Ubiquitin-like protein - Ubiquitin-like protein

Rodina ubikvitinu
1ubq 1ndd superposition.png
Superpozice struktur ubikvitin (PDB: 1UBQ, Zelená) a NEDD8 (PDB: 1NDD, Purpurová)
Identifikátory
SymbolUbikvitin
PfamPF00240
InterProIPR029071
CHYTRÝSM00213

Ubiquitin podobné proteiny (UBL) jsou malá rodina bílkoviny zahrnutý do něčeho, zůčastnit se čeho posttranslační modifikace dalších proteinů v a buňka, obvykle s regulační funkce. UBL rodina bílkovin odvozuje svůj název od prvního člena třídy, který má být objeven, ubikvitin (Ub), nejlépe známý svou rolí v regulaci degradace bílkovin přes kovalentní modifikace jiných proteinů. Po objevu ubikvitinu bylo popsáno mnoho dalších evolučně příbuzných členů skupiny, zahrnujících paralelní regulační procesy a podobnou chemii. UBL jsou zapojeny do velmi různorodé řady buněčných funkcí včetně autofagie, obchodování s bílkovinami, zánět a imunitní odpovědi, transkripce, Oprava DNA, Sestřih RNA, a buněčná diferenciace.[1][2][3]

Objev

Samotný ubikvitin byl poprvé objeven v 70. letech 20. století a původně byl pojmenován „všudypřítomný imunopoetický polypeptid“.[4] Následně další proteiny s sekvenční podobnost k ubikvitinu byly v literatuře občas hlášeny, ale první, který sdílel klíčový rys modifikace kovalentního proteinu, byl ISG15, objevený v roce 1987.[5] Posloupnost zpráv v polovině 90. let je považována za bod obratu v této oblasti,[6] s objevem SUMO (snákupní centrum ujako biquitin modifier, také známý jako Sentrin nebo SENP1) hlášené přibližně ve stejnou dobu různými vyšetřovateli v roce 1996,[7] NEDD8 v roce 1997,[8] a Apg12 v roce 1998.[9] Systematický průzkum od té doby identifikoval více než 10 000 odlišných genů pro ubikvitin nebo proteiny podobné ubikvitinu zastoupené v eukaryotický genomy.[10]

Struktura a klasifikace

Členové rodiny UBL jsou malí,enzymatický proteiny, které sdílejí společnou strukturu, příkladem je ubikvitin, který má 76 aminokyselinové zbytky uspořádány do „beta-uchopení“ proteinový záhyb skládající se z pětivláknové antiparallel beta list obklopující alfa šroubovice.[1][11][12] Záhyb beta-gripu je široce distribuován v jiných proteinech eukaryotického i prokaryotického původu.[13] Souhrnně jsou ubikvitin a ubikvitinu podobné proteiny někdy označovány jako „ubikvitony“.[3]

UBL lze rozdělit do dvou kategorií v závislosti na jejich schopnosti být kovalentně konjugované s jinými molekulami. UBL, které jsou schopné konjugace (někdy známé jako typ I), mají charakteristiku sekvenční motiv skládající se z jednoho až dvou glycin zbytky na C-konec, kterými dochází k kovalentní konjugaci. Typicky jsou UBL vyjádřený jako neaktivní prekurzory a musí být aktivovány proteolýza C-konce k vystavení aktivního glycinu.[1][12] Téměř všechny takové UBL jsou nakonec spojeny s jiným proteinem, ale existuje alespoň jedna výjimka; ATG8 je propojen s fosfatidylethanolamin.[1] UBL, které nevykazují kovalentní konjugaci (typ II), se často vyskytují jako proteinové domény geneticky fúzované s jinými doménami v jediném větším polypeptidovém řetězci a mohou být proteolyticky zpracované uvolnit UBL doménu[1] nebo může fungovat jako interakce protein-protein domén.[11] UBL domény větších proteinů jsou někdy známé jako UBX domény.[14]

Rozdělení

Ubikvitin je, jak jeho název napovídá, všudypřítomný eukaryoty; to je tradičně považováno za nepřítomné v bakterie a archaea,[11] ačkoli několik příkladů bylo popsáno v archaea.[15] UBL jsou také široce distribuovány v eukaryotech, ale jejich distribuce se u jednotlivých linií liší; například, ISG15, podílející se na regulaci imunitní systém, není přítomen v nižších eukaryotech.[1] Jiné rodiny vykazují diverzifikaci v některých liniích; jediný člen SUMO rodina se nachází v droždí genom, ale jsou v něm alespoň čtyři obratlovců genomy, které vykazují určitou funkční redundanci,[1][2] a v genomu je alespoň osm Modelka rostlina Arabidopsis thaliana.[16]

