BacDive - BacDive

BacDive
Logo BacDive.png
Obsah
Popisinformace o bakteriální a archaeal kmeny
Typy dat
zajat		metadata
Kontakt
Výzkumné centrumLeibniz Institute DSMZ - Německá sbírka mikroorganismů a buněčných kultur GmbH
Primární citacePMID  26424852
Datum vydání2012
Přístup
webová stránkahttp://bacdive.dsmz.de/
webová služba URLhttp://bacdive.dsmz.de/api/

BacPotápět (metadatabáze bakteriální rozmanitosti) je bakteriální metadatabáze který poskytuje informace spojené s kmenem bakteriální a archaeal biologická rozmanitost.

Úvod

BacPotápět je zdrojem pro různé druhy metadat, jako je taxonomie, morfologie, fyziologie, prostředí a molekulární biologie.[1][2][3][4][5][6]Většina dat je ručně anotována a kurátorována. S vydáním v červenci 2018 BacPotápět nabízí informace o 63 669 kmenech.[7]Hostitelem databáze je Leibniz Institute DSMZ - Německá sbírka mikroorganismů a buněčných kultur GmbH a je součástí de. NBI Německá síť pro bioinformatickou infrastrukturu.

Obsah a funkce

Databáze

Vydání databáze z července 2018 zahrnovalo více než 600 různých datových polí rozdělených do kategorií „Název a taxonomická klasifikace“, „Morfologie a fyziologie“, „Podmínky kultury a růstu“, „Izolace, vzorkování a informace o životním prostředí“. „Aplikace a interakce“, „Molekulární biologie“ a „Dostupnost kmenů“. Databáze obsahovala 712 958 záznamů, spojených s příslušným kmenem a referencí.[7]Data jsou získávána z interních popisů kulturních sbírek, odborně sestavených kompendií o kmenech a primární vědecké literatury.

Přístup k datům

K datům lze přistupovat buď prostřednictvím a GUI nebo prostřednictvím RESTful webová služba. Pomocí grafického uživatelského rozhraní si uživatel může vybrat mezi jednoduchým vyhledáváním v hlavních polích, jako je taxonomie nebo ID kmene, nebo může použít pokročilé vyhledávání, které umožňuje vyhledávání ve 130 datových polích a dává příležitost složitým dotazům kombinací několika polí . Data lze stáhnout v PDF formátu (pro jednotlivé kmeny) nebo v CSV formát pro větší soubory dat (pro více kmenů). Přes portál webových služeb nejen BacPotápět obsah, ale také seznam referencí taxonů Prokaryotická nomenklatura aktuální lze přistupovat.

Další databáze

Pro data, která jsou mimo zaměření BacPotápět, jsou poskytovány odkazy na jiné databáze, které poskytují data spojená s kmenem:

Reference

  1. ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13. října 2013). „BacPotápět - Metadatabáze bakteriální rozmanitosti “. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D592 – D599. doi:10.1093 / nar / gkt1058. PMC  3965005. PMID  24214959.
  2. ^ Fernández-Suárez, X. M .; Rigden, D. J .; Galperin, M. Y. (5. prosince 2013). „Vydání databáze pro výzkum nukleových kyselin v roce 2014 a aktualizovaná online sbírka databází molekulární biologie NAR“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D1 – D6. doi:10.1093 / nar / gkt1282. PMC  3965027. PMID  24316579.
  3. ^ Laboratoř Cohan (23. října 2015). „Databáze bakteriální diverzity BacDive společnosti DSMZ“.
  4. ^ Abu-Jamous, Basilej; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrativní klastrová analýza v bioinformatice. John Wiley & Sons. p. 448. ISBN  9781118906552.
  5. ^ Zhulin, I. B. (1. srpna 2015). „Databáze pro mikrobiology“. Journal of Bacteriology. 197 (15): 2458–2467. doi:10.1128 / JB.00330-15. PMC  4505447. PMID  26013493.
  6. ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininová, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30. září 2015). „BacPotápět - Metadatabáze bakteriální rozmanitosti v roce 2016 “. Výzkum nukleových kyselin. 44 (Problém s databází): D581 – D585. doi:10.1093 / nar / gkv983. PMC  4702946. PMID  26424852.
  7. ^ A b Reimer, LC; Vetcininová, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (17. září 2018). „BacPotápět v roce 2019: bakteriální fenotypová data pro vysoce výkonnou analýzu biologické rozmanitosti “. Výzkum nukleových kyselin. 47 (Problém s databází): D631 – D636. doi:10.1093 / nar / gky879. PMC  6323973. PMID  30256983.

externí odkazy