Nízké opakování kopírování - Low copy repeats - Wikipedia

Nízké opakování kopírování (LCR), také známý jako segmentové duplikace (SD), jsou vysoce homologní sekvenční prvky v rámci eukaryotický genom.

Opakování

Obvykle jsou 10–300 kb na délku a nesou více než 95% sekvenční identita. Ačkoli jsou u většiny savců vzácné, LCR tvoří velkou část lidský genom z důvodu významné expanze v průběhu roku vývoj primátů.[1] U lidí chromozomy Y a 22 mají největší podíl SD: 50,4%, respektive 11,9%.[2]

Nesouosost LCR během nealelická homologní rekombinace (NAHR)[3] je důležitým mechanismem, z něhož vychází poruchy chromozomální mikrodelece stejně jako jejich vzájemní duplikační partneři.[4] Mnoho LCR je koncentrováno v „hotspotech“, jako je oblast 17p11-12, z nichž 27% je složeno ze sekvence LCR. NAHR a nehomologní spojování konců (NHEJ) v této oblasti jsou zodpovědné za širokou škálu poruch, včetně Charcot – Marie – Tooth syndrom typu 1A,[5] dědičná neuropatie se sklonem k tlakovým obrnám,[5] Smith-Magenisův syndrom,[6] a Potocki – Lupski syndrom.[3]

Detekce

Dvě široce přijímané metody pro detekci SD jsou srovnání celé genomové sestavy (WGAC) a detekce sekvence brokovnice celého genomu (WSSD).[7]

Viz také

Reference

  1. ^ Johnson, M.E. (2008). Evoluce primátu a genomu řízená segmentovou duplikací chromozomu 16 (PDF) (Ph.D.). Case Western Reserve University.
  2. ^ Bailey, Jeffrey A .; Eichler, EE (2006). „Primární segmentové duplikace: kelímky evoluce, rozmanitosti a nemoci“. Genetika hodnocení přírody. 7 (7): 552–64. doi:10.1038 / nrg1895. PMID  16770338.
  3. ^ A b Zhang, F; Potocki, L; Sampson, JB; Liu, P; Sanchez-Valle, A; Robbins-Furman, P; Navarro, AD; Wheeler, PG; Spence, JE; Brasington, CK; Withers, MA; Lupski, JR (12. března 2010). „Identifikace neobvyklých opakujících se duplikací souvisejících se syndromem Potocki-Lupski a distribuce typů a mechanismů přesmyku v PTLS“ (PDF). American Journal of Human Genetics. 86 (3): 462–70. doi:10.1016 / j.ajhg.2010.02.001. PMC  2833368. PMID  20188345.[trvalý mrtvý odkaz ]
  4. ^ Shaikh, TH; Kurahashi, H; Saitta, SC; O'Hare, AM; Hu, P; Roe, BA; Driscoll, DA; McDonald-McGinn, DM; Zackai, EH; Budarf, ML; Emanuel, BS (1. března 2000). „Chromozom 22 - specifické opakování s nízkou kopií a syndrom delece 22q11.2: genomová organizace a analýza koncového bodu delece“. Lidská molekulární genetika. 9 (4): 489–501. doi:10,1093 / hmg / 9,4,489. PMID  10699172.
  5. ^ A b Inoue, K; Dewar, K; Katsanis, N; Reiter, LT; Lander, ES; Devon, KL; Wyman, DW; Lupski, JR; Birren, B (červen 2001). „Genomická oblast 1,4 Mb / s CMT1A duplikace / delece HNPP odhaluje jedinečné architektonické prvky genomu a poskytuje náhled na nedávný vývoj nových genů“. Výzkum genomu. 11 (6): 1018–33. doi:10,1101 / gr. 180401. PMC  311111. PMID  11381029.
  6. ^ Shaw, CJ; Withers, MA; Lupski, JR (červenec 2004). „Méně časté delece oblasti Smith-Magenisova syndromu se mohou opakovat, když alternativní opakování s nízkou kopií fungují jako homologní rekombinační substráty.“. American Journal of Human Genetics. 75 (1): 75–81. doi:10.1086/422016. PMC  1182010. PMID  15148657.
  7. ^ Detekce segmentových duplikací v celém genomu