Umlčení genů - Gene silencing

Umlčení genů je regulace genové exprese v buňce, aby se zabránilo projevu určitého gen.[1][2] Umlčení genu může nastat během obou transkripce nebo překlad a často se používá ve výzkumu.[1][2] K produkci se stále více používají zejména metody používané k umlčení genů terapeutika v boji proti rakovině a dalším chorobám, jako je infekční choroby a neurodegenerativní poruchy.

Umlčení genů je často považováno za stejné jako gen knockdown.[3][4] Když jsou geny umlčeny, jejich exprese je snížena.[3][4] Naproti tomu, když jsou geny vyřazeny, jsou zcela vymazány z organismu genom a tedy nemají žádný výraz.[3][4] Umlčení genů je považováno za mechanismus knockdownu genů, protože metody používané k umlčení genů, jako např RNAi, CRISPR nebo siRNA obecně snižují expresi genu alespoň o 70%, ale zcela ji nevylučují. Metody využívající umlčování genů jsou často považovány za lepší než genové knockouty, protože umožňují vědcům studovat základní geny, které jsou pro zvířecí modely přežít a nelze je odstranit. Kromě toho poskytují ucelenější pohled na vývoj nemocí, protože nemoci jsou obecně spojovány s geny, které mají sníženou expresi.[3]

Typy

Transkripční

Post-transkripční

Meiotické

Metody výzkumu

Antisense oligonukleotidy

Antisense oligonukleotidy byly objeveny v roce 1978 uživatelem Paul Zamecnik a Mary Stephenson.[5] Oligonukleotidy, které jsou krátké nukleová kyselina fragmenty se po přidání do buňky vážou na komplementární cílové molekuly mRNA.[5][6] Tyto molekuly mohou být složeny z jednořetězcové DNA nebo RNA a obvykle mají délku 13–25 nukleotidů.[6][7] Antisense oligonukleotidy mohou ovlivnit genovou expresi dvěma způsoby: použitím an RNáza H -závislý mechanismus nebo pomocí sterického blokovacího mechanismu.[6][7] Terč způsobují oligonukleotidy závislé na RNáze H mRNA molekuly, které mají být degradovány, zatímco sterický blokátor oligonukleotidy zabránit translaci molekuly mRNA.[6][7] Většina antisense léčiv funguje prostřednictvím mechanismu závislého na RNáze H, ve kterém RNáza H hydrolyzuje řetězec RNA DNA / RNA heteroduplex.[6][7] Tento mechanismus je považován za účinnější, což vede k přibližně 80% až 95% snížení exprese proteinu a mRNA.[6]

Ribozymes

Obecný mechanismus využívaný ribozymy ke štěpení molekul RNA

Ribozymes jsou katalytické molekuly RNA používané k inhibici genová exprese. Tyto molekuly fungují štěpením mRNA v podstatě umlčují geny, které je produkovaly. Sidney Altman a Thomas Čech poprvé objevil katalytické molekuly RNA, RNázu P a skupinu II intron ribozymy, v roce 1989 a za jejich objev získal Nobelovu cenu.[8][9] Existuje několik typů ribozymových motivů, včetně kladivoun, sponka do vlasů, virus delta hepatitidy, skupina I, skupina II, a RNáza P ribozymy. Motivy ribozymu Hammerhead, vlásenka a virus hepatitidy delta (HDV) se obecně nacházejí v viry nebo viroidní RNA.[8] Tyto motivy jsou schopné samy štěpit specifickou fosfodiesterovou vazbu na molekule mRNA.[8] Dolní eukaryoty a pár bakterie obsahují ribozymy skupiny I a skupiny II.[8] Tyto motivy se mohou samy spojit štěpením a spojením fosfodiesterových vazeb.[8] Poslední motiv ribozymu, ribozym RNázy P, se nachází v Escherichia coli a je známá svou schopností štěpit fosfodiesterové vazby několika tRNA prekurzory po připojení k proteinovému kofaktoru.[8]

Generál katalytický mechanismus používaný ribozymy je podobný mechanismu používanému bílkovinami ribonukleázy.[10] Tyto katalytické molekuly RNA se vážou na konkrétní místo a napadají sousední fosfát v kostře RNA svým 2 'kyslíkem, který působí jako nukleofil, což vede k tvorbě štěpených produktů s 2'3'-cyklickým fosfátem a 5 'hydroxylovým terminálním koncem.[10] Tento katalytický mechanismus vědci stále více používají k provádění sekvenčně specifického štěpení cílových molekul mRNA. Kromě toho se objevují pokusy používat ribozymy k výrobě terapeutik pro umlčování genů, které by umlčovaly geny, které jsou odpovědné za způsobování nemocí.[11]

Interference RNA

Vlevo, odjet:Přehled interference RNA.