U lidí

The lidský genom kóduje alespoň osm rodin UBL, bez samotného ubikvitinu, které jsou považovány za UBL typu I a je známo, že kovalentně modifikují jiné proteiny: SUMO, NEDD8, ATG8, ATG12, URM1, UFM1, FAT10, a ISG15.[1] Jeden další protein, známý jako FUBI, je kódován jako fúzní protein v FAU Gen a je proteolyticky zpracován za vzniku volného glycinového C-konce, ale nebylo experimentálně prokázáno, že tvoří kovalentní proteinové modifikace.[1]

V rostlinách

Je známo, že rostlinné genomy kromě ubikvitinu kódují alespoň sedm rodin UBL: SUMO, TŘÍT (Rostlina homolog z NEDD8 ), ATG8, ATG12, MUB, UFM1, a HUB1, stejně jako řada UBL typu II.[17] Některé rodiny UBL a s nimi spojené regulační proteiny v rostlinách prošly dramatickou expanzí, pravděpodobně kvůli oběma duplikace celého genomu a další formy genová duplikace; Odhaduje se, že rodiny ubikvitinu, SUMO, ATG8 a MUB představují téměř 90% genů UBL rostlin.[18] Proteiny spojené s ubikvitinem a SUMO signalizací jsou vysoce obohaceny v genomech embryofyty.[15]

U prokaryot

Superpozice struktur ubikvitin (PDB: 1UBQ, Zelená) a SAMP1 (PDB: 2L52, Oranžová)

Ve srovnání s eukaryoty jsou prokaryotické proteiny se vztahy k UBL fylogeneticky omezené.[19][20] Prokaryotický protein podobný ubikvitinu (Pup) se vyskytuje u některých aktinobakterie a má značně podobné funkce jako ubiquitin při značení proteinů pro proteazomální degradace; jakkoli je vnitřně neuspořádaný a jeho evoluční vztah k UBL je nejasný.[19] Příbuzný protein UBact v některých Gramnegativní linie byly nedávno popsány.[21] Naproti tomu protein TtuB v bakteriích rod Thermus sdílí záhyb beta-uchopení s eukaryotickými UBL; uvádí se, že má dvojí funkce jako obě síra nosičový protein a kovalentně konjugovaná proteinová modifikace.[19] v archaea, malé proteiny modifikující archaeal (SAMP) sdílejí záhyb beta-uchopení a bylo prokázáno, že hrají ubikvitinovou roli v degradaci proteinů.[19][20] Nedávno byla v souboru identifikována zdánlivě úplná sada genů odpovídajících eukaryotům podobné ubikvitinové dráze. nekulturní archaeon v roce 2011,[22][23][24] a nejméně tři linie archeaí - Euryarchaeota, Crenarchaeota, a Aigarchaeota - věří se, že takové systémy vlastní.[15][25][26] Navíc některé patogenní bakterie vyvinuly proteiny, které napodobují proteiny v eukaryotických drahách UBL a interagují s UBL v hostitel buňka, která narušuje jejich signalizační funkci.[27][28]

Nařízení

Krystalová struktura komplexu mezi ubikvitinovým proteinem SUMO-1 (tmavě modrý) a jeho aktivující enzym (E1), heterodimer mezi SAE1 a SAE2 (světle modrá, růžová). C-konec proteinu SUMO je umístěn v blízkosti místa ATP (žlutý). Z PDB: 1R8R​.

Regulace UBL, které jsou schopné kovalentní konjugace u eukaryot, je komplikovaná, ale typicky paralelní pro každého člena rodiny, nejlépe charakterizovaná pro samotný ubikvitin. Proces ubikvitinace je přísně regulovaná tříkroková sekvence: aktivace, kterou provádí enzymy aktivující ubikvitin (El); konjugace, provádí enzymy konjugující s ubikvitinem (E2); a ligace, provádí ubikvitinové ligázy (E3). Výsledkem tohoto procesu je vznik a kovalentní vazba mezi C-konec ubikvitinu a zbytku (obvykle a lysin ) na cílovém proteinu. Mnoho UBL rodin má podobný tříkrokový proces katalyzovaný odlišnou sadou enzymů specifických pro tuto rodinu.[1][29][30] Deubikvitace nebo dekonjugace - tj. Odstranění ubikvitinu z proteinového substrátu - se provádí deubikvitinační enzymy (DUB); UBL mohou být také degradovány působením ubikvitin specifické proteázy (ULP).[31] Rozsah UBL, na které mohou tyto enzymy působit, je variabilní a je obtížné jej předvídat. Některé UBL, například SUMO a NEDD8, mají DUB a ULP specifické pro rodinu.[32]

