Melasový protein - Treacle protein

TCOF1
Identifikátory
Aliasy	TCOF1„MFD1, TCS, TCS1, melasa, faktor biogeneze melasy melasy 1
Externí ID	OMIM: 606847 MGI: 892003 HomoloGene: 68049 Genové karty: TCOF1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 5 (lidský)
Konec	150,400,308 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 18 (myš)
Konec	60,848,971 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita transportéru; • Vazba RNA; • Vazba na jádro RNA polymerázy I.; • aktivita heterodimerizace proteinu; • vazba proteinu lešení;
Buněčná složka	• jádro; • buněčné jádro; • fibrilární centrum; • cytosol;
Biologický proces	• vývoj kosterního systému; • regulace překladu; • tvorba neurální lišty; • vývoj buněk neurální lišty; • doprava; • transkripce transkriptu velké nukleární rRNA z promotoru RNA polymerázy I.;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6949
	21453
	ENSG00000070814
	ENSMUSG00000024613
	Q13428
	O08784
NM_000356; NM_001008656; NM_001008657; NM_001135243; NM_001135244;
	NM_001135245; NM_001195141; NM_001371623
	NM_001198984; NM_011552
NP_000347; NP_001008657; NP_001128715; NP_001128716; NP_001128717;
	NP_001182070; NP_001358552
	NP_001185913; NP_035682
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Melasový protein je protein že u lidí je kódován TCOF1 gen.^[5]^[6]

Tento gen kóduje nukleolární protein s doménou homologie LIS1. Protein se podílí na transkripci genu ribozomální DNA prostřednictvím své interakce s upstream faktor vazby (UBF). Mutace v tomto genu byly spojeny s Treacher Collinsův syndrom porucha, která zahrnuje abnormální kraniofaciální vývoj. Pro tento gen byly nalezeny alternativní transkripční sestřihové varianty kódující různé izoformy, ale dosud byly charakterizovány pouze tři z nich.^[6]

TCOF1 je gen , který poskytuje pokyny pro výrobu a protein zvaný melasa.^[7] Tento protein je aktivní během raného embryonálního vývoje ve strukturách, které se stávají kosti a další tkáně v obličeji. Přestože přesná funkce tohoto proteinu není známa, vědci se domnívají, že hraje zásadní roli ve vývoji kostí obličeje a souvisejících struktur.

Studie naznačují, že melasa se podílí na produkci molekuly zvané ribozomální RNA (rRNA) v buňkách. Melasa je aktivní v jádro, což je malá oblast uvnitř jádro kde se vyrábí rRNA. Jako hlavní složka buněčných struktur se nazývá ribozomy, rRNA je nezbytná pro montáž proteinů.

Kromě interakce s UBF byl treacle zapleten do methylace prekurzoru zralé ribozomální RNA interakcí s nukleolárním proteinem pNop56.^[8]

Gen TCOF1 se nachází na dlouhém (q) rameni chromozom 5 mezi pozicemi 32 a 33,1, od základní pár 149 717 427 na základní pár 149760 047.

Související nemoci

Více než 120 mutace v genu TCOF byly identifikovány u lidí s Treacher Collinsův syndrom. Většina z těchto mutací vloží nebo odstraní malý počet DNA stavební bloky (základní páry ) v genu TCOF1. Mutace TCOF1 vedou k produkci abnormálně malé nefunkční verze melasy nebo zabraňují buňce produkovat tento protein. Vědci spekulují, že ztráta melasy snižuje produkci rRNA v částech embryo které se vyvinou do kostí a tkání obličeje. Není známo, jak ztráta melasového proteinu způsobuje specifické problémy s vývojem obličeje u syndromu Treacher Collins. Například mutace v genu TCOF těchto jedinců často vedou k a rozštěp patra.^[9]