Interference RNA (RNAi ) je přirozený proces používaný buňkami k regulaci genové exprese. To bylo objeveno v roce 1998 Andrew Fire a Craig Mello, kteří za svůj objev v roce 2006 získali Nobelovu cenu.[12] Proces umlčení genů nejprve začíná vstupem a dvouřetězcová RNA (dsRNA) molekula do buňky, která spouští dráhu RNAi.[12] Dvouvláknová molekula je poté rozštěpena na malé dvouvláknové fragmenty pomocí enzymu zvaného Hráč v kostky.[12] Tyto malé fragmenty, které zahrnují malé interferující RNA (siRNA) a mikroRNA (miRNA), jsou přibližně 21–23 nukleotidů dlouhé.[12][13] Fragmenty se integrují do vícepodjednotkového proteinu zvaného Komplex umlčení vyvolaný RNA, který obsahuje Argonaute proteiny, které jsou základními složkami dráhy RNAi.[12][13] Jedno vlákno molekuly, nazývané „vodicí“ vlákno, se váže na RISC, zatímco druhé vlákno, známé jako „osobní“ vlákno, je degradováno.[12][13] Vodicí nebo antisense vlákno fragmentu, který zůstává vázán na RISC, řídí sekvenčně specifické umlčení cílové molekuly mRNA.[13] Geny mohou být umlčeny siRNA molekulami, které způsobují endonukleové štěpení cílových molekul mRNA, nebo molekulami miRNA, které potlačují translaci molekuly mRNA.[13] Díky štěpení nebo translační represi molekul mRNA se geny, které je tvoří, stávají v podstatě neaktivními.[12] Předpokládá se, že RNAi se vyvinuly jako buněčný obranný mechanismus proti útočníkům, jako např RNA viry nebo bojovat proti šíření transpozice v DNA buňky.[12] RNA viry i transpozony mohou existovat jako dvouvláknová RNA a vést k aktivaci RNAi.[12] V současné době, siRNA jsou široce používány k potlačení konkrétních genová exprese a posoudit funkci geny. Mezi společnosti využívající tento přístup patří Alnylam, Sanofi,[14] hrot šípu, Discerna,[15] a Persomics,[16] mezi ostatními.

Tři primární nepřekládané oblasti a mikroRNA

Hlavní článek: Tři nepřekládané oblasti
Hlavní článek: MicroRNA

Tři hlavní nepřekládané oblasti (3'UTR) z messengerové RNA (mRNA) často obsahují regulační sekvence, které post-transkripčně způsobují umlčení genů. Takové 3'-UTR často obsahují obojí vazebná místa pro mikroRNA (miRNA) i pro regulační proteiny. Vazbou na specifická místa v 3'-UTR se snižuje velký počet specifických miRNA genová exprese jejich konkrétní cílové mRNA buď inhibicí překlad nebo přímo způsobující degradaci transkriptu pomocí mechanismu podobného interferenci RNA (viz MicroRNA ). 3'-UTR může také mít oblasti tlumiče, které vážou represorové proteiny, které inhibují expresi mRNA.

3'-UTR často obsahuje mikroRNA prvky reakce (MRE). MRE jsou sekvence, na které se miRNA váží a způsobují umlčení genů. Jedná se o převládající motivy v rámci 3'-UTR. Ze všech regulačních motivů v 3'-UTR (např. Včetně oblastí tlumiče) tvoří MRE asi polovinu motivů.

Od roku 2014 se miRBase webová stránka,[17] archiv miRNA sekvence a anotace, uvedené 28 645 záznamů u 233 biologických druhů. Z toho 1 881 miRNA bylo v anotovaných lidských miRNA lokusech. Předpovídalo se, že miRNA mají průměrně asi čtyři sta cílových mRNA (způsobují umlčení genů několika stovek genů).[18] Freidman a kol.[18] odhadují, že> 45 000 miRNA cílové stránky v lidské mRNA jsou 3'UTR konzervovány nad úrovněmi pozadí a> 60% kóduje lidský protein geny byly pod selektivním tlakem, aby udržovaly párování s miRNA.

Přímé experimenty ukazují, že jediná miRNA může snížit stabilitu stovek jedinečných mRNA.[19] Jiné experimenty ukazují, že jediný miRNA může potlačovat produkci stovek proteinů, ale že tato represe je často relativně mírná (méně než dvojnásobná).[20][21]

Účinky miRNA dysregulace genové exprese se zdají být důležité u rakoviny.[22] Například u rakoviny trávicího traktu bylo identifikováno devět miRNA epigeneticky změněné a účinné při regulaci dolů opravných enzymů DNA.[23]

Účinky miRNA dysregulace genové exprese se také zdají být důležité v neuropsychiatrické poruchy, jako je schizofrenie, bipolární porucha, velká deprese, Parkinsonova choroba, Alzheimerova choroba a poruchy autistického spektra.[24][25][26]

Aplikace

Lékařský výzkum

Výzkumníci široce používají techniky umlčování genů ke studiu genů spojených s poruchami. Mezi tyto poruchy patří rakovina, infekční choroby, nemoci dýchacích cest, a neurodegenerativní poruchy. Ztlumení genů se v současné době také používá v úsilí o objevování drog, jako je např syntetická letalita, vysokovýkonný screening, a miniaturizované obrazovky RNAi.

Rakovina

Interference RNA se používá k umlčení genů spojených s několika druhy rakoviny. v in vitro studie chronická myeloidní leukémie (CML), siRNA byl použit ke štěpení fúzního proteinu, BCR-ABL, který léku brání Gleevec (imatinib ) z vazby na rakovinné buňky.[27] Štěpením fúzního proteinu se snížilo množství transformovaného krvetvorné buňky, které se šíří po celém těle zvýšením citlivosti buněk na léčivo.[27] Interferenci RNA lze také použít k cílení na specifické mutanty. Například siRNA se dokázaly specificky vázat na tumor supresor p53 molekuly obsahující jeden bodová mutace a zničit jej, zatímco ponechá potlačovač divokého typu neporušený.[28]

