Seznam míst štěpení restrikčními enzymy: Ba – Bc - List of restriction enzyme cutting sites: Ba–Bc - Wikipedia

Hlavní články: Seznam míst pro řezání restrikčními enzymy a Restrikční enzym
Legenda o nukleové báze
KódNukleotid zastoupeny
AAdenin (A)
CCytosin (C)
GGuanine (G)
TTymin (T)
NA, C, G nebo T
MA nebo C.
RA nebo G.
ŽA nebo T
YC nebo T
SC nebo G.
K.G nebo T
HA, C nebo T
BC, G nebo T.
PROTIA, C nebo G
DA, G nebo T


Tento článek obsahuje seznam nejvíce studovaných restrikčních enzymů, jejichž názvy začínají Ba až Bc včetně. Obsahuje přibližně 120 enzymů.

Jsou uvedeny následující informace:

  • Enzym: Přijatý název molekula, v souladu s mezinárodně přijatými nomenklatura[1][2], a bibliografické odkazy. (Další čtení: viz část „Nomenklatura „v článku“Restrikční enzym ".)
  • Kód PDB: Kód používaný k identifikaci struktury proteinu v PDB databáze proteinových struktur. 3D atomová struktura proteinu poskytuje velmi cenné informace pro pochopení intimních detailů jeho mechanismu působení[3][4].
  • Zdroj: Organismus, který přirozeně produkuje enzym.
  • Sekvence rozpoznávání: Sekvence DNA rozpoznávaná enzymem, na kterou se specificky váže.
  • Střih: Místo řezu a produkty DNA řezu. The sekvence rozpoznávání a místo řezu se obvykle shoduje, ale někdy může být řezací místo vzdálené od rozpoznávacího místa desítky nukleotidů[5][6].
  • Isoschizomery a neoschizomery: An isoschizomer je enzym který rozpozná stejnou sekvenci jako další. A neoschizomer je speciální typ isoschizomeru, který rozpoznává stejnou sekvenci jako jiný, ale dělí se jiným způsobem. U každého enzymu je uveden maximální počet 8–10 nejběžnějších isoschizomerů, ale může jich být mnohem více. Neoschizomery jsou zobrazeny tučným a zeleným písmem (např .: BamHI). Když „Žádné zapnuto datum„je uvedeno, to znamená, že k tomuto datu nebyly v databázích s jasně definovaným místem řezání zaregistrovány žádné isoschizomery. Isoschizomery uvedené bílým písmem a šedým pozadím odpovídají enzymům, které nejsou uvedeny v aktuálních seznamech:
jako v tomto neuvedeném enzymu: EcoR70I 


Navigace v celém seznamu

Restrikční enzymy

Ba - Bc

EnzymKód PDBZdrojSekvence rozpoznáváníStřihIsoschizomery
Bac36IBacillus alcalophilus 36 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G.   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, AvcI, BavAII, Bce22I, Bsp1894I, Bsu54I, FmuI, NspIV
BaeI [7]Bacillus sphaericus 5 'ACN4GTAYC
3 'TGN4CATYG 		5 '--- ACN4GTAYCN6NNNNNN   --- 3'
3 '--- TGN4CATYGN6N   NNNNN --- 5 ' 		 - Žádné v květnu 2010 -
BalI [8][9]Brevibacterium albidum 5 'TGGCCA
3 'ACCGGT 		5 '--- TGG   CCA --- 3 '
3 '--- ACC   GGT --- 5 '
Bal228IBacillus alcalophilus 228 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G.   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, AvcI, BavAII, BshKI, Bsp1894I, Bsu54I, FmuI, NspIV