Ubikvitin je schopen tvořit polymerní řetězce, přičemž k prvnímu jsou kovalentně připojeny další molekuly ubikvitinu, které jsou zase připojeny k jeho proteinovému substrátu. Tyto řetězce mohou být lineární nebo rozvětvené a různé regulační signály mohou být vysílány rozdíly v délce a rozvětvení ubikvitinového řetězce.[31] Ačkoli není známo, že všechny rodiny UBL tvoří řetězce, experimentálně byly detekovány řetězce SUMO, NEDD8 a URM1.[1] Kromě toho může být ubikvitin sám modifikován UBL, o nichž je známo, že se vyskytují u SUMO a NEDD8.[31][33] Nejlépe charakterizované křižovatky mezi odlišnými rodinami UBL zahrnují ubikvitin a SUMO.[34][35]

Buněčné funkce

UBL jako třída jsou zapojeny do velmi široké škály buněčných procesů. Kromě toho se jednotlivé rodiny UBL liší v rozsahu svých aktivit a rozmanitosti proteinů, ke kterým jsou konjugovány.[1] Nejznámější funkcí ubikvitinu je identifikace proteinů, které mají být degradován podle proteazom, ale ubikvitinace může hrát roli v jiných procesech, jako je endocytóza a další formy obchodování s bílkovinami, transkripce a transkripční faktor nařízení, buněčná signalizace, histonová modifikace, a Oprava DNA.[11][12][36] Většina ostatních UBL má podobné role v regulaci buněčných procesů, obvykle s omezenějším známým rozsahem, než je rozsah samotného ubikvitinu. SUMO proteiny mají po ubikvitinu nejrůznější cíle buněčných proteinů[1] a jsou zapojeni do procesů včetně transkripce, Oprava DNA a buněčná stresová reakce.[33] NEDD8 je nejlépe známý svou rolí v regulaci cullin proteiny, které zase regulují degradaci proteinů zprostředkovanou ubikvitinem,[2] i když pravděpodobně má i další funkce.[37] Dva UBL, ATG8 a ATG12, jsou zapojeni do procesu autofagie;[38] oba jsou neobvyklé v tom, že ATG12 má pouze dva známé proteinové substráty a ATG8 je konjugován nikoli na protein, ale na fosfolipid, fosfatidylethanolamin.[1]

Vývoj

Superpozice struktur ubikvitin (PDB: 1UBQ, Zelená) a MoaD (PDB: 1FM0, Světle šedá)

Vývoj UBL a jejich přidružených sad regulačních proteinů byl zajímavý, protože krátce poté, co byly uznány jako rodina.[39] Fylogenetické studie beta-uchopení proteinový záhyb nadčeleď naznačuje, že eukaryotické UBL jsou monofyletický, označující sdílený evoluční původ.[13] Předpokládá se, že regulační systémy UBL - včetně samotných UBL a kaskády enzymů, které s nimi interagují - sdílejí společný evoluční původ s prokaryotickými biosyntéza cesty pro kofaktory thiamin a molybdopterin; bakteriální proteiny přenosu síry Tento a MoaD z těchto cest sdílejí záhyb beta-uchopení s UBL, zatímco sekvenční podobnost a společná katalytický mechanismus členové cesty odkazu ThiF a MoeB na enzymy aktivující ubikvitin.[13][17][11] Zajímavé je, že eukaryotický protein URM1 funguje jako UBL i jako protein nosiče síry a byl popsán jako a molekulární fosilie navázání této evoluční vazby.[11][40]

Srovnávací genomika průzkumy rodin UBL a příbuzných proteinů naznačují, že signalizace UBL byla již v poslední eukaryotický společný předek a nakonec pochází z předků archaea,[15] teorie podporovaná pozorováním, že některé archaální genomy vlastní geny nezbytné pro plně fungující ubikvitinační dráhu.[25][18] V eukaryotických liniích byly identifikovány dvě různé diverzifikační události v rámci rodiny UBL, které odpovídají původu mnohobuněčnost v živočišné i rostlinné linii.[15]

