V celé savci se střídají opakování - Mammalian-wide interspersed repeat

V celé savci se střídají opakování (MIR) jsou transponovatelné prvky v genomech některých organismů a patří do skupiny Krátce proložené jaderné prvky (SINE).

Incidence

MIR se nacházejí ve všech savci (počítaje v to vačnatci ).[1]

V člověku

Odhaduje se, že v EU je přibližně 368 000 MIR lidský genom.[2]

Struktura

MIR konsensuální sekvence je dlouhý 260 párů bází a má 3 'konec bohatý na A / T.[1]

Propagace

Jako ostatní Krátce proložené jaderné prvky (SINE), MIR prvky používaly strojní zařízení LINE prvky za jejich šíření v genomu, ke kterému došlo přibližně před 130 miliony let. Nemůžou retrotranspose už od ztráty aktivity požadovaných reverzní transkriptáza.[3]

Historie objevů

MIR prvky byly poprvé popsány v lidském genomu 1989-1991 [4][5][6] a byly poprvé označovány jako opakování rodiny MB1 (zrcadlení na sekvence opakování myší B1). Pak se tato rodina opakovala v jiných savčích genomech.[7] Poté byla tato rodina v roce 1992 přejmenována na „Savčí střídaná opakování“ [8] Později se ukázalo, že tato rodina je běžná pro genomy obratlovců.[9]

Reference

  1. ^ A b Smit, Arian F. A .; Riggs, Arthur D. (1995). „MIR jsou klasické SINE odvozené od tRNA, které se zesílily před radiací savců“. Výzkum nukleových kyselin. 23 (1): 98–102. doi:10.1093 / nar / 23.1.98. PMC  306635. PMID  7870595.
  2. ^ Lander; et al. (2001). „Počáteční sekvenování a analýza lidského genomu“ (PDF). Příroda. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001 Natur.409..860L. doi:10.1038/35057062. PMID  11237011.
  3. ^ Krull, M; Petrusma, M; Makalowski, W; Brosius, J; Schmitz, J (srpen 2007). "Funkční perzistence exonizovaných savců v celém rozsahu rozptýlených opakujících se prvků (MIR)". Výzkum genomu. 17 (8): 1139–45. doi:10,1101 / gr. 6320607. PMC  1933517. PMID  17623809.
  4. ^ Donehower, Lawrence A .; Slagle, Betty L .; Wilde, Margaret; Darlington, Gretchen; Butel, Janet S. (1989). "Identifikace konzervované sekvence v nekódujících oblastech mnoha lidských genů". Výzkum nukleových kyselin. 17 (2): 699–722. doi:10.1093 / nar / 17.2.699. PMC  331613. PMID  2536922.
  5. ^ Korotkov, Eugene V. (1990). "Rodina zrcadlových sekvencí podobných B1 z lidského genomu". Dokl. Akad. Nauk SSSR (v Rusku). 311 (1): 238–242. PMID  2357927.
  6. ^ Korotkov, Eugene V. (1991). "Nová rodina široce propagovaných opakování MB1 v lidském genomu". Mol Biol (Mosk) (v Rusku). 25 (1): 250–263. PMID  1896037.
  7. ^ Korotkov, Eugene V. (1992). "Rodina MB1 repetic v klonech z genomů savců". Izv Akad Nauk SSSR Biol (v Rusku). Červenec-srpen (4): 546–557. PMID  1452902.
  8. ^ Jurka, Jerzy; Walichiewicz, Jolanta; Milosavljevic, Aleksandar (říjen 1992). "Prototypové sekvence pro lidskou repetitivní DNA". Journal of Molecular Evolution. 35 (4): 286–291. Bibcode:1992JMolE..35..286J. doi:10.1007 / BF00161166. PMID  1404414.
  9. ^ Korotkov, Eugene V .; Korotková, Maria A .; Rudenko, Valentina M. (2000). "MIR - rodina opakování společných pro genomy obratlovců". Mol Biol (Mosk) (v Rusku). 34 (4): 553–559. doi:10.1007 / BF02759556. PMID  11042848.