BamHI [10][11][12][13][14][15][16][17][18][19][20]

[21][22][23][24][25][26][27][28][29][30]		1 BAMBacillus amyloliquefaciens H 5 'GGATCC
3 'CCTAGG 		5 '--- G.   GATCC --- 3 '
3 '--- CCTAG   G --- 5 ' 		AccEBI, AliI, ApaCI, AsiI, Bce751I, Bsp98I, Bsp4009I, BspAAIII, CelI, Nsp29132II, NspSAIV, SolI, SurI
BamNIIBacillus amyloliquefaciens N 5 'GGWCC
3 'CCWGG 		5 '--- G.   GWCC --- 3 '
3 '--- CCWG   G --- 5 ' 		BcuAI, BsrAI, CauI, EagMI, FdiI, HgiCII, HgiJI, SinI
Ban [31][32]Bacillus aneurinolyticus 5 'GGYRCC
3 'CCRYGG 		5 '--- G.   GYRCC --- 3 '
3 '--- CCRYG   G --- 5 ' 		AccB1I, BbvBI, BspT107I, Eco64I, HgiCI, HgiHI, MspB4I, PfaAI
BanII [12][31]Bacillus aneurinolyticus 5 'GRGCYC
3 'CYCGRG 		5 '--- GRGCY   C --- 3 '
3 '--- C.   YCGRG --- 5 '
BanIII [31]Bacillus aneurinolyticus 5 'ATCGAT
3 'TAGCTA 		5 '--- AT   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   TA --- 5 ' 		AagI, BavCI, Bsa29I, BseCI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI, ClaI
BanAIBacillus anthracis 5 'GGCC
3 'CCGG 		5 '--- GG   CC --- 3 '
3 '--- CC   GG --- 5 '
BasIBacil sp. 5 'CCAN5TGG
3 'GGTN5ACC 		5 '--- CCANNNN   NTGG --- 3 '
3 '--- GGTN   NNNNACC --- 5 ' 		AccB7I, AcpII, Asp10HII, Esp1396I, PflBI, PflMI, Van91I
BauIBacillus aquaemaris RFL1 5 'CACGAG
3 'GTGCTC 		5 '--- C.   ACGAG --- 3 '
3 '--- GTGCT   C --- 5 '
BavIBacillus alvei 5 'CAGCTG
3 'GTCGAC 		5 '--- CAG   CTG --- 3 '
3 '--- VOP   GAC --- 5 '
BavAIBacillus alvei A 5 'CAGCTG
3 'GTCGAC 		5 '--- CAG   CTG --- 3 '
3 '--- VOP   GAC --- 5 '
BavAIIBacillus alvei A 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G.   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, AvcI, BavBII, BshKI, Bsp1894I, Bsu54I, FmuI, NspIV
BavBIBacillus alvei B 5 'CAGCTG
3 'GTCGAC 		5 '--- CAG   CTG --- 3 '
3 '--- VOP   GAC --- 5 '
BavBIIBacillus alvei B 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G.   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, Bac36I, BavAII, BshKI, BspBII, Bsu54I, FmuI, Pde12I
BavCIBacillus alvei C 5 'ATCGAT
3 'TAGCTA 		5 '--- AT   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   TA --- 5 ' 		AagI, BanIII, Bsa29I, BseCI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI, ClaI
BbeI [33]Bifidobacterium breve YIT4006 5 'GGCGCC
3 'CCGCGG 		5 '--- GGCGC   C --- 3 '
3 '--- C.   CGCGG --- 5 '
BbiIIBifidobacterium bifidum YIT4007 5 'GRCGYC
3 'CYGCRG 		5 '--- GR   CGYC --- 3 '
3 '--- CYGC   RG --- 5 ' 		AcyI, AhaII, BbiII, HgiHII, Hin1I, Hsp92I, Msp17I, PamII
Bbi24IBifidobacterium bifidum S-24 5 'ACGCGT
3 'TGCGCA 		5 '--- A   CGCGT --- 3 '
3 '--- TGCGC   A --- 5 '
BbrIBordetella bronchiseptica 4994 5 'AAGCTT
3 'TTCGAA 		5 '--- A   AGCTT --- 3 '
3 '--- TTCGA   A --- 5 '
Bbr7IBacillus brevis 7 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACN6N   NNNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGN6NNNNNN   --- 5'