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j k l m n Cappadocia L, Lima CD (únor 2018). „Konjugace proteinu podobného ubikvitinu: struktury, chemie a mechanismus“. Chemické recenze. 118 (3): 889–918. doi:10.1021 / acs.chemrev.6b00737. PMC  5815371. PMID  28234446.
  2. ^ A b C van der Veen AG, Ploegh HL (7. července 2012). "Proteiny podobné ubikvitinu". Roční přehled biochemie. 81 (1): 323–57. doi:10,1146 / annurev-biochem-093010-153308. PMID  22404627.
  3. ^ A b Welchman RL, Gordon C, Mayer RJ (srpen 2005). „Ubikvitin a ubikvitin podobné proteiny jako multifunkční signály“. Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. 6 (8): 599–609. doi:10.1038 / nrm1700. PMID  16064136. S2CID  7373421.
  4. ^ Goldstein G, Scheid M, Hammerling U, Schlesinger DH, Niall HD, Boyse EA (leden 1975). „Izolace polypeptidu, který má vlastnosti diferenciace lymfocytů a je pravděpodobně zastoupen univerzálně v živých buňkách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 72 (1): 11–5. Bibcode:1975PNAS ... 72 ... 11G. doi:10.1073 / pnas.72.1.11. PMC  432229. PMID  1078892.
  5. ^ Haas AL, Ahrens P, Bright PM, Ankel H (srpen 1987). „Interferon indukuje 15kilový protein vykazující výraznou homologii s ubikvitinem“. The Journal of Biological Chemistry. 262 (23): 11315–23. PMID  2440890.
  6. ^ Yeh ET, Gong L, Kamitani T (květen 2000). „Proteiny podobné ubikvitinu: nová vína v nových lahvích“. Gen. 248 (1–2): 1–14. doi:10.1016 / S0378-1119 (00) 00139-6. PMID  10806345.
  7. ^ Saitoh, Hisato; Pu, Robert T .; Dasso, Mary (říjen 1997). „SUMO-1: zápas s novým modifikátorem souvisejícím s ubikvitinem“. Trendy v biochemických vědách. 22 (10): 374–376. doi:10.1016 / S0968-0004 (97) 01102-X. PMID  9357311.
  8. ^ Kamitani T, Kito K, Nguyen HP, Yeh ET (listopad 1997). „Charakterizace NEDD8, vývojově down-regulovaného proteinu podobného ubikvitinu“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (45): 28557–62. doi:10.1074 / jbc.272.45.28557. PMID  9353319.
  9. ^ Mizushima N, Noda T, Yoshimori T, Tanaka Y, Ishii T, George MD, Klionsky DJ, Ohsumi M, Ohsumi Y (září 1998). "Systém konjugace proteinů nezbytný pro autofagii". Příroda. 395 (6700): 395–8. Bibcode:1998 Natur.395..395M. doi:10.1038/26506. PMID  9759731. S2CID  204997310.
  10. ^ Zhou J, Xu Y, Lin S, Guo Y, Deng W, Zhang Y, Guo A, Xue Y (leden 2018). „iUUCD 2.0: aktualizace s bohatými anotacemi pro ubikvitin a konjugace podobné ubikvitinu“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D447 – D453. doi:10.1093 / nar / gkx1041. PMC  5753239. PMID  29106644.
  11. ^ A b C d E F Hochstrasser M (březen 2009). "Původ a funkce proteinů podobných ubikvitinu". Příroda. 458 (7237): 422–9. Bibcode:2009 Natur.458..422H. doi:10.1038 / nature07958. PMC  2819001. PMID  19325621.
  12. ^ A b C Kerscher O, Felberbaum R, Hochstrasser M (listopad 2006). "Modifikace proteinů ubikvitinem a ubikvitinovými proteiny". Roční přehled buněčné a vývojové biologie. 22 (1): 159–80. doi:10.1146 / annurev.cellbio.22.010605.093503. PMID  16753028.
  13. ^ A b C Burroughs AM, Balaji S, Iyer LM, Aravind L (červenec 2007). „Malý, ale všestranný: mimořádná funkční a strukturální rozmanitost záhybu beta-gripu“. Biology Direct. 2 (1): 18. doi:10.1186/1745-6150-2-18. PMC  1949818. PMID  17605815.