Modelové organismy

Mutace v tomto genu v Jindo psi byli spojováni s pozorovanými lebečními rozdíly mezi Jindo a boxer psy.^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000070814 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024613 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Jabs EW, Li X, Coss CA, Taylor EW, Meyers DA, Weber JL (únor 1992). "Mapování lokusu Treacher Collins syndrom na 5q31.3 ---- q33.3". Genomika. 11 (1): 193–8. doi:10.1016 / 0888-7543 (91) 90118-X. PMID 1765376.
^ ^A ^b „Entrez Gene: TCOF1 Treacher Collins-Franceschetti syndrom 1“.
^ Valdez BC, Henning D, So RB, Dixon J, Dixon MJ (2004). „Produkt genu pro Treacher Collinsův syndrom (TCOF1) se podílí na transkripci genu ribozomální DNA interakcí s upstream vazebným faktorem“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (29): 10709–14. doi:10.1073 / pnas.0402492101. PMC 489999. PMID 15249688.
^ Gonzales B, Henning D, So RB, Dixon J, Dixon MJ, Valdez BC (2005). „Produkt genu Treacher Collins syndromu (TCOF1) se podílí na metylaci pre-rRNA“. Hum Mol Genet. 14 (14): 2035–43. doi:10,1093 / hmg / ddi208. PMID 15930015.
^ Dixon MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (2011). „Rozštěp rtu a patra: porozumění genetickým a environmentálním vlivům“. Nature Reviews Genetics (12): 167-178.
^ Kim RN, Kim DS, Choi SH a kol. (2012). „Analýza genomu domácího psa (korejský jindo) masivním paralelním sekvenováním“. DNA Res. 19 (3): 275–88. doi:10.1093 / dnares / dss011. PMC 3372376. PMID 22474061.

Další čtení

Splendore A, Silva EO, Alonso LG a kol. (2000). „Vysoká míra detekce mutací v TCOF1 u pacientů se syndromem Treacher Collins odhaluje shlukování mutací a 16 nových patogenních změn“. Hučení. Mutat. 16 (4): 315–22. doi:10.1002 / 1098-1004 (200010) 16: 4 <315 :: AID-HUMU4> 3.0.CO; 2-H. PMID 11013442.
Dixon MJ, Dixon J, Raskova D a kol. (1993). „Genetické a fyzické mapování lokusu Treacher Collins syndromu: upřesnění lokalizace na chromozom 5q32-33.2“. Hučení. Mol. Genet. 1 (4): 249–53. doi:10,1093 / hmg / 1,4,249. PMID 1303194.
Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Dixon MJ, Dixon J, Houseal T a kol. (1993). „Zúžení polohy lokusu Treacher Collins syndromu na malý interval mezi třemi novými mikrosatelitními markery na 5q32-33.1“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 52 (5): 907–14. PMC 1682053. PMID 8488840.
Dixon, Jill; Edwards, Sara J .; Gladwin, Amanda J .; Dixon, Michael J .; Loftus, Stacie K .; Bonner, Cynthia A .; Koprivnikar, Kathryn; Wasmuth, John J. (1996). „Poziční klonování genu podílejícího se na patogenezi syndromu Treacher Collins. Spolupráce s Treacher Collinsovým syndromem“. Nat. Genet. 12 (2): 130–6. doi:10.1038 / ng0296-130. PMID 8563749. S2CID 34312227.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Edwards SJ, Gladwin AJ, Dixon MJ (1997). „Mutační spektrum v syndromu Treacher Collins odhaluje převahu mutací, které vytvářejí kodon předčasného ukončení“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 60 (3): 515–24. PMC 1712503. PMID 9042910.
Dixon J, Edwards SJ, Anderson I a kol. (1997). „Identifikace úplné kódující sekvence a genomové organizace genu pro syndrom Treacher Collins“. Genome Res. 7 (3): 223–34. doi:10,1101 / gr. 7.3.223. PMID 9074926.
Wise CA, Chiang LC, Paznekas WA a kol. (1997). „Gen TCOF1 kóduje domnělý nukleolární fosfoprotein, který vykazuje mutace v Treacher Collinsově syndromu v celé své kódující oblasti“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (7): 3110–5. doi:10.1073 / pnas.94.7.3110. PMC 20330. PMID 9096354.
Paznekas WA, Zhang N, Gridley T, Jabs EW (1997). „Myší TCOF1 je exprimován široce, má motivy konzervované v nukleolárních fosfoproteinech a mapuje se na chromozom 18“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 238 (1): 1–6. doi:10.1006 / bbrc.1997.7229. PMID 9299440.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace cDNA knihovny obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Marsh KL, Dixon J, Dixon MJ (1998). „Mutace v genu syndromu Treacher Collins vedou k nesprávné lokalizaci nukleolárního proteinového melasa“. Hučení. Mol. Genet. 7 (11): 1795–800. doi:10,1093 / hmg / 7.11.1795. PMID 9736782.
Winokur ST, Shiang R (1998). „Produkt genu pro Treacher Collinsův syndrom (TCOF1), melasa, je zaměřen na nukleolus signály na jeho C-konci“. Hučení. Mol. Genet. 7 (12): 1947–52. doi:10,1093 / hmg / 7.12.1947. PMID 9811939.
Jones NC, Farlie PG, Minichiello J, Newgreen DF (1999). „Detekce vhodné aktivity kinázy ve větvích oblouků I a II, která se shoduje s maximální expresí genového produktu syndromu Treacher Collins, melasa“. Hučení. Mol. Genet. 8 (12): 2239–45. doi:10,1093 / hmg / 8.12.2239. PMID 10545604.
Isaac C, Marsh KL, Paznekas WA a kol. (2000). "Charakterizace produktu nukleárního genu, melasa, u syndromu Treacher Collins". Mol. Biol. Buňka. 11 (9): 3061–71. doi:10,1091 / mbc. 11.9.3061. PMC 14975. PMID 10982400.
Emes RD, Ponting CP (2002). „Nový sekvenční motiv spojující lissencefalii, Treacher Collins a syndromy orálně-obličejovo-digitálního typu 1, dynamika mikrotubulů a migrace buněk“. Hučení. Mol. Genet. 10 (24): 2813–20. doi:10,1093 / hmg / 10,24,2813. PMID 11734546.
Splendore A, Jabs EW, Passos-Bueno MR (2002). "Screening TCOF1 u pacientů z různých populací: potvrzení mutačních horkých míst a identifikace nové missense mutace, která naznačuje důležitou funkční doménu v proteinu treacle". J. Med. Genet. 39 (7): 493–5. doi:10,1136 / jmg. 39.7.493. PMC 1735178. PMID 12114482.
Ohta S, Shiomi Y, Sugimoto K a kol. (2002). „Proteomický přístup k identifikaci proteinů vázajících proliferující buněčný jaderný antigen (PCNA) v lyzátech lidských buněk. Identifikace lidského komplexu CHL12 / RFCs2-5 jako nového proteinu vázajícího PCNA“. J. Biol. Chem. 277 (43): 40362–7. doi:10,1074 / jbc.M206194200. PMID 12171929.

