Pseudomonas stutzeri - Pseudomonas stutzeri

Pseudomonas stutzeri
Pseudomonas stutzeri.jpg
Vědecká klasifikace Upravit
Doména:Bakterie
Kmen:Proteobakterie
Třída:Gammaproteobakterie
Objednat:Pseudomonadales
Rodina:Pseudomonadaceae
Rod:Pseudomonas
Skupina druhů:Pseudomonas stutzeri skupina
Druh:
P. stutzeri
Binomické jméno
Pseudomonas stutzeri
(Lehmann a Neumann 1896)
Sijderius 1946
Typ kmene
ATCC 17588

CCUG 11256
CFBP 2443
CIP 103022
DSM 5190
JCM 5965
LMG 11199
NBRC 14165
NCCB 76042
VKM B-975

Synonyma

Bacillus denitrificans II Burri a Stutzer 1895
Bacterium stutzeri Lehmann a Neumann 1896
Bacillus dusíky Migula 1900
Bacillus stutzeri Chester 1901
Achromobacter sewerinii Bergey, et al. 1923
Achromobacter stutzeri Bergey, et al. 1930
Pseudomonas stanieri Mandel 1966
Pseudomonas perfectomarina korigovat. (ex ZoBell a Upham 1944) Baumann, et al. 1983
Pseudomonas chloritidismutans Wolterink, et al. 2002

Pseudomonas stutzeri je Gramnegativní půda bakterie to je pohyblivé, má jediný polární bičík a je klasifikováno jako bacil nebo tyčkovitý.[1][2] Zatímco tato bakterie byla poprvé izolována z lidské míchy,[3] od té doby byl nalezen v mnoha různých prostředích kvůli jeho různým charakteristikám a metabolickým schopnostem.[4] P. stutzeri je oportunní patogen v klinických podmínkách, i když infekce jsou vzácné.[3] Na základě 16S rRNA Při analýze byla tato bakterie umístěna do P. stutzeri skupina, které propůjčuje své jméno.[5]

Taxonomie

P. stutzeri se nejsnadněji odlišuje od ostatních Psuedomonas spp. v tom, že neprodukuje fluorescenční pigmenty.[6] P. mendocina, P. alcaligenes, P. pseudoalcaligenes, a P. balearica jsou klasifikovány ve stejné větvi pseudomonád jako P. stutzeri na základě 16S rRNA sekvencí a dalších fylogenetických markerů.[6] Z této skupiny P. stutzeri nejvíce souvisí s P. balearica a mohou být diferencovány nejen 16S rRNA sekvencemi, ale také schopností P. stutzeri růst nad 42 ° C.[7] P. stutzeri byl izolován na mnoha různých místech a protože každý kmen je trochu odlišný podle toho, kde byl izolován, P. stutzeri skupina obsahuje mnoho genomovary.[6] To znamená, že mnoho kmenů P. stutzeri lze považovat za genoskupiny, což jsou organismy, které lze odlišit pouze na základě jejich složení nukleových kyselin.[8]

Objev

Nejprve popsali Burri a Stutzer P. stutzeri v roce 1895 a pojmenoval bakterii Bacillus denitrificans II.[9] O sedm let později, v roce 1902, vyvinul Itersonion kultura obohacování pro P. stutzeri, který později popsali van Niel a Allen v roce 1952.[10] Obohacovacím médiem je minerální médium se 2% dusičnan a vínan (nebo malát, sukcinát, malonát, citrát, ethanol nebo acetát ) pěstované pod anaerobní podmínky při 37 ° C.[10] Organismus byl izolován z nejrůznějších míst, jako je lidská mícha, sláma, hnůj, půda a voda v kanálech.[10]

