Haploskupina L1 (mtDNA) - Haplogroup L1 (mtDNA) - Wikipedia

Haploskupina L1
Možná doba vzniku107 600–174 300 YBP[1]
Možné místo původuStřední Afrika
PředekL1-6
PotomciL1b, L1c
Definování mutací3666, 7055, 7389, 13789, 14178, 14560[2]
Předpokládaná prostorová distribuce haploskupiny L1 v Africe.

Haploskupina L1 je lidská mitochondriální DNA (mtDNA) haploskupina. To je nejběžnější v Střední Afrika a západní Afrika Odlišoval se od L1-6 asi před 140 000 lety (140.6+33.7
−33.0 kya 95% CI ).[3]Jeho vznik je spojen s počátkem osídlení Afriky anatomicky moderními lidmi během Eemian, a nyní se většinou nachází v Africké Pygmejové.

Rozdělení

Haploskupina L1 se vyskytuje nejčastěji v Střední Afrika a západní Afrika. Dosahuje nejvyšší frekvence mezi Mbenga Pygmejové Je pravděpodobné, že byla dříve rozšířenější a byla omezena na svou současnou oblast v důsledku Migrace Bantu (což je do značné míry spojeno s haploskupinou L2 ).[4]Haploskupina L1 byla pozorována ve vzorcích z ostrovního hřbitova v Kulubnarti, Súdán, které pocházejí z Raně křesťanský období (550–800 nl).[5]Starověký Kádinková kultura jednotlivec v Camino de las Yeseras v Španělsko (San Fernando de Henares, Madrid; [I4245 / RISE695] F) bylo také zjištěno, že nese mitochondriální haploskupinu L1b1a.[6]

Fylogeneze

Interpolační mapy pro haploskupinu L1b a L1c.

L1 má dvě větve, L1c a L1b (dříve pojmenované haploskupiny L1d, L1k, L1a, L1f byly[rok potřebný ] překlasifikováno do haploskupiny L0, jako L0d, L0k, L0a, L0f; L1e jako L5).

L1c

Haploskupina L1c se vynořila asi na 85 kya Dosahuje nejvyšších frekvencí v západní a střední Africe, zejména mezi Mbenga Trpaslík národy. (viz mapa ).[7] Mezi Mbenga je nositelem 100% Ba-Kola, 97% Ba-Benzélé a 77% Biaka.[8] Mezi další populace, ve kterých je L1c zvláště převládající, patří Tikar (100%), Baka lidé z Gabon (97%) a Kamerun (90%),[9] the Bakoya (97%), a Ba-Bongo (82%).[7] Obyčejné také v Svatý Tomáš (20%) a Angola (16–24%).[10]

Fylogeneze:[2]

  • L1c
    • L1c1'2'4'6
      • L1c1
        • L1c1a
          • L1c1a1
            • L1c1a1a
              • L1c1a1a1
                • L1c1a1a1a
                • L1c1a1a1b
                  • L1c1a1a1b1
              • L1c1a1a2
            • L1c1a1b
          • L1c1a2
            • L1c1a2a
              • L1c1a2a1
              • L1c1a2a2
            • L1c1a2b
            • L1c1a2c
        • L1c1b'c'd
          • L1c1b
          • L1c1c'd
            • L1c1c
            • L1c1d
      • L1c2'4
        • L1c2
          • L1c2a
            • L1c2a1
              • L1c2a1a
              • L1c2a1b
            • L1c2a2
          • L1c2b
            • L1c2b1
            • L1c2b2
        • L1c4
          • L1c4a
          • L1c4b
      • L1c6
    • L1c3
      • L1c3a
        • L1c3a1
        • L1c3a1a
      • L1c3b'c
        • L1c3b
          • L1c3b1
            • L1c3b1a
            • L1c3b1b
          • L1c3b2
        • L1c3c

L1b

Haploskupina L1b je mnohem novější, datováno kolem 10 kya. Je to časté v západní Afrika. Bylo také nalezeno v Mosambik (1%), Etiopie (2%), Egypt (1%), Údolí Nilu (4%), Kung (1%), Kapverdy (8%), Senegal (17–20%), Niger /Nigérie (15%), Guinea Bissau (11%), Maroko (4–5%) a Alžírsko (1–2%).[11]

Fylogeneze:[2]