BbrPI [34][35]Bacillus brevis 5 'CACGTG
3 'GTGCAC 		5 '--- CAC   GTG --- 3 '
3 '--- GTG   CAC --- 5 ' 		AcvI, BcoAI, Eco72I, PmaCI, PmlI, PspCI
BbsI [36]Bacillus laterosporus 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
BbuI [37]Bacillus circulans 5 'GCATGC
3 'CGTACG 		5 '--- GCATG   C --- 3 '
3 '--- C.   GTACG --- 5 '
BbvI [38][39]Bacillus brevis 5 'GCAGC
3 'CGTCG 		5 '--- GCAGCN7N   NNNN --- 3 '
3 '--- CGTCGN7NNNNN   --- 5' 		AlwXI, BseKI, BseXI, Bsp423I, Bst12I, Bst71I, BstV1I
BbvII [40]Bacillus brevis 80 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
Bbv12I [41]Bacillus brevis 12 5 'GWGCWC
3 'CWCGWG 		5 '--- GWGCW   C --- 3 '
3 '--- C.   WCGWG --- 5 '
Alw21I, AspHI, Bsh45I, BsiHKAI,
HgiAI, HpyF46II, MspV281I
Bbv16IIBacillus brevis 16 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
BbvAIBacillus brevis A 5 'GAAN4TTC
3 'CTTN4AAG 		5 '--- GAANN   NNTTC --- 3 '
3 '--- CTTNN   NNAAG --- 5 ' 		Asp700I, MroXI, PdmI, XmnI
BbvAIIBacillus brevis A 5 'ATCGAT
3 'TAGCTA 		5 '--- AT   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   TA --- 5 ' 		BavCI, Bci29I, Bli86I, BseCI, BspZEI, Bsu15I, ClaI, Rme21I
BbvAIIIBacillus brevis A 5 'TCCGGA
3 'AGGCCT 		5 '--- T.   CCGGA --- 3 '
3 '--- AGGCC   T --- 5 ' 		AccIII, Aor13HI, BlfI, BseAI, Bsp13I, BspEI, Bsu23I, Kpn2I
BbvBIBacillus brevis B 5 'GGYRCC
3 'CCRYGG 		5 '--- G.   GYRCC --- 3 '
3 '--- CCRYG   G --- 5 ' 		BanI, BshNI, BspT107I, Eco64I, HgiCI, HgiHI, MspB4I, PfaAI
BbvCI [42]Bacillus brevis 5 'CCTCAGC
3 'GGAGTCG 		5 '--- CC   TCAGC --- 3 '
3 '--- GGAGT   CG --- 5 ' 		AbeI
Bca77IBacillus caldolyticus 5 'WCCGGW
3 'WGGCCW 		5 '--- Z   CCGGW --- 3 '
3 '--- WGGCC   Ž --- 5 '
BccIBacteroides caccae 5 'CCATC
3 'GGTAG 		5 '--- CCATCNNNN   N --- 3 '
3 '--- GGTAGNNNNN   --- 5'
Bce4IBacillus cereus B4 5 'GCN7GC
3 'CGN7CG 		5 '--- GCNNNNN   NNGC --- 3 '
3 '--- CGNN   NNNNNCG --- 5 '
Bce22IBacillus cereus 22 5 'GGNCC
3 'CCNGG 		5 '--- G.   GNCC --- 3 '
3 '--- CCNG   G --- 5 ' 		AspS9I, Bac36I, BavAII, BshKI, BspBII, CcuI, FmuI, Pde12I
Bce83I [43]Bacillus cereus 83 5 'CTTGAG
3 'GAACTC 		5 '--- CTTGAGN13NNN   --- 3'
3 '--- GAACTCN13N   NN --- 5 '
Bce243IBacillus cereus 5 'GATC
3 'CTAG 		5' ---   GATC --- 3 '
3 '--- CTAG   --- 5' 		Bfi57I, Bsp143I, BspJI, BstMBI, CviAI, Kzo9I, NdeII, Sth368I
Bce751IBacillus cereus 751 5 'GGATCC
3 'CCTAGG 		5 '--- G.   GATCC --- 3 '
3 '--- CCTAG   G --- 5 ' 		BamHI, Bce751I, BnaI, Bsp98I, Bsp4009I, BstI, NspSAIV, Pfl8I
BceAIBacillus cereus 1315 5 'ACGGC
3 'TGCCG 		5 '--- ACGGCN11N   NN --- 3 '
3 '--- TGCCGN11NNN   --- 5'
BceBIBacillus cereus 1323 5 'CGCG
3 'GCGC 		5 '--- CG   CG --- 3 '
3 '--- GC   GC --- 5 ' 		AccII, Bsh1236I, BtkI, Csp68KVI, FalII, FauBII, FnuDII, SelI, ThaI
BceCIBacillus cereus 1195 5 'GCN7GC
3 'CGN7CG 		5 '--- GCNNNNN   NNGC --- 3 '
3 '--- CGNN   NNNNNCG --- 5 '