Charakterizace

Pseudomonas stutzeri je gramnegativní, tyčinkovitý,výtrus -formující se bakterie, která je obvykle 1–3 mikrony dlouhý a 0,5–0,8 mikronů široký.[10] Je to mikrob který má pozitivní testy pro oba kataláza a oxidáza testy.[11][12] P. stutzeri roste optimálně při teplotě asi 35 ° C, což z něj činí a mezofilní organismus, i když může růst při teplotách až 4 ° C[6] a až 44 ° C.[12] Při pěstování na a lysogeny vývar (LB) médium při 32 ° C má tato bakterie zdvojnásobení času asi 53 minut.[13] Když se teplota sníží na přibližně 28 ° C, čas zdvojnásobení se prodlouží a může dosáhnout až 72 minut.[13] Na asparagin (Asn) minimální médium, nicméně, P. stutzeri má typickou dobu zdvojnásobení přibližně 34 minut.[13] Navzdory rozdílům ve zdvojnásobení času mezi nimi média, P. stutzeri dosáhne svého stacionární fáze asi 10–11 hodin po naočkování nebo zavedení do obou médií.[13] P. stutzeri roste nejlépe v médiích obsahujících 2% NaCl i když může tolerovat slanost nebo obsah soli v rozmezí od 1–5% NaCl.[14] Tato bakterie preferuje neutrální pH, pH 7, ale může růst při pH až 9.[10] P. stutzeri vlastní obojí typ IV pili a polární bičík, obojí mu pomáhá být pohyblivým.[10][15]

Ve vztahu k metabolismus, Všechno Pseudomonas bakterie byly původně považovány za neschopné fixace dusíku.[16] Několik Pseudomonas druhy, včetně P. stutzeriOd té doby však byly objeveny, které prokázaly schopnost fixovat dusík.[16] Ve skutečnosti, když genom z P. stutzeri kmen DSM4166 byl seřazeno, některé odhalily geny pro fixaci dusíku spolu se 42 geny, které kódovaly hlavní části denitrifikačního komplexu.[16] Vědci předpokládají, že geny potřebné k fixaci dusíku byly získány prostřednictvím těchto konkrétních bakteriálních druhů laterální genový přenos.[16]Podobně jako u jiných bakterií uvnitř Pseudomonas rod, P. stutzeri kmeny jsou heterotrofní organismy, které jsou schopné snižování kovy a degradující sloučeniny jako např uhlovodíky.[17] Na rozdíl od jiných bakterií v rodu však P. stutzeri kmeny nejsou fluorescenční.[18]

Podmínky růstu

P. stutzeri kmeny jsou schopné růst na několika různých typech médií, protože mohou používat různá dárci elektronů a akceptory jako palivo pro jejich metabolismus.[17] Bakterie se často využívá organické sloučeniny jako jeho dárci elektronů, z nichž někteří zahrnují: glukóza, laktát, acetát, sukcinát, pyruvát, sacharóza a fumarát.[17] Jako akceptor elektronů P. stutzeri buď použije kyslík, pokud je v aerobní podmínky, nebo dusičnan, pokud je v anaerobní podmínky.[12] Zatímco se ukázalo, že bakterie roste na pevném médiu (jako je želatina a agar ), kapalná média (např dusičnan nebo dusitany médium zdarma), a dokonce i brambory, vykazuje optimální růst na peptonu nebo droždí agar.[10] V aerobním prostředí P. stutzeri může dokonce růst na složitějších médiích, jako je lysogeny a Důvod 2A (R2A) bujóny,[17] přičemž druhý z nich je výrazně užitečný při výběru konkrétních mikrobů kvůli nedostatku bohatých živin.[19] Každé z nejrůznějších médií produkuje své vlastní mírné variace v fenotypy z P. stutzeri kolonie, které jsou výsledkem růstu.[10] Některé z těchto variací zahrnují změny v produkci povrchového filmu nebo hlenu, změny textury (například přidání hřebenů) nebo změny tvaru (například kruhové až polygonální).[10]

Vlastnosti kolonie

Zatímco mikrobiální kolonie z P. stutzeri mohou se měnit na základě toho, na jakém médiu se bakterie pěstuje, existují konzervativní, rozlišitelné vlastnosti, které jsou patrné téměř v každé kolonii tohoto druhu.[10] Při zkoumání na pevném médiu má tato bakterie suché tuhé kolonie, které se drží tak těsně, že je často snazší odstranit celou kolonii, je-li to potřeba, než jen kousek jedné.[10] Barva kolonií je obvykle hnědá, i když se může měnit se změnou média.[12] Tvar každé kolonie napodobuje tvar kráteru, protože vnější okraje jsou zvýšeny a ve středu tvoří prohlubeň.[10] Okraje každé kolonie vyčnívají směrem ven a často umožňují koloniím vzájemný kontakt.[10]