externí odkazy

GeneReviews / NCBI / NIH / UW vstup do syndromu Treacher Collins nebo mandibulofaciální dysostózy
GeneCard
TCOF1 + protein, + člověk v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
TCOF1 umístění lidského genu v UCSC Genome Browser.
TCOF1 podrobnosti o lidském genu v UCSC Genome Browser.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000070814 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024613 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1765376-5] Jabs EW, Li X, Coss CA, Taylor EW, Meyers DA, Weber JL (únor 1992). "Mapování lokusu Treacher Collins syndrom na 5q31.3 ---- q33.3". Genomika. 11 (1): 193–8. doi:10.1016 / 0888-7543 (91) 90118-X. PMID 1765376.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: TCOF1 Treacher Collins-Franceschetti syndrom 1“.

[7] Valdez BC, Henning D, So RB, Dixon J, Dixon MJ (2004). „Produkt genu pro Treacher Collinsův syndrom (TCOF1) se podílí na transkripci genu ribozomální DNA interakcí s upstream vazebným faktorem“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (29): 10709–14. doi:10.1073 / pnas.0402492101. PMC 489999. PMID 15249688.

[8] Gonzales B, Henning D, So RB, Dixon J, Dixon MJ, Valdez BC (2005). „Produkt genu Treacher Collins syndromu (TCOF1) se podílí na metylaci pre-rRNA“. Hum Mol Genet. 14 (14): 2035–43. doi:10,1093 / hmg / ddi208. PMID 15930015.

[9] Dixon MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (2011). „Rozštěp rtu a patra: porozumění genetickým a environmentálním vlivům“. Nature Reviews Genetics (12): 167-178.

[pmid.22474061-10] Kim RN, Kim DS, Choi SH a kol. (2012). „Analýza genomu domácího psa (korejský jindo) masivním paralelním sekvenováním“. DNA Res. 19 (3): 275–88. doi:10.1093 / dnares / dss011. PMC 3372376. PMID 22474061.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]