BcefI [44]Bacillus cereus fluorescens 5 'ACGGC
3 'TGCCG 		5 '--- ACGGCN10NN   N --- 3 '
3 '--- TGCCGN10NNN   --- 5'
BcgI [45][46]Bacillus coagulans 5 'CGAN6TGC
3 'GCTN6ACG 		5 '--- CGAN6TGCN9NNN   --- 3'
3 '--- GCTN6ACGN9N   NN --- 5 '
Bci29IBacillus circulans 29 5 'ATCGAT
3 'TAGCTA 		5 '--- AT   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   TA --- 5 ' 		BavCI, BciBI, Bli86I, BseCI, BspZEI, Bsu15I, ClaI, Rme21I
BciBIBacillus circulans B 5 'ATCGAT
3 'TAGCTA 		5 '--- AT   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   TA --- 5 ' 		BavCI, BcmI, Bli86I, BseCI, BspZEI, Bsu15I, ClaI, Rme21I
BciBIIBacillus circulans B 5 'CCWGG
3 'GGWCC 		5 '--- CC   WGG --- 3 '
3 '--- GGW   CC --- 5 ' 		AjnI, ApyI, BptI, Bst1I, BstOI, BstM6I, Bst2UI, EcoRII, MvaI
BciVI [47]Bacillus circulans 5 'GTATCC
3 'CATAGG 		5 '--- GTATCCN4NN   --- 3'
3 '--- CATAGGN4N   N --- 5 ' 		BfuI
BclI [15][48][49]Bacillus caldolyticus 5 'TGATCA
3 'ACTAGT 		5 '--- T.   GATCA --- 3 '
3 '--- ACTAG   T --- 5 '
AbaI, BsiQI, BspXII,
BstT7I, FbaI, Ksp22I, ParI 
BcmIBacil sp. 5 'ATCGAT
3 'TAGCTA 		5 '--- AT   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   TA --- 5 ' 		BsuTUI, Bsu15I, BavCI, Bli86I, BspZEI, Rme21I, BseCI, BdiI
BcnI [50][51][52]2ODHBacillus centrosporus RFL1 5 'CCSGG
3 'GGSCC 		5 '--- CC   SGG --- 3 '
3 '--- GGS   CC --- 5 '
AhaI, AseII, AsuC2I,BpuMI,Běh,
Eco1831I, HgiS22I,Kpn49kII, NciI
BCOI [53]Bacillus coagulans SM 1 5 'CYCGRG
3 'GRGCYC 		5 '--- C.   YCGRG --- 3 '
3 '--- GRGCY   C --- 5 ' 		Ama87I, AquI, BsoBI, BstSI, Eco88I, NspSAI, OfoI, PunAI
Bco5IBacillus coagulans 5 5 'CTCTTC
3 'GAGAAG 		5 '--- CTCTTCN   NNN --- 3 '
3 '--- GAGAAGNNNN   --- 5'
Bco27IBacillus coagulans 27 5 'CCGG
3 'GGCC 		5 '--- C.   CGG --- 3 '
3 '--- GGC   C --- 5 '
Bco116IBacillus coagulans 116 5 'CTCTTC
3 'GAGAAG 		5 '--- CTCTTCN   NNN --- 3 '
3 '--- GAGAAGNNNN   --- 5'
Bco118IBacillus coagulans 118 5 'RCCGGY
3 'YGGCCR 		5 '--- R   CCGGY --- 3 '
3 '--- YGGCC   R --- 5 '
BcoAIBacillus coagulans AUCM B-732 5 'CACGTG
3 'GTGCAC 		5 '--- CAC   GTG --- 3 '
3 '--- GTG   CAC --- 5 ' 		AcvI, BbrPI, Eco72I, PmaCI, PmlI, PspCI
BcoKIBacillus coagulans 5 'CTCTTC
3 'GAGAAG 		5 '--- CTCTTCN   NNN --- 3 '
3 '--- GAGAAGNNNN   --- 5'
BcuIBacillus coagulans Vs 29-022 5 'ACTAGT
3 'TGATCA 		5 '--- A   CTAGT --- 3 '
3 '--- TGATC   A --- 5 ' 		AhII, AclNI, SpeI
BcuAIBacillus cereus BKM B-814 5 'GGWCC
3 'CCWGG 		5 '--- G.   GWCC --- 3 '
3 '--- CCWG   G --- 5 ' 		BamNxI, BsrAI, Csp68KI, EagMI, FssI, HgiCII, HgiJI, SinI
Tento seznam je neúplný; můžete pomoci přidání chybějících položek s spolehlivé zdroje.

Poznámky

  1. ^ Smith HO, Nathans D (prosinec 1973). „Dopis: Navrhovaná nomenklatura pro modifikace a restrikční systémy bakteriálních hostitelů a jejich enzymy“. J. Mol. Biol. 81 (3): 419–23. doi:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID  4588280.
