Orac (program MD) - Orac (MD program)

Orac
Původní autoři	Massimo Marchi, Piero Procacci
Vývojáři	CEA, Saclay, Paříž, FR; Florentská univerzita, IT
První vydání	1990; Před 30 lety
Stabilní uvolnění	5.4.1 / 2010; před 10ti lety
Náhled verze	6.0 / 2016; Před 4 lety
Napsáno	Fortran
Operační systém	Unix, Linux
Plošina	IA-32, x86-64, NUMA
K dispozici v	Angličtina
Typ	Molekulární dynamika
Licence	GPL
webová stránka	www.chim.unifi.to/ orac

V počítači software, Orac je klasický molekulární dynamika program, který simuluje složité molekulární systémy na atomistické úrovni. V letech 1989-1990 byl tento kód původně napsán Massimem Marchim během jeho pobytu v International Business Machines (IBM ), Kingston (USA). V roce 1995 byl kód dále vyvíjen na Center européen de calcul atomique et moléculaire (CECAM). Je napsán v programovacím jazyce Fortran. V roce 1997 vyšlo pod a GNU General Public License (GPL).^[1] Nejnovější verze ^[2] Orac může být spuštěn paralelně pomocí standardu Rozhraní pro předávání zpráv (MPI) knihovny, umožňující výměna replik simulace, více chodců metadynamika^[3] simulace a vícenásobná řízená molekulární dynamika^[4] nerovnovážné trajektorie.

Viz také

Srovnání softwaru pro modelování molekulární mechaniky

Reference

^ Procacci, P .; Darden, T. A.; Paci, E .; Marchi, M. (1997). „ORAC: Program molekulární dynamiky pro simulaci komplexních molekulárních systémů s realistickými elektrostatickými interakcemi“. Journal of Computational Chemistry. 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895. doi:10.1002 / (SICI) 1096-987X (19971130) 18:15 <1848 :: AID-JCC2> 3.0.CO; 2-O.
^ Marsili, S .; Signorini, G.F .; Chelli, R .; Marchi, M .; Procacci, P. (2010). „ORAC: Program simulace molekulární dynamiky pro zkoumání povrchů volné energie v biomolekulárních systémech na atomistické úrovni“. Journal of Computational Chemistry. 31 (5): 1106–1116. doi:10.1002 / jcc.21388. PMID 19824035.
^ Laio, A .; Gervasio, F. L. (2008). „Metadynamics: Metoda pro simulaci vzácných událostí a rekonstrukci volné energie v biofyzice, chemii a vědě o materiálech“. Zprávy o pokroku ve fyzice. 71 (12): 126601. Bibcode:2008RPPh ... 71l6601L. doi:10.1088/0034-4885/71/12/126601.
^ Isralewitz, B .; Gao, M .; Schulten, K. (2001). "Řízená molekulární dynamika a mechanické funkce proteinů". Aktuální názor na strukturní biologii. 11 (2): 224–230. doi:10.1016 / S0959-440X (00) 00194-9. PMID 11297932.

externí odkazy

Oficiální webové stránky, Università di Firenze, IT

[1] Procacci, P .; Darden, T. A.; Paci, E .; Marchi, M. (1997). „ORAC: Program molekulární dynamiky pro simulaci komplexních molekulárních systémů s realistickými elektrostatickými interakcemi“. Journal of Computational Chemistry. 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895. doi:10.1002 / (SICI) 1096-987X (19971130) 18:15 <1848 :: AID-JCC2> 3.0.CO; 2-O.

[2] Marsili, S .; Signorini, G.F .; Chelli, R .; Marchi, M .; Procacci, P. (2010). „ORAC: Program simulace molekulární dynamiky pro zkoumání povrchů volné energie v biomolekulárních systémech na atomistické úrovni“. Journal of Computational Chemistry. 31 (5): 1106–1116. doi:10.1002 / jcc.21388. PMID 19824035.

[3] Laio, A .; Gervasio, F. L. (2008). „Metadynamics: Metoda pro simulaci vzácných událostí a rekonstrukci volné energie v biofyzice, chemii a vědě o materiálech“. Zprávy o pokroku ve fyzice. 71 (12): 126601. Bibcode:2008RPPh ... 71l6601L. doi:10.1088/0034-4885/71/12/126601.

[4] Isralewitz, B .; Gao, M .; Schulten, K. (2001). "Řízená molekulární dynamika a mechanické funkce proteinů". Aktuální názor na strukturní biologii. 11 (2): 224–230. doi:10.1016 / S0959-440X (00) 00194-9. PMID 11297932.

[1]

[2]

[3]

[4]