PSME1 - PSME1

PSME1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1AVO
Identifikátory
Aliasy	PSME1, IFI5111, PA28A, PA28alpha, REGalpha, HEL-S-129m, podjednotka aktivátoru proteazomu 1
Externí ID	OMIM: 600654 MGI: 1096367 HomoloGene: 4560 Genové karty: PSME1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 14 (lidský)
Konec	24,138,967 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita aktivátoru endopeptidázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny;
Buněčná složka	• komplex proteazomu; • cytoplazma; • nukleoplazma; • komplex aktivátoru proteazomu; • cytosol; • extracelulární exosom;
Biologický proces	• signální dráha zprostředkovaná faktorem nekrózy nádorů; • polyubikvitinace bílkovin; • Signální dráha receptoru T buněk; • pozitivní regulace kanonické signální dráhy Wnt; • komplexně závislý katabolický proces podporující anafázu; • regulace katabolického procesu proteinu proteinu; • regulace přechodu G1 / S mitotického buněčného cyklu; • regulace stability mRNA; • zpracování antigenu a prezentace exogenního peptidového antigenu prostřednictvím MHC třídy I, TAP-dependentní; • zpracování antigenu a prezentace exogenního antigenu; • regulace buněčného metabolismu aminokyselin; • Signalizace NIK / NF-kappaB; • Signální dráha receptoru Fc-epsilon; • negativní regulace kanonické signální dráhy Wnt; • Kaskáda MAPK; • stimulační signální dráha lektinového receptoru typu C; • pozitivní regulace aktivity endopeptidázy; • proteazomem zprostředkovaný katabolický proces proteinu závislý na ubikvitinu; • Signální dráha Wnt, dráha polarity planárních buněk; • negativní regulace přechodu G2 / M mitotického buněčného cyklu; • deubikvitinace bílkovin; • SCF-závislý proteazomální ubikvitin-dependentní proteinový katabolický proces; • transmembránová doprava; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II v reakci na hypoxii; • posttranslační modifikace; • regulace diferenciace hematopoetických kmenových buněk; • interleukin-1 zprostředkovaná signální dráha; • regulace fázového přechodu mitotického buněčného cyklu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	5720
	19186
	ENSG00000092010; ENSG00000284916
	ENSMUSG00000022216
	Q06323
	P97371
	NM_176783; NM_001281528; NM_001281529; NM_006263
	NM_011189
	NP_001268457; NP_001268458; NP_006254; NP_788955
	NP_035319
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Podjednotka komplexu aktivátor proteazomu 1 je protein že u lidí je kódován PSME1 gen.^[4]^[5]

Funkce

Proteasom 26S je multikatalytický proteinázový komplex s vysoce uspořádanou strukturou složenou ze 2 komplexů, jádra 20S a regulátoru 19S. Jádro 20S se skládá ze 4 kruhů po 28 neidentických podjednotkách; 2 kruhy se skládají ze 7 alfa podjednotek a 2 kruhy se skládají ze 7 beta podjednotek. Regulátor 19S se skládá ze základny, která obsahuje 6 podjednotek ATPázy a 2 podjednotky jiné než ATPázy, a víka, které obsahuje až 10 podjednotek jiných než ATPázy. Proteazomy jsou distribuovány v eukaryotických buňkách při vysoké koncentraci a štěpí peptidy procesem závislým na ATP / ubikvitinu nelyzozomální cestou. Základní funkcí modifikovaného proteazomu, imunoproteasomu, je zpracování MHC peptidů I. třídy. Imunoproteasom obsahuje alternativní regulátor, označovaný jako regulátor 11S nebo PA28, který nahrazuje regulátor 19S. Byly identifikovány tři podjednotky (alfa, beta a gama) regulátoru 11S. Tento gen kóduje alfa podjednotku regulátoru 11S, jednu ze dvou podjednotek 11S, která je indukována gama-interferonem. Tři alfa a tři beta podjednotky se spojí a vytvoří heterohexamerický kruh. Byly identifikovány dva přepisy kódující různé izoformy.^[5]

Interakce

PSME1 bylo prokázáno komunikovat s:

Emerin^[6] a
PSME2.^[7]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000284916 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000092010, ENSG00000284916 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Honoré B, Leffers H, Madsen P, Celis JE (únor 1994). „Interferon-gama reguluje jedinečnou sadu proteinů v lidských keratinocytech. Molekulární klonování a exprese cDNA kódující protein IGUP 1-5111 obsahující RGD sekvenci“. Eur J Biochem. 218 (2): 421–30. doi:10.1111 / j.1432-1033.1993.tb18392.x. PMID 8269930.
^ ^A ^b „Entrez Gene: PSME1 proteazom (prosom, makropain) aktivátor podjednotka 1 (PA28 alfa)“.
^ Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (červen 2003). „Emerin interaguje in vitro s faktorem spojeným se sestřihem, YT521-B“. Eur. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID 12755701.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514.
^ Ahn K, Erlander M, Leturcq D, Peterson PA, Früh K, Yang Y (červenec 1996). "In vivo charakterizace regulátoru proteazomu PA28". J. Biol. Chem. 271 (30): 18237–42. doi:10.1074 / jbc.271.30.18237. PMID 8663520.

Další čtení

Coux O, Tanaka K, Goldberg AL (1996). "Struktura a funkce proteazomů 20S a 26S". Annu. Biochem. 65: 801–47. doi:10.1146 / annurev.bi.65.070196.004101. PMID 8811196.
Sijts A, Sun Y, Janek K, Kral S, Paschen A, Schadendorf D, Kloetzel PM (2002). "Role proteazomového aktivátoru PA28 při zpracování antigenu MHC třídy I". Mol. Immunol. 39 (3–4): 165–9. doi:10.1016 / S0161-5890 (02) 00099-8. PMID 12200048.
Goff SP (2003). „Smrt deaminací: nový systém omezení hostitele pro HIV-1“. Buňka. 114 (3): 281–3. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00602-0. PMID 12914693.
Rasmussen HH, van Damme J, Puype M, Gesser B, Celis JE, Vandekerckhove J (1993). „Mikrosekvence 145 proteinů zaznamenané v databázi dvourozměrných gelových proteinů normálních lidských epidermálních keratinocytů“. Elektroforéza. 13 (12): 960–9. doi:10,1002 / elps.11501301199. PMID 1286667.
Ahn JY, Tanahashi N, Akiyama K, Hisamatsu H, Noda C, Tanaka K, Chung CH, Shibmara N, Willy PJ, Mott JD (1995). „Primární struktury dvou homologních podjednotek PA28, aktivátoru proteinu indukovatelného gama interferonem proteasomu 20S“. FEBS Lett. 366 (1): 37–42. doi:10.1016 / 0014-5793 (95) 00492-R. PMID 7789512.
Realini C, Dubiel W, Pratt G, Ferrell K, Rechsteiner M (1994). „Molekulární klonování a exprese aktivátoru indukovaného gama-interferonem multikatalytické proteázy“. J. Biol. Chem. 269 (32): 20727–32. PMID 8051173.
Ahn K, Erlander M, Leturcq D, Peterson PA, Früh K, Yang Y (1996). "In vivo charakterizace regulátoru proteazomu PA28". J. Biol. Chem. 271 (30): 18237–42. doi:10.1074 / jbc.271.30.18237. PMID 8663520.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Seeger M, Ferrell K, Frank R, Dubiel W (1997). „HIV-1 tat inhibuje proteasom 20 S a jeho aktivaci zprostředkovanou regulátorem 11 S“. J. Biol. Chem. 272 (13): 8145–8148. doi:10.1074 / jbc.272.13.8145. PMID 9079628.
Soza A, Knuehl C, Groettrup M, Henklein P, Tanaka K, Kloetzel PM (1997). "Exprese a subcelulární lokalizace komplexu aktivátoru PA 20S proteazomu PA28". FEBS Lett. 413 (1): 27–34. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 00864-8. PMID 9287111.
McCusker D, Jones T, Sheer D, Trowsdale J (1998). "Genetické vztahy genů kódujících lidské podjednotky proteazomu beta a komplex proteazomu PA28". Genomika. 45 (2): 362–7. doi:10.1006 / geno.1997.4948. PMID 9344661.
Johnston SC, Whitby FG, Realini C, Rechsteiner M, Hill CP (1998). „Podjednotka regulátoru proteazomu 11S REG alfa (PA28 alfa) je heptamer“. Protein Sci. 6 (11): 2469–73. doi:10.1002 / pro.5560061123. PMC 2143584. PMID 9385652.
Wang X, Omura S, Szweda LI, Yang Y, Bérard J, Seminaro J, Wu J (1998). "Rapamycin inhibuje expresi aktivátoru proteazomu a aktivitu proteazomu". Eur. J. Immunol. 27 (11): 2781–6. doi:10.1002 / eji.1830271106. PMID 9394799.
Knowlton JR, Johnston SC, Whitby FG, Realini C, Zhang Z, Rechsteiner M, Hill CP (1998). "Struktura aktivátoru proteazomu REGalpha (PA28alpha)". Příroda. 390 (6660): 639–43. Bibcode:1997 Natur.390..639K. doi:10.1038/37670. PMID 9403698.
Kohda K, Ishibashi T, Shimbara N, Tanaka K, Matsuda Y, Kasahara M (1998). „Charakterizace rodiny komplexu genů myšího aktivátoru PA28: kompletní organizace tříčlenných genů a fyzická mapa přibližně 150 kb oblasti obsahující geny alfa- a beta-podjednotky“. J. Immunol. 160 (10): 4923–35. PMID 9590240.
Madani N, Kabat D (1998). „Endogenní inhibitor viru lidské imunodeficience v lidských lymfocytech je překonán virovým proteinem Vif“. J. Virol. 72 (12): 10251–5. PMC 110608. PMID 9811770.
Simon JH, Gaddis NC, Fouchier RA, Malim MH (1998). "Důkaz pro nově objevený buněčný fenotyp anti-HIV-1". Nat. Med. 4 (12): 1397–400. doi:10.1038/3987. PMID 9846577.
McCusker D, Wilson M, Trowsdale J (1999). "Organizace genů kódujících lidské aktivátory proteazomu PA28alpha a beta". Imunogenetika. 49 (5): 438–45. doi:10,1007 / s002510050517. PMID 10199920.