  2. ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, Bhagwat AS, Bickle TA, Bitinaite J, Blumenthal RM, Degtyarev SK, Dryden DT, Dybvig K, Firman K, Gromova ES, Gumport RI, Halford SE, Hattman S, Heitman J, Hornby DP , Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh E, Rao DN, Reich N, Repin VE, Selker EU, Shaw PC, Stein DC, Stoddard BL, Szybalski W, Trautner TA, Van Etten JL, Vitor JM, Wilson GG, Xu SY (duben 2003). „Nomenklatura pro restrikční enzymy, DNA metyltransferázy, naváděcí endonukleázy a jejich geny“. Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. doi:10.1093 / nar / g 274. PMC  152790. PMID  12654995.
  3. ^ Jeremy MB, John LT, Lubert S (2002). "3. Struktura a funkce proteinů". Biochemie. San Francisco: W. H. Freeman. ISBN  0-7167-4684-0.
  4. ^ Anfinsen C.B. (1973). „Zásady, kterými se řídí skládání proteinových řetězců“. Věda. 181 (4096): 223–30. doi:10.1126 / science.181.4096.223. PMID  4124164.
  5. ^ Kessler C, Manta V (srpen 1990). "Specifičnost restrikčních endonukleáz a modifikace DNA methyltransferáz a recenze (vydání 3)". Gen. 92 (1–2): 1–248. doi:10.1016 / 0378-1119 (90) 90486-B. PMID  2172084.
  6. ^ Pingoud A, Jeltsch A (září 2001). "Struktura a funkce restrikčních endonukleáz typu II". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093 / nar / 29.18.3705. PMC  55916. PMID  11557805.
  7. ^ Sears LE, Zhou B, Aliotta JM, Morgan RD, Kong H (září 1996). „BaeI, další neobvyklá restrikční endonukleáza podobná BcgI“. Nucleic Acids Res. 24 (18): 3590–2. doi:10.1093 / nar / 24.18.3590. PMC  146138. PMID  8836187.
  8. ^ Ueno H, Kato I, Ishino Y (červen 1996). „Klonování a vyjádření systému omezení a modifikace BalI“. Nucleic Acids Res. 24 (12): 2268–70. doi:10.1093 / nar / 24.12.2268. PMC  145948. PMID  8710495.
  9. ^ Gelinas RE, Myers PA, Weiss GH, Roberts RJ, Murray K (srpen 1977). „Specifická endonukleáza z Brevibacterium albidum". J Mol Biol. 114 (3): 433–40. doi:10.1016/0022-2836(77)90260-1. PMID  909093.
  10. ^ Wei H, Therrien C, Blanchard A, Guan S, Zhu Z (květen 2008). „Fidelity Index poskytuje systematické kvantifikace hvězdné aktivity restrikčních endonukleáz DNA“. Nucleic Acids Res. 36 (9): e50. doi:10.1093 / nar / gkn182. PMC  2396408. PMID  18413342.
  11. ^ Nishigaki K, Kaneko Y, Wakuda H, Husimi Y, Tanaka T (srpen 1985). „Restrikční endonukleázy typu II štěpí jednovláknové DNA obecně“. Nucleic Acids Res. 13 (16): 5747–60. doi:10.1093 / nar / 13.16.5747. PMC  321909. PMID  2994012.
  12. ^ A b Nelson M, Christ C, Schildkraut I (červenec 1984). „Změna zjevných specificit pro rozpoznávání restrikčních endonukleáz DNA methylázami“. Nucleic Acids Res. 12 (13): 5165–73. doi:10.1093 / nar / 12.13.5165. PMC  318911. PMID  6087274.
  13. ^ Nelson PS, Papas TS, Schweinfest CW (únor 1993). „Restrikční endonukleázové štěpení 5-methyl-deoxycytosin hemimethylované DNA při vysokých poměrech enzymu k substrátu“. Nucleic Acids Res. 21 (3): 681–6. doi:10.1093 / nar / 21.3.681. PMC  309169. PMID  8441677.
  14. ^ Greene PJ, Heyneker HL, Bolivar F, Rodriguez RL, Betlach MC, Covarrubias AA, Backman K, Russel DJ, Tait R, Boyer HW (červenec 1978). „Obecná metoda čištění restrikčních enzymů“. Nucleic Acids Res. 5 (7): 2373–80. doi:10.1093 / nar / 5.7.2373. PMC  342170. PMID  673857.
