NUBPL - NUBPL
![]() | tento článek může být pro většinu čtenářů příliš technická na to, aby je pochopili. Prosím pomozte to vylepšit na aby to bylo srozumitelné pro neodborníky, aniž by byly odstraněny technické podrobnosti. (Dubna 2015) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
NUBPL | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
Aliasy | NUBPL, C14orf127, IND1, huInd1, nukleotidový vazebný protein, MC1DN21 | ||||||||||||||||||||||||
Externí ID | OMIM: 613621 MGI: 1924076 HomoloGene: 11854 Genové karty: NUBPL | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 14: 31,49 - 31,86 Mb | Chr 12: 52,1 - 52,31 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
Železo-sirný protein NUBPL (IND1) také známý jako podobný proteinu vázajícímu nukleotidy (NUBPL), Homolog IND1, Nukleotid vázající protein podobný nebo huInd1 je železo-síra (Fe / S) protein který je u lidí kódován NUBPL gen, umístěný na chromozom 14q 12. Má ranou roli při sestavování cesty montáže mitochondriálního komplexu I.[5][6]
Struktura
NUBPL se nachází na q rameno z chromozóm 14 v poloze 12 a má 18 exony.[5] The NUBPL Gen produkuje 5,9 kDa protein složený z 54 aminokyseliny.[7][8] Struktura proteinu zahrnuje předpokládanou vazba železa a síry (CxxC) podpis, a doména vázající nukleotidy který byl vysoce konzervovaný, a sekvence mitochondriálního cílení v N-terminál.[9] NUBPL je vyžadován pro montáž komplexu I, který se skládá ze 45 evolučně konzervovaných základních podjednotek, včetně obou mitochondriální DNA a nukleární kódované podjednotky. Jedno z jeho ramen je zality do vnitřní membrány mitochondrií a druhé je zanořeno do organela. Obě ramena jsou uspořádána ve tvaru písmene L. Celkem molekulární váha komplexu je 1MDa.[10]
Funkce
The NUBPL Gen kóduje protein, který je členem Mrp / NBP35 ATP - závazná rodina. Tento protein je vyžadován pro sestavení respirační řetězec mitochondriální membrány NADH dehydrogenáza (Komplex I), první oligomerní enzymatický komplex mitochondriální dýchací řetězec nachází se v vnitřní mitochondriální membrána.[6][5] Jeho rolí v montáži je dodávka jednoho nebo více klastry železo-síra (Fe-S) na komplexní I podjednotky v anaerobních podmínkách in vitro.[6][9] Dysfunkce NUBPL má za následek nepravidelné sestavení periferního ramene komplexu I, což může vést ke snížení aktivity. Porážka proteinu také způsobuje abnormální mitochondriální ultrastruktura charakterizované dýcháním superkomplex přestavba, Christa membrána ztráta a neobvykle vysoká laktát úrovně.[11][9]
Objev
Sheftel a kol. (2009) Interference RNA (RNAi) odstranit gen NUBPL v kvasinkách (Y. lipolytica ). Pozorovali sníženou hladinu a aktivitu mitochondriální komplex I., což je vede k závěru, že NUBPL je vyžadován pro složitou montáž a činnost. Jejich experimenty ukázaly funkční zachování NUBPL v kvasinkách a lidech, což naznačuje, že protein plní důležitou funkci. Sheftel a kol. pozorovali strukturální abnormality v mitochondriích, které byly mitochondriemi s deplecí NUBPL.[9]
Klinický význam
Absence NUBPL narušuje rané stádium montážní dráhy mitochondriálního komplexu I. Bylo pozorováno, že buňky s deplecí NUBPL mají abnormální subkomplex proteinů, které se normálně nacházejí v membránovém rameni komplexu I. Snížení přítomnosti komplexu I podjednotkových proteinů, NDUFS1, NDUFV1, NDUFS3, a NDUFA13 indikoval poruchu normální sestavy komplexu I.[9] Nedostatek mitochondriálního komplexu I zahrnující dysfunkci mitochondriální dýchací řetězec může způsobit širokou škálu klinických projevů od smrtelného novorozeneckého onemocnění až po neurodegenerativní poruchy začínající u dospělých. Fenotypy zahrnují makrocefalie s progresivním leukodystrofie, nespecifické encefalopatie, kardiomyopatie, myopatie, nemoc jater, Leighův syndrom, Leber dědičná optická neuropatie a některé formy Parkinsonova choroba.[6]