Receptory zapojené do mitogenní dráhy, které vedou ke zvýšené produkci rakovinných buněk, byly také cílem molekul siRNA. The chemokinový receptor chemokinový receptor 4 (CXCR4), spojený s množením rakoviny prsu, byl štěpen molekulami siRNA, které snižovaly počet dělení běžně pozorovaných rakovinnými buňkami.[29] Vědci také použili siRNA k selektivní regulaci exprese genů souvisejících s rakovinou. Antiapoptotické proteiny, jako např clusterin a přežít, jsou často exprimovány v rakovinných buňkách.[30][31] Clusterin a survivin-cílené siRNA byly použity ke snížení počtu antiapoptotických proteinů, a tedy ke zvýšení citlivosti rakovinných buněk na chemoterapii.[30][31] In vivo studie se také stále více využívají ke studiu potenciálního využití molekul siRNA v terapeutikách proti rakovině. Například myši implantované s adenokarcinom tlustého střeva Bylo zjištěno, že buňky přežily déle, když byly buňky předem ošetřeny siRNA, které cílily B-katenin v rakovinných buňkách.[32]

Infekční nemoc

Viry

Virové geny a hostitelské geny, které viry potřebují k replikaci nebo vstupu do buňky, nebo které hrají důležitou roli v životním cyklu viru, jsou často cílem antivirových terapií. RNAi se používá k cílení genů u několika virových onemocnění, jako je virus lidské imunodeficience (HIV) a hepatitida.[33][34] Zejména siRNA byla použita k umlčení primárního chemokinového receptoru HIV 5 (CCR5).[35] To zabraňovalo vstupu viru do lidských lymfocytů periferní krve a primárních hematopoetických kmenových buněk.[35][36] Podobná technika byla použita ke snížení množství detekovatelného viru v žloutenka typu B a C infikované buňky. U hepatitidy B bylo k cílení povrchového antigenu na virus hepatitidy B použito umlčení siRNA a vedlo ke snížení počtu virových složek.[37] Navíc techniky siRNA používané při hepatitidě C dokázaly snížit množství viru v buňce o 98%.[38][39]

Interference RNA se komerčně používá k potlačení virových chorob rostlin již více než 20 let (viz Odolnost vůči chorobám rostlin ). V letech 1986–1990 bylo publikováno několik příkladů „rezistence zprostředkované obalovým proteinem“ proti rostlinným virům, než byl objeven RNAi.[40] V roce 1993 práce s virem leptání tabáku poprvé prokázala, že hostitelské organismy mohou za účelem degradace cílit na specifické virové nebo mRNA sekvence a že tato aktivita je mechanismem za některými příklady virové rezistence v transgenních rostlinách.[41][42] Objev malých interferujících RNA (determinant specificity v umlčování genů zprostředkovaných RNA) také využíval posttranskripční umlčování genů u rostlin vyvolané virem.[43] Do roku 1994 byly vytvořeny transgenní odrůdy squashu exprimující geny obalového proteinu ze tří různých virů, které poskytovaly squashovým hybridům polně ověřenou multivirovou rezistenci, které v současnosti zůstávají v komerčním použití. Bramborové linie exprimující sekvence virových replikáz, které propůjčují rezistenci na virus bramborových listů, byly prodávány pod obchodními názvy NewLeaf Y a NewLeaf Plus a v komerční produkci byly široce přijímány v letech 1999–2001, dokud se McDonald's Corp. nerozhodla nekupovat GM brambory a společnost Monsanto se rozhodla ukončit činnost v oboru brambor NatureMark.[44] Dalším často uváděným příkladem virové rezistence zprostředkované umlčováním genů je papája, kde byl havajský průmysl papáje zachráněn GM rezistentními papáji produkovanými a licencovanými spíše univerzitními vědci než velkou společností.[45] Tyto papáje také zůstávají používány v současnosti, i když ne bez významného veřejného protestu,[46][47] což je pozoruhodně méně evidentní v lékařském použití umlčování genů.

Techniky umlčování genů byly také použity k cílení na jiné viry, jako je lidsky papillomavirus, virus západního Nilu a virus Tulane. Gen E6 ve vzorcích nádorů získaných od pacientů s lidským papilomavirem byl cílen a bylo zjištěno, že způsobuje apoptózu v infikovaných buňkách.[48] Plazmidové siRNA expresní vektory používané k cílení na západonilský virus byly také schopné zabránit replikaci virů v buněčných liniích.[49] Kromě toho bylo zjištěno, že siRNA je úspěšná v prevenci replikace viru Tulane, který je součástí rodiny virů Caliciviridae zaměřením jak na jeho strukturální, tak i nestrukturální geny.[50] Cílením na gen NTPázy bylo prokázáno, že jedna dávka siRNA 4 hodiny před infekcí řídí replikaci viru Tulane po dobu 48 hodin po infekci, což snižuje virovou titr až o 2,6 logaritmů.[50] Přestože je virus Tulane druhově specifický a neovlivňuje člověka, bylo prokázáno, že úzce souvisí s člověkem norovirus, což je nejčastější příčina akutní gastroenteritida a nemoc přenášená potravinami ohniska ve Spojených státech.[51] Lidské noroviry jsou proslulé tím, že je obtížné je studovat v laboratoři, ale virus Tulane nabízí model, pomocí kterého lze studovat tuto rodinu virů pro klinický cíl vývoje terapií, které lze použít k léčbě nemocí způsobených lidským norovirem.