  15. ^ A b Huang LH, Farnet CM, Ehrlich KC, Ehrlich M (březen 1982). "Trávení vysoce modifikované bakteriofágové DNA restrikčními endonukleázami". Nucleic Acids Res. 10 (5): 1579–91. doi:10.1093 / nar / 10.5.1579. PMC  320551. PMID  6280151.
  16. ^ Wilson GA, Young FE (září 1975). "Izolace sekvenčně specifické endonukleázy (BamI) z Bacillus amyloliquefaciens H ". J Mol Biol. 97 (1): 123–5. doi:10.1016 / S0022-2836 (75) 80028-3. PMID  1177312.
  17. ^ Roberts RJ, Wilson GA, Young FE (leden 1977). "Rozpoznávací sekvence specifické endonukleázy BamH.I z Bacillus amyloliquefaciens H ". Příroda. 265 (5589): 82–4. Bibcode:1977 Natur.265 ... 82R. doi:10.1038 / 265082a0. PMID  834250.
  18. ^ Brooks JE, Benner JS, Heiter DF, Silber KR, Sznyter LA, Jager-Quinton T, Moran LS, Slatko BE, Wilson GG, Nwankwo DO (únor 1989). „Klonování systému modifikace omezení BamHI“. Nucleic Acids Res. 17 (3): 979–97. doi:10.1093 / nar / 17.3.979. PMC  331717. PMID  2537955.
  19. ^ Viadiu H, Aggarwal AK (květen 2000). "Struktura BamHI vázaná na nespecifickou DNA: model pro klouzání DNA". Mol. Buňka. 5 (5): 889–95. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80329-9. PMID  10882125.
  20. ^ George J, Chirikjian JG (duben 1982). "Sekvenčně specifická endonukleáza BamHI: relaxace rozpoznávání sekvencí". Proc Natl Acad Sci USA. 79 (8): 2432–6. Bibcode:1982PNAS ... 79,2432G. doi:10.1073 / pnas.79.8.2432. PMC  346212. PMID  6283522.
  21. ^ Mukhopadhyay P, Roy KB (1984). "Sekvenčně specifická metyláza BamHI. Čištění a charakterizace". The Journal of Biological Chemistry. 259 (16): 10357–62. PMID  6469968.
  22. ^ Robinson CR, Sligar SG (duben 1995). „Heterogenita v molekulárním rozpoznávání restrikčními endonukleázami: účinky osmotického a hydrostatického tlaku na specificitu BamHI, Pvu II a EcoRV“. Proc Natl Acad Sci USA. 92 (8): 3444–8. Bibcode:1995PNAS ... 92.3444R. doi:10.1073 / pnas.92.8.3444. PMC  42183. PMID  7724581.
  23. ^ Viadiu H, Aggarwal AK (říjen 1998). "Role kovů v katalýze restrikční endonukleázou BamHI". Nat Struct Biol. 5 (10): 910–6. doi:10.1038/2352. PMID  9783752.
  24. ^ Newman M, Strzelecka T, Dorner LF, Schildkraut I, Aggarwal AK (srpen 1995). "Struktura Bam HI endonukleázy vázané na DNA: částečné skládání a rozvinutí na DNA vazbě". Věda. 269 (5224): 656–63. Bibcode:1995Sci ... 269..656N. doi:10.1126 / science.7624794. PMID  7624794.
  25. ^ Roy KB, Vrushank D (červenec 1995). „Bam HI štěpí samoobslužný dodekamer d-CGCGGAGCCGCG před dvěma G a případně se váže v hlavní drážce DNA“. Biochem Mol Biol Int. 36 (4): 759–70. PMID  8528138.
  26. ^ Newman M, Strzelecka T, Dorner LF, Schildkraut I, Aggarwal AK (květen 1994). "Struktura restrikční endonukleázy bamhi fázovaná na 1,95 rozlišení MAD analýzou". Struktura. 2 (5): 439–52. doi:10.1016 / S0969-2126 (00) 00045-9. PMID  8081758.
  27. ^ Newman M, Strzelecka T, Dorner LF, Schildkraut I, Aggarwal AK (duben 1994). "Struktura restrikční endonukleázy BamHI a její vztah k EcoRI". Příroda. 368 (6472): 660–4. Bibcode:1994Natur.368..660N. doi:10.1038 / 368660a0. PMID  8145855.
