TAF11 - TAF11

Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

TAFII28
	Htafii18 / htafii28 heterodimerová krystalová struktura s vázanými pcmbs
Identifikátory
Symbol	TAFII28
Pfam	PF04719
Pfam klan	CL0012
InterPro	IPR006809
SCOP2	1bh9 / Rozsah / SUPFAM
Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

TAF11
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1BH8, 1BH9
Identifikátory
Aliasy	TAF11, MGC: 15243, TAF2I, TAFII28, PRO2134, faktor 11 související s proteinem vázajícím se na TATA box
Externí ID	OMIM: 600772 MGI: 1916026 HomoloGene: 55918 Genové karty: TAF11
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 6 (lidský)
Konec	34,888,071 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 17 (myš)
Konec	27,909,844 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita heterodimerizace proteinu; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba na receptory vitaminu D.; • vazba N-konce proteinu; • vazba na receptory hormonů štítné žlázy; • Vazba DNA; • vazba transkripčního faktoru;
Buněčná složka	• Golgiho aparát; • transkripční faktor TFIID komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• Sestava transkripčního preiniciačního komplexu RNA polymeráza II; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace hostitelem virové transkripce; • transkripce, chráněná DNA; • transkripce snRNA z promotoru RNA polymerázy II; • regulace přenosu signálu mediátorem třídy p53; • pozitivní regulace transkripce templátované nukleovou kyselinou;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6882
	68776
	ENSG00000064995
	ENSMUSG00000024218
	Q15544
	Q99JX1
	NM_001270488; NM_005643
	NM_026836; NM_001379368
	NP_001257417; NP_005634
	NP_081112; NP_001366297
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor iniciace transkripce TFIID podjednotka 11 také známý jako TAFII28, je a protein že u lidí je kódován TAF11 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Zahájení transkripce RNA polymerázou II vyžaduje aktivity více než 70 polypeptidů. Protein, který koordinuje tyto aktivity, je transkripční faktor IID (TFIID), který se váže na promotor jádra, aby správně umístil polymerázu, slouží jako kostra pro sestavení zbytku transkripčního komplexu a působí jako kanál pro regulační signály. TFIID se skládá z proteinu vázajícího TATA (TBP) a skupiny evolučně konzervovaných proteinů známých jako faktory spojené s TBP nebo TAF. TAF se mohou účastnit bazální transkripce, sloužit jako koaktivátory, fungovat při rozpoznávání promotoru nebo modifikovat obecné transkripční faktory (GTF), aby se usnadnilo složité sestavení a zahájení transkripce. Tento gen kóduje malou podjednotku TFIID, která je přítomna ve všech komplexech TFIID a interaguje s TBP. Tato podjednotka také interaguje s jinou malou podjednotkou TAF13 za vzniku heterodimeru se strukturou podobnou struktuře histonového jádra.^[7]

V molekulární biologii TAFII28 Odkazuje na TATA box faktor spojený s vazebným proteinem. Spolu s proteinem vázajícím TATA a dalšími TAF tvoří obecný transkripce faktor, TFIID. Společně se účastní shromáždění transkripce preiniciace komplex. The konzervovaný region se nachází na C konci většiny členů bílkoviny.

Struktura

The Krystalická struktura hTAFII28 s hTAFII18 ukazuje, že tato oblast je zapojena do vazba z těchto dvou podjednotky. The konzervovaný oblast obsahuje čtyři alfa helixy a tři smyčky uspořádány jako v histon H3.^[5]^[8]

Interakce

Bylo prokázáno, že TAF11 komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000064995 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024218 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b ^C ^d Mengus G, květen M, Jacq X, Staub A, Tora L, Chambon P, Davidson I (květen 1995). "Klonování a charakterizace hTAFII18, hTAFII20 a hTAFII28: tři podjednotky lidského transkripčního faktoru TFIID". EMBO J.. 14 (7): 1520–31. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07138.x. PMC 398239. PMID 7729427.
^ Kuzuhara T, Horikoshi M (listopad 1996). „Izolace a charakterizace cDNA kódující lidskou podjednotku TFIID obsahující celou řadu domnělých strukturálních motivů včetně přímých repetic“. Biol. Pharm. Býk. 19 (1): 122–6. doi:10,1248 / bpb.19,122. PMID 8820923.
^ ^A ^b „Entrez Gene: TAF11 TAF11 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím se na TATA box (TBP), 28 kDa“.
^ ^A ^b Birck C, Poch O, Romier C, Ruff M, Mengus G, Lavigne AC, Davidson I, Moras D (červenec 1998). „Lidský TAF (II) 28 a TAF (II) 18 interagují histonovým záhybem kódovaným atypickými evolučními konzervativními motivy, které se také nacházejí v rodině SPT3“. Buňka. 94 (2): 239–49. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81423-3. PMID 9695952. S2CID 6274415.
^ ^A ^b ^C Scully R, Anderson SF, Chao DM, Wei W, Ye L, Young RA, Livingston DM, Parvin JD (květen 1997). „BRCA1 je složkou holoenzymu RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (11): 5605–10. doi:10.1073 / pnas.94.11.5605. PMC 20825. PMID 9159119.
^ Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (březen 1998). „EWS, ale ne EWS-FLI-1, je spojován s TFIID i RNA polymerázou II: interakce mezi dvěma členy rodiny TET, EWS a hTAFII68, a podjednotkami komplexů TFIID a RNA polymerázy II“. Mol. Buňka. Biol. 18 (3): 1489–97. doi:10.1128 / mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.
^ Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (červen 1997). „CCAAT vazebné interakce NF-Y-TBP: NF-YB a NF-YC vyžadují krátké domény sousedící s jejich histonovými skládacími motivy pro asociaci s TBP bazickými zbytky“. Nucleic Acids Res. 25 (11): 2174–81. doi:10.1093 / nar / 25.11.2174. PMC 146709. PMID 9153318.
^ May M, Mengus G, Lavigne AC, Chambon P, Davidson I (červen 1996). „Lidský TAF (II28) podporuje transkripční stimulaci aktivační funkcí 2 retinoidních X receptorů“. EMBO J.. 15 (12): 3093–104. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00672.x. PMC 450252. PMID 8670810.