Metabolismus

P. stutzeri je fakultativní anaerobní který využívá respirační metabolismus s terminální akceptory elektronů jako je kyslík a dusík.[6] Při anaerobním růstu organismy v rodu Pseudomonas jsou považovány za modelové organismy pro studium denitrifikace.[20] Kmeny testované společností Stainer a spolupracovníky dokázaly růst a využívat následující substráty: glukonát, D-glukóza, D-maltóza, škrob, glycerol, octan, butyrát, isobutyrát, izovalerát, propionát, fumarát, glutarát, glykolát, glyoxylát, DL-3-hydroxybutyrát, itaconate, DL-laktát, DL-malát, malonát, oxaloacetát, 2-oxoglutarát, pyruvát sukcinát, D-alanin, D-asparagin, L-glutamát, L-glutamin, L-isoleucin, a L-prolin a hydrolýza L-alanin-para-nitroanilidu.[6] D-maltóza, škrob a ethylenglykol jsou zdroje uhlíku, které ostatní běžně nepoužívají pseudomonády jak ukazuje Stainer et. al.

Oxidace thiosíranu

Některé kmeny P. stutzeri je známo, že se používají thiosíran jako zdroj anorganické energie.[6] V roce 1999 Sorokin et. al izoloval a popsal sedm kmenů P. stutzeri kteří byli schopni použít dusitany, dusičnany nebo oxid dusný jako akceptory elektronů v oxidace thiosíranu na tetrathionát za anaerobních podmínek.[21] Oxidace thiosíranu na tetrathionát nemůže podporovat autotrofní růst, protože poskytuje pouze jeden elektron, proto jsou kmeny, které to provádějí, povinné heterotrofy.[21]Oxidace thiosíranu může nastat v přítomnosti nebo nepřítomnosti kyslíku, i když za anaerobních podmínek probíhá mnohem pomaleji.[6]

Oxidace fosfitů a hypofosforitanů

V roce 1998 Metcalf a Wolfe obohatili a izolovali a P. stutzeri kmen WM88, který by mohl oxidovat sloučeniny se sníženým obsahem fosforu, jako např fosfit a fosfornan fosfátovat.[22] K obohacení organismu využívajícího hypofosfity se přidá 0,4% glukózyMOPS médium obsahující 0,5 mM hypofosforitanu bylo použito jako jediný zdroj fosforu s inokulem z různých půdních a vodních prostředí.[22] Konkrétně může kmen WM88 používat fosfit jako svůj jediný zdroj fosforu, když se pěstuje v médiu sukcinát-MOPS.[22] Při anaerobním pěstování vědci ukázali P. stutzeri není schopen provádět oxidaci fosfornanů s nitrátem jako jeho akceptorem elektronů.[22] Oxidace fosforitanu však není ovlivněna za podobných podmínek.[22]

Degradace uhlovodíků

Alifatická degradace uhlovodíků

V roce 1913, kmen P. stutzeri byl jedním z prvních mikroorganismů, které byly identifikovány jako degradátor alkany.[23] V literatuře není mnoho informací o jiných alifatický uhlovodík degradující kmeny P. stutzeri, nicméně kmen KC byl intenzivně studován kvůli jeho potenciálním biotechnologickým aplikacím.[6] Kmen KC byl izolován z vodonosná vrstva a je schopen se transformovat chlorid uhličitý na oxid uhličitý, mravenčan a další méně nebezpečné produkty.[6] Chlorid uhličitý může být znečišťující látkou v půdě a podzemních vodách,[6] a podle Centrum pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC) je schopen způsobit poškození ledvin nebo dokonce smrt u jedinců, kteří jsou mu vystaveni po dlouhou dobu.[24] Pro biotechnologické účely může kmen KC mineralizovat tetrachlormethan, což je užitečné pro in situ sanace zvodnělých vrstev kontaminovaných tetrachlormethanem.[6]