  • L1b
    • L1b1
      • L1b1a
        • L1b1a1'4
          • L1b1a1
          • L1b1a4
        • L1b1a2
          • L1b1a2a
        • 189
          • L1b1a3
            • L1b1a3a
              • L1b1a3a1
        • L1b1a5
        • L1b1a6
        • L1b1b7

Viz také

Fylogenetický strom haploskupiny lidské mitochondriální DNA (mtDNA)

 Mitochondriální Eva (L )  
L0L1–6 
L1L2 L3  L4L5L6
MN 
CZDEGQ ÓASR JáŽXY
CZBFR0 před JT P U
HVJTK.
HPROTIJT

Reference

  1. ^ Soares, Pedro; Luca Ermini; Noel Thomson; Maru Mormina; Teresa Rito; Arne Röhl; Antonio Salas; Stephen Oppenheimer; Vincent Macaulay; Martin B. Richards (4. června 2009). „Doplňková korekce dat pro čištění výběru: Vylepšené lidské mitochondriální molekulární hodiny“. American Journal of Human Genetics. 84 (6): 82–93. doi:10.1016 / j.ajhg.2009.05.001. PMC  2694979. PMID  19500773.
  2. ^ A b C van Oven, Mannis; Manfred Kayser (13. října 2008). „Aktualizovaný komplexní fylogenetický strom globální variace lidské mitochondriální DNA“. Lidská mutace. 30 (2): E386 – E394. doi:10.1002 / humu.20921. PMID  18853457. S2CID  27566749. Archivovány od originál dne 4. prosince 2012. Citováno 2009-05-20.
  3. ^ „Oprava pro čištění výběru: Vylepšený doplněk materiálu pro lidské mitochondriální molekulární hodiny (str. 82)“ (PDF). 2009: 89. Archivovány od originál (PDF) dne 29. 12. 2009. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  4. ^ Silva, Marina; Alshamali, Farida; Silva, Paula; Carrilho, Carla; Mandlát, Flávio; Ježíš Trovoada, Maria; Černý, Viktor; Pereira, Luísa; Soares, Pedro (2015). „60 000 let interakcí mezi střední a východní Afrikou dokumentováno významnou africkou mitochondriální haploskupinou L2“. Sci. Rep. 5: 12526. Bibcode:2015NatSR ... 512526S. doi:10.1038 / srep12526. PMC  4515592. PMID  26211407.
  5. ^ Sirak, Kendra; Frenandes, Daniel; Novak, Mario; Van Gerven, Dennis; Pinhasi, Ron (2016). Abstrakt Kniha IUAES Inter-Congress 2016 - Komunita rozdělená? Odhalení komunitního genomu (genomů) Medieval Kulubnarti pomocí sekvenování nové generace. IUAES.
  6. ^ Iñigo Olalde et al. Fenomén kádinky a genomická transformace severozápadní Evropy, 2017
  7. ^ A b Quintana-Murci; et al. (2008). „Mateřské stopy hlubokého společného původu a asymetrického toku genů mezi lovci a sběrači trpaslíků a farmáři hovořícími Bantu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 105 (5): 1596–601. Bibcode:2008PNAS..105.1596Q. doi:10.1073 / pnas.0711467105. PMC  2234190. PMID  18216239.
  8. ^ Sarah A. Tishkoff a kol. 2007, Historie populací Afriky mluvících kliknutím Odvozeno od mtDNA a genetické variace chromozomu Y. Molecular Biology and Evolution 2007 24 (10): 2180-2195
  9. ^ Lluis Quintana-Murci a kol. Rozmanitost MtDNA ve střední Africe: od shromažďování lovců po zemědělství. CNRS-Institut Pasteur, Paříž
  10. ^ Batini, Chiara et al 2006, Fylogeografie lidské mitochondriální haploskupiny L1c: Genetické podpisy prehistorie střední Afriky
  11. ^ Rosa, Alexandra; et al. (2004). „Profil MtDNA západoafrických Guinejců: směrem k lepšímu porozumění regionu Senegambia“ (PDF). Annals of Human Genetics. 68 (4): 340–52. doi:10.1046 / j.1529-8817.2004.00100.x. PMID  15225159. S2CID  15391342. Citováno 5. června 2017.

Poznámky

externí odkazy