SMYD3 - SMYD3

SMYD3
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasySMYD3, KMT3E, ZMYND1, ZNFN3A1, bA74P14.1, doména SET a MYND obsahující 3
Externí IDOMIM: 608783 MGI: 1916976 HomoloGene: 41491 Genové karty: SMYD3
Umístění genu (člověk)
Chromozom 1 (lidský)
Chr.Chromozom 1 (lidský)[1]
Chromozom 1 (lidský)
Genomické umístění pro SMYD3
Genomické umístění pro SMYD3
Kapela1q44Start245,749,342 bp[1]
Konec246,507,312 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE SMYD3 218788 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

64754

69726

Ensembl

ENSG00000185420

ENSMUSG00000055067

UniProt

Q9H7B4

Q9CWR2

RefSeq (mRNA)

NM_001167740
NM_022743

NM_027188

RefSeq (protein)

NP_081464

Místo (UCSC)Chr 1: 245,75 - 246,51 MbChr 1: 178,95 - 179,52 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

SET (Supresor pestrosti, Enhancer of Zeste, Trithorax) a MYND (myeloid-Nervy-DEAF-1) doména obsahující protein 3 je protein že u lidí je kódován SMYD3 gen.[5]

Funkce

SMYD3 je lysin methyltransferáza[6] který konkrétně methyláty H3K4 a H4K5.[7] SMYD3 hraje roli v transkripční regulaci jako člen komplexu RNA polymerázy.[5] Podílí se také na regulaci rakoviny.[6]

Výraz

SMYD3 je převážně exprimován v kosterních svalech a varlatech.

Modelové organismy

Modelové organismy byly použity při studiu funkce SMYD3. Podmíněný knockout myš linka, tzv Smyd3tm2a (KOMP) Wtsi[12][13] byl vygenerován jako součást International Knockout Mouse Consortium program - vysoce výkonný projekt mutageneze pro generování a distribuci zvířecích modelů nemocí zainteresovaným vědcům - na Wellcome Trust Sanger Institute.[14][15][16]

Samci a samice prošli standardizací fenotypová obrazovka k určení účinků vypuštění.[10][17] Bylo provedeno 23 testů homozygotní mutant dospělých myší, nebyly však pozorovány žádné významné abnormality.[10]

Interakce

Bylo prokázáno, že SMYD3 komunikovat s Protein tepelného šoku 90 kDa alfa (cytosolický), člen A1[18] a POLR2A.[18]

SMYD3 trimethyláty lysinového zbytku MAP3K2, Který způsobuje přeslech do MAP kináza signální cesta v Ras - řízené rakoviny.[19]

Souvislost s rakovinou

SMYD3 hraje důležitou roli v progresi rakoviny u lidí. Je vysoce nadměrně exprimován u řady druhů rakoviny, jako jsou játra, prsa a kolorektální karcinomy.[20] Je známo, že SMYD3 hraje roli také u rakoviny plic, jícnu a prostaty.[21]