  14. ^ Buchberger A, Howard MJ, Proctor M, Bycroft M (březen 2001). "Doména UBX: rozšířený modul podobný ubikvitinu". Journal of Molecular Biology. 307 (1): 17–24. doi:10.1006 / jmbi.2000.4462. PMID  11243799.
  15. ^ A b C d E Grau-Bové X, Sebé-Pedrós A, Ruiz-Trillo I (březen 2015). „Eukaryotický předek měl komplexní ubikvitinový signalizační systém archaálního původu“. Molekulární biologie a evoluce. 32 (3): 726–39. doi:10,1093 / molbev / msu334. PMC  4327156. PMID  25525215.
  16. ^ Miura K, Hasegawa PM (duben 2010). „Sumoylace a další posttranslační modifikace rostlin podobné ubikvitinu“. Trendy v buněčné biologii. 20 (4): 223–32. doi:10.1016 / j.tcb.2010.01.007. PMID  20189809.
  17. ^ A b Vierstra RD (září 2012). „Rozšiřující se vesmír ubikvitinu a modifikátorů podobných ubikvitinu“. Fyziologie rostlin. 160 (1): 2–14. doi:10.1104 / pp.112.200667. PMC  3440198. PMID  22693286.
  18. ^ A b Hua Z, Doroodian P, Vu W (červenec 2018). „Kontrastní vzory duplikace odrážejí funkční rozmanitost ubikvitinu a modifikátorů proteinů podobných ubikvitinu v rostlinách“. The Plant Journal. 95 (2): 296–311. doi:10.1111 / tpj.13951. PMID  29738099.
  19. ^ A b C d Maupin-Furlow JA (2014). „Prokaryotická modifikace proteinu podobného ubikvitinu“. Výroční přehled mikrobiologie. 68: 155–75. doi:10.1146 / annurev-micro-091313-103447. PMC  4757901. PMID  24995873.
  20. ^ A b Ganguli, S; Ratna Prabha, C (2017). "Štěňata, SAMP a prokaryotické proteasomy". V Chakraborti, S; Dhalla, N (eds.). Proteázy ve fyziologii a patologii. Springer. ISBN  978-981-10-2512-9.
  21. ^ Lehmann G, Udasin RG, Livneh I, Ciechanover A (únor 2017). „Identifikace UBactu, proteinu podobného ubikvitinu, spolu s dalšími homologními složkami konjugačního systému a proteazomu v různých gramnegativních bakteriích“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 483 (3): 946–950. doi:10.1016 / j.bbrc.2017.01.037. PMID  28087277.
  22. ^ Nunoura T, Takaki Y, Kakuta J, Nishi S, Sugahara J, Kazama H, Chee GJ, Hattori M, Kanai A, Atomi H, Takai K, Takami H (duben 2011). „Pohledy na vývoj systémů Archea a eukaryotických proteinových modifikátorů odhalené genomem nové archaealní skupiny“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (8): 3204–23. doi:10.1093 / nar / gkq1228. PMC  3082918. PMID  21169198.
  23. ^ Hennell James R, Caceres EF, Escasinas A, Alhasan H, Howard JA, Deery MJ, Ettema TJ, Robinson NP (říjen 2017). „Funkční rekonstrukce eukaryotické kaskády E1 / E2 / (RING) E3 z nekulturního archeona“. Příroda komunikace. 8 (1): 1120. Bibcode:2017NatCo ... 8.1120H. doi:10.1038 / s41467-017-01162-7. PMC  5654768. PMID  29066714.
  24. ^ Fuchs AC, Maldoner L, Wojtynek M, Hartmann MD, Martin J (červenec 2018). „Zpracování ubikvitinu zprostředkované Rpn11 v ubikvitinačním systému předků archaeal“. Příroda komunikace. 9 (1): 2696. Bibcode:2018NatCo ... 9.2696F. doi:10.1038 / s41467-018-05198-1. PMC  6043591. PMID  30002364.
  25. ^ A b Zaremba-Niedzwiedzka K, Caceres EF, Saw JH, Bäckström D, Juzokaite L, Vancaester E, Seitz KW, Anantharaman K, Starnawski P, Kjeldsen KU, Stott MB, Nunoura T, Banfield JF, Schramm A, Baker BJ, Spang A, Ettema TJ (leden 2017). „Asgard archaea osvětluje původ eukaryotické buněčné složitosti“. Příroda. 541 (7637): 353–358. Bibcode:2017Natur.541..353Z. doi:10.1038 / nature21031. PMID  28077874. S2CID  4458094.