Bakterie
Struktura typické grampozitivní bakteriální buňky

Na rozdíl od virů nejsou bakterie tak citlivé na umlčení siRNA.[52] To je do značné míry způsobeno tím, jak se bakterie replikují. Bakterie se replikují mimo hostitelskou buňku a neobsahují nezbytné mechanismy pro fungování RNAi.[52] Bakteriální infekce však mohou být potlačeny siRNA cílením na hostitelské geny, které se podílejí na imunitní odpovědi způsobené infekcí, nebo cílením na hostitelské geny zapojené do zprostředkování vstupu bakterií do buněk.[52][53] Například siRNA byla použita ke snížení množství prozánětlivých látek cytokiny exprimován v buňkách myší ošetřených lipopolysacharid (LPS).[52][54] Snížená exprese zánětlivého cytokinu, faktor nekrózy nádorů α (TNFα) zase způsobil snížení septického šoku pociťovaného myšími LPS.[54] Kromě toho byla siRNA použita k prevenci bakterií, Psueomonas aeruginosa, z napadení myších plicních epiteliálních buněk srazením genu caveolin-2 (CAV2).[55] Ačkoli tedy bakterie nemohou být přímo zacíleny siRNA mechanismy, mohou být stále ovlivněny siRNA, když jsou cílené složky zapojené do bakteriální infekce.

Nemoci dýchacích cest

Ribozymy, antisense oligonukleotidy a nověji RNAi byly použity k cílení molekul mRNA zapojených do astma.[53][56] Tyto experimenty naznačují, že siRNA může být použita k boji s jinými respiračními chorobami, jako je např chronická obstrukční plicní nemoc (CHOPN) a cystická fibróza.[53] CHOPN je charakterizována pohárová buňka hyperplazie a sliz hypersekrece.[57] Bylo zjištěno, že sekrece hlenu je snížena, když transformující růstový faktor (TGF) -α byl zaměřen siRNA v lidských dýchacích cestách NCI-H292 epitelové buňky.[58] Kromě hypersekrece hlenu Chronický zánět a poškozená plicní tkáň jsou charakteristické pro CHOPN a astma. The transformující růstový faktor TGF-β Předpokládá se, že v těchto projevech hraje roli.[59][60] Ve výsledku, když interferon (IFN) -y byl použit ke sražení TGF-β, fibróza plic způsobených poškozením a zjizvením plicní tkáně.[61][62]

Neurodegenerativní poruchy

Huntingtonova choroba
Krystalografická struktura N-terminální oblasti lidského proteinu huntingtinu.

Huntingtonova choroba (HD) výsledky mutace v gen huntingtinu což způsobí nadbytek CAG opakování.[63] Gen pak tvoří mutovaný huntingtin protein s polyglutaminovými opakováními poblíž amino konec.[64] Toto onemocnění je nevyléčitelné a je známo, že způsobuje motor, poznávací a deficity chování.[65] Vědci hledali umlčování genů jako potenciální terapeutikum pro HD.

Umlčení genu lze použít k léčbě HD zaměřením na mutantní protein huntingtin. Mutantní protein huntingtin byl zaměřen prostřednictvím umlčování genů, které je alelově specifické alelově specifické oligonukleotidy. V této metodě se antisense oligonukleotidy používají k cílení polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP), což jsou změny jednoho nukleotidu v sekvenci DNA, protože u pacientů s HD bylo zjištěno, že sdílejí společné SNP, které jsou spojeny s mutovanou alelou huntingtinu. Bylo zjištěno, že přibližně 85% pacientů s HD může být pokryto, když jsou cíleny tři SNP. Navíc, když byly použity antisense oligonukleotidy k cílení na SNP asociované s HD u myší, došlo k 50% snížení mutantního huntingtinového proteinu.[63]

K umlčení mutantních proteinů huntingtinu bylo také použito nealelně specifické umlčení genů pomocí molekul siRNA. Prostřednictvím tohoto přístupu jsou namířeny na SNP na mutovaný protein všechny normální a mutované huntingtinové proteiny. Při studiu na myších bylo zjištěno, že siRNA může snížit normální a mutantní hladiny huntingtinu o 75%. Na této úrovni zjistili, že vyvinuté myši se zlepšily ovládání motoru a delší míra přežití ve srovnání s ovládacími prvky.[63] Metody umlčování genů se tedy mohou ukázat jako prospěšné při léčbě HD.

Amyotrofní laterální skleróza

Amyotrofická laterální skleróza (ALS), nazývaná také Lou Gehrigova choroba, je a onemocnění motorických neuronů který ovlivňuje mozek a mícha. Nemoc způsobuje motorické neurony degenerovat, což nakonec vede ke smrti neuronů a svalové degeneraci.[66] Stovky mutací v Cu / Zn superoxiddismutáza Bylo zjištěno, že gen (SOD1) způsobuje ALS.[67] Ke zničení mutanta SOD1, který je charakteristický pro ALS, bylo použito umlčení genu.[67][68] Konkrétně byly molekuly siRNA úspěšně použity k cílení mutantního genu SOD1 a ke snížení jeho exprese prostřednictvím alelového specifického umlčení genu.[67][69]

Terapeutické výzvy

Základní mechanismus používaný virovými vektory k dodávání genů do cílových buněk. Uvedený příklad je lentivirový vektor.