K identifikaci variant u 103 bylo použito vysoce výkonné sekvenování DNA kandidátské geny u 103 pacientů s poruchami mitochondriálního komplexu 1. Heterozygotní varianty v NUBPL byly identifikovány u jednoho pacienta. cDNA doplňování studie ukázaly, že varianty mohou způsobit nedostatek komplexu 1. Nález u tohoto pacienta je v souladu s autosomální recesivní nedostatek komplexu I souvisejícího s NUBPL a podporuje patogenitu identifikovaných variant.[11] U tohoto pacienta byly v genu NUBPL identifikovány heterozygotní varianty složené sloučeniny.[11] V exonu 2, otcovsky zděděný G> bod mutace (c.166 G> A), což má za následek náhrada missense bylo pozorováno gly56-to-arg (G56R). Dvě varianty byly mateřsky zděděné: T> C. bodová mutace (c.815-27 T> C), který způsobil chybu spojování a komplex vymazání exonů 1-4 a zdvojení zahrnující exon 7. Bylo zjištěno, že dva z 232 (1%) kontrolních chromozomů mají patogenní variantu c.166 G> A. Bylo zjištěno, že tato identifikovaná osoba měla zpoždění motoru a vývojové zpoždění ve věku 2 let.[11] Nikdy nedosáhl samostatné chůze. Vyvinul se myopatie, nystagmus, ataxie, známky horních motorických neuronů a absence záchvaty. Ukázalo se na mozkovou MRI leukodystrofie se zapojením mozková kůra a hluboko bílá hmota. Ve věku 8 let měl spasticita, ataxie, a řečové problémy.
Několik pacientů od raného věku MRI abnormality mozeček, hluboko v mozku bílá hmota a corpus callosum. V tomto malém vzorku bylo poznamenáno, že pozdější zobrazovací studie ukázaly zlepšení corpus callosum a mozková bílá hmota abnormality, zatímco mozeček abnormality se zhoršují a mozkový kmen vznikají abnormality. Použití celé sekvenování exome, čtyři z pacientů měli nedostatek mitochondriálního komplexu identifikovaný pomocí jiných laboratorních metod. Všichni čtyři pacienti měli složené patogenní varianty v genu NUBPL.[12]
Interakce
NUBPL má interakce protein-protein DNAJB11, MTUS2, RNF2, a UFD1L.[6]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000151413 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000035142 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C "Entrez Gene: NUBPL nukleotidový vazebný protein jako [Homo sapiens (člověk)]" ". Citováno 2018-07-27.
- ^ A b C d E „NUBPL - protein obsahující železo a síru NUBPL - Homo sapiens (člověk) - gen a protein NUBPL“. www.uniprot.org. Citováno 2018-07-27.
- ^ Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS a kol. (Říjen 2013). „Integrace biologie a medicíny srdečních proteomů pomocí specializované znalostní databáze“. Výzkum oběhu. 113 (9): 1043–53. doi:10.1161 / CIRCRESAHA.113.301151. PMC 4076475. PMID 23965338.
- ^ Yao, Daniel. „Znalostní databáze atlasu srdečních organelárních proteinů (COPaKB) - —proteinové informace“. amino.heartproteome.org. Citováno 2018-07-27.
- ^ A b C d E Sheftel AD, Stehling O, Pierik AJ, Netz DJ, Kerscher S, Elsässer HP, Wittig I, Balk J, Brandt U, Lill R (listopad 2009). „Lidský ind1, faktor seskupení železa a síry pro dýchací komplex I“. Molekulární a buněčná biologie. 29 (22): 6059–73. doi:10.1128 / mcb.00817-09. PMC 2772561. PMID 19752196.
- ^ Rhein VF, Carroll J, Ding S, Fearnley IM, Walker JE (červenec 2016). „NDUFAF5 Hydroxyláty NDUFS7 v rané fázi montáže lidského komplexu I“. The Journal of Biological Chemistry. 291 (28): 14851–60. doi:10.1074 / jbc.M116.734970. PMC 4938201. PMID 27226634.
- ^ A b C d Calvo SE, Tucker EJ, Compton AG, Kirby DM, Crawford G, Burtt NP a kol. (Říjen 2010). „Vysoce výkonné, sdružené sekvenování identifikuje mutace v NUBPL a FOXRED1 v deficitu lidského komplexu I.“. Genetika přírody. 42 (10): 851–8. doi:10,1038 / ng.659. PMC 2977978. PMID 20818383.
- ^ Kevelam SH, Rodenburg RJ, Wolf NI, Ferreira P, Lunsing RJ, Nijtmans LG a kol. (Duben 2013). „NUBPL mutace u pacientů s komplexním deficitem I a odlišným vzorem MRI“. Neurologie. 80 (17): 1577–83. doi:10.1212 / wnl.0b013e31828f1914. PMC 3662327. PMID 23553477.