Další čtení

Zhou Q, Sharp PA (1995). „Nový mechanismus a faktor pro regulaci HIV-1 Tat“. EMBO J.. 14 (2): 321–8. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07006.x. PMC 398086. PMID 7835343.
Parada CA, Yoon JB, Roeder RG (1995). „Nové omezení LBP-1 zprostředkované omezení transkripce HIV-1 na úrovni prodloužení in vitro“. J. Biol. Chem. 270 (5): 2274–83. doi:10.1074 / jbc.270.5.2274. PMID 7836461.
Ou SH, Garcia-Martínez LF, Paulssen EJ, Gaynor RB (1994). "Role doprovodných motivů E boxu ve funkci elementu TATA viru lidské imunodeficience typu 1". J. Virol. 68 (11): 7188–99. doi:10.1128 / JVI.68.11.7188-7199.1994. PMC 237158. PMID 7933101.
Kashanchi F, Piras G, Radonovich MF, Duvall JF, Fattaey A, Chiang CM, Roeder RG, Brady JN (1994). "Přímá interakce lidského TFIID s transaktivátorem HIV-1 tat". Příroda. 367 (6460): 295–9. doi:10.1038 / 367295a0. PMID 8121496. S2CID 4362048.
May M, Mengus G, Lavigne AC, Chambon P, Davidson I (1996). „Lidský TAF (II28) podporuje transkripční stimulaci aktivační funkcí 2 retinoidních X receptorů“. EMBO J.. 15 (12): 3093–104. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00672.x. PMC 450252. PMID 8670810.
Wang Z, Morris GF, Rice AP, Xiong W, Morris CB (1996). „Mutanty divokého typu a defekty transaktivace defektního proteinu Tat viru lidské imunodeficience typu 1 se vážou na lidský protein vázající TATA in vitro“. J. Acquir. Imunitní deficit. Syndr. Hučení. Retrovirol. 12 (2): 128–38. doi:10.1097/00042560-199606010-00005. PMID 8680883.
Pendergrast PS, Morrison D, Tansey WP, Hernandez N (1996). „Mutace v karboxyterminální doméně TBP ovlivňují syntézu viru lidské imunodeficience typu 1 v plné délce i v krátkých transkriptech podobně“. J. Virol. 70 (8): 5025–34. doi:10.1128 / JVI.70.8.5025-5034.1996. PMC 190456. PMID 8764009.
Kashanchi F, Khleif SN, Duvall JF, Sadaie MR, Radonovich MF, Cho M, Martin MA, Chen SY, Weinmann R, Brady JN (1996). „Interakce viru lidské imunodeficience typu 1 Tat s jedinečným místem TFIID inhibuje negativní kofaktor Dr1 a stabilizuje komplex TFIID-TFIIA“. J. Virol. 70 (8): 5503–10. doi:10.1128 / JVI.70.8.5503-5510.1996. PMC 190508. PMID 8764062.
Zhou Q, Sharp PA (1996). „Tat-SF1: kofaktor pro stimulaci transkripčního prodloužení HIV-1 Tat“. Věda. 274 (5287): 605–10. Bibcode:1996Sci ... 274..605Z. doi:10.1126 / science.274.5287.605. PMID 8849451. S2CID 13266489.
Tao Y, Guermah M, Martinez E, Oelgeschläger T, Hasegawa S, Takada R, Yamamoto T, Horikoshi M, Roeder RG (1997). „Specifické interakce a potenciální funkce lidského TAFII100“. J. Biol. Chem. 272 (10): 6714–21. doi:10.1074 / jbc.272.10.6714. PMID 9045704.
García-Martínez LF, Ivanov D, Gaynor RB (1997). „Sdružení Tat s vyčištěnými preiniciačními komplexy HIV-1 a HIV-2“. J. Biol. Chem. 272 (11): 6951–8. doi:10.1074 / jbc.272.11.6951. PMID 9054383.
Scully R, Anderson SF, Chao DM, Wei W, Ye L, Young RA, Livingston DM, Parvin JD (1997). „BRCA1 je složkou holoenzymu RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (11): 5605–10. doi:10.1073 / pnas.94.11.5605. PMC 20825. PMID 9159119.
Dantonel JC, Murthy KG, Manley JL, Tora L (1997). "Transkripční faktor TFIID získává faktor CPSF pro tvorbu 3 'konce mRNA". Příroda. 389 (6649): 399–402. doi:10.1038/38763. PMID 9311784. S2CID 4413324.
Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (1998). „EWS, ale ne EWS-FLI-1, je spojován s TFIID i RNA polymerázou II: interakce mezi dvěma členy rodiny TET, EWS a hTAFII68, a podjednotkami komplexů TFIID a RNA polymerázy II“. Mol. Buňka. Biol. 18 (3): 1489–97. doi:10.1128 / mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.
Guermah M, Malik S, Roeder RG (1998). "Zapojení TFIID a USA komponent do transkripční aktivace promotoru viru lidské imunodeficience pomocí NF-kappaB a Sp1". Mol. Buňka. Biol. 18 (6): 3234–44. doi:10,1128 / mcb.18.6.3234. PMC 108905. PMID 9584164.
Fraser RA, Heard DJ, Adam S, Lavigne AC, Le Douarin B, Tora L, Losson R, Rochette-Egly C, Chambon P (1998). „Předpokládaný kofaktor TIF1alfa je protein kináza, která je hyperfosforylovaná při interakci s ligandovanými jadernými receptory“. J. Biol. Chem. 273 (26): 16199–204. doi:10.1074 / jbc.273.26.16199. PMID 9632676.
Birck C, Poch O, Romier C, Ruff M, Mengus G, Lavigne AC, Davidson I, Moras D (1998). „Lidský TAF (II) 28 a TAF (II) 18 interagují histonovým záhybem kódovaným atypickými evolučními konzervativními motivy, které se také nacházejí v rodině SPT3. Buňka. 94 (2): 239–49. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81423-3. PMID 9695952. S2CID 6274415.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000064995 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024218 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7729427-5] A ^b ^C ^d Mengus G, květen M, Jacq X, Staub A, Tora L, Chambon P, Davidson I (květen 1995). "Klonování a charakterizace hTAFII18, hTAFII20 a hTAFII28: tři podjednotky lidského transkripčního faktoru TFIID". EMBO J.. 14 (7): 1520–31. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07138.x. PMC 398239. PMID 7729427.