  28. ^ Roy KB, Vrushank D, Jayaram B (červenec 1994). „Použití fenoménu ředění izotopů s výhodou při stanovení kinetických konstant Km a Kcat pro restrikční endonukleázu BamHI: empirický a iterativní přístup“. Anal Biochem. 220 (1): 160–4. doi:10.1006 / abio.1994.1313. PMID  7978240.
  29. ^ Brooks JE, Nathan PD, Landry D, Sznyter LA, Waite-Rees P, Ives CL, Moran LS, Slatko BE, Benner JS (únor 1991). „Charakterizace klonovaného restrikčního modifikačního systému BamHI: jeho nukleotidová sekvence, vlastnosti methylázy a exprese v heterologních hostitelích“. Nucleic Acids Res. 19 (4): 841–50. doi:10.1093 / nar / 19.4.841. PMC  333720. PMID  1901989.
  30. ^ Mukhopadhyay P, Roy KB (říjen 1998). „Proteinové inženýrství restrikční endonukleázy BamHI: nahrazení Cys54 Ala zvyšuje katalytickou aktivitu“. Protein Eng. 11 (10): 931–5. doi:10.1093 / protein / 11.10.931. PMID  9862213.
  31. ^ A b C Sugisaki H, Maekawa Y, Kanazawa S, Takanami M (říjen 1982). „Nové restrikční endonukleázy z Acetobacter aceti a Bacillus aneurinolyticus“. Nucleic Acids Res. 10 (19): 5747–52. doi:10.1093 / nar / 10.19.5747. PMC  320926. PMID  6292849.
  32. ^ Schildkraut I, Lynch J, Morgan R (červenec 1987). „Místo štěpení restrikčních endonukleáz BanI a HgiC I je 5 '... G snižuje GPyPuCC ... 3'". Schildkraut I, Lynch J, Morgan R.. 15 (13): 5492. doi:10.1093 / nar / 15.13.5492. PMC  305987. PMID  3037499.
  33. ^ Khosaka T, Sakurai T, Takahashi H, Saito H (únor 1982). „Nová místně specifická endonukleáza Bbei z Bifidobacterium breve“. Gen. 17 (2): 117–22. doi:10.1016/0378-1119(82)90063-4. PMID  6282709.
  34. ^ Veselý Z, Schmitz GG, Jarsch M, Kessler C (červen 1990). „BbrPI, nový PmacI isoschizomer z Bacillus brevis rozpoznávající 5'-CAC / GTG-3'". Nucleic Acids Res. 18 (11): 3423. doi:10.1093 / nar / 18.11.3423. PMC  330975. PMID  2162525.
  35. ^ Kafri T, Hershko A, Razin A (červen 1993). "Sondování methylace CpG na CACGTG restrikčním enzymem BbrPI". Nucleic Acids Res. 21 (12): 2950. doi:10.1093 / nar / 21.12.2950. PMC  309701. PMID  8332512.
  36. ^ Protozanova E, Demidov VV, Nielsen PE, Frank-Kamenetskii MD (červenec 2003). „Pseudokomplementární PNA jako selektivní modifikátory aktivity proteinu na duplexní DNA: případ restrikčních enzymů typu II“. Nucleic Acids Res. 31 (14): 3929–35. doi:10.1093 / nar / gkg450. PMC  165965. PMID  12853608.
  37. ^ Aubert E, Spurgeon S, Ray W, Davies J (říjen 1990). "Čištění a charakterizace isoschizomeru Sphl z Bacillus circulans". Nucleic Acids Res. 18 (20): 6152. doi:10.1093 / nar / 18.20.6152. PMC  332440. PMID  2146591.
  38. ^ Gingeras TR, MIlazzo JP, Roberts RJ (listopad 1978). „Počítačem určená metoda pro stanovení míst rozpoznávání restrikčních enzymů“. Nucleic Acids Res. 5 (11): 4105–27. doi:10.1093 / nar / 5.11.4105. PMC  342737. PMID  724510.
  39. ^ Hattman S, Keister T, Gottehrer A (říjen 1978). "Sekvenční specificita DNA methyláz z Bacillus amyloliquefaciens a Bacillus brevis". J Mol Biol. 124 (4): 701–11. doi:10.1016 / 0022-2836 (78) 90178-X. PMID  712853.
  40. ^ Matvienko NI, Pachkunov DM, Kramarov VM (1984). "Rozpoznávací sekvence místně specifické endonukleázy BbvII z Bacillus brevis 80". FEBS Lett. 177: 23–36. doi:10.1016/0014-5793(84)80973-4.