Aromatická degradace uhlovodíků

Aromatické sloučeniny, jako např benzen, jsou považovány za látky znečišťující životní prostředí navzdory jejich přirozené prevalenci v přírodě.[6] Kmen P16 z P. stutzeri je polycyklický aromatický uhlovodík (PAH) degradující bakterie[6] který byl izolován z půdy kontaminované kreosotem pomocí a fenanthren kultura obohacování.[25] Jako jediný zdroj uhlíku a energie je kmen P16 schopen růst pomocí fenanthrenu, fluoren, naftalen, a methylnaftaleny.[26] Ve spojení s aniontovým surfaktantem Tergitol NP10 a fenanthrenem byl kmen P16 navržen jako model pro zkoumání účinků povrchově aktivní látky o biologické dostupnosti nevodných uhlovodíků.[6]

Genomika

Zahrnutí této bakterie do Pseudomonas rod byl potvrzen hybridizací DNA-DNA a srovnáním podobnosti rRNA sekvence.[27] Čtyři rrn operony a počátek replikačního místa byly identifikovány v P. stutzeri.[27] Kmeny P. stutzeri jsou rozděleny do samostatných genomových skupin zvaných genomovary.[27] Koncept genomovar byl použit pro P. stutzeri rozlišit genotypicky podobné kmeny.[6] Dva kmeny P. stutzeri lze klasifikovat do jednoho genomovaru, pokud je podobnost DNA-DNA alespoň ze 70% podobná.[6] Bylo charakterizováno sedm genomovarů a jejich velikosti genomu se pohybují od 3,75 do 4,64 Mbp.[27] Předpokládá se, že tyto rozdíly v genomovarových genomech byly způsobeny chromozomální přesmyky během jeho vývoje.[27]

The Obsah GC genomů P. stutzeri kmeny spadají mezi 60 - 66 mol%.[16][28] P. stutzeri kmen DSM4166 je kmen, který byl studován a prokázáno, že má přesně 61,74% obsah GC kruhový chromozom.[16] I když se zdá, že tento kmen nemá žádné plazmid v koordinaci se svým chromozomem se předpokládá, že kmen má 59 genů tRNA a 4 operony rRNA.[16] Při globálním srovnání genomu mezi více P. stutzeri kmenů, bylo zjištěno, že mnoho z genomových oblastí genomu této bakterie je konzervovaný mezi různými kmeny.[17] Jedním z kmenů, u kterých bylo zjištěno, že se liší, je kmen RCH2.[17] Tento kmen má dalších 244 genů, o nichž se předpokládá, že pomáhají bakterii chemotaxe a při formování obou a pilus a komplex pyruvát / 2-oxoglutarát.[17] Když byl tento kmen sekvenován, bylo zjištěno, že má kruhový chromozom 4,6 Mb a tři plazmidy.[17]

Srovnávací genomová a fylogenomická studie analyzovala 494 úplných genomů z celého Pseudomonas rodu, přičemž 19 z nich je klasifikováno v širším P. stutzeri evoluční skupina [28]. Těchto 19 P. stutzeri genomy kódované mezi 3342–4524 (průměr: 4086) proteinů, přičemž 2080 z nich je sdíleno mezi všemi členy skupiny (základní proteiny) [28].

Ekologie

Původně, P. stutzeri kmeny byly mylně identifikovány s jinými druhy v podobných růstových prostředích kvůli omezením fenotypicky podobných bakterií z Pseudomonas.[6] P. stutzeri se vyskytuje široce v životním prostředí a zabírá rozmanitou škálu ekologické výklenky včetně zjištění, že je oportunistickým patogenem u lidí.[6] Stanoviště a ekologie P. stutzeri jsou rozmanité nejen díky své schopnosti organotrofně nebo anaerobně růst pomocí oxidačního metabolismu, ale také kvůli svým chemolithotropním vlastnostem, odolnosti vůči kovům, širokým zdrojům dusíku, které může používat, a teplotním rozsahem, které podporují jeho růst.[6]