S terapiemi umlčování genů souvisí několik problémů, včetně dodávka a specificita pro cílené buňky. Například pro léčbu neurodegenerativních poruch musí být do mozku dodávány molekuly pro budoucí terapii umlčování genů. The hematoencefalická bariéra ztěžuje dodávání molekul do mozku krevním řečištěm tím, že brání průchodu většiny molekul, které jsou injikovány nebo absorbovány do krve.[63][64] Vědci tedy zjistili, že musí přímo injektovat molekuly nebo implantovat pumpy, které je tlačí do mozku.[63]

Jakmile se však dostanou do mozku, musí se molekuly pohybovat uvnitř cílených buněk. Aby bylo možné efektivně dodávat molekuly siRNA do buněk, virové vektory může být použito.[63][65] Nicméně tento způsob dodání může být také problematický, protože může vyvolat imunitní reakci proti molekulám. Kromě dodání bylo také zjištěno, že specificita je problémem při umlčování genů. Antisense oligonukleotidy i molekuly siRNA se mohou potenciálně vázat na nesprávnou molekulu mRNA.[63] Vědci tedy hledají efektivnější metody pro dodání a vývoj specifických terapeutik pro tlumení genů, které jsou stále bezpečné a účinné.

Jídlo

Hlavní článek: Arktická jablka

Arctic Apples jsou sadou ochranných známek[70] jablka, která obsahují nehořlavou vlastnost vytvořenou pomocí umlčení genů ke snížení exprese polyfenol oxidázy (PPO). Jedná se o první schválený potravinářský výrobek, který používá tuto techniku.[71]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Redberry, Grace (2006). Umlčení genů: nový výzkum. New York: Nova Science Publishers. ISBN  9781594548321.
  2. ^ A b „Umlčení genů“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 11. listopadu 2013.
  3. ^ A b C d Hood E (březen 2004). „RNAi: Jaký je hluk z umlčování genů?“. Perspektivy zdraví a životního prostředí. 112 (4): A224–9. doi:10,1289 / ehp.112-a224. PMC  1241909. PMID  15033605.
  4. ^ A b C Mocellin S, Provenzano M (listopad 2004). „RNA interference: učení genového knock-downu z buněčné fyziologie“. Journal of Translational Medicine. 2 (1): 39. doi:10.1186/1479-5876-2-39. PMC  534783. PMID  15555080.
  5. ^ A b Kole R, Krainer AR, Altman S (únor 2012). „RNA Therapeutics: beyond RNA interference and antisense oligonukleotides“. Recenze přírody. Objev drog. 11 (2): 125–40. doi:10.1038 / nrd3625. PMC  4743652. PMID  22262036.
  6. ^ A b C d E F Dias N, Stein CA (březen 2002). "Antisense oligonukleotidy: základní pojmy a mechanismy". Molecular Cancer Therapeutics. 1 (5): 347–55. PMID  12489851.
  7. ^ A b C d Kurreck J (březen 2004). "Antisense a RNA interferenční přístupy k validaci cíle ve výzkumu bolesti". Aktuální názor na objev a vývoj drog. 7 (2): 179–87. PMID  15603251.
  8. ^ A b C d E F Phylactou, L. (1. září 1998). "Ribozymy jako terapeutické nástroje pro genetické onemocnění". Lidská molekulární genetika. 7 (10): 1649–1653. doi:10,1093 / hmg / 7.10.1649. PMID  9735387.
  9. ^ Shampo MA, Kyle RA, Steensma DP (říjen 2012). „Sidney Altman - laureát Nobelovy ceny za práci s RNA“. Mayo Clinic Proceedings. 87 (10): e73. doi:10.1016 / j.mayocp.2012.01.022. PMC  3498233. PMID  23036683.
  10. ^ A b Doherty EA, Doudna JA (1. června 2001). "Struktury a mechanismy ribozymu". Roční přehled biofyziky a biomolekulární struktury. 30 (1): 457–75. doi:10.1146 / annurev.biophys.30.1.457. PMID  11441810.
  11. ^ Tollefsbol, editoval Trygve O. (2007). Metody a protokoly biologického stárnutí. Totowa, N.J .: Humana Press. ISBN  9781597453615.CS1 maint: další text: seznam autorů (odkaz)
  12. ^ A b C d E F G h i "Informační list o interferenci RNA". Národní institut zdraví. Archivovány od originál dne 25. listopadu 2013. Citováno 24. listopadu 2013.
  13. ^ A b C d E Wilson RC, Doudna JA (2013). "Molekulární mechanismy interference RNA". Roční přehled biofyziky. 42: 217–39. doi:10.1146 / annurev-biophys-083012-130404. PMC  5895182. PMID  23654304.
  14. ^ „Big Pharma's Turn On RNAi ukazuje, že nové technologie nezaručují úspěch výzkumu a vývoje“. Forbes. Citováno 2015-10-11.
  15. ^ „Druhý příchod RNAi | The Scientist Magazine®“. Vědec. Citováno 2015-10-11.
  16. ^ "Produkty | Persomics". www.persomics.com. Citováno 2015-10-11.
  17. ^ miRBase.org
  18. ^ A b Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (leden 2009). „Většina savčích mRNA je konzervovaným cílem mikroRNA“. Výzkum genomu. 19 (1): 92–105. doi:10.1101 / gr.082701.108. PMC  2612969. PMID  18955434.
