Isocaudomer - Isocaudomer

Isocaudomery jsou páry restrikční enzymy které se mírně liší rozpoznávací sekvence, ale po štěpení DNA generujte identické převislé konce sekvence. Tyto sekvence mohou být ligován navzájem, ale poté vytvoří asymetrickou sekvenci, kterou nelze štěpit restrikčním enzymem.

Příklady

Například enzymy Mbo I a BamH I jsou isokaudomery:

Mbo I N * GATC N N CTAG * NBamH I G * GATC C C CTAG * G

N představuje kteroukoli ze čtyř nukleotidy. Nezávisle na tom, který nukleotid je přítomen při štěpení MboI, mají všechny konce po štěpení kterýmkoli enzymem centrální tetranukleotid - GATC. To umožňuje fragmentům generovaným jedním enzymem hybridizovat s fragmenty generovanými druhým enzymem. To lze použít k eliminaci restrikční weby z výsledného fragmentu DNA. Například:

Já ne GC * GGCC GC CG CCGG * CGBsp120 I G * GGCC C C CCGG * G

Ve výše uvedeném příkladu oba enzymy produkují tetranukleotidy CCGG, které mohou vzájemně hybridizovat. Výsledná sekvence DNA však bude:

 GCGGCCC CGCCGGG

kde nukleotidy zobrazené kurzívou pocházejí z místa řezu NotI a ty, které jsou zvýrazněny tučně z místa řezu Bsp120I. Všimněte si, že výsledná sekvence není rozpoznána žádným ze dvou enzymů.

Další příklady izokaudomerů[1] zahrnout:

BamHI / BclI / BglII / BstYI / DpnII
Ncol / BspHI / FatI / PciI
NdeI / Asse / BfaI / Csp6I / MseI
XbaI / AvrII / NheI / SpeI / StyI
XhoI / PspXI / SalI

Reference

  1. ^ https://www.neb.com/tools-and-resources/selection-charts/compatible-cohesive-ends-and-generation-of-new-restriction-sites

Viz také