P. stutzeri geny byly nalezeny v rhizosféra oblast půdy, z čehož vyplývá význam této bakterie jako ustalovače dusíku.[29] Tato bakterie byla izolována ze vzorků půdy a mořské vody / sedimentů kontaminovaných ropou.[6] Zatímco většina Pseudomonas kmeny, které byly izolovány z mořského prostředí, jsou po klasifikaci nakonec přeneseny do jiného rodu, P. stutzeri je jedním z mála kmenů, který nemá.[6] Tento kmen splňuje požadavky schopnosti snášet NaCl a nachází se v vodní sloupce v Tichý oceán a sedimenty v Středomoří.[6] Tyto mořské kmeny mají mnoho ekologických rolí, včetně degradace naftalenu, oxidace síry a co je nejdůležitější denitrifikace a diazotrofie (fixace dusíkem).[6] Existují také důkazy o P. stutzeri v čistírnách odpadních vod.[6] ZoBell, AN10, NF13, MT-1 a HTA208 jsou nejvýznamnější kmeny izolované z mořského prostředí a byly nalezeny na místech, jako jsou vodní sloupce v Tichém oceánu, znečištěné středomořské mořské sedimenty, Galapágy se rozcházejí - v blízkosti hydrotermálního průduchu v hloubkách 2 500 metrů a Mariana příkop vzorky na 11 000 metrů.[6] Několik dalších P. stutzeri kmeny byly dokonce nalezeny na jiných místech, jako jsou hnůj, voda v jezírku, vzorky slámy a humusu.[11]

Relevantnost

Zdraví

Několik kmenů Pseudomonas stutzeri Bylo zjištěno, že se chovají oportunisticky patogeny u lidí.[3] Teprve v roce 1973 to však bylo P. stutzeri'Schopnost způsobit infekci se začala stávat předmětem diskuse v odborné literatuře.[30]První známá infekce byla pozorována v kombinaci s trvalou tibiální zlomenina vyžadující chirurgický zákrok.[30] Od té počáteční infekce P. stutzeri byl schopen způsobit infekce u jedinců, kteří mají různé nemoci, včetně: endokarditida, infekce kostí, očí, kůže nebo močové cesty, meningitida, zápal plic, artritida a několik dalších.[3] Někteří pacienti mají dokonce zdravotní stav tak závažný jako nádory, infikované kloubní dutiny a zhroucené plíce.[11] Mezi infikovanými P. stutzeri kmeny byly izolovány z krve, výkalů, mozková mícha, uši, oči a orgánové systémy (např respirační a močové).[11] Když jsou u infikovaných pacientů objeveny kmeny této bakterie, jsou často doprovázeny dalšími patogenními mikroby.[11]

Zatímco P. stutzeri způsobil četné infekce, protože byl objeven, způsobil několik úmrtí, což je mnohem nižší virulence hodnocení ve vztahu k ostatním Pseudomonas druhy, jako např Pseudomonas aeruginosa.[6] Přes nedostatek hlavní virulence však tato bakterie stále představuje hrozbu pro lidské zdraví, protože obsahuje řadu odolnost proti antibiotikům mechanismy.[3] Ve skutečnosti, P. stutzeri má tolik mechanismů rezistence, které jsou odolné vůči antibiotikům P. stutzeri kmeny byly objeveny a izolovány téměř pro každou rodinu antibiotik kromě fluorochinolony.[31] Některé z více studovaných mechanismů rezistence zahrnují: využití beta-laktamázy, které jsou schopné štěpit peniciliny, cefalosporiny a další třídy antibiotik a schopnost měnit se lipopolysacharid a proteinové komponenty vnější membrány.[32] Aby se získala rezistence na fluorochinolony, mutace v gyrA (gyráza gen) a parC(topoizomeráza IV gen) jsou často potřebné, mutace, které nejsou tak běžné.[31] Pouze jeden kmen P. stutzeriBylo zjištěno, že kmen 13 má mutace, které mu umožňují být rezistentní na fluorochinolony.[31] Důvod P. stutzeri kmeny ve srovnání s ostatními méně znepokojují významnou rezistenci na antibiotika Pseudomonas kmeny, jako P. aeruginosa, je pravděpodobné, že v důsledku toho jsou kmeny méně časté klinický prostředí a tedy méně často vystaveni působení antibiotik.[31]