  41. ^ Repin VE, Rechkunova NI, Degtyarev SK, Hachaturyan AA, Afrikyan EK (1989). „Aerobní bakterie vytvářející spory jako producenti restrikčních endonukleáz“. Biol J Arménie. 42: 969–72.
  42. ^ Heiter DF, Lunnen KD, Wilson GG (květen 2005). „Site-specific DNA-nicking mutants of the heterodimeric restrikční endonukleáza R.BbvCI“. J Mol Biol. 348 (3): 631–40. doi:10.1016 / j.jmb.2005.02.034. PMID  15826660.
  43. ^ Matvienko NN; Kramarov VM; Ivanov LYu; Matvienko NI (duben 1992). „Bce83I, restrikční endonukleáza z Bacillus cereus 83, která rozpoznává novou nepalindromickou sekvenci 5'-CTTGAG-3 'a je stimulována S-adenosylmethioninem.“. Nucleic Acids Res. 20 (7): 1803. doi:10.1093 / nar / 20.7.1803. PMC  312275. PMID  1315959.
  44. ^ Venetianer P, Orosz A (duben 1988). „BcefI, nová restrikční endonukleáza typu IIS“. Nucleic Acids Res. 16 (7): 3053–60. doi:10.1093 / nar / 16.7.3053. PMC  336451. PMID  2835751.
  45. ^ Kong H, Roemer SE, Waite-Rees PA, Benner JS, Wilson GG, Nwankwo DO (leden 1994). Msgstr "Charakterizace BcgI, nového druhu systému omezení a modifikace". J Biol Chem. 269 (1): 683–90. PMID  8276869.
  46. ^ Kong H, Morgan RD, Maunus RE, Schildkraut I (únor 1993). „Jedinečná restrikční endonukleáza, BcgI, z Bacillus coagulans“. Nucleic Acids Res. 21 (4): 987–91. doi:10.1093 / nar / 21.4.987. PMC  309233. PMID  8451198.
  47. ^ Roberts RJ, Macelis D (leden 1997). „REBASE-restrikční enzymy a methylázy“. Nucleic Acids Res. 25 (1): 248–62. doi:10.1093 / nar / 25.1.248. PMC  146408. PMID  9016548.
  48. ^ Rowland GC, Lim PP, Glass RE (červenec 1992). "'Stop-kodonově specifické „restrikční endonukleázy: jejich použití při mapování a genové manipulaci“. Gen. 116 (1): 21–6. doi:10.1016 / 0378-1119 (92) 90624-X. PMID  1628840.
  49. ^ Bingham AH, Atkinson T, Sciaky D, Roberts RJ (říjen 1978). „Specifická endonukleáza z Bacillus caldolyticus“. Nucleic Acids Res. 5 (10): 3457–67. doi:10.1093 / nar / 5.10.3457. PMC  342687. PMID  724493.
  50. ^ Janulaitis A, Klimasauskas S, Petrusyte M, Butkus V (září 1983). „Modifikace cytosinu v DNA pomocí BcnI methylázy poskytuje N4-methylcytosin“. FEBS Lett. 161 (1): 131–4. doi:10.1016/0014-5793(83)80745-5. PMID  6884523.
  51. ^ Janulaitis AA, Petrusite MA, Jaskelavicene BP, Krayev AS, Skryabin KG, Bayev AA (leden 1982). "Nová restrikční endonukleáza BcnI z Bacillus centrosporus RFL 1 ". FEBS Lett. 137 (2): 178–80. doi:10.1016/0014-5793(82)80343-8. PMID  6277689.
  52. ^ Sokolowska M, Kaus-Drobek M, Czapinska H, ​​Tamulaitis G, Szczepanowski RH, Urbanke C, Siksnys V, Bochtler M (červen 2007). "Monomerní restrikční endonukleáza BcnI v apo formě a v asymetrickém komplexu s cílovou DNA". J Mol Biol. 369 (3): 722–34. doi:10.1016 / j.jmb.2007.03.018. PMID  17445830.
  53. ^ Leung SM, Kam KM, Chan KY, Shaw PC (1990). "Čištění a charakterizace restrikční endonukleázy Bcol z půdního izolátu z Bacillus coagulans". FEMS Microbiol Lett. 66 (2): 153–6. doi:10.1111 / j.1574-6968.1990.tb03988.x. PMID  1936944.