  19. ^ Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM (únor 2005). „Analýza microarray ukazuje, že některé mikroRNA downregulují velké množství cílových mRNA“. Příroda. 433 (7027): 769–73. Bibcode:2005 Natur.433..769L. doi:10.1038 / nature03315. PMID  15685193. S2CID  4430576.
  20. ^ Selbach M, Schwanhäusser B, Thierfelder N, Fang Z, Khanin R, Rajewsky N (září 2008). "Rozšířené změny v syntéze proteinů vyvolané mikroRNA". Příroda. 455 (7209): 58–63. Bibcode:2008Natur.455 ... 58S. doi:10.1038 / nature07228. PMID  18668040. S2CID  4429008.
  21. ^ Baek D, Villén J, Shin C, Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP (září 2008). „Dopad mikroRNA na výdej bílkovin“. Příroda. 455 (7209): 64–71. Bibcode:2008Natur.455 ... 64B. doi:10.1038 / nature07242. PMC  2745094. PMID  18668037.
  22. ^ Palmero EI, de Campos SG, Campos M, de Souza NC, Guerreiro ID, Carvalho AL, Marques MM (červenec 2011). "Mechanismy a role deregulace mikroRNA při vzniku a progresi rakoviny". Genetika a molekulární biologie. 34 (3): 363–70. doi:10.1590 / S1415-47572011000300001. PMC  3168173. PMID  21931505.
  23. ^ Bernstein C, Bernstein H (květen 2015). „Epigenetická redukce opravy DNA při progresi do rakoviny trávicího traktu“. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 7 (5): 30–46. doi:10,4251 / wjgo.v7.i5.30. PMC  4434036. PMID  25987950.
  24. ^ Maffioletti E, Tardito D, Gennarelli M, Bocchio-Chiavetto L (2014). „Mikrospoti z mozku na periferii: nové stopy ze studií o mikroRNA u neuropsychiatrických poruch“. Hranice v buněčné neurovědě. 8: 75. doi:10.3389 / fncel.2014.00075. PMC  3949217. PMID  24653674.
  25. ^ Mellios N, Sur M (2012). „Vznikající role mikroRNA u schizofrenie a poruch autistického spektra“. Hranice v psychiatrii. 3: 39. doi:10.3389 / fpsyt.2012.00039. PMC  3336189. PMID  22539927.
  26. ^ Geaghan M, Cairns MJ (srpen 2015). "MicroRNA a posttranskripční dysregulace na psychiatrii". Biologická psychiatrie. 78 (4): 231–9. doi:10.1016 / j.biopsych.2014.12.009. PMID  25636176. S2CID  5730697.
  27. ^ A b Chen J, Wall NR, Kocher K, Duclos N, Fabbro D, Neuberg D, Griffin JD, Shi Y, Gilliland DG (červen 2004). „Stabilní exprese malé interferující RNA senzibilizuje TEL-PDGFbetaR k inhibici imatinibem nebo rapamycinem“. The Journal of Clinical Investigation. 113 (12): 1784–91. doi:10.1172 / JCI20673. PMC  420507. PMID  15199413.
  28. ^ Martinez LA, Naguibneva I, Lehrmann H, Vervisch A, Tchénio T, Lozano G, Harel-Bellan A (listopad 2002). „Syntetické malé inhibující RNA: účinné nástroje k inaktivaci onkogenních mutací a obnovení drah p53“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (23): 14849–54. Bibcode:2002PNAS ... 9914849M. doi:10.1073 / pnas.222406899. PMC  137507. PMID  12403821.
  29. ^ Lapteva N, Yang AG, Sanders DE, Strube RW, Chen SY (leden 2005). „CXCR4 knockdown malou interferující RNA ruší růst nádoru prsu in vivo“. Genová terapie rakoviny. 12 (1): 84–9. doi:10.1038 / sj.cgt.7700770. PMID  15472715. S2CID  23402257.
  30. ^ A b July LV, Beraldi E, So A, Fazli L, Evans K, English JC, Gleave ME (březen 2004). „Nukleotidové terapie zaměřené na chemosenzitizaci klastrových chemosenzitizujících lidské buňky plicního adenokarcinomu in vitro i in vivo“. Molecular Cancer Therapeutics. 3 (3): 223–32. PMID  15026542.
  31. ^ A b Ning S, Fuessel S, Kotzsch M, Kraemer K, Kappler M, Schmidt U, Taubert H, Wirth MP, Meye A (říjen 2004). "down-regulace zprostředkovaná siRNA survivinu inhibuje růst buněk rakoviny močového měchýře". International Journal of Oncology. 25 (4): 1065–71. doi:10,3892 / ijo.25.4.1065 (neaktivní 2020-09-01). PMID  15375557.CS1 maint: DOI neaktivní od září 2020 (odkaz)
  32. ^ Verma UN, Surabhi RM, Schmaltieg A, Becerra C, Gaynor RB (duben 2003). „Malé interferující RNA namířené proti beta-kateninu inhibují in vitro a in vivo růst buněk rakoviny tlustého střeva“. Klinický výzkum rakoviny. 9 (4): 1291–300. PMID  12684397.
  33. ^ Dave RS, Pomerantz RJ (prosinec 2004). „Antivirové účinky malých interferujících RNA specifických pro virus lidské imunodeficience typu 1 proti cílům konzervovaným u vybraných neurotropních virových kmenů“. Journal of Virology. 78 (24): 13687–96. doi:10.1128 / JVI.78.24.13687-13696.2004. PMC  533941. PMID  15564478.