Životní prostředí

Některé kmeny P. stutzeri jsou schopni se sdružovat s znečišťující látky a toxické kovy, jako např biocidy a deriváty oleje takovým způsobem, který umožňuje bakterii podporovat degradaci těchto látek.[6] Jiné kmeny této bakterie mají metabolické schopnosti, jako je cyklování kovů, které umožňují konzervaci základních kovů, jako jsou měď a žehlička a odbourávání toxických kovů, jako jsou uran a Vést.[6] Jeden konkrétní kmen P. stutzeri, kmen RCH2, je v současné době studován jako potenciální nástroj pro bioremediace zásob půdy a vody, protože prokázal schopnost snižovat šestimocný chrom koncentrace v oblastech, kde je tato znečišťující látka vysoká.[17] Několik dalších P. stutzeri kmeny, jako je kmen A15, prokázaly schopnost redukovat atmosférický dusík takže jsou prozkoumávány jako látky, které pomáhají zvyšovat růst rostlin.[33] Tyto kmeny jsou konkrétně studovány pro použití v rostlinách rýže, protože bylo prokázáno, že přirozeně infikují a obývají kořeny těchto rostlin.[33] Tím, že žijeme v kořenech, P. stutzeri je schopen dodávat rostlinám přímo redukované sloučeniny dusíku, které produkují.[6]

Mikrobiologické

Několik různých kmenů P. stutzeri bylo shledáno kompetentním pro přirozená genetická transformace.[34] Četnost transformace mezi jednotlivci stejné P. stutzeri kmen je obvykle vysoký.[34] Mezi jednotlivci různých kmenů nebo mezi P. stutzeri kmeny a další Pseudomonas u druhů je však frekvence transformace obvykle značně snížena.[34] Kompletní genomová sekvence vysoce transformovatelná P. stutzeri kmen, kmen 28a24, byl stanoven a je k dispozici pro pozorování.[35]