[pmid8820923-6] Kuzuhara T, Horikoshi M (listopad 1996). „Izolace a charakterizace cDNA kódující lidskou podjednotku TFIID obsahující celou řadu domnělých strukturálních motivů včetně přímých repetic“. Biol. Pharm. Býk. 19 (1): 122–6. doi:10,1248 / bpb.19,122. PMID 8820923.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: TAF11 TAF11 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím se na TATA box (TBP), 28 kDa“.

[pmid9695952-8] A ^b Birck C, Poch O, Romier C, Ruff M, Mengus G, Lavigne AC, Davidson I, Moras D (červenec 1998). „Lidský TAF (II) 28 a TAF (II) 18 interagují histonovým záhybem kódovaným atypickými evolučními konzervativními motivy, které se také nacházejí v rodině SPT3“. Buňka. 94 (2): 239–49. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81423-3. PMID 9695952. S2CID 6274415.

[pmid9159119-9] A ^b ^C Scully R, Anderson SF, Chao DM, Wei W, Ye L, Young RA, Livingston DM, Parvin JD (květen 1997). „BRCA1 je složkou holoenzymu RNA polymerázy II“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (11): 5605–10. doi:10.1073 / pnas.94.11.5605. PMC 20825. PMID 9159119.

[pmid9488465-10] Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (březen 1998). „EWS, ale ne EWS-FLI-1, je spojován s TFIID i RNA polymerázou II: interakce mezi dvěma členy rodiny TET, EWS a hTAFII68, a podjednotkami komplexů TFIID a RNA polymerázy II“. Mol. Buňka. Biol. 18 (3): 1489–97. doi:10.1128 / mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.

[pmid9153318-11] Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (červen 1997). „CCAAT vazebné interakce NF-Y-TBP: NF-YB a NF-YC vyžadují krátké domény sousedící s jejich histonovými skládacími motivy pro asociaci s TBP bazickými zbytky“. Nucleic Acids Res. 25 (11): 2174–81. doi:10.1093 / nar / 25.11.2174. PMC 146709. PMID 9153318.

[pmid8670810-12] May M, Mengus G, Lavigne AC, Chambon P, Davidson I (červen 1996). „Lidský TAF (II28) podporuje transkripční stimulaci aktivační funkcí 2 retinoidních X receptorů“. EMBO J.. 15 (12): 3093–104. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00672.x. PMC 450252. PMID 8670810.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]