Bylo zjištěno, že u rakoviny plic a kolorektálního karcinomu MAP3K2 methylace SMYD3 zlepšuje inhibiční kontrolu PPA2, což vede k přepsání signálů apoptózy aktivací MEK / ERK signalizační kaskáda.[22] Mezitím u rakoviny tlustého střeva a jater podporuje methylace H3 zprostředkovaná SMYD3 RNAP II nábor a související transkripční faktory z protoonkogenních oblastí.[21]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000185420 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000055067 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b „Entrez Gene: SMYD3 SET a MYND doména obsahující 3“.
  6. ^ A b Van Aller GS, Reynoird N, Barbash O, Huddleston M, Liu S, Zmoos AF a kol. (Duben 2012). „Smyd3 reguluje fenotypy rakovinných buněk a katalyzuje methylaci histonu H4 lysinu 5“. Epigenetika. 7 (4): 340–3. doi:10.4161 / epi.19506. PMC  3368817. PMID  22419068.
  7. ^ Liu Y, Liu H, Luo X, Deng J, Pan Y, Liang H (červen 2015). „Nadměrná exprese SMYD3 a matrixové metaloproteinázy-9 je spojena se špatnou prognózou pacientů s rakovinou žaludku.“ Biologie nádorů. 36 (6): 4377–86. doi:10.1007 / s13277-015-3077-z. PMID  25627005.
  8. ^ "Salmonella data infekce pro Smyd3 ". Wellcome Trust Sanger Institute.
  9. ^ "Citrobacter data infekce pro Smyd3 ". Wellcome Trust Sanger Institute.
  10. ^ A b C Gerdin AK (2010). „Genetický program Sanger Mouse: Vysoce výkonná charakterizace knockoutovaných myší“. Acta Ophthalmologica. 88 (S248). doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x.
  11. ^ Portál myších zdrojů Wellcome Trust Sanger Institute.
  12. ^ „International Knockout Mouse Consortium“.
  13. ^ "Myší genomová informatika".
  14. ^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V a kol. (Červen 2011). „Podmíněný knockoutový zdroj pro celogenomové studium funkce myšího genu“. Příroda. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038 / příroda10163. PMC  3572410. PMID  21677750.
  15. ^ Dolgin E (červen 2011). „Knihovna myší je vyřazena“. Příroda. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
  16. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (leden 2007). "Myš ze všech důvodů". Buňka. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247.
  17. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (červen 2011). „Sada nástrojů pro genetiku myší: odhalení funkce a mechanismu“. Genome Biology. 12 (6): 224. doi:10.1186 / gb-2011-12-6-224. PMC  3218837. PMID  21722353.
  18. ^ A b Hamamoto R, Furukawa Y, Morita M, Iimura Y, Silva FP, Li M a kol. (Srpen 2004). „SMYD3 kóduje histonmethyltransferázu zapojenou do proliferace rakovinných buněk“. Přírodní buněčná biologie. 6 (8): 731–40. doi:10.1038 / ncb1151. PMID  15235609.
  19. ^ Mazur PK, Reynoird N, Khatri P, Jansen PW, Wilkinson AW, Liu S a kol. (Červen 2014). „SMYD3 spojuje metylaci lysinu MAP3K2 s rakovinou vyvolanou Ras“. Příroda. 510 (7504): 283–7. doi:10.1038 / příroda13320. PMC  4122675. PMID  24847881.
  20. ^ Hamamoto R, Furukawa Y, Morita M, Iimura Y, Silva FP, Li M a kol. (Srpen 2004). „SMYD3 kóduje histonmethyltransferázu zapojenou do proliferace rakovinných buněk“. Přírodní buněčná biologie. 6 (8): 731–40. doi:10.1038 / ncb1151. PMID  15235609.
  21. ^ A b Giakountis A, Moulos P, Sarris ME, Hatzis P, Talianidis I (únor 2017). "Regulační cesty spojené s Smyd3 v rakovině". Semináře z biologie rakoviny. 42: 70–80. doi:10.1016 / j.semcancer.2016.08.008. PMID  27554136.
  22. ^ Colón-Bolea P, Crespo P (prosinec 2014). „Methylace lysinu u rakoviny: SMYD3-MAP3K2 nás učí nové lekce v dráze Ras-ERK“. BioEssays. 36 (12): 1162–9. doi:10.1002 / bies.201400120. PMID  25382779.

Další čtení

  • Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
  • Hamamoto R, Furukawa Y, Morita M, Iimura Y, Silva FP, Li M a kol. (Srpen 2004). „SMYD3 kóduje histonmethyltransferázu zapojenou do proliferace rakovinných buněk“. Přírodní buněčná biologie. 6 (8): 731–40. doi:10.1038 / ncb1151. PMID  15235609.
  • Zhou Z, Ren X, Huang X, Lu L, Xu M, Yin L a kol. (2006). „SMYD3-NY, nová varianta transkriptu mRNA SMYD3, může hrát roli v lidské spermatogenezi“. Annals of Clinical and Laboratory Science. 35 (3): 270–7. PMID  16081583.
  • Tsuge M, Hamamoto R, Silva FP, Ohnishi Y, Chayama K, Kamatani N a kol. (Říjen 2005). „Variabilní počet polymorfismů tandemových opakování ve vazebném prvku E2F-1 v 5 'přilehlé oblasti SMYD3 je rizikovým faktorem pro lidské rakoviny“. Genetika přírody. 37 (10): 1104–7. doi:10.1038 / ng1638. PMID  16155568.
  • Hamamoto R, Silva FP, Tsuge M, Nishidate T, Katagiri T, Nakamura Y, Furukawa Y (únor 2006). „Zvýšená exprese SMYD3 je nezbytná pro růst buněk rakoviny prsu“. Cancer Science. 97 (2): 113–8. doi:10.1111 / j.1349-7006.2006.00146.x. PMID  16441421.
  • Wang XQ, Miao X, Cai Q, Garcia-Barcelo MM, Fan ST (březen 2007). „Polymorfismus tandemu opakující se v tandemu SMYD3 není spojen s výskytem a metastázami hepatocelulárního karcinomu v čínské populaci“. Experimentální onkologie. 29 (1): 71–3. PMID  17431393.