Reference

  1. ^ Lehmann KB, Neumann R (1896). Atlas und Grundriss der Bakteriologie und Lehrbuch der speziellen bakteriologischen Diagnostik. Mnichov: Lehmann. doi:10,5962 / bhl.titul.117384.
  2. ^ Sijderius R (1946). Heterotrophe bakterien, die thiosulfaat oxydeeren (Disertační práce). University Amsterdam. s. 1–146.
  3. ^ A b C d E Park SW, Back JH, Lee SW, Song JH, Shin CH, Kim GE, Kim MJ (červen 2013). „Úspěšná antibiotická léčba peritonitidy vyvolané Pseudomonas stutzeri bez odstranění katetru peritoneální dialýzou při kontinuální ambulantní peritoneální dialýze“. Výzkum ledvin a klinická praxe. 32 (2): 81–3. doi:10.1016 / j.krcp.2013.04.004. PMC  4713909. PMID  26877919.
  4. ^ Spires AJ, Buckling A, Rainey PB (říjen 2000). „Příčiny rozmanitosti Pseudomonas“. Mikrobiologie. 146 (Pt 10) (10): 2345–2350. doi:10.1099/00221287-146-10-2345. PMID  11021911.
  5. ^ Anzai Y, Kim H, Park JY, Wakabayashi H, Oyaizu H (červenec 2000). "Fylogenetická příslušnost pseudomonád na základě 16S rRNA sekvence". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4 (4): 1563–1589. doi:10.1099/00207713-50-4-1563. PMID  10939664.
  6. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát Lalucat J, Bennasar A, Bosch R, García-Valdés E, Palleroni NJ (červen 2006). "Biology of Pseudomonas stutzeri". Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 70 (2): 510–47. doi:10.1128 / MMBR.00047-05. PMC  1489536. PMID  16760312.
  7. ^ Bennasar A, Rosselló-Mora R, Lalucat J, Moore ER (leden 1996). „Analýza sekvence genu 16S rRNA ve vztahu k genomovarům Pseudomonas stutzeri a návrh Pseudomonas balearica sp. Nov“. International Journal of Systematic Bacteriology. 46 (1): 200–5. doi:10.1099/00207713-46-1-200. PMID  8573496.
  8. ^ Wayne LG, Brenner DJ, Colwell RR, Grimont PA, Kandler O, Krichevsky MI a kol. (1987). „Zpráva ad hoc výboru o sladění přístupů k bakteriální systematice“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 37 (4): 463–464. doi:10.1099/00207713-37-4-463.
  9. ^ Burri R, Stutzer A (1895). „Ueber Nitrat zersto¨rende Bakterien und den durch dieselben bedingten Stickstoffverlust“. Zentbl. Bakteriol. Parasitenkd. Abt. II. 1: 257–265, 350–364, 392–398, 422–432.
  10. ^ A b C d E F G h i j k l m Van Niel CB, Allen MB (1952). „Poznámka k Pseudomonas Stutzeri“. Journal of Bacteriology. 64 (3): 413–422. doi:10.1128 / jb.64.3.413-422.1952. ISSN  0021-9193.
  11. ^ A b C d E Lapage SP, Hill LR, Reeve JD (listopad 1968). "Pseudomonas stutzeri v patologickém materiálu". Journal of Medical Microbiology. 1 (2): 195–202. doi:10.1099/00222615-1-2-195. PMID  5747915.
  12. ^ A b C d Stanier RY, Palleroni NJ, Doudoroff M (květen 1966). „Aerobní pseudomonády: taxonomická studie“. Journal of General Microbiology. 43 (2): 159–271. doi:10.1099/00221287-43-2-159. PMID  5963505.
  13. ^ A b C d Sommer M, Xie H, Michel H (září 2017). „Pseudomonas stutzeri jako alternativní hostitel pro membránové proteiny“. Továrny na mikrobiální buňky. 16 (1): 157. doi:10.1186 / s12934-017-0771-0. PMC  5607611. PMID  28931397.
  14. ^ Seip B, Galinski EA, Kurz M (únor 2011). „Přirozená a inženýrská produkce hydroxyektoinu založená na genovém klastru Pseudomonas stutzeri ectABCD-ask“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 77 (4): 1368–74. doi:10.1128 / AEM.02124-10. PMC  3067233. PMID  21169432.
  15. ^ Graupner S, Wackernagel W (duben 2001). „Pseudomonas stutzeri má dva úzce související geny pilA (strukturní protein pilus typu IV) s opačnými vlivy na přirozenou genetickou transformaci“. Journal of Bacteriology. 183 (7): 2359–66. doi:10.1128 / JB.183.7.2359-2366.2001. PMC  95145. PMID  11244078.
  16. ^ A b C d E F G Yu H, Yuan M, Lu W, Yang J, Dai S, Li Q a kol. (Červenec 2011). „Kompletní genomová sekvence bakterie Pseudomonas stutzeri kmene DSM4166 vázající dusík a rhizosféry“. Journal of Bacteriology. 193 (13): 3422–3. doi:10.1128 / jb.05039-11. PMC  3133286. PMID  21515765.
  17. ^ A b C d E F G h i Chakraborty R, Woo H, Dehal P, Walker R, Zemla M, Auer M a kol. (2017). „Pseudomonas stutzeri kmen RCH2 izolovaný z místa kontaminovaného šestimocným chromem [Cr (VI)]“. Standardy v genomických vědách. 12 (1): 23. doi:10.1186 / s40793-017-0233-7. PMC  5299692. PMID  28194258.
  18. ^ Chakraborty R, Braun V, Hantke K, Cornelis P (2013). Příjem železa v bakteriích s důrazem na E. coli a Pseudomonas. Dordrecht: Springer.