  26. ^ Hua ZS, Qu YN, Zhu Q, Zhou EM, Qi YL, Yin YR, Rao YZ, Tian Y, Li YX, Liu L, Castelle CJ, Hedlund BP, Shu WS, Knight R, Li WJ (červenec 2018). "Genomická inference metabolismu a vývoje archaeálního kmene Aigarchaeota". Příroda komunikace. 9 (1): 2832. Bibcode:2018NatCo ... 9.2832H. doi:10.1038 / s41467-018-05284-4. PMC  6053391. PMID  30026532.
  27. ^ Zhou Y, Zhu Y (leden 2015). "Rozmanitost bakteriální manipulace hostitelských drah ubikvitinu". Buněčná mikrobiologie. 17 (1): 26–34. doi:10.1111 / cmi.12384. PMID  25339545. S2CID  33328949.
  28. ^ Ribet D, Cossart P (listopad 2018). „Ubikvitin, SUMO a NEDD8: klíčové cíle bakteriálních patogenů“ (PDF). Trendy v buněčné biologii. 28 (11): 926–940. doi:10.1016 / j.tcb.2018.07.005. PMC  7028394. PMID  30107971.
  29. ^ Streich FC, Lima CD (6. května 2014). „Strukturální a funkční poznatky o konjugaci proteinů podobných ubikvitinu“. Roční přehled biofyziky. 43 (1): 357–79. doi:10.1146 / annurev-biophys-051013-022958. PMC  4118471. PMID  24773014.
  30. ^ Schulman BA, Harper JW (květen 2009). „Aktivace proteinu podobného ubikvitinu enzymy E1: vrchol pro signální dráhy po proudu“. Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. 10 (5): 319–31. doi:10.1038 / nrm2673. PMC  2712597. PMID  19352404.
  31. ^ A b C Mevissen TE, Komander D (červen 2017). "Mechanismy specificity a regulace deubiquitinázy". Roční přehled biochemie. 86 (1): 159–192. doi:10.1146 / annurev-biochem-061516-044916. PMID  28498721.
  32. ^ Ronau JA, Beckmann JF, Hochstrasser M (duben 2016). „Substrátová specificita ubikvitinu a Ubl proteáz“. Cell Research. 26 (4): 441–56. doi:10.1038 / cr.2016.38. PMC  4822132. PMID  27012468.
  33. ^ A b Swatek KN, Komander D (duben 2016). „Úpravy ubikvitinu“. Cell Research. 26 (4): 399–422. doi:10.1038 / cr.2016.39. PMC  4822133. PMID  27012465.
  34. ^ Denuc A, Marfany G (únor 2010). Msgstr "SUMO a ubikvitinové cesty konvergují". Transakce biochemické společnosti. 38 (Pt 1): 34–9. doi:10.1042 / BST0380034. PMID  20074031.
  35. ^ Wilkinson KA, Henley JM (květen 2010). "Mechanismy, regulace a důsledky SUMOylace bílkovin". The Biochemical Journal. 428 (2): 133–45. doi:10.1042 / BJ20100158. PMC  3310159. PMID  20462400.
  36. ^ Mukhopadhyay D, Riezman H (leden 2007). "Funkce ubikvitinu nezávislé na proteazomu v endocytóze a signalizaci". Věda. 315 (5809): 201–5. Bibcode:2007Sci ... 315..201M. doi:10.1126 / science.1127085. PMID  17218518. S2CID  35434448.
  37. ^ Enchev RI, Schulman BA, Peter M (leden 2015). „Proteinová neddylace: za cullin-RING ligázami“. Recenze přírody. Molekulární buněčná biologie. 16 (1): 30–44. doi:10.1038 / nrm3919. PMC  5131867. PMID  25531226.
  38. ^ Shpilka T, Mizushima N, Elazar Z (květen 2012). „Proteiny podobné ubikvitinu a autofagie na první pohled“. Journal of Cell Science. 125 (Pt 10): 2343–8. doi:10.1242 / jcs.093757. PMID  22736434.
  39. ^ Hochstrasser M (srpen 2000). „Vývoj a funkce systémů konjugace proteinů podobných ubikvitinu“. Přírodní buněčná biologie. 2 (8): E153-7. doi:10.1038/35019643. PMID  10934491. S2CID  29557235.
  40. ^ Wang F, Liu M, Qiu R, Ji C (srpen 2011). „Dvojí role ubikvitinového proteinu Urm1 jako modifikátoru proteinu a nosiče síry“. Protein & Cell. 2 (8): 612–9. doi:10.1007 / s13238-011-1074-6. PMC  4875326. PMID  21904977.