Haploskupina HV (mtDNA) - Haplogroup HV (mtDNA)

Haploskupina HV
Možná doba vzniku> 24 kya[1]
Možné místo původuZápadní Asie (Blízký východ nebo Kavkaz )[2]
PředekR0
PotomciHV0, HV1, HV2, HV3, HV4, HV5, H
Definování mutacíT14766C[3]

Haploskupina HV je lidská mitochondriální DNA (mtDNA) haploskupina.

Původ

Haplogroup HV pochází z haploskupina R0, který zase sestupuje z haploskupina R. HV je také rodovým kmenem haploskupin H a PROTI.

Rozdělení

Haploskupina HV se vyskytuje hlavně v Západní Asie, Jižní Evropa, východní Evropa a Severní Afrika.

V Africe klade vrcholy mezi nimi Egypťané obývající oázu El-Hayez (14,3%).[4] s subklade HV0 vyskytujícím se mezi Mozabit Berbeři (8.24%),[5] Libyjci (7.4%),[6] Reguibovat Sahrawi (6.48%),[5] Zenata Berberové (5,48%),[5] a Alžířané (4,84% celkem; 2,15% - 3,75% v Oran ).[5]

Byla zveřejněna studie z roku 2003, která uvádí sekvenci mtDNA v kostech dvou 24 000 let starých anatomicky moderních lidí Kromaňonský typ z jižního Itálie. Studie ukázala, že jeden byl buď haploskupiny HV nebo R0.[7] Haploskupina HV byla také nalezena mezi staroegyptský mumie vyhloubené u Abusir el-Meleq archeologické naleziště ve středním Egyptě, které pochází z doby předptolemaické / pozdě Nová říše, Ptolemaic, a římský období.[8]

Haploskupina HV byla nalezena v různých fosiliích, které byly analyzovány na starodávnou DNA, včetně vzorků spojených s Alföld lineární keramika (HV, Mezőkövesd-Mocsolyás, 1/3 nebo 33%), Linearbandkeramik (HV0a, Fajsz-Garadomb, 1/2 nebo 50%) a německé kultury středního neolitu (HV, Quedlinburg, 1/2 nebo 50%).[9]

Subclades

Strom

Tento fylogenetický strom haploskupin HV subclades je založen na příspěvku van Oven (2009)[3] a Malyarchuk et al. (2008).[10]

  • HV
    • HV0 (dříve známý jako pre-V)
      • HV0a (dříve známý jako preV * 2)
      • 195 (dříve známý jako preV * 1)
        • HV0b
        • HV0c
    • HV1
      • HV1a
        • HV1a1
          • HV1a1a
        • HV1a2
      • HV1b
        • HV1b1
        • HV1b2
      • HV1c
    • 73
      • HV2
        • HV2a
    • HV4
      • HV4a
    • HV5
    • 16311 (dříve známý jako HV3) [11] (13 ± 2 kya)[12]
      • HV6 (dříve známý jako HV3b) (15,4 ± 4,5 kya)
        • HV6a (dříve známý jako HV3b1)
      • HV7 (dříve známý jako HV3c)
      • HV8 (dříve známý jako HV3d)
      • HV9 (dříve známý jako HV3a) (8,2 ± 2,9 kya)
        • 152
          • HV9a
      • HV10
    • H

HV0 a HVSI C16298T

Definování mutace C / T na místě 16298 v segmentu I je jeden z hypervariabilních segmentů od roku 2012 označen jako HV0. Níže je uvedeno procento lidí, kteří měli pozitivní test na výše uvedenou mutaci ve studii západoevropských populací v roce 2002.[13]

Počet obyvatel#Ne% populace
Finsko5012
Norsko3234
Skotsko8744
Anglie2623
Severní Německo1406
Jižní Německo2665
Francie2133
Galicie1355
Severní Portugalsko1847
Střední Portugalsko1623
Jižní Portugalsko1964
Severní Afrika3495

Ve studii o ruské a polské populaci bylo procento lidí, kteří měli pozitivní test na tuto mutaci, pět procent pro obě populace.[14]

Počet obyvatel#NeProcento
polština4365
ruština2015

Studie Iráčanů shrnula řadu předchozích studií, které ukazují nízkou hladinu této mutace mezi populacemi Středního východu a Itálie.[15]

Počet obyvatel#Ne% populace
irácký2160.5
Syřan692.9
Gruzínský1390.7
italština995.1

Tato mutace byla zjištěna v starodávná DNA získané z jednoho z devatenácti lidských ostatků vykopaných na ostrově Gotland ve Švédsku, datovaných do roku 2 800–2 000 př. nl a archeologicky klasifikovaných jako patřící k Kultura pitted Ware.[16]

Viz také

Fylogenetický strom haploskupiny lidské mitochondriální DNA (mtDNA)

 Mitochondriální Eva (L )  
L0L1–6 
L1L2 L3  L4L5L6
MN 
CZDEGQ ÓASR JáŽXY
CZBFR0 před JT P U
HVJTK.
HPROTIJT