  19. ^ Reasoner DJ, Geldreich EE (leden 1985). „Nové médium pro stanovení počtu a subkulturu bakterií z pitné vody“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 49 (1): 1–7. doi:10.1128 / AEM.49.1.1-7.1985. PMC  238333. PMID  3883894.
  20. ^ Zumft WG (1997). "Buněčná biologie a molekulární základ denitrifikace". Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 61 (4): 533–616. doi:10.1128/.61.4.533-616.1997. PMC  232623. PMID  9409151.
  21. ^ A b Sorokin DY, Teske A, Robertson LA, Kuenen JG (říjen 1999). „Anaerobní oxidace thiosíranu na tetrathionát obligátně heterotrofními bakteriemi, patřícími do skupiny Pseudomonas stutzeri“. Ekologie mikrobiologie FEMS. 30 (2): 113–123. doi:10.1111 / j.1574-6941.1999.tb00640.x. PMID  10508936.
  22. ^ A b C d E Metcalf WW, Wolfe RS (listopad 1998). "Molekulárně genetická analýza oxidace fosfitů a hypofosforitanů Pseudomonas stutzeri WM88". Journal of Bacteriology. 180 (21): 5547–58. doi:10.1128 / JB.180.21.5547-5558.1998. PMC  107611. PMID  9791102.
  23. ^ Söhngen NL (1913). „Benzin, petroleum, paraffinöl und paraffin als kohlenstoff-und energiequelle für mikroben“. Zentralbl. Bacteriol. Parasitenk. 37: 595–609.
  24. ^ „Tetrachlormethan“.
  25. ^ Stringfellow WT, Aitken MD (červen 1994). "Srovnávací fyziologie degradace fenanthrenu dvěma odlišnými pseudomonádami izolovanými z půdy kontaminované kreosotem". Canadian Journal of Microbiology. 40 (6): 432–8. doi:10,1139 / m94-071. PMID  8050063.
  26. ^ Stringfellow WT, Aitken MD (leden 1995). „Konkurenční metabolismus naftalenu, methylnaftalenů a fluorenu pseudomonády degradujícími fenantren“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 61 (1): 357–62. doi:10.1128 / AEM.61.1.357-362.1995. PMC  167289. PMID  7887615.
  27. ^ A b C d E Ginard M, Lalucat J, Tümmler B, Römling U (leden 1997). „Organizace genomu Pseudomonas stutzeri a výsledné taxonomické a evoluční úvahy“. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (1): 132–43. doi:10.1099/00207713-47-1-132. PMID  8995815.
  28. ^ A b C Nikolaidis, Marios; Mossialos, Dimitris; Oliver, Stephen G .; Amoutzias, Grigorios D. (2020-07-24). „Srovnávací analýza hlavních proteinů mezi hlavními evolučními skupinami Pseudomonas odhaluje druhově specifické adaptace pro Pseudomonas aeruginosa a Pseudomonas chlororaphis“. Rozmanitost. 12 (8): 289. doi:10,3390 / d12080289. ISSN  1424-2818.
  29. ^ Demba Diallo M, Willems A, Vloemans N, Cousin S, Vandekerckhove TT, de Lajudie P a kol. (Duben 2004). „Polymerázová řetězová reakce denaturační gradientová gelová elektroforéza s analýzou bakteriální diverzity fixující N2 v půdě pod Acacia tortilis ssp. Raddiana a Balanites aegyptiaca v suché oblasti Senegalu“. Mikrobiologie prostředí. 6 (4): 400–15. doi:10.1111 / j.1462-2920.2004.00577.x. PMID  15008817.
  30. ^ A b Gilardi GL, Mankin HJ (prosinec 1973). "Infekce způsobená Pseudomonas stutzeri". New York State Journal of Medicine. 73 (23): 2789–91. PMID  4520361.
  31. ^ A b C d Rodríguez-Martínez JM, Poirel L, Al Naiemi N, Debets-Ossenkopp YJ, Nordmann P (únor 2010). "Charakterizace rezistence na fluorochinolony v klinickém izolátu Pseudomonas stutzeri". The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 65 (2): 366–7. doi:10.1093 / jac / dkp441. PMID  20008448.
  32. ^ Tattawasart U, Maillard JY, Furr JR, Russell AD (červenec 1999). „Vývoj rezistence na chlorhexidin-diacetát a cetylpyridiniumchlorid u Pseudomonas stutzeri a změny citlivosti na antibiotika“. The Journal of Hospital Infection. 42 (3): 219–29. doi:10.1053 / jhin.1999.0591. PMID  10439995.
  33. ^ A b Desnoues N, Lin M, Guo X, Ma L, Carreño-Lopez R, Elmerich C (srpen 2003). "Genetika a regulace fixace dusíku u kmene Pseudomonas stutzeri spojená s rýží". Mikrobiologie. 149 (Pt 8): 2251–2262. doi:10.1099 / mic.0.26270-0. PMID  12904565.
  34. ^ A b C Lorenz MG, Sikorski J (prosinec 2000). „Potenciál vnitrodruhové horizontální genové výměny přirozenou genetickou transformací: sexuální izolace mezi genomovary Pseudomonas stutzeri“. Mikrobiologie. 146 Pt 12: 3081–3090. doi:10.1099/00221287-146-12-3081. PMID  11101666.
  35. ^ Smith BA, Dougherty KM, Baltrus DA (červen 2014). „Complete Genome Sequence of the Highly Transformable Pseudomonas stutzeri Strain 28a24“. Oznámení o genomu. 2 (3). doi:10.1128 / genomea.00543-14. PMC  4047452. PMID  24903873.

externí odkazy