Tento článek o gen na lidský chromozom 14 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000284916 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000092010, ENSG00000284916 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8269930-4] Honoré B, Leffers H, Madsen P, Celis JE (únor 1994). „Interferon-gama reguluje jedinečnou sadu proteinů v lidských keratinocytech. Molekulární klonování a exprese cDNA kódující protein IGUP 1-5111 obsahující RGD sekvenci“. Eur J Biochem. 218 (2): 421–30. doi:10.1111 / j.1432-1033.1993.tb18392.x. PMID 8269930.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: PSME1 proteazom (prosom, makropain) aktivátor podjednotka 1 (PA28 alfa)“.

[pmid12755701-6] Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (červen 2003). „Emerin interaguje in vitro s faktorem spojeným se sestřihem, YT521-B“. Eur. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID 12755701.

[pmid16189514-7] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514.

[pmid8663520-8] Ahn K, Erlander M, Leturcq D, Peterson PA, Früh K, Yang Y (červenec 1996). "In vivo charakterizace regulátoru proteazomu PA28". J. Biol. Chem. 271 (30): 18237–42. doi:10.1074 / jbc.271.30.18237. PMID 8663520.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

Komplex proteazomové endopeptidázy podjednotky (ES 3.4.25.1)
A (alfa podjednotky)	PSMA1 PSMA2 PSMA3 PSMA4 PSMA5 PSMA6 PSMA7 PSMA8
B (beta podjednotky)	PSMB1 PSMB2 PSMB3 PSMB4 PSMB5 PSMB6 PSMB7 PSMB8 PSMB9 PSMB10
C (ATPázy)	PSMC1 PSMC2 PSMC3 PSMC4 PSMC5 PSMC6
D (jiné než ATPázy)	PSMD1 PSMD2 PSMD3 PSMD4 PSMD5 PSMD6 PSMD7 PSMD8 PSMD9 PSMD10 PSMD11 PSMD12 PSMD13 PSMD14
E (aktivační podjednotky)	PSME1 PSME2 PSME3 PSME4
F (inhibiční podjednotka)	PSMF1