Naftoát syntáza - Naphthoate synthase
| 1,4-dihydroxy-2-naftoyl-CoA syntáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 1,4-dihydroxy-2-naftoyl-CoA syntáza, hexamer, Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| EC číslo | 4.1.3.36 | ||||||||
| Číslo CAS | 72506-71-9 | ||||||||
| Databáze | |||||||||
| IntEnz | IntEnz pohled | ||||||||
| BRENDA | Vstup BRENDA | ||||||||
| EXPASY | Pohled NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Vstup KEGG | ||||||||
| MetaCyc | metabolická cesta | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB struktur | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Genová ontologie | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
v enzymologie 1,4-dihydroxy-2-naftoyl-CoA syntáza (ES 4.1.3.36 ) je enzym že katalyzuje šestý krok v biosyntéze fylochinon a menachinon, dvě formy vitamin K.. v E-coli, 1,4-dihydroxy-2-naftoyl-CoA syntáza, dříve známá jako naftoát syntáza, je kódována menB a používá O-sukcinylbenzoyl-CoA jako Podklad a převede jej na 1,4-dihydroxy-2-naftoyl-CoA.[1]
Nomenklatura
MenB je součástí superrodiny složené z krotonázy, pojmenované po krotonáza složit ve své struktuře.[1] The systematické jméno pro MenB je 4- (2-karboxyfenyl) -4-oxobutanoyl-CoA dehydratáza (cyklická).[2] Mezi další běžné názvy patří:
- Naftoát syntáza
- 1,4-dihydroxy-2-naftoát syntáza
- Dihydroxynaftoát syntáza
- DHNA-CoA syntáza
Reakce
Původně se předpokládalo, že produkt této reakce má kyslík kde se však v současné době nachází SCoA; nový výzkum ukázal, že MenB pouze katalyzuje výše uvedenou reakci. Existuje jiný enzym, který štěpí SCoA a váže kyslík.
Struktura
MenB se skládá ze dvou hexamery v asymetrické jednotce jsou tyto hexamery složeny ze dvou vyžínače v zatměném uspořádání. Každá dílčí jednotka hexamerů má tři C terminál alfa helixy a N terminál spirálové jádro. Tyto dílčí jednotky se spojily a vytvořily Aktivní stránky enzymu.[1]
Kanál tvořený alfa šroubovicemi, které lze vidět uprostřed enzymu, vede k aktivnímu místu. Tento otvor existuje na horní i spodní části enzymu, což umožňuje substrátům různé vstupní body do aktivního místa, které leží uprostřed enzymu.
Pro MenB bylo studováno šest různých krystalických struktur Escherichia coli jejich kódy PDB jsou: 3t88, 3t89, 4el, 4elw, 4elx, a 4i42.
jiný struktur byly pro tuto třídu enzymů vyřešeny pomocí PDB přístupové kódy 1Q51, 1Q52, 1RJM, 1RJN, a 2IEX.
Homology
Homologní geny MenB existují v mnoha různých organismech, jako například; Galium mollugo, Geobacillus kaustophilus, Mycobacterium phlei, Mycobacterium tuberculosis, Spinacia oleracea a Staphylococcus aureus.[2]
MenB se nachází pouze v biosyntetických drahách v rostlinách a bakteriích, neexistuje v žádném jiném organismu. Nicméně, savci vyžadují vitamin K ve své stravě, protože je v srážení krve proces.
Kofaktory / inhibitory
MenB nevyžaduje žádné kofaktory katalyzovat reakci.
V organismu Escherichia coli tři inhibitory existují: 1-hydroxy-2-naftoyl-CoA, 2,3-dihydroxybenzoyl-CoA, a 2,4-dihydroxybenzoyl-CoA.
Reference
- ^ A b C Sun Y, Song H, Li J, Li Y, Jiang M, Zhou J, Guo Z (26. dubna 2013). „Strukturální základ mechanismu indukovaného přizpůsobení 1,4-dihydroxy-2-naftoyl koenzymu syntázy z nadrodiny složené z krotonázy“. PLOS ONE. 8 (4): e63095. Bibcode:2013PLoSO ... 863095S. doi:10.1371 / journal.pone.0063095. PMC 3637252. PMID 23658663.
- ^ A b „Informace o EC 4.1.3.36 - 1,4-dihydroxy-2-naftoyl-CoA syntáza“. BRENDA. Červenec 2014. Citováno 2. prosince 2014.
- ^ van Oostende C, Widhalm JR, Furt F, Ducluzeau AL, Basset GJC (2011). Fabrice Rébeillé, Roland Douce (eds.). "Phyllochinon (vitamin K1): funkce, enzymy a geny". Pokroky v botanickém výzkumu. Amsterdam: Academic Press. 59: 229–61. doi:10.1016 / B978-0-12-385853-5.00001-5.
- Kolkmann R, Leistner E (1987). „4- (2'-karboxyfenyl) -4-oxobutyryl koenzym ester, meziprodukt v biosyntéze vitaminu K2 (menachinon)“. Z. Naturforsch. C. 42 (11–12): 1207–14. doi:10.1515 / znc-1987-11-1212. PMID 2966501. S2CID 41701934.
- Meganathan R, Bentley R (1979). „Biosyntéza menachinonu (vitaminu K2): přeměna kyseliny o-sukcinylbenzoové na kyselinu 1,4-dihydroxy-2-naftoovou pomocí enzymů Mycobacterium phlei“. J. Bacteriol. 140 (1): 92–8. doi:10.1128 / JB.140.1.92-98.1979. PMC 216783. PMID 500558.