  34. ^ Wilson JA, Jayasena S, Khvorova A, Sabatinos S, Rodrigue-Gervais IG, Arya S, Sarangi F, Harris-Brandts M, Beaulieu S, Richardson CD (březen 2003). „RNA interference blokuje genovou expresi a syntézu RNA z replikonů hepatitidy C propagovaných v lidských jaterních buňkách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (5): 2783–8. Bibcode:2003PNAS..100,2783 W.. doi:10.1073 / pnas.252758799. PMC  151418. PMID  12594341.
  35. ^ A b Qin XF, An DS, Chen IS, Baltimore D (leden 2003). „Inhibice infekce HIV-1 v lidských T buňkách lentivirem zprostředkovaným dodáním malé interferující RNA proti CCR5“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (1): 183–8. Bibcode:2002PNAS..100..183Q. doi:10.1073 / pnas.232688199. PMC  140921. PMID  12518064.
  36. ^ Li MJ, Bauer G, Michienzi A, Yee JK, Lee NS, Kim J, Li S, Castanotto D, Zaia J, Rossi JJ (srpen 2003). „Inhibice infekce HIV-1 lentivirovými vektory exprimujícími anti-HIV RNA podporované Pol III“. Molekulární terapie. 8 (2): 196–206. doi:10.1016 / s1525-0016 (03) 00165-5. PMID  12907142.
  37. ^ Giladi H, Ketzinel-Gilad M, Rivkin L, Felig Y, Nussbaum O, Galun E (listopad 2003). „Malá interferující RNA inhibuje replikaci viru hepatitidy B u myší“. Molekulární terapie. 8 (5): 769–76. doi:10.1016 / s1525-0016 (03) 00244-2. PMID  14599810.
  38. ^ Randall G, Grakoui A, Rice CM (leden 2003). „Clearance replikujících se replikonových RNA viru hepatitidy C v buněčné kultuře malými interferujícími RNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (1): 235–40. Bibcode:2002PNAS..100..235R. doi:10.1073 / pnas.0235524100. PMC  140937. PMID  12518066.
  39. ^ Randall G, Rice CM (červen 2004). "Zasahuje do replikace RNA viru hepatitidy C". Virový výzkum. 102 (1): 19–25. doi:10.1016 / j.virusres.2004.01.011. PMID  15068876.
  40. ^ Beachy RN, Loesch-Fries S, Tumer NE (1990). „Potahujte proteinem zprostředkovanou rezistenci proti virové infekci“. Roční přehled fytopatologie. 28: 451–472. doi:10.1146 / annurev.py.28.090190.002315.
  41. ^ Lindbo JA, Dougherty WG (2005). "Rostlinná patologie a RNAi: krátká historie". Roční přehled fytopatologie. 43: 191–204. doi:10.1146 / annurev.phyto.43.040204.140228. PMID  16078882.
  42. ^ Lindbo JA, Silva-Rosales L, Proebsting WM, Dougherty WG (prosinec 1993). „Indukce vysoce specifického antivirového stavu u transgenních rostlin: důsledky pro regulaci genové exprese a virové rezistence“. Rostlinná buňka. 5 (12): 1749–1759. doi:10.1105 / TPC 5. 12. 1749. PMC  160401. PMID  12271055.
  43. ^ Hamilton AJ, Baulcombe DC (říjen 1999). "Druh malé antisense RNA v posttranskripčním umlčení genů v rostlinách". Věda. 286 (5441): 950–2. doi:10.1126 / science.286.5441.950. PMID  10542148.
  44. ^ Kaniewski WK, Thomas PE (2004). „Bramborový příběh“. AgBioForum. 7 (1&2): 41–46.
  45. ^ Ferreira, S. A .; Pitz, K. Y .; Manshardt, R .; Zee, F .; Fitch, M .; Gonsalves, D. (2002). "Transgénní papája obsahující bílkoviny viru poskytuje praktickou kontrolu viru Papaya ringspot na Havaji". Nemoc rostlin. 86 (2): 101–105. doi:10.1094 / PDIS.2002.86.2.101. PMID  30823304.
  46. ^ "Papaya: Příběh úspěchu GMO". Archivovány od originál dne 10.06.2015. Citováno 2016-08-30.
  47. ^ „Papaya in the Crosshairs: A Heated Island Battle Over GMOs - Modern Farmer“. 19. prosince 2013.
  48. ^ Butz K, Ristriani T, Hengstermann A, Denk C, Scheffner M, Hoppe-Seyler F (září 2003). „cílení siRNA virového onkogenu E6 účinně zabíjí rakovinné buňky pozitivní na lidský papilomavirus“. Onkogen. 22 (38): 5938–45. doi:10.1038 / sj.onc.1206894. PMID  12955072. S2CID  21504155.
  49. ^ McCown M, Diamond MS, Pekosz A (září 2003). „Užitečnost transkriptů siRNA produkovaných RNA polymerázou i při regulaci exprese virového genu a replikace RNA- virů s negativním a pozitivním řetězcem“. Virologie. 313 (2): 514–24. doi:10.1016 / s0042-6822 (03) 00341-6. PMID  12954218.
  50. ^ A b Fan Q, Wei C, Xia M, Jiang X (leden 2013). „Inhibice replikace viru Tulane in vitro s interferencí RNA“. Journal of Medical Virology. 85 (1): 179–86. doi:10.1002 / jmv.23340. PMC  3508507. PMID  23154881.
  51. ^ "Norovirus Overview". Centrum pro kontrolu a prevenci nemocí. 21. 12. 2018.