Reference

  1. ^ Malyarchuk a kol. (2008): „Hlavními složkami středního paleolitu (26 000 YBP) byly HV *, U1, případně U2 a U4, a hlavní složkou raného mladého paleolitu (45 000 YBP) byla hlavně haploskupina U5“
  2. ^ Malyarchuk a kol. (2008): „Bylo navrženo, že většina haploskupin HV, které se v současnosti nacházejí v Evropě, pocházela z oblasti Blízkého východu a Kavkazu (Richards a kol. 2000; Tambets a kol. 2000), ale stále existuje mnoho otázek týkajících se klasifikace haploskupiny patřící do rodiny HV. “
  3. ^ A b Van Oven, Mannis; Kayser, Manfred (2009). "Aktualizovaný komplexní fylogenetický strom globální variace lidské mitochondriální DNA". Lidská mutace. 30 (2): E386–94. doi:10.1002 / humu.20921. PMID  18853457. S2CID  27566749.
  4. ^ Martina Kujanová; Luisa Pereira; Veronica Fernandes; Joana B. Pereira; Viktor Černý (2009). „Blízkovýchodní neolitický genetický vstup v malé oáze egyptské západní pouště“. American Journal of Physical Anthropology. 140 (2): 336–346. doi:10.1002 / ajpa.21078. PMID  19425100.
  5. ^ A b C d Asmahan Bekada; Lara R. Arauna; Tahria Deba; Francesc Calafell; Soraya Benhamamouch; David Comas (24. září 2015). „Genetická heterogenita u alžírských lidských populací“. PLOS ONE. 10 (9): e0138453. Bibcode:2015PLoSO..1038453B. doi:10.1371 / journal.pone.0138453. PMC  4581715. PMID  26402429.; Tabulka S5
  6. ^ Karima Fadhlaoui-Zid; Laura Rodríguez-Botigué; Nejib Naoui; Amel Benammar-Elgaaied; Francesc Calafell; David Comas (květen 2011). „Struktura mitochondriální DNA v severní Africe odhaluje genetickou diskontinuitu v údolí Nilu“ (PDF). American Journal of Physical Anthropology. 145 (1): 107–117. doi:10.1002 / ajpa.21472. PMID  21312180. Citováno 20. dubna 2016.
  7. ^ Caramelli, D; Lalueza-Fox, C; Vernesi, C; Lari, M; Casoli, A; Mallegni, F; Chiarelli, B; Dupanloup, I; et al. (2003). „Důkazy o genetické diskontinuitě mezi neandertály a 24 000 let starými anatomicky moderními Evropany“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (11): 6593–7. Bibcode:2003PNAS..100.6593C. doi:10.1073 / pnas.1130343100. PMC  164492. PMID  12743370.
  8. ^ Schuenemann, Verena J .; et al. (2017). „Staroegyptské genomy mumií naznačují nárůst předků subsaharské Afriky v post-římských obdobích“. Příroda komunikace. 8: 15694. Bibcode:2017NatCo ... 815694S. doi:10.1038 / ncomms15694. PMC  5459999. PMID  28556824.
  9. ^ Mark Lipson; et al. (2017). „Paralelní paleogenomické transekty odhalují složitou genetickou historii raných evropských zemědělců“. Příroda. 551 (7680): 368–372. Bibcode:2017Natur.551..368L. doi:10.1038 / příroda24476. PMC  5973800. PMID  29144465. Citováno 15. listopadu 2017.
  10. ^ Malyarchuk, B .; Grzybowski, T .; Derenko, M .; Perkova, M .; Vanecek, T .; Lazur, J .; Gomolcak, P .; Tsybovsky, I. (2008). "Mitochondriální DNA fylogeneze u východních a západních Slovanů". Molekulární biologie a evoluce. 25 (8): 1651–8. doi:10.1093 / molbev / msn114. PMID  18477584.
  11. ^ Haploskupina HV Stránky Ian Logana pro mitochondriální DNA 2009
  12. ^ Malyarchuk a kol. (2008): „Věk koalescence celé HV3 definovaný přechodem na np 16311 je 12 700 ± 1 960 YBP. Měli bychom však poznamenat, že HV3 může být polyfyletický kvůli hypervariabilitě np 16311. Mezitím podskupiny HV3a a HV3b jsou pravděpodobně monofyletické a jejich věkové odhady byly 8 200 ± 2900 a 15 420 ± 4500 YBP. Pro HV3b je však charakteristický vysoký poměr nesynonymních versus synonymních substitucí, takže jeho koalescenční věk lze odhadnout na 11 837 ± 4 460 YBP, s použitím míry navrhl Kivisild et al. (2006) (tabulka 2). Totéž pravděpodobně platí pro odhad věku haploskupiny HV4. “
  13. ^ González, AM; Brehm, A; Pérez, JA; Maca-Meyer, N; Flores, C; Cabrera, VM (2003). "Mitochondriální DNA spřízněnosti na atlantickém okraji Evropy". American Journal of Physical Anthropology. 120 (4): 391–404. doi:10.1002 / ajpa.10168. PMID  12627534.
  14. ^ Malyarchuk, BA; Grzybowski, T; Derenko, MV; Czarny, J; Woźniak, M; Miścicka-Sliwka, D (2002). "Variabilita mitochondriální DNA u Poláků a Rusů". Annals of Human Genetics. 66 (Pt 4): 261–83. doi:10.1046 / j.1469-1809.2002.00116.x. PMID  12418968. S2CID  221424344.
  15. ^ Al-Zahery, N; Semino, O; Benuzzi, G; Magri, C; Passarino, G; Torroni, A; Santachiara-Benerecetti, AS (2003). „Y-chromozom a polymorfismy mtDNA v Iráku, křižovatka časného šíření člověka a post-neolitických migrací“. Molekulární fylogenetika a evoluce. 28 (3): 458–72. doi:10.1016 / S1055-7903 (03) 00039-3. PMID  12927131.
  16. ^ Malmström, Helena; Gilbert, M. Thomas P .; Thomas, Mark G .; Brandström, Mikael; Storå, Jan; Molnár, Petra; Andersen, Pernille K .; Bendixen, Christian; et al. (2009). „Starověká DNA odhaluje nedostatek kontinuity mezi neolitickými lovci a sběrači a současnými Skandinávci“. Aktuální biologie. 19 (20): 1758–62. doi:10.1016 / j.cub.2009.09.017. PMID  19781941. S2CID  9487217.

externí odkazy