Q (software) - Q (software)
| Původní autoři | Johan Åqvist, John Marelius, Paul Bauer, Lynn Kamerlin |
|---|---|
| Vývojáři | Vývojový tým Q v Univerzita v Uppsale, Švédsko Uppsala Molekylmekaniska HB |
| První vydání | 1999 |
| Stabilní uvolnění | 6.0 / 2017 |
| Napsáno | Fortran |
| Operační systém | Linux, Operační Systém Mac, Okna podle Cygwin, jakýkoliv jiný Unix odrůda |
| Plošina | x86, x86-64 |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Molekulární dynamika simulace |
| Licence | otevřený zdroj GNU General Public License verze 2 (GPLv2 ) |
| webová stránka | rentgen |
Q je počítač software balíček pro molekulární dynamika (MD) simulace (aktuální vydání: Q6). Na rozdíl od jiných kódů MD se od svého vzniku (Marelius et al. 1998) specializoval na tři konkrétní typy výpočtů volné energie. Tyto výpočty jsou založeny na metodách: empirická valenční vazba (EVB), narušení volné energie (FEP) a energie lineární interakce (LIE), stejně jako v poslední době také cesta integrální výpočty využívající metodu půlení kvantové klasické cesty (BQCP).
Metody, na které se program specializuje, mohou vrátit kvantitativní výpočty energetické bilance, ke které dochází v bílkoviny a nukleové kyseliny. Může poskytnout vhled do klíčových problémů v biochemii, jako jsou energetické detaily částí translačního mechanismu v mitochondriálních ribozomech (Lind et al. 2013) nebo podrobnosti v enzymatických reakcích (Mones et al. 2013).
Program je podobný programu GROMACS v tom, že je silové pole agnostické, což znamená, že neposkytuje žádné silové pole, ale může spíše použít běžná silová pole, jako je CHARMM, JANTAR, OPLS, a GROMOS.
Tento software poskytuje jeden hlavní nástroj pro tzv. Molekulární dynamiku qdyna různé podprogramy jako např qprep (pro přípravu vstupních souborů z rentgenových souřadnic), qfep (zpracovat výpočty MD pro FEP) a další.
Obecný příkaz ke spuštění
Obecný příkaz ke spuštění Q je velmi podobný jako u jiných programů MD a jeho syntaxe pro běh dynamiky je následující:
qdyn inputfile.inp> outputfile.out
qdyn - Toto je název hlavního programu, který spouští dynamiku.
inputfile.inp - Jedná se o textový soubor, který specifikuje všechny možnosti programu, jako je délka simulace a časové kroky, simulace teploty a mnoho dalších.
filename.out - Toto je výstupní soubor, který poskytuje podrobný popis energetických výsledků. Výřečnost informací ve výstupním souboru je řízena ve vstupním souboru. Výstup klade důraz na podávání zpráv o nevázaných interakcích, jako jsou van der Waalsova síla a elektrostatika interakce podrobně na internetu solventní, řešení a interakce mezi nimi.
Viz také
Reference
- Marelius J., Kolmodin K., Feierberg I. a Åqvist J., (1998). "Otázka: Program molekulární dynamiky pro výpočty volné energie a simulace empirické valenční vazby v biomolekulárních systémech", Journal of Molecular Graphics and Modeling, 16, 213-225.
- Lind C., Sund J. a Åqvist J., (2013). "Specifika čtení kodonů faktorů uvolňování mitochondrií a ukončení translace na nestandardních stop kodonech", Příroda komunikace, 4,2940.
- Mones L., Tang W. a Florian J., (2013). "Empirické valenční vazebné simulace chemického mechanismu ATP na přeměnu na cAMP faktorem Anthrax Edema", Biochemie', 52, 2672-2682.