID  10931273. S2CID  23289620.
  • Pei D (2001). „Peptid deformyláza: cíl nových antibiotik?“. Rozvíjející se terapeutické cíle. 5 (1): 23–40. doi:10.1517/14728222.5.1.23. PMID  15992166. S2CID  11385977.