  52. ^ A b C d Lieberman J, Song E, Lee SK, Shankar P (září 2003). „Interference s chorobami: příležitosti a překážky pro využití interference RNA“. Trendy v molekulární medicíně. 9 (9): 397–403. doi:10.1016 / s1471-4914 (03) 00143-6. PMC  7128953. PMID  13129706.
  53. ^ A b C Leung RK, Whittaker PA (srpen 2005). „Interference RNA: od umlčování genů po genově specifická terapeutika“. Farmakologie a terapeutika. 107 (2): 222–39. doi:10.1016 / j.pharmthera.2005.03.004. PMC  7112686. PMID  15908010.
  54. ^ A b Sørensen DR, Sioud M (2010). "Systémové dodání syntetických siRNA". RNA Therapeutics. Metody v molekulární biologii. 629. str. 87–91. doi:10.1007/978-1-60761-657-3_6. ISBN  978-1-60761-656-6. PMID  20387144.
  55. ^ Zaas DW, Duncan MJ, Li G, Wright JR, Abraham SN (únor 2005). „Invaze Pseudomonas pneumocytů typu I závisí na expresi a fosforylaci kaveolin-2“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (6): 4864–72. doi:10,1074 / jbc.M411702200. PMID  15545264. S2CID  43122091.
  56. ^ Popescu FD, Popescu F (září 2007). „Přehled antisense terapeutických intervencí pro molekulárně biologické cíle u astmatu“. Biologie. 1 (3): 271–83. PMC  2721314. PMID  19707336.
  57. ^ Pistelli R, Lange P, Miller DL (květen 2003). „Determinanty prognózy CHOPN u starších osob: hypersekrece hlenu, infekce, kardiovaskulární komorbidita“. European Respiratory Journal. Doplněk. 40: 10–14 s. doi:10.1183/09031936.03.00403403. PMID  12762568. S2CID  19006320.
  58. ^ Shao MX, Nakanaga T, Nadel JA (srpen 2004). „Cigaretový kouř indukuje nadprodukci mucinu MUC5AC prostřednictvím enzymu konvertujícího faktor nekrotického faktoru alfa v buňkách epitelu lidských dýchacích cest (NCI-H292)“. American Journal of Physiology. Plicní buněčná a molekulární fyziologie. 287 (2): L420–7. doi:10.1152 / ajplung.00019.2004. PMID  15121636.
  59. ^ Rennard SI (listopad 1999). "Zánět a opravné procesy u chronické obstrukční plicní nemoci". American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 160 (5 Pt 2): S12–6. doi:10.1164 / ajrccm.160.supplement_1.5. PMID  10556162.
  60. ^ Sacco O, Silvestri M, Sabatini F, Sale R, Defilippi AC, Rossi GA (2004). "Epiteliální buňky a fibroblasty: strukturální oprava a přestavba v dýchacích cestách". Pediatrické respirační recenze. 5 Suppl A: S35–40. doi:10.1016 / s1526-0542 (04) 90008-5. PMID  14980241.
  61. ^ "Plicní fibróza". Klinika Mayo. Citováno 13. prosince 2013.
  62. ^ Gurujeyalakshmi G, Giri SN (září – říjen 1995). „Molekulární mechanismy antifibrotického účinku interferonu gama na bleomycin-myší model plicní fibrózy: downregulace exprese genů TGF-beta a prokolagenu I a III“. Experimentální výzkum plic. 21 (5): 791–808. doi:10.3109/01902149509050842. PMID  8556994.
  63. ^ A b C d E F G „Umlčení genů“. HOPES - Huntington's Outreach Project for Education, ve Stanfordu. Stanfordská Univerzita. 5. 4. 2012. Citováno 13. prosince 2013.
  64. ^ A b Mantha N, Das SK, Das NG (září 2012). „Terapie založené na RNAi pro Huntingtonovu chorobu: výzvy a příležitosti při porodu“. Terapeutické dodání. 3 (9): 1061–76. doi:10,4155 / tde. 12.80. PMID  23035592.
  65. ^ A b Harper SQ (srpen 2009). "Pokrok a výzvy v interferenční terapii RNA pro Huntingtonovu chorobu". Archivy neurologie. 66 (8): 933–8. doi:10.1001 / archneurol.2009.180. PMID  19667213.
  66. ^ „Co je ALS?“. Sdružení ALS.
  67. ^ A b C Geng CM, Ding HL (únor 2008). „Dvojitě neodpovídající siRNA zvyšují selektivní umlčování genů mutantní alely způsobující ALS“. Acta Pharmacologica Sinica. 29 (2): 211–6. doi:10.1111 / j.1745-7254.2008.00740.x. PMID  18215350. S2CID  24809180.
  68. ^ Boulis, Nicholas. „Gene Therapy for Motor Neuron Disease“. Společnost pro neurovědy. Citováno 13. prosince 2013.
  69. ^ Ding H, Schwarz DS, Keene A, Affar el B, Fenton L, Xia X, Shi Y, Zamore PD, Xu Z (srpen 2003). "Selektivní umlčení dominantní alely pomocí RNAi, které způsobuje amyotrofickou laterální sklerózu". Stárnoucí buňka. 2 (4): 209–17. doi:10.1046 / j.1474-9728.2003.00054.x. PMID  12934714.
  70. ^ Petice za určení neregulovaného stavu: Události Arctic ™ Apple (Malus x domestica) GD743 a GS784. Ministerstvo zemědělství Spojených států - Inspekční služba pro zdraví zvířat a rostlin. Citováno 2012-08-03.
  71. ^ „Transformace Apple na Apple“. Okanaganské speciální ovoce. Archivovány od originál dne 25. 09. 2013. Citováno 2012-08-03.

externí odkazy